ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53449

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 2, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.021, 0.034, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.039, 0.071, 0.104, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.071 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.024, 0.098, 0.171, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.098 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.033, 0.108, 0.183, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.108 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.059, 0.173, 0.288, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.173 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.062, 0.181, 0.300, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.181 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.105, 0.234, 0.364, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.234 std_dev=0.130
N3 B 0, 0.138, 0.306, 0.473, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.306 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.221, 0.398, 0.576, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.398 std_dev=0.178
N2 B 0, 0.274, 0.459, 0.644, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.459 std_dev=0.185
C5' A 0, 0.099, 0.285, 0.471, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.285 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.187, 0.400, 0.613, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.268, 0.497, 0.727, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.497 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.118, 0.368, 0.618, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.368 std_dev=0.250
O5' A 0, 0.180, 0.441, 0.702, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.441 std_dev=0.261
N1 B 0, 0.225, 0.499, 0.773, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.499 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.150, 0.431, 0.712, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.431 std_dev=0.281
P A 0, 0.404, 0.696, 0.988, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.696 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.190, 0.499, 0.808, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.499 std_dev=0.309
N9 B 0, 0.103, 0.418, 0.733, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.418 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.140, 0.486, 0.832, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.486 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.494, 0.847, 1.201, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.847 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.174, 0.547, 0.920, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.547 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.124, 0.545, 0.966, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.545 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.485, 0.922, 1.359, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.922 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.135, 0.580, 1.025, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.580 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.650, 1.126, 1.601, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.126 std_dev=0.475
O3' B 0, 0.531, 1.014, 1.496, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.014 std_dev=0.483
C3' B 0, 0.273, 0.765, 1.257, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.765 std_dev=0.492
O6 B 0, 0.206, 0.700, 1.194, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.700 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.769, 1.386, 2.003, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.386 std_dev=0.617
P B 0, 0.568, 1.227, 1.886, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.227 std_dev=0.659
OP1 B 0, 0.553, 1.394, 2.235, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.394 std_dev=0.841
OP2 B 0, 0.262, 1.141, 2.020, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.141 std_dev=0.879
OP2 A 0, 0.329, 1.268, 2.208, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.268 std_dev=0.940
OP1 A 0, 0.200, 1.143, 2.086, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.143 std_dev=0.943

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.17 0.38 0.14
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.07 0.05 0.06 0.51 0.33 0.17
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.17 0.09
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.11 0.14 0.09 0.06 0.12 0.15 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.06 0.48 0.31 0.16
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.01 0.01 0.02 0.23 0.31 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.06 0.65 0.25 0.18
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.09 0.04 0.02 0.02 0.39 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.04 0.06 0.71 0.25 0.19
C8 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.16 0.03 0.07 0.57 0.24 0.17
N1 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.10 0.05 0.06 0.63 0.28 0.18
N3 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.04 0.06 0.41 0.35 0.16
N6 0.03 0.01 0.04 0.12 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.15 0.05 0.07 0.83 0.22 0.21
N7 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.18 0.03 0.08 0.71 0.20 0.18
N9 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.06 0.40 0.31 0.15
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.02 0.12 0.13 0.09 0.03 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.12 0.19 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.13 0.04 0.13 0.16 0.10 0.06 0.15 0.18 0.08 0.03 0.00 0.02 0.06 0.35 0.18 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.51 0.14
O5' 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.51 0.10 0.10 0.48 0.23 0.65 0.39 0.71 0.57 0.63 0.41 0.83 0.71 0.40 0.12 0.35 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.33 0.17 0.06 0.31 0.31 0.25 0.30 0.25 0.24 0.28 0.35 0.22 0.20 0.31 0.19 0.18 0.51 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.09 0.03 0.16 0.04 0.18 0.02 0.19 0.17 0.18 0.16 0.21 0.18 0.15 0.05 0.12 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.09 0.17 0.15 0.15 0.20 0.16 0.22 0.13 0.20 0.10 0.10 0.11 0.18 0.18 0.16 0.13 0.22 0.19 0.12 0.41 0.22 0.22
C2 0.15 0.09 0.16 0.15 0.09 0.15 0.08 0.17 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.13 0.16 0.21 0.18 0.08 0.20 0.18 0.14
C2' 0.22 0.12 0.16 0.14 0.19 0.18 0.20 0.21 0.17 0.24 0.13 0.11 0.14 0.22 0.22 0.17 0.18 0.23 0.19 0.17 0.37 0.22 0.22
C3' 0.21 0.11 0.17 0.15 0.17 0.19 0.19 0.24 0.15 0.24 0.12 0.13 0.12 0.22 0.21 0.18 0.18 0.22 0.22 0.16 0.41 0.26 0.26
C4 0.14 0.08 0.15 0.12 0.12 0.13 0.11 0.14 0.09 0.14 0.08 0.11 0.09 0.13 0.14 0.11 0.09 0.18 0.14 0.09 0.22 0.16 0.11
C4' 0.20 0.10 0.17 0.16 0.16 0.20 0.17 0.25 0.14 0.22 0.11 0.11 0.12 0.20 0.20 0.17 0.16 0.22 0.23 0.14 0.47 0.28 0.29
C5 0.11 0.10 0.13 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.08 0.17 0.16 0.10 0.14 0.24 0.18
C5' 0.21 0.10 0.17 0.16 0.18 0.20 0.19 0.25 0.15 0.24 0.11 0.10 0.12 0.22 0.21 0.17 0.17 0.22 0.23 0.15 0.45 0.28 0.28
C6 0.09 0.11 0.12 0.08 0.10 0.12 0.10 0.16 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.19 0.20 0.11 0.15 0.31 0.25
C8 0.16 0.10 0.16 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.12 0.18 0.11 0.11 0.12 0.17 0.17 0.14 0.13 0.17 0.14 0.12 0.20 0.20 0.15
N1 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.17 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.21 0.21 0.11 0.16 0.28 0.23
N3 0.16 0.08 0.17 0.16 0.10 0.16 0.10 0.17 0.08 0.13 0.08 0.11 0.08 0.11 0.13 0.14 0.14 0.20 0.16 0.07 0.27 0.13 0.11
N6 0.08 0.14 0.11 0.07 0.10 0.14 0.11 0.19 0.13 0.09 0.15 0.16 0.11 0.10 0.08 0.08 0.07 0.21 0.24 0.14 0.20 0.41 0.34
N7 0.13 0.11 0.14 0.10 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.11 0.17 0.16 0.11 0.14 0.26 0.20
N9 0.18 0.09 0.17 0.14 0.15 0.16 0.15 0.16 0.12 0.19 0.10 0.10 0.11 0.17 0.18 0.14 0.11 0.19 0.15 0.11 0.28 0.16 0.13
O2' 0.33 0.20 0.25 0.23 0.29 0.35 0.30 0.37 0.27 0.34 0.23 0.16 0.22 0.33 0.32 0.25 0.17 0.38 0.35 0.28 0.57 0.40 0.41
O3' 0.24 0.13 0.19 0.18 0.20 0.23 0.22 0.29 0.18 0.28 0.14 0.14 0.14 0.26 0.23 0.20 0.20 0.25 0.28 0.19 0.47 0.33 0.33
O4' 0.20 0.10 0.18 0.16 0.16 0.21 0.16 0.24 0.13 0.21 0.10 0.10 0.11 0.19 0.19 0.17 0.14 0.22 0.21 0.13 0.46 0.26 0.26
O5' 0.23 0.10 0.17 0.14 0.19 0.19 0.20 0.23 0.16 0.26 0.12 0.10 0.13 0.24 0.23 0.16 0.14 0.23 0.20 0.16 0.40 0.22 0.22
OP1 0.50 0.66 0.32 0.19 0.64 0.25 0.66 0.24 0.69 0.58 0.69 0.67 0.64 0.62 0.58 0.29 0.23 0.43 0.26 0.70 0.29 0.26 0.24
OP2 0.23 0.21 0.30 0.22 0.24 0.14 0.24 0.12 0.22 0.25 0.22 0.22 0.23 0.24 0.25 0.32 0.18 0.14 0.11 0.21 0.22 0.17 0.12
P 0.28 0.21 0.22 0.16 0.28 0.19 0.29 0.21 0.27 0.32 0.23 0.18 0.24 0.31 0.30 0.21 0.13 0.25 0.20 0.27 0.34 0.22 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.03 0.08 0.27 0.18
C2 0.07 0.00 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.14 0.22 0.01 0.23 0.43 0.33
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.13 0.13 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.20 0.12 0.09
C4 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.21 0.02 0.21 0.41 0.31
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.12 0.09 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.20 0.01 0.26 0.46 0.33
C5' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.12 0.09 0.14 0.15 0.14 0.11 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.03 0.02
C6 0.04 0.02 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.06 0.21 0.01 0.29 0.48 0.35
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.19 0.03 0.24 0.42 0.28
N1 0.07 0.01 0.07 0.08 0.03 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.12 0.12 0.23 0.02 0.27 0.47 0.36
N2 0.09 0.01 0.09 0.08 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.17 0.23 0.02 0.22 0.42 0.33
N3 0.07 0.01 0.07 0.06 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.14 0.22 0.01 0.20 0.40 0.31
N7 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.20 0.03 0.29 0.48 0.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.02 0.18 0.37 0.27
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.21 0.10 0.05
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.03 0.11 0.01 0.13 0.07 0.12 0.12 0.08 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.09 0.15 0.38 0.30 0.23
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.12 0.17 0.14 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.04 0.08 0.26 0.19
O5' 0.12 0.22 0.06 0.03 0.21 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.23 0.23 0.22 0.20 0.19 0.04 0.09 0.08 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.15 0.04 0.19 0.00 0.31 0.49 0.34
OP1 0.08 0.23 0.13 0.20 0.21 0.12 0.26 0.10 0.29 0.24 0.27 0.22 0.20 0.29 0.18 0.21 0.38 0.08 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.43 0.13 0.12 0.41 0.09 0.46 0.03 0.48 0.42 0.47 0.42 0.40 0.48 0.37 0.10 0.30 0.26 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.07 0.09 0.31 0.05 0.33 0.02 0.35 0.28 0.36 0.33 0.31 0.32 0.27 0.05 0.23 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00