ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 5, 5, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.013, 0.033, 0.054, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.008, 0.038, 0.069, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.038 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.029, 0.071, 0.112, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.071 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.054, 0.108, 0.161, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.108 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.063, 0.135, 0.207, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.135 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.078, 0.160, 0.243, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.160 std_dev=0.083
C4' B 0, 0.146, 0.253, 0.361, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.253 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.096, 0.207, 0.317, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.207 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.104, 0.220, 0.336, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.220 std_dev=0.116
C3' B 0, 0.114, 0.231, 0.348, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.231 std_dev=0.117
O3' B 0, 0.095, 0.212, 0.329, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.212 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.095, 0.217, 0.338, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.217 std_dev=0.121
O4' B 0, 0.185, 0.322, 0.458, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.322 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.140, 0.279, 0.418, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.279 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.154, 0.300, 0.446, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.300 std_dev=0.146
C2' B 0, 0.171, 0.328, 0.486, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.328 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.201, 0.370, 0.539, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.370 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.219, 0.406, 0.592, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.406 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.283, 0.475, 0.667, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.475 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.284, 0.489, 0.694, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.489 std_dev=0.205
O5' B 0, 0.222, 0.438, 0.654, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.438 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.351, 0.569, 0.788, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.569 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.192, 0.415, 0.637, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.415 std_dev=0.223
N2 B 0, 0.352, 0.574, 0.797, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.574 std_dev=0.223
P A 0, 0.241, 0.464, 0.688, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.464 std_dev=0.224
C8 B 0, 0.246, 0.473, 0.700, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.473 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.339, 0.589, 0.838, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.589 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.410, 0.669, 0.928, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.669 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.257, 0.521, 0.785, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.521 std_dev=0.264
N7 B 0, 0.315, 0.579, 0.844, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.579 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.407, 0.685, 0.963, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.685 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.303, 0.588, 0.873, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.588 std_dev=0.285
O6 B 0, 0.452, 0.773, 1.093, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.773 std_dev=0.321
P B 0, 0.292, 0.638, 0.983, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.638 std_dev=0.345
OP1 B 0, 0.327, 0.747, 1.167, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.747 std_dev=0.420
OP2 B 0, 0.277, 0.756, 1.234, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.756 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.12 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.10 0.15 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.08 0.11 0.17 0.11
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.09 0.15 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.09 0.13 0.19 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.11 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.13 0.11 0.06 0.10 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.05 0.05 0.12 0.03 0.15 0.01 0.17 0.13 0.15 0.10 0.19 0.17 0.09 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.06 0.14 0.12 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.12 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.22 0.08 0.09 0.10 0.06 0.18 0.20 0.07
C2 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.15 0.10 0.10 0.14 0.10 0.22 0.18 0.09
C2' 0.07 0.07 0.11 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.20 0.07 0.12 0.10 0.07 0.23 0.17 0.08
C3' 0.07 0.07 0.12 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.23 0.06 0.11 0.08 0.07 0.21 0.19 0.07
C4 0.06 0.07 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.05 0.07 0.06 0.19 0.09 0.09 0.12 0.08 0.19 0.21 0.08
C4' 0.07 0.07 0.13 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.23 0.06 0.11 0.07 0.07 0.17 0.21 0.06
C5 0.06 0.07 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.05 0.07 0.06 0.18 0.09 0.09 0.11 0.09 0.17 0.24 0.08
C5' 0.08 0.08 0.14 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.24 0.09 0.12 0.08 0.07 0.14 0.25 0.08
C6 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.07 0.16 0.09 0.09 0.12 0.10 0.18 0.23 0.08
C8 0.06 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.22 0.09 0.09 0.10 0.07 0.15 0.26 0.09
N1 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.15 0.10 0.10 0.13 0.11 0.20 0.20 0.08
N3 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.17 0.10 0.10 0.13 0.09 0.21 0.18 0.09
N6 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.07 0.16 0.09 0.09 0.12 0.11 0.17 0.24 0.08
N7 0.06 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.05 0.07 0.06 0.20 0.09 0.09 0.11 0.08 0.15 0.27 0.09
N9 0.06 0.07 0.12 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.21 0.08 0.09 0.11 0.07 0.17 0.23 0.08
O2' 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.12 0.07 0.13 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.17 0.11 0.14 0.13 0.06 0.27 0.17 0.13
O3' 0.07 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.21 0.07 0.13 0.10 0.09 0.24 0.18 0.10
O4' 0.07 0.08 0.14 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.25 0.07 0.09 0.09 0.07 0.14 0.24 0.07
O5' 0.08 0.07 0.14 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.24 0.09 0.12 0.08 0.07 0.14 0.27 0.09
OP1 0.15 0.12 0.18 0.17 0.13 0.17 0.13 0.18 0.13 0.15 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.25 0.17 0.19 0.16 0.13 0.19 0.34 0.18
OP2 0.06 0.08 0.13 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06 0.23 0.07 0.11 0.08 0.07 0.14 0.27 0.08
P 0.08 0.07 0.14 0.10 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.23 0.10 0.12 0.09 0.06 0.14 0.29 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.20 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.05 0.13 0.01 0.25 0.08 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.16 0.16 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.19 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.14 0.01 0.24 0.07 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.17 0.01 0.25 0.08 0.09
C5' 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.17 0.00 0.25 0.09 0.10
C8 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.17 0.01 0.25 0.07 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.15 0.00 0.25 0.08 0.09
N2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.06 0.12 0.01 0.24 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.05 0.12 0.01 0.24 0.08 0.07
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.18 0.01 0.25 0.09 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.01 0.23 0.07 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.07 0.12 0.09 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.05 0.16 0.20 0.09
O3' 0.05 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.11 0.21 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.22 0.08 0.08
O5' 0.10 0.13 0.07 0.04 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.17 0.15 0.12 0.12 0.18 0.14 0.08 0.04 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.18 0.00 0.25 0.11 0.11
OP1 0.20 0.25 0.16 0.10 0.24 0.14 0.25 0.08 0.25 0.25 0.25 0.24 0.24 0.25 0.23 0.16 0.11 0.22 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.08 0.16 0.19 0.07 0.12 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.20 0.21 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.03 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00