ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53456

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.005, 0.032, 0.059, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.010, 0.053, 0.097, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.053 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.007, 0.054, 0.101, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.054 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.026, 0.088, 0.149, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.088 std_dev=0.061
C5' A 0, 0.025, 0.093, 0.162, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.093 std_dev=0.069
O2' B 0, 0.054, 0.133, 0.212, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.133 std_dev=0.079
C1' B 0, 0.078, 0.157, 0.237, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.157 std_dev=0.079
C2' B 0, 0.078, 0.158, 0.237, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.158 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.003, 0.086, 0.170, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.086 std_dev=0.083
O4' B 0, 0.076, 0.171, 0.266, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.171 std_dev=0.095
N3 B 0, 0.076, 0.174, 0.271, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.174 std_dev=0.097
N9 B 0, 0.079, 0.176, 0.273, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.176 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.121, 0.219, 0.316, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.219 std_dev=0.098
O5' A 0, -0.004, 0.095, 0.194, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.095 std_dev=0.099
C4 B 0, 0.080, 0.181, 0.283, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.181 std_dev=0.101
P A 0, 0.069, 0.172, 0.274, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.172 std_dev=0.102
C3' B 0, 0.102, 0.208, 0.313, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.208 std_dev=0.105
C2 B 0, 0.083, 0.190, 0.297, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.190 std_dev=0.107
N1 B 0, 0.122, 0.236, 0.351, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.236 std_dev=0.115
N2 B 0, 0.083, 0.199, 0.315, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.199 std_dev=0.116
C5 B 0, 0.113, 0.230, 0.346, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.230 std_dev=0.117
C4' B 0, 0.088, 0.208, 0.328, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.208 std_dev=0.120
C8 B 0, 0.092, 0.212, 0.333, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.212 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.143, 0.269, 0.394, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.269 std_dev=0.126
N7 B 0, 0.122, 0.254, 0.386, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.254 std_dev=0.132
OP1 A 0, 0.097, 0.248, 0.398, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.248 std_dev=0.150
O6 B 0, 0.188, 0.341, 0.494, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.341 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.113, 0.269, 0.424, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.269 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.124, 0.302, 0.479, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.302 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.160, 0.342, 0.524, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.342 std_dev=0.182
P B 0, 0.158, 0.355, 0.553, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.355 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.175, 0.383, 0.591, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.383 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.150, 0.376, 0.602, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.376 std_dev=0.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.16 0.13 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.06 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.14 0.13 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.13 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.13 0.14 0.07
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.14 0.14 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.11 0.15 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.15 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.16 0.13 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.13 0.15 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.11 0.15 0.09
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.13 0.13 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.22 0.11 0.11
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.24 0.10 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.13 0.06
O5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.09 0.09 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.16 0.19 0.19 0.14 0.13 0.13 0.06 0.14 0.11 0.15 0.16 0.13 0.11 0.13 0.22 0.24 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.13 0.06 0.03 0.13 0.04 0.14 0.01 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.15 0.13 0.11 0.10 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.11 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.08 0.09 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.12 0.04 0.07 0.06 0.06 0.10 0.08
C2 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.10 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06
C2' 0.04 0.03 0.09 0.09 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.10 0.12 0.04 0.06 0.03 0.06 0.09 0.07
C3' 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.10 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04
C4 0.04 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.10 0.11 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06
C4' 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04
C5 0.04 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.10 0.11 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06
C5' 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04
C6 0.04 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.11 0.11 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06
C8 0.04 0.05 0.09 0.09 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.12 0.04 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07
N1 0.05 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.10 0.10 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06
N3 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06
N6 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.11 0.11 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06
N7 0.04 0.05 0.09 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.10 0.12 0.04 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07
N9 0.04 0.05 0.08 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.12 0.04 0.06 0.05 0.06 0.10 0.07
O2' 0.04 0.07 0.09 0.09 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.07 0.05 0.04 0.11 0.13 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06
O3' 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04
O4' 0.04 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.05 0.11 0.04 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07
O5' 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
OP1 0.24 0.21 0.21 0.20 0.21 0.22 0.19 0.21 0.18 0.19 0.19 0.21 0.23 0.18 0.22 0.24 0.18 0.24 0.21 0.17 0.17 0.19 0.19
OP2 0.09 0.07 0.09 0.13 0.06 0.13 0.07 0.15 0.09 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.12 0.16 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.14
P 0.10 0.06 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.05 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.06
O5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03
OP1 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.07 0.05 0.03 0.07 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00