ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 7, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.038, 0.058, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.016, 0.041, 0.065, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.055, 0.117, 0.178, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.117 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.039, 0.101, 0.163, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.101 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.073, 0.157, 0.240, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.157 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.060, 0.164, 0.269, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.164 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.080, 0.188, 0.295, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.188 std_dev=0.107
N3 B 0, 0.110, 0.233, 0.356, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.233 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.089, 0.226, 0.362, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.226 std_dev=0.137
N2 B 0, 0.099, 0.248, 0.397, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.248 std_dev=0.149
C4 B 0, 0.128, 0.286, 0.445, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.286 std_dev=0.159
C5' A 0, 0.108, 0.271, 0.434, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.271 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.073, 0.245, 0.417, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.245 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.100, 0.294, 0.487, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.294 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.096, 0.290, 0.483, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.290 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.125, 0.319, 0.513, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.319 std_dev=0.194
O2' B 0, 0.121, 0.328, 0.536, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.328 std_dev=0.207
N9 B 0, 0.134, 0.346, 0.558, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.346 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.101, 0.320, 0.538, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.320 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.131, 0.357, 0.583, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.357 std_dev=0.226
O6 B 0, 0.085, 0.318, 0.551, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.318 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.111, 0.360, 0.610, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.360 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.136, 0.394, 0.652, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.394 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.136, 0.410, 0.683, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.410 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.069, 0.467, 0.864, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.467 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.029, 0.486, 0.943, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.486 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.017, 0.530, 1.042, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.530 std_dev=0.513
P A 0, -0.180, 0.411, 1.003, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.411 std_dev=0.591
O3' B 0, -0.041, 0.553, 1.147, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.553 std_dev=0.594
C5' B 0, -0.037, 0.634, 1.305, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.634 std_dev=0.671
O5' B 0, -0.057, 0.624, 1.305, 3.098 max_d=3.098 avg_d=0.624 std_dev=0.681
OP1 A 0, -0.247, 0.494, 1.235, 3.317 max_d=3.317 avg_d=0.494 std_dev=0.741
OP2 A 0, -0.271, 0.581, 1.432, 3.712 max_d=3.712 avg_d=0.581 std_dev=0.852
OP2 B 0, -0.116, 0.758, 1.632, 3.977 max_d=3.977 avg_d=0.758 std_dev=0.874
P B 0, -0.158, 0.767, 1.692, 4.206 max_d=4.206 avg_d=0.767 std_dev=0.925
OP1 B 0, -0.231, 0.862, 1.956, 4.969 max_d=4.969 avg_d=0.862 std_dev=1.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.31 0.15 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.06 0.29 0.33 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.43 0.11 0.20
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.15 0.17
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.24 0.36 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.35 0.06 0.18
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.07 0.17 0.48 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.15 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.07 0.18 0.50 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.07 0.13 0.48 0.14
N1 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.06 0.24 0.42 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.31 0.27 0.06
N6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.07 0.14 0.58 0.17
N7 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.08 0.12 0.57 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.22 0.33 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.56 0.13 0.34
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.51 0.06 0.26
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.25 0.12 0.11
O5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.31 0.29 0.43 0.40 0.24 0.35 0.17 0.15 0.18 0.13 0.24 0.31 0.14 0.12 0.22 0.56 0.51 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.33 0.11 0.15 0.36 0.06 0.48 0.22 0.50 0.48 0.42 0.27 0.58 0.57 0.33 0.13 0.06 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.04 0.20 0.17 0.04 0.18 0.11 0.01 0.12 0.14 0.06 0.06 0.17 0.19 0.04 0.34 0.26 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.11 0.14 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08 0.20 0.09 0.08 0.08 0.16 0.09 0.08
C2 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.18 0.16 0.10 0.14 0.25 0.22
C2' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.06 0.11 0.06 0.11 0.09 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.07 0.12 0.10 0.08 0.12 0.09 0.12 0.08
C3' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.08 0.15 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.08
C4 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.14 0.10 0.10 0.08 0.16 0.12
C4' 0.10 0.09 0.13 0.15 0.09 0.13 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.21 0.11 0.13 0.08 0.25 0.12 0.14
C5 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.14 0.15 0.11 0.11 0.08 0.17 0.13
C5' 0.11 0.10 0.13 0.15 0.09 0.13 0.08 0.14 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.21 0.12 0.14 0.08 0.28 0.14 0.16
C6 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.14 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.12 0.18 0.15 0.11 0.11 0.22 0.19
C8 0.09 0.10 0.11 0.13 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.19 0.11 0.08 0.11 0.14 0.10 0.07
N1 0.11 0.08 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.16 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.11 0.19 0.17 0.10 0.15 0.26 0.23
N3 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.13 0.15 0.12 0.09 0.10 0.20 0.16
N6 0.11 0.08 0.06 0.07 0.08 0.12 0.09 0.15 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.19 0.16 0.12 0.12 0.23 0.21
N7 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.16 0.13 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09
N9 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.17 0.11 0.08 0.10 0.12 0.11 0.07
O2' 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.07
O3' 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.12 0.14 0.18 0.12 0.12
O4' 0.09 0.08 0.13 0.18 0.08 0.13 0.07 0.13 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.24 0.10 0.13 0.07 0.25 0.12 0.14
O5' 0.10 0.10 0.13 0.19 0.09 0.16 0.09 0.19 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.26 0.12 0.19 0.10 0.37 0.20 0.24
OP1 0.64 0.50 0.60 0.56 0.57 0.56 0.54 0.52 0.50 0.59 0.48 0.47 0.55 0.56 0.61 0.66 0.51 0.61 0.51 0.48 0.30 0.47 0.44
OP2 0.26 0.14 0.27 0.30 0.22 0.26 0.24 0.27 0.21 0.30 0.17 0.12 0.17 0.29 0.26 0.29 0.33 0.25 0.29 0.22 0.18 0.31 0.26
P 0.41 0.31 0.38 0.35 0.37 0.34 0.36 0.32 0.32 0.41 0.30 0.28 0.35 0.39 0.40 0.43 0.32 0.39 0.33 0.31 0.16 0.32 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.05 0.01 0.05 0.13 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.04
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.13 0.07 0.14 0.14 0.12 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.14 0.09
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.15 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.02 0.07 0.00 0.08 0.15 0.10
C8 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.07 0.01 0.09 0.16 0.11
N1 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.02 0.06 0.01 0.07 0.14 0.09
N2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.03 0.04 0.01 0.06 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.02 0.04 0.01 0.04 0.13 0.08
N7 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.14 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.13 0.05 0.05
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.12 0.01 0.13 0.02 0.16 0.09 0.17 0.18 0.14 0.11 0.07 0.05 0.00 0.01 0.07 0.17 0.17 0.10 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.11 0.09
O5' 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.07 0.00 0.09 0.16 0.11
OP1 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.06 0.04 0.10 0.05 0.13 0.17 0.06 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.13 0.09 0.05 0.14 0.03 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.17 0.14 0.05 0.10 0.11 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.04 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.05 0.11 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00