ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53448

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 6, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.117, 0.212, 0.307, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.212 std_dev=0.095
C5 B 0, 0.179, 0.289, 0.400, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.289 std_dev=0.111
N1 B 0, 0.141, 0.251, 0.362, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.251 std_dev=0.111
C6 B 0, 0.172, 0.287, 0.402, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.287 std_dev=0.115
C4 B 0, 0.152, 0.270, 0.388, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.270 std_dev=0.118
C2 B 0, 0.092, 0.224, 0.357, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.224 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.094, 0.240, 0.386, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.240 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.205, 0.359, 0.513, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.359 std_dev=0.154
O6 B 0, 0.206, 0.361, 0.516, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.361 std_dev=0.155
N9 B 0, 0.145, 0.329, 0.514, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.329 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.185, 0.370, 0.556, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.370 std_dev=0.186
N2 B 0, 0.033, 0.237, 0.441, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.237 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.250, 0.504, 0.757, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.504 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.288, 0.563, 0.837, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.563 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.087, 0.362, 0.637, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.362 std_dev=0.275
C3' A 0, -0.092, 0.199, 0.490, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.199 std_dev=0.291
C2' A 0, -0.128, 0.207, 0.542, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.207 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.146, 0.494, 0.842, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.494 std_dev=0.348
O4' A 0, -0.172, 0.190, 0.552, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.190 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.449, 0.837, 1.225, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.837 std_dev=0.388
C4' A 0, -0.111, 0.284, 0.679, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.284 std_dev=0.395
OP2 A 0, 0.021, 0.430, 0.838, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.430 std_dev=0.408
O5' B 0, 0.535, 0.952, 1.370, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.952 std_dev=0.417
O4' B 0, -0.018, 0.405, 0.828, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.405 std_dev=0.423
C5' B 0, 0.667, 1.100, 1.533, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.100 std_dev=0.433
C4' B 0, 0.001, 0.444, 0.887, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.444 std_dev=0.443
O3' B 0, -0.056, 0.389, 0.835, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.389 std_dev=0.445
P B 0, 0.030, 0.530, 1.029, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.530 std_dev=0.499
O2' A 0, -0.173, 0.379, 0.931, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.379 std_dev=0.552
OP1 B 0, 0.007, 0.578, 1.149, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.578 std_dev=0.571
O5' A 0, -0.127, 0.474, 1.075, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.474 std_dev=0.601
P A 0, -0.117, 0.506, 1.130, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.506 std_dev=0.623
C5' A 0, -0.216, 0.512, 1.241, 2.788 max_d=2.788 avg_d=0.512 std_dev=0.728
OP1 A 0, -0.407, 0.713, 1.833, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.713 std_dev=1.120

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.22 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.22 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.05 0.18 0.05 0.45 0.20 0.18
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.03 0.11 0.11 0.18 0.21 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.52 0.40 0.30
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.67 0.16 0.31
C4 0.00 0.00 0.12 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.09 0.08 0.49 0.20 0.21
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08 0.10 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.21 0.16 0.05
C5 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.12 0.69 0.23 0.30
C5' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.11 0.09 0.10 0.06 0.09 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.14 0.32 0.02
C6 0.01 0.00 0.11 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.09 0.11 0.71 0.24 0.30
C8 0.01 0.01 0.11 0.03 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.06 0.13 0.17 0.70 0.23 0.32
N1 0.01 0.00 0.18 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.05 0.14 0.08 0.59 0.22 0.25
N3 0.01 0.00 0.21 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.06 0.17 0.04 0.37 0.19 0.15
N6 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.05 0.06 0.13 0.83 0.26 0.36
N7 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.07 0.17 0.83 0.25 0.37
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.09 0.44 0.20 0.19
O2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.15 0.20 0.29 0.36 0.11 0.14 0.04 0.00 0.04 0.01 0.17 0.68 0.53 0.39
O3' 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.08 0.65 0.09 0.26
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.13 0.14 0.17 0.06 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.36 0.15 0.21
O5' 0.03 0.05 0.14 0.12 0.08 0.02 0.12 0.01 0.11 0.17 0.08 0.04 0.13 0.17 0.09 0.17 0.08 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.22 0.45 0.52 0.67 0.49 0.21 0.69 0.14 0.71 0.70 0.59 0.37 0.83 0.83 0.44 0.68 0.65 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.20 0.40 0.16 0.20 0.16 0.23 0.32 0.24 0.23 0.22 0.19 0.26 0.25 0.20 0.53 0.09 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.18 0.30 0.31 0.21 0.05 0.30 0.02 0.30 0.32 0.25 0.15 0.36 0.37 0.19 0.39 0.26 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.18 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.10 0.09 0.15 0.25 0.15 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.07
C2 0.14 0.15 0.09 0.08 0.06 0.13 0.06 0.10 0.09 0.10 0.14 0.24 0.08 0.07 0.10 0.10 0.10 0.16 0.24 0.10 0.22 0.14 0.19
C2' 0.28 0.09 0.27 0.26 0.20 0.30 0.22 0.30 0.17 0.31 0.11 0.09 0.12 0.28 0.27 0.28 0.26 0.29 0.21 0.18 0.25 0.17 0.23
C3' 0.07 0.14 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.07 0.10 0.11 0.20 0.11 0.09 0.07 0.07 0.12 0.08 0.13 0.07 0.11 0.17 0.10
C4 0.08 0.17 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.10 0.09 0.15 0.24 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.13 0.10 0.14 0.09 0.11
C4' 0.33 0.40 0.32 0.37 0.35 0.39 0.33 0.42 0.35 0.29 0.38 0.42 0.38 0.30 0.32 0.31 0.35 0.38 0.44 0.34 0.40 0.50 0.42
C5 0.09 0.16 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.11 0.09 0.15 0.23 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.15 0.12 0.13 0.11 0.12
C5' 0.39 0.48 0.41 0.52 0.44 0.50 0.45 0.57 0.48 0.41 0.49 0.49 0.45 0.43 0.41 0.34 0.56 0.45 0.58 0.48 0.58 0.69 0.58
C6 0.12 0.15 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.12 0.09 0.16 0.22 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.13 0.20 0.14 0.17 0.13 0.16
C8 0.07 0.16 0.06 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.11 0.09 0.15 0.24 0.12 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.09 0.12 0.09 0.11 0.07
N1 0.14 0.14 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07 0.08 0.11 0.10 0.15 0.23 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.16 0.25 0.13 0.21 0.15 0.19
N3 0.10 0.17 0.08 0.08 0.06 0.11 0.06 0.08 0.09 0.10 0.14 0.24 0.12 0.08 0.08 0.09 0.11 0.11 0.17 0.09 0.18 0.10 0.14
N6 0.12 0.14 0.06 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.14 0.10 0.17 0.20 0.07 0.09 0.10 0.07 0.12 0.13 0.21 0.17 0.17 0.14 0.16
N7 0.08 0.16 0.06 0.09 0.07 0.05 0.09 0.07 0.12 0.09 0.16 0.23 0.10 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.13 0.10 0.11 0.09
N9 0.07 0.17 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.09 0.15 0.24 0.13 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.11 0.10 0.07
O2' 0.65 0.33 0.64 0.67 0.53 0.74 0.55 0.76 0.48 0.68 0.38 0.21 0.40 0.64 0.63 0.65 0.66 0.70 0.60 0.49 0.64 0.55 0.62
O3' 0.07 0.16 0.11 0.20 0.07 0.14 0.07 0.21 0.06 0.12 0.11 0.23 0.14 0.12 0.07 0.07 0.32 0.08 0.12 0.07 0.16 0.12 0.11
O4' 0.38 0.45 0.38 0.42 0.40 0.42 0.38 0.45 0.40 0.33 0.43 0.48 0.44 0.34 0.37 0.39 0.38 0.42 0.39 0.39 0.35 0.47 0.38
O5' 0.21 0.31 0.25 0.37 0.26 0.34 0.28 0.41 0.30 0.23 0.32 0.33 0.28 0.26 0.23 0.20 0.41 0.27 0.40 0.31 0.44 0.51 0.41
OP1 0.23 0.30 0.22 0.34 0.21 0.47 0.21 0.58 0.26 0.17 0.30 0.35 0.25 0.17 0.19 0.24 0.39 0.38 0.57 0.27 0.69 0.55 0.59
OP2 0.23 0.42 0.24 0.28 0.30 0.26 0.29 0.30 0.34 0.20 0.40 0.49 0.37 0.23 0.24 0.24 0.28 0.25 0.29 0.34 0.27 0.37 0.28
P 0.19 0.16 0.21 0.35 0.16 0.38 0.15 0.47 0.15 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.17 0.19 0.40 0.29 0.47 0.15 0.55 0.54 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.15 0.08
C2 0.03 0.00 0.15 0.16 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.27 0.01 0.20 0.20 0.21
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.06 0.12 0.18 0.14 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.17 0.07 0.16 0.10 0.12
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.06 0.09 0.08 0.14 0.20 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.08 0.22 0.08 0.16
C4 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.29 0.01 0.21 0.18 0.21
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.07 0.08 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.38 0.00 0.28 0.25 0.29
C5' 0.03 0.15 0.03 0.06 0.13 0.01 0.15 0.00 0.16 0.13 0.16 0.15 0.13 0.15 0.10 0.05 0.10 0.01 0.01 0.17 0.12 0.31 0.02
C6 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.39 0.00 0.30 0.29 0.32
C8 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.38 0.01 0.27 0.19 0.26
N1 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.01 0.34 0.00 0.25 0.25 0.27
N2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.23 0.01 0.24 0.01 0.17 0.18 0.19
N3 0.02 0.00 0.14 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.23 0.01 0.17 0.16 0.17
N7 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.42 0.01 0.32 0.28 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.27 0.01 0.19 0.15 0.18
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.13 0.19 0.14 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.11 0.05
O3' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.08 0.04 0.07 0.10 0.10 0.09 0.15 0.23 0.15 0.07 0.03 0.05 0.00 0.03 0.14 0.09 0.19 0.08 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.23 0.08
O5' 0.12 0.27 0.17 0.23 0.29 0.02 0.38 0.01 0.39 0.38 0.34 0.24 0.23 0.42 0.27 0.06 0.14 0.06 0.00 0.43 0.05 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.43 0.00 0.34 0.34 0.36
OP1 0.11 0.20 0.16 0.22 0.21 0.08 0.28 0.12 0.30 0.27 0.25 0.17 0.17 0.32 0.19 0.09 0.19 0.06 0.05 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.20 0.10 0.08 0.18 0.21 0.25 0.31 0.29 0.19 0.25 0.18 0.16 0.28 0.15 0.11 0.08 0.23 0.02 0.34 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.21 0.12 0.16 0.21 0.03 0.29 0.02 0.32 0.26 0.27 0.19 0.17 0.33 0.18 0.05 0.11 0.08 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00