ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 5, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.019, 0.033, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.020, 0.035, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.021, 0.049, 0.076, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.049 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.038, 0.120, 0.203, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.120 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.011, 0.100, 0.189, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.100 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.062, 0.165, 0.267, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.165 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.088, 0.228, 0.369, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.228 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.106, 0.256, 0.406, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.256 std_dev=0.150
N9 B 0, 0.257, 0.428, 0.599, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.428 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.133, 0.319, 0.505, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.319 std_dev=0.186
C2' B 0, 0.172, 0.380, 0.587, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.380 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.125, 0.333, 0.541, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.333 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.250, 0.489, 0.728, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.489 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.269, 0.516, 0.763, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.516 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.068, 0.334, 0.601, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.334 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.167, 0.435, 0.703, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.435 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.209, 0.480, 0.751, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.480 std_dev=0.271
C8 B 0, 0.399, 0.700, 1.000, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.700 std_dev=0.300
N2 B 0, 0.384, 0.698, 1.012, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.698 std_dev=0.314
C5 B 0, 0.252, 0.585, 0.918, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.585 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.327, 0.686, 1.044, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.686 std_dev=0.358
N7 B 0, 0.416, 0.792, 1.168, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.792 std_dev=0.376
C6 B 0, 0.327, 0.747, 1.166, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.747 std_dev=0.420
C3' B 0, 0.291, 0.739, 1.187, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.739 std_dev=0.448
O6 B 0, 0.491, 1.032, 1.572, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.032 std_dev=0.540
O4' B 0, 0.463, 1.011, 1.559, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.011 std_dev=0.548
C4' B 0, 0.375, 0.944, 1.513, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.944 std_dev=0.569
O3' B 0, 0.354, 0.996, 1.638, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.996 std_dev=0.642
OP2 A 0, 0.905, 1.805, 2.706, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.805 std_dev=0.901
O5' B 0, 0.678, 1.612, 2.545, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.612 std_dev=0.933
C5' B 0, 0.626, 1.571, 2.517, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.571 std_dev=0.946
P A 0, 0.794, 1.769, 2.743, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.769 std_dev=0.975
O5' A 0, 0.694, 1.702, 2.711, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.702 std_dev=1.008
OP2 B 0, 0.922, 2.210, 3.497, 3.489 max_d=3.489 avg_d=2.210 std_dev=1.288
P B 0, 0.880, 2.226, 3.573, 3.463 max_d=3.463 avg_d=2.226 std_dev=1.346
OP1 B 0, 1.052, 2.732, 4.412, 4.264 max_d=4.264 avg_d=2.732 std_dev=1.680
OP1 A 0, 1.727, 3.617, 5.507, 5.469 max_d=5.469 avg_d=3.617 std_dev=1.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.59 0.19 0.21
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.31 1.06 0.38 0.46
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.46 0.18 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.13 0.09 0.13 0.11 0.14 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.25 0.38 0.26 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.31 1.06 0.34 0.46
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.21 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.40 1.29 0.44 0.58
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.13 0.00 0.18 0.00 0.19 0.17 0.16 0.10 0.21 0.20 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.17 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.41 1.34 0.48 0.62
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.37 1.21 0.36 0.55
N1 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.38 1.23 0.45 0.55
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.27 0.94 0.31 0.39
N6 0.03 0.01 0.04 0.14 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.15 0.03 0.46 1.47 0.55 0.69
N7 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.43 1.39 0.45 0.64
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.28 0.95 0.28 0.41
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.11 0.12 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.09 0.28 0.14 0.11
O3' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.13 0.10 0.14 0.11 0.15 0.12 0.06 0.03 0.00 0.02 0.21 0.23 0.29 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.43 0.22 0.14
O5' 0.12 0.31 0.19 0.25 0.31 0.01 0.40 0.01 0.41 0.37 0.38 0.27 0.46 0.43 0.28 0.09 0.21 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.59 1.06 0.46 0.38 1.06 0.21 1.29 0.17 1.34 1.21 1.23 0.94 1.47 1.39 0.95 0.28 0.23 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.38 0.18 0.26 0.34 0.18 0.44 0.32 0.48 0.36 0.45 0.31 0.55 0.45 0.28 0.14 0.29 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.46 0.19 0.20 0.46 0.05 0.58 0.01 0.62 0.55 0.55 0.39 0.69 0.64 0.41 0.11 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.17 0.14 0.12 0.17 0.21 0.19 0.22 0.18 0.26 0.18 0.21 0.15 0.24 0.21 0.15 0.14 0.26 0.20 0.19 0.14 0.18 0.19
C2 0.24 0.17 0.12 0.11 0.16 0.22 0.15 0.24 0.15 0.19 0.17 0.21 0.15 0.17 0.19 0.16 0.22 0.36 0.16 0.15 0.09 0.21 0.20
C2' 0.23 0.17 0.21 0.22 0.19 0.28 0.21 0.31 0.19 0.28 0.18 0.20 0.16 0.26 0.23 0.20 0.22 0.28 0.30 0.20 0.23 0.30 0.29
C3' 0.25 0.21 0.23 0.26 0.22 0.32 0.24 0.38 0.22 0.30 0.21 0.22 0.20 0.28 0.25 0.21 0.26 0.31 0.36 0.23 0.32 0.37 0.37
C4 0.25 0.18 0.08 0.10 0.17 0.25 0.17 0.26 0.17 0.22 0.18 0.22 0.16 0.19 0.21 0.08 0.18 0.35 0.19 0.17 0.11 0.21 0.21
C4' 0.21 0.18 0.17 0.18 0.18 0.24 0.19 0.28 0.18 0.26 0.18 0.22 0.16 0.24 0.21 0.17 0.19 0.25 0.28 0.19 0.24 0.27 0.27
C5 0.25 0.18 0.08 0.10 0.15 0.26 0.15 0.30 0.16 0.19 0.19 0.23 0.15 0.16 0.19 0.09 0.18 0.38 0.20 0.16 0.14 0.23 0.24
C5' 0.25 0.24 0.19 0.19 0.23 0.27 0.24 0.32 0.23 0.29 0.24 0.28 0.23 0.27 0.25 0.19 0.20 0.29 0.31 0.24 0.27 0.30 0.31
C6 0.23 0.18 0.10 0.11 0.13 0.26 0.13 0.30 0.16 0.16 0.19 0.24 0.13 0.14 0.17 0.13 0.21 0.39 0.20 0.16 0.15 0.24 0.25
C8 0.24 0.19 0.09 0.11 0.17 0.26 0.17 0.29 0.17 0.22 0.19 0.23 0.16 0.20 0.20 0.09 0.15 0.34 0.22 0.18 0.15 0.22 0.23
N1 0.23 0.17 0.13 0.11 0.13 0.24 0.13 0.27 0.15 0.16 0.18 0.23 0.13 0.13 0.17 0.16 0.22 0.38 0.17 0.16 0.13 0.23 0.24
N3 0.26 0.17 0.08 0.11 0.17 0.22 0.17 0.23 0.17 0.23 0.17 0.20 0.16 0.20 0.21 0.11 0.20 0.34 0.16 0.16 0.08 0.20 0.18
N6 0.22 0.17 0.11 0.11 0.11 0.27 0.12 0.32 0.16 0.14 0.19 0.23 0.12 0.11 0.15 0.14 0.21 0.40 0.21 0.18 0.17 0.25 0.28
N7 0.24 0.19 0.08 0.10 0.16 0.27 0.16 0.31 0.17 0.20 0.19 0.24 0.15 0.17 0.19 0.08 0.17 0.37 0.22 0.17 0.16 0.23 0.25
N9 0.24 0.18 0.10 0.11 0.17 0.24 0.18 0.26 0.18 0.24 0.18 0.23 0.16 0.21 0.21 0.09 0.15 0.32 0.20 0.18 0.13 0.20 0.21
O2' 0.11 0.18 0.18 0.20 0.13 0.18 0.15 0.21 0.15 0.21 0.16 0.23 0.16 0.19 0.14 0.16 0.25 0.14 0.24 0.16 0.17 0.24 0.21
O3' 0.22 0.19 0.25 0.32 0.21 0.34 0.23 0.42 0.21 0.29 0.19 0.20 0.19 0.28 0.24 0.22 0.36 0.28 0.43 0.22 0.43 0.44 0.44
O4' 0.22 0.17 0.15 0.12 0.17 0.21 0.19 0.23 0.18 0.26 0.18 0.22 0.15 0.23 0.21 0.16 0.14 0.25 0.21 0.19 0.18 0.19 0.20
O5' 0.40 0.24 0.24 0.21 0.32 0.38 0.33 0.41 0.30 0.40 0.26 0.20 0.28 0.38 0.37 0.24 0.17 0.48 0.37 0.30 0.31 0.34 0.36
OP1 0.84 1.11 0.66 0.45 0.98 0.55 0.97 0.50 1.04 0.85 1.10 1.18 1.05 0.90 0.88 0.68 0.29 0.76 0.48 1.04 0.27 0.45 0.42
OP2 0.44 0.36 0.28 0.25 0.40 0.44 0.42 0.50 0.40 0.46 0.37 0.33 0.37 0.45 0.43 0.26 0.16 0.53 0.43 0.41 0.40 0.43 0.46
P 0.49 0.48 0.32 0.23 0.48 0.40 0.48 0.42 0.48 0.50 0.48 0.47 0.47 0.49 0.49 0.33 0.14 0.53 0.37 0.49 0.28 0.34 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.10 0.04
C2 0.02 0.00 0.20 0.18 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.26 0.09 0.09 0.01 0.10 0.09 0.06
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.12 0.14 0.25 0.20 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.07 0.02
C3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.16 0.13 0.24 0.17 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.10 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.05 0.08 0.01 0.06 0.11 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.01 0.08 0.14 0.10
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.10 0.01 0.08 0.14 0.10
C8 0.02 0.02 0.12 0.16 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.17 0.04 0.11 0.01 0.12 0.18 0.12
N1 0.02 0.00 0.14 0.13 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08 0.10 0.01 0.09 0.11 0.08
N2 0.02 0.00 0.25 0.24 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.34 0.10 0.10 0.01 0.13 0.09 0.05
N3 0.02 0.00 0.20 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.08 0.08 0.01 0.10 0.09 0.05
N7 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.11 0.01 0.13 0.19 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.12 0.07
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.09 0.03 0.04 0.02 0.08 0.08 0.15 0.25 0.19 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.06 0.03
O3' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.17 0.20 0.34 0.23 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.14 0.06 0.07
O4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.08 0.10 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.05 0.06 0.11 0.07
O5' 0.04 0.09 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.06 0.02 0.06 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.10 0.00 0.10 0.16 0.12
OP1 0.05 0.10 0.09 0.10 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.05 0.10 0.14 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.05 0.14 0.02 0.14 0.18 0.11 0.09 0.09 0.19 0.12 0.06 0.06 0.11 0.02 0.16 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.12 0.08 0.05 0.05 0.13 0.07 0.03 0.07 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00