Doublet Group distance statistics: 53451

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.012, 0.018, 0.048, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.018 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.006, 0.039, 0.073, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.039 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.001, 0.035, 0.069, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.035 std_dev=0.034
N3 A 0, -0.007, 0.028, 0.063, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.028 std_dev=0.035
C1' A 0, -0.012, 0.027, 0.067, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.027 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.019, 0.059, 0.099, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.059 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.028, 0.080, 0.133, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.080 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.018, 0.078, 0.138, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.078 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.118, 0.235, 0.353, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.235 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.095, 0.222, 0.348, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.222 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.160, 0.294, 0.429, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.294 std_dev=0.134
O2' B 0, 0.232, 0.383, 0.534, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.383 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.205, 0.360, 0.515, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.360 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.208, 0.374, 0.539, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.374 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.171, 0.376, 0.580, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.376 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.203, 0.423, 0.644, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.423 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.234, 0.495, 0.756, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.495 std_dev=0.261
O3' A 0, 0.277, 0.548, 0.820, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.548 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.141, 0.414, 0.686, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.414 std_dev=0.273
N9 B 0, 0.180, 0.464, 0.749, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.464 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.163, 0.459, 0.756, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.459 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.236, 0.539, 0.842, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.539 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.195, 0.506, 0.816, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.506 std_dev=0.310
N2 B 0, 0.267, 0.577, 0.888, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.577 std_dev=0.310
C5' A 0, 0.337, 0.648, 0.959, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.648 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.194, 0.529, 0.865, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.529 std_dev=0.335
N1 B 0, 0.229, 0.591, 0.952, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.591 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.209, 0.579, 0.949, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.579 std_dev=0.370
O3' B 0, 0.300, 0.674, 1.048, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.674 std_dev=0.374
C8 B 0, 0.216, 0.604, 0.992, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.604 std_dev=0.388
O5' A 0, 0.438, 0.828, 1.218, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.828 std_dev=0.390
C6 B 0, 0.236, 0.634, 1.032, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.634 std_dev=0.398
N7 B 0, 0.233, 0.671, 1.108, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.671 std_dev=0.437
C5' B 0, 0.238, 0.694, 1.149, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.694 std_dev=0.455
O6 B 0, 0.267, 0.736, 1.204, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.736 std_dev=0.468
O5' B 0, 0.213, 0.724, 1.235, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.724 std_dev=0.511
P B 0, 0.228, 0.841, 1.454, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.841 std_dev=0.613
OP2 B 0, 0.312, 0.928, 1.543, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.928 std_dev=0.615
OP1 B 0, 0.289, 1.006, 1.722, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.006 std_dev=0.717
P A 0, 0.707, 1.577, 2.448, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.577 std_dev=0.871
OP2 A 0, 0.902, 1.933, 2.964, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.933 std_dev=1.031
OP1 A 0, 0.789, 1.840, 2.891, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.840 std_dev=1.051

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.13 0.19 0.20
C2 0.07 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.15 0.09 0.24 0.21 0.36 0.34
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.15 0.09 0.15
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.04 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.22 0.20 0.07 0.15
C4 0.03 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.25 0.22 0.35 0.33
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.11 0.13 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.29 0.30 0.42 0.39
C5' 0.03 0.12 0.03 0.04 0.11 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.10 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.25 0.04
C6 0.04 0.01 0.07 0.12 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.14 0.03 0.29 0.31 0.44 0.40
C8 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.06 0.29 0.29 0.38 0.36
N1 0.05 0.01 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.15 0.06 0.27 0.27 0.41 0.37
N3 0.07 0.00 0.11 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.10 0.22 0.18 0.33 0.31
N6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.31 0.36 0.48 0.42
N7 0.02 0.02 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.05 0.31 0.35 0.45 0.40
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.23 0.20 0.30 0.30
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.15 0.04 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.00 0.10 0.02 0.11 0.04 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.16 0.29 0.18 0.16
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.12 0.14 0.19 0.19
O5' 0.15 0.24 0.18 0.22 0.25 0.02 0.29 0.01 0.29 0.29 0.27 0.22 0.31 0.31 0.23 0.07 0.16 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.13 0.21 0.15 0.20 0.22 0.11 0.30 0.09 0.31 0.29 0.27 0.18 0.36 0.35 0.20 0.15 0.29 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.36 0.09 0.07 0.35 0.13 0.42 0.25 0.44 0.38 0.41 0.33 0.48 0.45 0.30 0.04 0.18 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.34 0.15 0.15 0.33 0.04 0.39 0.04 0.40 0.36 0.37 0.31 0.42 0.40 0.30 0.06 0.16 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.15 0.10 0.14 0.09 0.14 0.14 0.15 0.12 0.18 0.23 0.17 0.12 0.12 0.14 0.15 0.15 0.09 0.14 0.23 0.07 0.13
C2 0.13 0.26 0.18 0.15 0.18 0.14 0.19 0.15 0.22 0.15 0.25 0.31 0.22 0.16 0.15 0.15 0.19 0.18 0.13 0.22 0.13 0.20 0.13
C2' 0.16 0.09 0.10 0.11 0.11 0.22 0.12 0.29 0.10 0.19 0.08 0.12 0.09 0.17 0.15 0.13 0.10 0.26 0.26 0.11 0.40 0.26 0.31
C3' 0.21 0.10 0.10 0.14 0.14 0.30 0.17 0.41 0.13 0.25 0.10 0.14 0.10 0.23 0.20 0.12 0.09 0.34 0.38 0.15 0.57 0.40 0.46
C4 0.09 0.22 0.15 0.11 0.12 0.14 0.12 0.17 0.16 0.09 0.20 0.28 0.17 0.10 0.09 0.16 0.16 0.19 0.10 0.16 0.19 0.08 0.13
C4' 0.12 0.16 0.12 0.07 0.09 0.17 0.10 0.26 0.10 0.13 0.14 0.22 0.13 0.11 0.10 0.13 0.14 0.22 0.23 0.11 0.41 0.25 0.31
C5 0.10 0.26 0.15 0.10 0.14 0.14 0.15 0.19 0.19 0.12 0.25 0.33 0.19 0.12 0.11 0.16 0.15 0.21 0.11 0.20 0.21 0.09 0.14
C5' 0.15 0.17 0.10 0.07 0.10 0.23 0.10 0.34 0.11 0.16 0.15 0.24 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.29 0.30 0.11 0.50 0.33 0.40
C6 0.12 0.31 0.17 0.12 0.19 0.14 0.21 0.18 0.25 0.16 0.31 0.39 0.23 0.18 0.15 0.16 0.16 0.21 0.12 0.26 0.18 0.15 0.13
C8 0.09 0.22 0.14 0.08 0.11 0.14 0.11 0.20 0.15 0.10 0.20 0.29 0.17 0.09 0.09 0.15 0.13 0.20 0.13 0.15 0.28 0.09 0.18
N1 0.14 0.32 0.18 0.14 0.21 0.14 0.23 0.16 0.27 0.18 0.32 0.40 0.25 0.20 0.17 0.15 0.18 0.20 0.14 0.28 0.14 0.21 0.14
N3 0.10 0.20 0.17 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.10 0.19 0.25 0.17 0.11 0.10 0.15 0.18 0.17 0.10 0.15 0.13 0.13 0.10
N6 0.13 0.34 0.16 0.11 0.21 0.15 0.23 0.19 0.29 0.18 0.35 0.44 0.25 0.20 0.16 0.16 0.16 0.22 0.13 0.30 0.20 0.16 0.14
N7 0.10 0.25 0.15 0.09 0.13 0.15 0.13 0.21 0.18 0.11 0.24 0.33 0.18 0.11 0.10 0.16 0.14 0.21 0.13 0.18 0.27 0.08 0.17
N9 0.09 0.20 0.14 0.09 0.11 0.13 0.11 0.18 0.13 0.09 0.18 0.25 0.16 0.09 0.08 0.15 0.14 0.18 0.11 0.13 0.24 0.07 0.15
O2' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.13 0.09 0.18 0.09 0.13 0.09 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.08 0.15 0.18 0.10 0.30 0.20 0.22
O3' 0.24 0.10 0.12 0.18 0.18 0.34 0.22 0.48 0.19 0.31 0.13 0.11 0.12 0.29 0.24 0.11 0.09 0.37 0.48 0.21 0.70 0.54 0.58
O4' 0.12 0.25 0.19 0.14 0.18 0.09 0.18 0.15 0.20 0.14 0.24 0.30 0.22 0.16 0.14 0.17 0.21 0.15 0.09 0.20 0.25 0.10 0.15
O5' 0.14 0.35 0.21 0.11 0.21 0.17 0.20 0.29 0.25 0.14 0.32 0.44 0.30 0.15 0.15 0.24 0.15 0.22 0.24 0.24 0.48 0.26 0.34
OP1 0.21 0.32 0.13 0.15 0.12 0.42 0.11 0.61 0.16 0.24 0.27 0.47 0.23 0.18 0.16 0.17 0.09 0.43 0.56 0.15 0.90 0.63 0.72
OP2 0.06 0.54 0.26 0.13 0.28 0.19 0.26 0.37 0.38 0.06 0.51 0.69 0.42 0.13 0.12 0.31 0.20 0.22 0.28 0.37 0.60 0.30 0.42
P 0.11 0.49 0.26 0.13 0.27 0.20 0.25 0.36 0.34 0.11 0.46 0.62 0.39 0.14 0.14 0.29 0.19 0.22 0.29 0.34 0.58 0.32 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.16 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.02 0.09 0.03 0.12 0.22 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.08 0.04
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.08 0.09 0.13 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.13 0.22 0.13
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.13 0.01 0.17 0.26 0.16
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.18 0.26 0.17
C8 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.14 0.03 0.18 0.25 0.17
N1 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.10 0.03 0.15 0.24 0.14
N2 0.04 0.01 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.18 0.03 0.08 0.04 0.10 0.21 0.11
N3 0.03 0.01 0.09 0.10 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.09 0.02 0.10 0.21 0.11
N7 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.03 0.15 0.03 0.20 0.28 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.12 0.21 0.13
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.12 0.09 0.13 0.18 0.13 0.11 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.14 0.14 0.18 0.12
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.04 0.06 0.17 0.10
O5' 0.09 0.09 0.04 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.12 0.14 0.10 0.08 0.09 0.15 0.11 0.04 0.10 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.03 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.14 0.04 0.15 0.00 0.22 0.30 0.21
OP1 0.07 0.12 0.07 0.09 0.13 0.06 0.17 0.07 0.18 0.18 0.15 0.10 0.10 0.20 0.12 0.08 0.14 0.06 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.22 0.08 0.09 0.22 0.03 0.26 0.02 0.26 0.25 0.24 0.21 0.21 0.28 0.21 0.06 0.18 0.17 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.04 0.06 0.13 0.02 0.16 0.02 0.17 0.17 0.14 0.11 0.11 0.19 0.13 0.05 0.12 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00