ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 5, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.024, 0.050, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.026, 0.056, 0.085, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.056 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.066, 0.118, 0.169, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.118 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.050, 0.102, 0.154, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.102 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.059, 0.117, 0.175, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.107, 0.179, 0.252, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.179 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.094, 0.168, 0.243, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.168 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.044, 0.130, 0.217, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.130 std_dev=0.087
C2 B 0, 0.109, 0.198, 0.288, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.198 std_dev=0.090
N2 B 0, 0.131, 0.225, 0.319, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.225 std_dev=0.094
P A 0, 0.107, 0.205, 0.303, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.205 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.111, 0.216, 0.322, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.216 std_dev=0.106
OP2 A 0, 0.151, 0.261, 0.371, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.261 std_dev=0.110
OP1 A 0, 0.079, 0.193, 0.308, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.193 std_dev=0.115
N1 B 0, 0.126, 0.249, 0.371, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.249 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.123, 0.250, 0.378, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.250 std_dev=0.128
O2' B 0, 0.134, 0.267, 0.401, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.267 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.125, 0.266, 0.407, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.266 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.127, 0.276, 0.425, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.276 std_dev=0.149
N9 B 0, 0.134, 0.286, 0.438, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.286 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.199, 0.360, 0.521, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.360 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.170, 0.332, 0.494, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.332 std_dev=0.162
O4' B 0, 0.134, 0.297, 0.459, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.297 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.119, 0.282, 0.446, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.282 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.117, 0.284, 0.450, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.284 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.123, 0.297, 0.471, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.297 std_dev=0.174
C8 B 0, 0.179, 0.368, 0.558, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.368 std_dev=0.189
O6 B 0, 0.314, 0.505, 0.696, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.505 std_dev=0.191
OP1 B 0, 0.281, 0.473, 0.665, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.473 std_dev=0.192
N7 B 0, 0.229, 0.423, 0.617, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.423 std_dev=0.194
C5' B 0, 0.104, 0.318, 0.533, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.318 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.204, 0.420, 0.636, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.420 std_dev=0.216
P B 0, 0.165, 0.397, 0.629, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.397 std_dev=0.232
OP2 B 0, 0.207, 0.472, 0.738, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.472 std_dev=0.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.08 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
O5' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06
C2 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07
C2' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08
C3' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08
C4 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06
C4' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07
C5 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06
C5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07
C6 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07
C8 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06
N1 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07
N3 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07
N6 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.11 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07
N7 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06
N9 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06
O2' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07
O3' 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09
O4' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06
O5' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07
OP1 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09
OP2 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08
P 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.07 0.04
C8 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03
N2 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02
N7 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.10 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.05 0.08 0.06
OP1 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.07 0.10 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00