ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.037, 0.064, 0.091, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.064 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.027, 0.059, 0.090, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.059 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.052, 0.089, 0.126, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.089 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.236, 0.407, 0.578, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.407 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.258, 0.439, 0.619, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.439 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.173, 0.397, 0.621, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.397 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.235, 0.500, 0.766, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.500 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.400, 0.728, 1.056, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.728 std_dev=0.328
O6 B 0, 0.315, 0.656, 0.996, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.656 std_dev=0.341
O4' A 0, 0.293, 0.657, 1.020, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.657 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.456, 0.828, 1.199, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.828 std_dev=0.371
C2' A 0, 0.256, 0.630, 1.004, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.630 std_dev=0.374
N7 B 0, 0.383, 0.769, 1.155, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.769 std_dev=0.386
N9 B 0, 0.363, 0.781, 1.199, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.781 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.458, 0.912, 1.367, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.912 std_dev=0.454
C2' B 0, 0.447, 0.904, 1.361, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.904 std_dev=0.457
O2' A 0, 0.324, 0.790, 1.257, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.790 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.464, 0.941, 1.418, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.941 std_dev=0.477
C4' A 0, 0.401, 0.903, 1.406, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.903 std_dev=0.502
N2 B 0, 0.561, 1.069, 1.576, 1.671 max_d=1.671 avg_d=1.069 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.462, 1.023, 1.584, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.023 std_dev=0.561
C3' A 0, 0.428, 1.000, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=1.000 std_dev=0.572
C3' B 0, 0.624, 1.278, 1.931, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.278 std_dev=0.653
O4' B 0, 0.613, 1.303, 1.993, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.303 std_dev=0.690
O3' B 0, 0.787, 1.541, 2.294, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.541 std_dev=0.753
O3' A 0, 0.586, 1.362, 2.138, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.362 std_dev=0.776
C4' B 0, 0.659, 1.444, 2.229, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.444 std_dev=0.785
O5' B 0, 0.742, 1.528, 2.314, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.528 std_dev=0.786
O5' A 0, 0.955, 1.758, 2.561, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.758 std_dev=0.803
OP2 A 0, 1.233, 2.075, 2.917, 2.744 max_d=2.744 avg_d=2.075 std_dev=0.842
OP2 B 0, 0.682, 1.549, 2.416, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.549 std_dev=0.867
P B 0, 0.622, 1.520, 2.417, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.520 std_dev=0.898
C5' A 0, 0.761, 1.662, 2.562, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.662 std_dev=0.901
C5' B 0, 0.852, 1.805, 2.757, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.805 std_dev=0.952
P A 0, 1.083, 2.053, 3.023, 2.921 max_d=2.921 avg_d=2.053 std_dev=0.970
OP1 A 0, 1.466, 2.445, 3.424, 3.314 max_d=3.314 avg_d=2.445 std_dev=0.979
OP1 B 0, 0.764, 1.748, 2.731, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.748 std_dev=0.984

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.20 0.20 0.23 0.18
C2 0.03 0.00 0.29 0.27 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.35 0.07 0.42 0.39 0.71 0.51
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.02 0.14 0.11 0.23 0.28 0.10 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.26 0.31 0.23
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.13 0.01 0.08 0.01 0.13 0.18 0.21 0.25 0.11 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.34 0.31 0.29 0.28
C4 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.05 0.47 0.43 0.67 0.53
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.20 0.17 0.09
C5 0.01 0.02 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.04 0.61 0.64 0.91 0.73
C5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.14 0.20 0.08 0.03 0.19 0.22 0.11 0.07 0.09 0.03 0.01 0.18 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.13 0.02 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.05 0.61 0.67 0.99 0.78
C8 0.01 0.02 0.11 0.18 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.19 0.05 0.63 0.63 0.77 0.68
N1 0.04 0.01 0.23 0.21 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.24 0.29 0.07 0.53 0.54 0.88 0.67
N3 0.03 0.01 0.28 0.25 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.32 0.07 0.36 0.31 0.57 0.41
N6 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.14 0.06 0.69 0.82 1.15 0.92
N7 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.14 0.03 0.69 0.77 1.01 0.84
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.44 0.39 0.54 0.45
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.14 0.06 0.09 0.07 0.15 0.07 0.24 0.27 0.12 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.10 0.31 0.15 0.15
O3' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.16 0.04 0.10 0.09 0.17 0.19 0.29 0.32 0.14 0.14 0.04 0.04 0.00 0.03 0.24 0.29 0.21 0.19
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.09 0.20 0.18 0.14
O5' 0.20 0.42 0.28 0.34 0.47 0.01 0.61 0.01 0.61 0.63 0.53 0.36 0.69 0.69 0.44 0.10 0.24 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.39 0.26 0.31 0.43 0.20 0.64 0.18 0.67 0.63 0.54 0.31 0.82 0.77 0.39 0.31 0.29 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.71 0.31 0.29 0.67 0.17 0.91 0.29 0.99 0.77 0.88 0.57 1.15 1.01 0.54 0.15 0.21 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.51 0.23 0.28 0.53 0.09 0.73 0.03 0.78 0.68 0.67 0.41 0.92 0.84 0.45 0.15 0.19 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.20 0.14 0.14 0.13 0.18 0.12 0.15 0.15 0.13 0.19 0.29 0.16 0.11 0.13 0.21 0.19 0.19 0.27 0.15 0.16 0.25 0.17
C2 0.18 0.16 0.11 0.10 0.18 0.16 0.18 0.13 0.17 0.19 0.15 0.15 0.17 0.19 0.19 0.10 0.13 0.20 0.25 0.18 0.29 0.22 0.13
C2' 0.26 0.48 0.21 0.18 0.42 0.14 0.43 0.13 0.45 0.34 0.47 0.50 0.46 0.39 0.35 0.12 0.17 0.20 0.18 0.46 0.30 0.32 0.20
C3' 0.35 0.45 0.29 0.24 0.43 0.22 0.41 0.21 0.42 0.37 0.43 0.47 0.46 0.39 0.39 0.23 0.21 0.30 0.22 0.41 0.31 0.32 0.25
C4 0.14 0.15 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.09 0.13 0.13 0.14 0.18 0.15 0.12 0.13 0.13 0.17 0.15 0.24 0.13 0.21 0.24 0.14
C4' 0.19 0.26 0.13 0.12 0.20 0.14 0.17 0.12 0.18 0.17 0.22 0.33 0.25 0.16 0.18 0.15 0.18 0.18 0.19 0.16 0.19 0.24 0.16
C5 0.14 0.15 0.11 0.12 0.14 0.13 0.13 0.10 0.14 0.13 0.15 0.18 0.15 0.13 0.14 0.13 0.19 0.15 0.24 0.14 0.20 0.24 0.15
C5' 0.24 0.20 0.17 0.14 0.19 0.20 0.14 0.18 0.11 0.19 0.14 0.26 0.22 0.16 0.20 0.23 0.16 0.24 0.18 0.09 0.28 0.28 0.21
C6 0.15 0.15 0.09 0.10 0.15 0.13 0.15 0.10 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.10 0.17 0.17 0.24 0.17 0.23 0.22 0.13
C8 0.17 0.18 0.15 0.17 0.13 0.18 0.12 0.16 0.14 0.13 0.18 0.26 0.15 0.12 0.14 0.20 0.23 0.18 0.27 0.14 0.17 0.27 0.19
N1 0.18 0.17 0.10 0.10 0.18 0.16 0.18 0.13 0.18 0.19 0.17 0.16 0.18 0.19 0.19 0.10 0.15 0.20 0.25 0.20 0.28 0.21 0.13
N3 0.15 0.13 0.09 0.09 0.15 0.13 0.14 0.10 0.13 0.15 0.12 0.12 0.15 0.14 0.15 0.10 0.13 0.17 0.24 0.14 0.26 0.22 0.12
N6 0.15 0.16 0.10 0.11 0.16 0.13 0.16 0.10 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.11 0.19 0.17 0.24 0.19 0.23 0.23 0.13
N7 0.15 0.17 0.14 0.15 0.13 0.15 0.12 0.13 0.14 0.13 0.16 0.22 0.15 0.12 0.13 0.17 0.23 0.16 0.26 0.14 0.17 0.26 0.17
N9 0.16 0.17 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.13 0.13 0.13 0.16 0.24 0.15 0.11 0.13 0.17 0.20 0.17 0.26 0.13 0.18 0.25 0.17
O2' 0.24 0.57 0.25 0.21 0.50 0.12 0.51 0.11 0.55 0.39 0.57 0.56 0.55 0.46 0.39 0.14 0.19 0.16 0.19 0.56 0.33 0.36 0.21
O3' 0.55 0.57 0.51 0.44 0.60 0.41 0.59 0.38 0.58 0.57 0.56 0.54 0.60 0.58 0.58 0.47 0.37 0.49 0.40 0.57 0.46 0.51 0.43
O4' 0.24 0.11 0.24 0.25 0.14 0.25 0.13 0.24 0.08 0.21 0.07 0.20 0.12 0.18 0.20 0.27 0.29 0.25 0.37 0.08 0.16 0.35 0.28
O5' 0.23 0.18 0.26 0.33 0.20 0.27 0.18 0.30 0.16 0.21 0.16 0.20 0.20 0.19 0.22 0.24 0.38 0.25 0.24 0.15 0.47 0.32 0.31
OP1 0.64 0.48 0.70 0.83 0.59 0.77 0.59 0.85 0.53 0.66 0.48 0.42 0.54 0.64 0.64 0.64 0.90 0.70 0.72 0.52 0.97 0.81 0.83
OP2 0.31 0.15 0.37 0.49 0.22 0.44 0.20 0.51 0.14 0.29 0.13 0.17 0.20 0.24 0.28 0.35 0.60 0.35 0.38 0.14 0.68 0.47 0.48
P 0.38 0.23 0.43 0.54 0.32 0.49 0.31 0.55 0.26 0.38 0.22 0.20 0.29 0.35 0.37 0.40 0.61 0.42 0.41 0.25 0.71 0.52 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.28 0.16 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.21 0.03 0.43 0.24 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.21 0.17 0.09
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.07 0.13 0.09 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.22 0.06 0.20 0.25 0.16
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.22 0.01 0.42 0.22 0.12
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.27 0.01 0.48 0.30 0.17
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.12 0.07 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.28 0.01 0.50 0.33 0.18
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.26 0.02 0.46 0.25 0.17
N1 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.03 0.25 0.03 0.47 0.30 0.15
N2 0.03 0.01 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.04 0.19 0.05 0.42 0.23 0.11
N3 0.02 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.19 0.02 0.39 0.20 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.30 0.02 0.51 0.33 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.19 0.02 0.39 0.19 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.07 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.12 0.05 0.19 0.14 0.08
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.16 0.11 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02 0.20 0.09 0.31 0.30 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.25 0.23 0.10
O5' 0.10 0.21 0.17 0.22 0.22 0.02 0.27 0.01 0.28 0.26 0.25 0.19 0.19 0.30 0.19 0.12 0.20 0.04 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.02 0.31 0.00 0.53 0.39 0.22
OP1 0.28 0.43 0.21 0.20 0.42 0.13 0.48 0.07 0.50 0.46 0.47 0.42 0.39 0.51 0.39 0.19 0.31 0.25 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.24 0.17 0.25 0.22 0.12 0.30 0.05 0.33 0.25 0.30 0.23 0.20 0.33 0.19 0.14 0.30 0.23 0.02 0.39 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.09 0.16 0.12 0.04 0.17 0.02 0.18 0.17 0.15 0.11 0.10 0.21 0.11 0.08 0.22 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00