ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 4, 7, 10, 16, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.003, 0.041, 0.078, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.041 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.005, 0.044, 0.084, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.044 std_dev=0.039
C2' B 0, 0.183, 0.297, 0.411, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.297 std_dev=0.114
C1' B 0, 0.118, 0.239, 0.361, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.239 std_dev=0.121
O4' A 0, 0.059, 0.182, 0.306, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.182 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.292, 0.417, 0.543, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.417 std_dev=0.125
C4 B 0, 0.249, 0.374, 0.500, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.374 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.078, 0.211, 0.343, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.211 std_dev=0.132
N9 B 0, 0.168, 0.304, 0.439, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.304 std_dev=0.135
O2' B 0, 0.179, 0.331, 0.483, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.118, 0.277, 0.437, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.277 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.141, 0.307, 0.474, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.307 std_dev=0.166
C5 B 0, 0.284, 0.451, 0.618, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.451 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.126, 0.296, 0.465, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.296 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.186, 0.361, 0.536, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.361 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.348, 0.523, 0.698, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.523 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.205, 0.384, 0.562, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.384 std_dev=0.178
N7 B 0, 0.270, 0.458, 0.645, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.458 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.111, 0.308, 0.505, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.308 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.125, 0.332, 0.539, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.332 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.351, 0.560, 0.768, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.560 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.376, 0.585, 0.793, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.585 std_dev=0.209
N2 B 0, 0.381, 0.603, 0.825, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.603 std_dev=0.222
O6 B 0, 0.400, 0.658, 0.916, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.658 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.265, 0.524, 0.782, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.524 std_dev=0.259
C5' B 0, 0.080, 0.358, 0.635, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.358 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.178, 0.502, 0.826, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.502 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.195, 0.528, 0.862, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.528 std_dev=0.333
O5' B 0, 0.052, 0.394, 0.737, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.394 std_dev=0.343
OP2 B 0, 0.174, 0.601, 1.028, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.601 std_dev=0.427
O5' A 0, 0.239, 0.701, 1.162, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.701 std_dev=0.462
P B 0, 0.064, 0.555, 1.046, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.555 std_dev=0.491
OP1 B 0, 0.102, 0.734, 1.366, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.734 std_dev=0.632
P A 0, 0.405, 1.371, 2.337, 2.478 max_d=2.478 avg_d=1.371 std_dev=0.966
OP2 A 0, 0.437, 1.597, 2.757, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.597 std_dev=1.160
OP1 A 0, 0.501, 1.678, 2.855, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.678 std_dev=1.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.24 0.20
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.20 0.21 0.47 0.36
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.17 0.06 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.25 0.17 0.13
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.02 0.22 0.24 0.46 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.27 0.37 0.60 0.47
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.15 0.16 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.27 0.40 0.63 0.48
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.29 0.38 0.55 0.45
N1 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.24 0.31 0.56 0.43
N3 0.02 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.03 0.18 0.16 0.40 0.31
N6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.30 0.49 0.71 0.54
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.31 0.47 0.68 0.52
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.21 0.22 0.40 0.33
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.11 0.11 0.07 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.25 0.08 0.06
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.13 0.10 0.15 0.14 0.13 0.10 0.05 0.06 0.00 0.01 0.12 0.45 0.35 0.28
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.10 0.23 0.21
O5' 0.12 0.20 0.04 0.05 0.22 0.02 0.27 0.01 0.27 0.29 0.24 0.18 0.30 0.31 0.21 0.04 0.12 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.21 0.17 0.25 0.24 0.11 0.37 0.05 0.40 0.38 0.31 0.16 0.49 0.47 0.22 0.25 0.45 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.47 0.06 0.17 0.46 0.03 0.60 0.02 0.63 0.55 0.56 0.40 0.71 0.68 0.40 0.08 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.36 0.04 0.13 0.37 0.02 0.47 0.02 0.48 0.45 0.43 0.31 0.54 0.52 0.33 0.06 0.28 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.10 0.11 0.08 0.13 0.08 0.16 0.09 0.09 0.12 0.16 0.11 0.08 0.08 0.08 0.17 0.15 0.12 0.09 0.21 0.11 0.14
C2 0.11 0.19 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.15 0.10 0.18 0.23 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.16 0.11 0.15 0.12 0.15 0.14
C2' 0.16 0.07 0.07 0.07 0.10 0.17 0.12 0.21 0.10 0.17 0.08 0.08 0.07 0.15 0.14 0.08 0.15 0.23 0.18 0.10 0.26 0.17 0.20
C3' 0.18 0.07 0.08 0.08 0.11 0.22 0.13 0.29 0.10 0.20 0.07 0.09 0.07 0.18 0.16 0.08 0.14 0.28 0.26 0.11 0.38 0.26 0.30
C4 0.07 0.16 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.06 0.16 0.20 0.12 0.07 0.06 0.09 0.13 0.13 0.07 0.13 0.12 0.07 0.09
C4' 0.15 0.11 0.09 0.11 0.08 0.22 0.09 0.28 0.08 0.16 0.10 0.16 0.09 0.13 0.12 0.08 0.15 0.24 0.24 0.08 0.38 0.25 0.29
C5 0.08 0.18 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.14 0.07 0.18 0.23 0.13 0.08 0.07 0.10 0.13 0.14 0.08 0.15 0.12 0.09 0.10
C5' 0.13 0.16 0.09 0.12 0.07 0.23 0.07 0.31 0.09 0.14 0.14 0.23 0.12 0.11 0.10 0.08 0.16 0.24 0.27 0.08 0.44 0.29 0.34
C6 0.11 0.20 0.09 0.09 0.11 0.11 0.13 0.13 0.17 0.10 0.20 0.25 0.14 0.11 0.09 0.10 0.12 0.16 0.11 0.18 0.13 0.14 0.14
C8 0.07 0.16 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.12 0.06 0.15 0.20 0.12 0.06 0.06 0.09 0.16 0.12 0.09 0.12 0.17 0.07 0.10
N1 0.12 0.20 0.10 0.09 0.12 0.13 0.13 0.14 0.17 0.12 0.21 0.26 0.14 0.12 0.11 0.10 0.11 0.17 0.13 0.18 0.14 0.18 0.17
N3 0.08 0.16 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.06 0.15 0.20 0.13 0.07 0.06 0.10 0.11 0.13 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09
N6 0.11 0.20 0.09 0.09 0.12 0.12 0.14 0.14 0.18 0.12 0.22 0.26 0.14 0.12 0.11 0.10 0.12 0.17 0.12 0.20 0.15 0.17 0.17
N7 0.07 0.17 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.14 0.06 0.17 0.22 0.13 0.07 0.06 0.09 0.15 0.13 0.08 0.14 0.14 0.07 0.09
N9 0.07 0.15 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.11 0.06 0.14 0.19 0.12 0.06 0.06 0.09 0.16 0.13 0.09 0.11 0.16 0.07 0.10
O2' 0.19 0.11 0.10 0.10 0.15 0.22 0.16 0.24 0.15 0.21 0.13 0.11 0.12 0.20 0.18 0.09 0.15 0.26 0.22 0.16 0.29 0.22 0.24
O3' 0.24 0.11 0.12 0.13 0.19 0.29 0.22 0.38 0.19 0.30 0.14 0.09 0.13 0.28 0.25 0.09 0.12 0.36 0.36 0.21 0.49 0.38 0.42
O4' 0.10 0.18 0.12 0.13 0.11 0.16 0.11 0.19 0.13 0.10 0.17 0.22 0.15 0.10 0.09 0.09 0.19 0.16 0.15 0.13 0.27 0.15 0.19
O5' 0.08 0.28 0.11 0.08 0.13 0.18 0.12 0.29 0.18 0.08 0.26 0.37 0.22 0.07 0.07 0.12 0.17 0.20 0.23 0.17 0.42 0.23 0.30
OP1 0.26 0.25 0.13 0.25 0.08 0.50 0.10 0.68 0.10 0.31 0.21 0.40 0.15 0.23 0.21 0.10 0.19 0.49 0.61 0.09 0.90 0.66 0.75
OP2 0.09 0.57 0.21 0.11 0.31 0.21 0.29 0.37 0.41 0.09 0.55 0.73 0.45 0.15 0.15 0.23 0.21 0.22 0.27 0.41 0.54 0.27 0.39
P 0.06 0.46 0.17 0.10 0.23 0.23 0.21 0.38 0.32 0.06 0.44 0.60 0.36 0.09 0.09 0.18 0.19 0.23 0.30 0.32 0.55 0.31 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.10 0.17 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.12 0.17 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.13 0.01 0.15 0.20 0.17
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.13 0.00 0.15 0.21 0.17
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.03 0.16 0.01 0.17 0.20 0.18
N1 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.02 0.10 0.01 0.13 0.19 0.15
N2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.07 0.01 0.10 0.16 0.11
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.15 0.11
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03 0.16 0.01 0.19 0.23 0.20
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.12 0.16 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.04 0.15 0.11 0.14 0.13 0.09 0.14 0.07 0.04 0.00 0.02 0.11 0.17 0.13 0.14 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.08 0.13 0.09
O5' 0.07 0.08 0.04 0.05 0.10 0.02 0.13 0.01 0.13 0.16 0.10 0.07 0.08 0.16 0.11 0.04 0.11 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.14 0.00 0.18 0.23 0.19
OP1 0.08 0.10 0.06 0.07 0.12 0.05 0.15 0.07 0.15 0.17 0.13 0.10 0.09 0.19 0.12 0.07 0.13 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.17 0.07 0.07 0.17 0.04 0.20 0.02 0.21 0.20 0.19 0.16 0.15 0.23 0.16 0.06 0.14 0.13 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.05 0.05 0.13 0.02 0.17 0.01 0.17 0.18 0.15 0.11 0.11 0.20 0.12 0.04 0.11 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00