ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 7, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.003, 0.035, 0.067, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.035 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.016, 0.052, 0.089, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.029, 0.071, 0.113, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.071 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.032, 0.085, 0.137, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.085 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.046, 0.100, 0.155, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.100 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.094, 0.153, 0.212, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.153 std_dev=0.059
O2' B 0, 0.089, 0.162, 0.236, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.072, 0.152, 0.232, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.152 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.049, 0.135, 0.220, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.135 std_dev=0.085
C2' B 0, 0.082, 0.173, 0.264, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.173 std_dev=0.091
C1' B 0, 0.081, 0.173, 0.266, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.173 std_dev=0.092
N2 B 0, 0.099, 0.200, 0.301, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.200 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.044, 0.147, 0.250, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.147 std_dev=0.103
N3 B 0, 0.067, 0.175, 0.282, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.175 std_dev=0.107
C2 B 0, 0.093, 0.205, 0.318, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.205 std_dev=0.112
O3' B 0, 0.099, 0.213, 0.326, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.213 std_dev=0.114
O4' B 0, 0.083, 0.200, 0.316, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.200 std_dev=0.116
C3' B 0, 0.081, 0.200, 0.319, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.200 std_dev=0.119
C4' B 0, 0.077, 0.201, 0.324, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.201 std_dev=0.123
N9 B 0, 0.079, 0.207, 0.336, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.207 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.077, 0.208, 0.339, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.208 std_dev=0.131
N1 B 0, 0.119, 0.258, 0.398, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.258 std_dev=0.140
P A 0, 0.034, 0.176, 0.318, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.176 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.099, 0.265, 0.432, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.265 std_dev=0.166
C5 B 0, 0.095, 0.266, 0.437, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.266 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.122, 0.295, 0.467, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.295 std_dev=0.173
C8 B 0, 0.085, 0.260, 0.435, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.260 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.154, 0.334, 0.514, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.334 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.101, 0.291, 0.482, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.291 std_dev=0.190
O6 B 0, 0.152, 0.352, 0.552, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.352 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.096, 0.298, 0.500, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.298 std_dev=0.202
P B 0, 0.133, 0.355, 0.578, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.355 std_dev=0.223
OP1 B 0, 0.176, 0.408, 0.639, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.408 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.176, 0.409, 0.643, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.409 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.089, 0.324, 0.559, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.324 std_dev=0.235

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.13 0.09 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.13 0.09 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.15 0.10 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.15 0.11 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.15 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.14 0.10 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.12 0.09 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.16 0.12 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.16 0.11 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.08 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.13 0.06 0.06 0.13 0.03 0.15 0.02 0.15 0.15 0.14 0.12 0.16 0.16 0.12 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.08 0.07 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.03 0.07 0.05 0.05
C2 0.06 0.05 0.08 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06
C2' 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04
C3' 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04
C4 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
C4' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05
C5 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04
C5' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05
C6 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06
C8 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
N1 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07
N3 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05
N6 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06
N7 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04
N9 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04
O2' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06
O3' 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04
O4' 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.09 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.06
O5' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
OP1 0.10 0.14 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11
OP2 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.07 0.09 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
OP1 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00