Doublet Group distance statistics: 53444

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 2, 1, 4, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N6	A	0, 0.017, 0.043, 0.069, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.026
N7	A	0, 0.009, 0.037, 0.065, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.033 std_dev=0.028
O4'	A	0, 0.044, 0.171, 0.299, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.171 std_dev=0.128
C2'	A	0, 0.022, 0.162, 0.302, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.162 std_dev=0.140
O2'	A	0, 0.037, 0.211, 0.385, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.211 std_dev=0.174
N3	B	0, 0.188, 0.389, 0.590, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.389 std_dev=0.201
C4'	A	0, 0.067, 0.276, 0.484, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.276 std_dev=0.208
O2'	B	0, 0.148, 0.365, 0.582, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.365 std_dev=0.217
C3'	A	0, 0.064, 0.287, 0.510, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.287 std_dev=0.223
C4	B	0, 0.158, 0.385, 0.611, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.385 std_dev=0.227
C2'	B	0, 0.136, 0.379, 0.623, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.379 std_dev=0.244
C1'	B	0, 0.132, 0.396, 0.660, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.396 std_dev=0.264
C2	B	0, 0.226, 0.504, 0.782, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.504 std_dev=0.278
N1	B	0, 0.207, 0.499, 0.790, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.499 std_dev=0.291
O3'	A	0, 0.124, 0.439, 0.755, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.439 std_dev=0.315
C5'	A	0, 0.089, 0.428, 0.767, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.428 std_dev=0.339
N9	B	0, 0.090, 0.439, 0.788, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.439 std_dev=0.349
O5'	A	0, 0.085, 0.435, 0.786, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.435 std_dev=0.350
C6	B	0, 0.172, 0.551, 0.930, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.551 std_dev=0.379
C5	B	0, 0.131, 0.537, 0.942, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.537 std_dev=0.405
N2	B	0, 0.289, 0.737, 1.186, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.737 std_dev=0.449
C3'	B	0, 0.047, 0.521, 0.994, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.521 std_dev=0.473
O4'	B	0, 0.079, 0.561, 1.044, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.561 std_dev=0.483
O6	B	0, 0.186, 0.697, 1.208, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.697 std_dev=0.511
P	A	0, 0.041, 0.556, 1.070, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.556 std_dev=0.515
C4'	B	0, 0.011, 0.541, 1.071, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.541 std_dev=0.530
O3'	B	0, 0.003, 0.561, 1.119, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.561 std_dev=0.558
C8	B	0, 0.028, 0.643, 1.258, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.643 std_dev=0.615
N7	B	0, 0.057, 0.708, 1.359, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.708 std_dev=0.651
OP2	A	0, 0.029, 0.741, 1.453, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.741 std_dev=0.712
C5'	B	0, -0.037, 0.790, 1.617, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.790 std_dev=0.827
OP1	A	0, 0.117, 1.042, 1.966, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.042 std_dev=0.925
O5'	B	0, 0.042, 1.011, 1.980, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.011 std_dev=0.969
P	B	0, -0.031, 1.289, 2.610, 4.683 max_d=4.683 avg_d=1.289 std_dev=1.321
OP2	B	0, 0.044, 1.403, 2.763, 4.842 max_d=4.842 avg_d=1.403 std_dev=1.360
OP1	B	0, -0.115, 1.396, 2.908, 5.235 max_d=5.235 avg_d=1.396 std_dev=1.512

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.18	0.30	0.13
C2	0.04	0.00	0.17	0.19	0.01	0.08	0.01	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.17	0.24	0.04	0.17	0.58	0.27	0.26
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.07	0.02	0.10	0.05	0.15	0.16	0.09	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.05	0.15	0.12	0.06
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.12	0.00	0.12	0.02	0.14	0.10	0.18	0.17	0.14	0.10	0.06	0.02	0.01	0.01	0.06	0.19	0.09	0.06
C4	0.02	0.01	0.09	0.12	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.08	0.13	0.02	0.15	0.52	0.27	0.25
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.07	0.08	0.07	0.07	0.07	0.03	0.06	0.01	0.00	0.02	0.19	0.24	0.03
C5	0.02	0.01	0.07	0.12	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.06	0.13	0.02	0.18	0.67	0.32	0.30
C5'	0.02	0.09	0.02	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.11	0.11	0.10	0.07	0.12	0.12	0.07	0.06	0.02	0.02	0.01	0.29	0.22	0.01
C6	0.03	0.02	0.10	0.14	0.01	0.07	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.10	0.18	0.03	0.19	0.75	0.34	0.32
C8	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.10	0.03	0.18	0.52	0.32	0.27
N1	0.05	0.00	0.15	0.18	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.14	0.23	0.04	0.19	0.70	0.31	0.30
N3	0.04	0.01	0.16	0.17	0.00	0.07	0.02	0.07	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.15	0.21	0.04	0.15	0.48	0.25	0.22
N6	0.03	0.02	0.09	0.14	0.02	0.07	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.08	0.18	0.03	0.21	0.85	0.40	0.35
N7	0.01	0.02	0.03	0.10	0.01	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.11	0.02	0.20	0.70	0.36	0.33
N9	0.01	0.02	0.02	0.06	0.01	0.03	0.01	0.07	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.13	0.39	0.28	0.21
O2'	0.02	0.17	0.01	0.02	0.08	0.06	0.06	0.06	0.10	0.04	0.14	0.15	0.08	0.02	0.02	0.00	0.04	0.05	0.05	0.17	0.20	0.06
O3'	0.01	0.24	0.02	0.01	0.13	0.01	0.13	0.02	0.18	0.10	0.23	0.21	0.18	0.11	0.05	0.04	0.00	0.01	0.10	0.35	0.17	0.13
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.03	0.04	0.04	0.03	0.02	0.01	0.05	0.01	0.00	0.10	0.11	0.41	0.14
O5'	0.08	0.17	0.05	0.06	0.15	0.02	0.18	0.01	0.19	0.18	0.19	0.15	0.21	0.20	0.13	0.05	0.10	0.10	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.18	0.58	0.15	0.19	0.52	0.19	0.67	0.29	0.75	0.52	0.70	0.48	0.85	0.70	0.39	0.17	0.35	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	0.27	0.12	0.09	0.27	0.24	0.32	0.22	0.34	0.32	0.31	0.25	0.40	0.36	0.28	0.20	0.17	0.41	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.26	0.06	0.06	0.25	0.03	0.30	0.01	0.32	0.27	0.30	0.22	0.35	0.33	0.21	0.06	0.13	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.28	0.20	0.24	0.17	0.18	0.17	0.18	0.21	0.15	0.26	0.34	0.23	0.15	0.13	0.17	0.33	0.20	0.19	0.21	0.23	0.21	0.21
C2	0.20	0.26	0.17	0.14	0.17	0.19	0.18	0.21	0.22	0.17	0.26	0.32	0.20	0.17	0.16	0.13	0.18	0.29	0.21	0.23	0.27	0.28	0.31
C2'	0.20	0.16	0.12	0.11	0.12	0.24	0.12	0.26	0.11	0.20	0.14	0.21	0.14	0.17	0.17	0.14	0.15	0.30	0.21	0.11	0.17	0.19	0.20
C3'	0.22	0.18	0.11	0.10	0.13	0.28	0.13	0.34	0.12	0.23	0.15	0.24	0.15	0.18	0.18	0.14	0.14	0.34	0.26	0.11	0.23	0.23	0.24
C4	0.17	0.28	0.21	0.19	0.18	0.15	0.18	0.16	0.23	0.15	0.27	0.33	0.22	0.15	0.15	0.17	0.27	0.24	0.14	0.23	0.20	0.21	0.23
C4'	0.14	0.27	0.13	0.18	0.13	0.21	0.12	0.25	0.18	0.15	0.25	0.36	0.21	0.12	0.11	0.12	0.28	0.24	0.22	0.18	0.25	0.22	0.20
C5	0.18	0.28	0.20	0.18	0.17	0.16	0.18	0.18	0.23	0.15	0.28	0.34	0.22	0.16	0.15	0.17	0.27	0.27	0.15	0.25	0.23	0.24	0.27
C5'	0.15	0.31	0.15	0.19	0.15	0.22	0.14	0.26	0.21	0.15	0.29	0.40	0.24	0.12	0.11	0.14	0.30	0.25	0.23	0.22	0.27	0.22	0.21
C6	0.19	0.27	0.19	0.16	0.17	0.18	0.19	0.21	0.23	0.17	0.28	0.35	0.20	0.18	0.16	0.15	0.24	0.30	0.19	0.25	0.28	0.29	0.32
C8	0.17	0.28	0.22	0.23	0.18	0.16	0.18	0.16	0.23	0.14	0.28	0.34	0.23	0.15	0.15	0.19	0.33	0.23	0.14	0.24	0.21	0.21	0.22
N1	0.20	0.27	0.17	0.14	0.17	0.20	0.19	0.24	0.23	0.19	0.26	0.36	0.20	0.19	0.17	0.14	0.19	0.31	0.23	0.25	0.30	0.32	0.35
N3	0.18	0.27	0.19	0.16	0.18	0.16	0.18	0.17	0.22	0.14	0.26	0.31	0.23	0.15	0.14	0.14	0.21	0.25	0.17	0.23	0.21	0.22	0.25
N6	0.20	0.27	0.18	0.15	0.17	0.19	0.19	0.23	0.24	0.19	0.28	0.37	0.20	0.19	0.17	0.15	0.24	0.32	0.20	0.26	0.31	0.32	0.36
N7	0.18	0.28	0.22	0.21	0.18	0.16	0.19	0.17	0.24	0.15	0.29	0.35	0.22	0.16	0.15	0.19	0.31	0.26	0.13	0.25	0.22	0.23	0.25
N9	0.16	0.28	0.22	0.22	0.18	0.16	0.18	0.16	0.23	0.15	0.27	0.34	0.23	0.15	0.14	0.19	0.32	0.22	0.15	0.23	0.19	0.20	0.21
O2'	0.20	0.18	0.11	0.12	0.14	0.25	0.15	0.27	0.13	0.22	0.16	0.23	0.16	0.19	0.18	0.11	0.10	0.28	0.25	0.13	0.20	0.23	0.21
O3'	0.27	0.16	0.14	0.16	0.19	0.37	0.21	0.46	0.17	0.32	0.15	0.21	0.16	0.28	0.25	0.13	0.11	0.41	0.39	0.17	0.39	0.37	0.38
O4'	0.14	0.36	0.22	0.29	0.22	0.21	0.23	0.23	0.29	0.18	0.35	0.44	0.29	0.20	0.16	0.16	0.40	0.19	0.25	0.30	0.33	0.29	0.26
O5'	0.20	0.29	0.18	0.17	0.17	0.22	0.15	0.26	0.20	0.16	0.27	0.37	0.23	0.14	0.15	0.19	0.28	0.30	0.19	0.20	0.19	0.15	0.17
OP1	0.39	0.55	0.27	0.25	0.40	0.39	0.38	0.47	0.43	0.36	0.52	0.65	0.48	0.35	0.37	0.29	0.31	0.48	0.38	0.43	0.43	0.34	0.37
OP2	0.30	0.45	0.30	0.24	0.31	0.28	0.30	0.33	0.36	0.27	0.43	0.53	0.38	0.26	0.28	0.32	0.34	0.37	0.24	0.36	0.28	0.23	0.28
P	0.24	0.40	0.21	0.18	0.25	0.24	0.23	0.30	0.30	0.20	0.38	0.49	0.33	0.19	0.21	0.22	0.28	0.33	0.21	0.30	0.25	0.18	0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.11	0.02	0.17	0.15	0.19
C2	0.02	0.00	0.15	0.17	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.22	0.05	0.27	0.02	0.30	0.40	0.34
C2'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.08	0.01	0.05	0.03	0.08	0.06	0.12	0.16	0.14	0.04	0.02	0.01	0.02	0.01	0.15	0.07	0.15	0.12	0.14
C3'	0.02	0.17	0.01	0.00	0.11	0.01	0.11	0.03	0.13	0.14	0.15	0.19	0.15	0.12	0.08	0.02	0.01	0.01	0.21	0.13	0.20	0.17	0.16
C4	0.01	0.01	0.08	0.11	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.12	0.03	0.29	0.01	0.31	0.37	0.34
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.11	0.07	0.05	0.05	0.11	0.05	0.05	0.02	0.01	0.02	0.09	0.10	0.12	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.08	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.12	0.03	0.36	0.01	0.42	0.49	0.44
C5'	0.03	0.12	0.03	0.03	0.13	0.01	0.19	0.00	0.20	0.22	0.16	0.09	0.09	0.24	0.13	0.05	0.04	0.02	0.01	0.22	0.08	0.18	0.02
C6	0.01	0.01	0.08	0.13	0.01	0.08	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.12	0.15	0.03	0.38	0.01	0.45	0.55	0.47
C8	0.01	0.01	0.06	0.14	0.00	0.11	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.15	0.05	0.36	0.02	0.40	0.40	0.41
N1	0.01	0.00	0.12	0.15	0.01	0.07	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.19	0.04	0.33	0.02	0.38	0.49	0.41
N2	0.03	0.00	0.16	0.19	0.01	0.05	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.20	0.26	0.06	0.25	0.03	0.27	0.38	0.31
N3	0.02	0.01	0.14	0.15	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.19	0.05	0.24	0.02	0.25	0.33	0.29
N7	0.01	0.01	0.04	0.12	0.00	0.11	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.15	0.04	0.41	0.02	0.48	0.54	0.49
N9	0.00	0.01	0.02	0.08	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.08	0.01	0.26	0.01	0.28	0.29	0.30
O2'	0.02	0.18	0.01	0.02	0.10	0.05	0.08	0.05	0.12	0.04	0.16	0.20	0.16	0.04	0.03	0.00	0.04	0.07	0.10	0.11	0.14	0.10	0.13
O3'	0.02	0.22	0.02	0.01	0.12	0.02	0.12	0.04	0.15	0.15	0.19	0.26	0.19	0.15	0.08	0.04	0.00	0.02	0.21	0.15	0.24	0.23	0.18
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.05	0.04	0.06	0.05	0.04	0.01	0.07	0.02	0.00	0.09	0.04	0.20	0.19	0.21
O5'	0.11	0.27	0.15	0.21	0.29	0.02	0.36	0.01	0.38	0.36	0.33	0.25	0.24	0.41	0.26	0.10	0.21	0.09	0.00	0.41	0.03	0.02	0.01
O6	0.02	0.02	0.07	0.13	0.01	0.09	0.01	0.22	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.11	0.15	0.04	0.41	0.00	0.52	0.62	0.53
OP1	0.17	0.30	0.15	0.20	0.31	0.10	0.42	0.08	0.45	0.40	0.38	0.27	0.25	0.48	0.28	0.14	0.24	0.20	0.03	0.52	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.40	0.12	0.17	0.37	0.12	0.49	0.18	0.55	0.40	0.49	0.38	0.33	0.54	0.29	0.10	0.23	0.19	0.02	0.62	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.34	0.14	0.16	0.34	0.08	0.44	0.02	0.47	0.41	0.41	0.31	0.29	0.49	0.30	0.13	0.18	0.21	0.01	0.53	0.01	0.01	0.00