ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53458

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.019, 0.055, 0.091, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.055 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.025, 0.129, 0.233, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.129 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.025, 0.140, 0.255, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.140 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.112, 0.254, 0.397, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.254 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.045, 0.223, 0.401, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.223 std_dev=0.178
C3' A 0, 0.020, 0.199, 0.378, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.199 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.150, 0.336, 0.521, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.336 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.165, 0.379, 0.593, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.379 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.185, 0.403, 0.620, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.403 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.110, 0.365, 0.620, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.365 std_dev=0.255
C4' B 0, 0.141, 0.397, 0.653, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.397 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.146, 0.410, 0.674, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.410 std_dev=0.264
O3' A 0, 0.042, 0.307, 0.572, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.307 std_dev=0.265
O3' B 0, 0.186, 0.455, 0.725, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.455 std_dev=0.270
C5' A 0, 0.077, 0.366, 0.655, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.366 std_dev=0.289
N9 B 0, 0.190, 0.480, 0.770, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.480 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.263, 0.573, 0.883, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.573 std_dev=0.310
O5' A 0, 0.056, 0.418, 0.779, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.418 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.257, 0.625, 0.992, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.625 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.138, 0.520, 0.902, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.520 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.367, 0.769, 1.172, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.769 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.335, 0.776, 1.218, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.776 std_dev=0.442
C8 B 0, 0.229, 0.674, 1.119, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.674 std_dev=0.445
P A 0, 0.239, 0.685, 1.131, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.685 std_dev=0.446
O6 B 0, 0.367, 0.826, 1.285, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.826 std_dev=0.459
N7 B 0, 0.243, 0.716, 1.189, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.716 std_dev=0.473
N1 B 0, 0.452, 0.953, 1.454, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.953 std_dev=0.501
O5' B 0, 0.120, 0.631, 1.142, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.631 std_dev=0.511
C2 B 0, 0.427, 0.989, 1.550, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.989 std_dev=0.561
P B 0, 0.335, 0.992, 1.649, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.992 std_dev=0.657
OP2 B 0, 0.340, 1.003, 1.666, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.003 std_dev=0.663
N2 B 0, 0.494, 1.291, 2.088, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.291 std_dev=0.797
OP1 B 0, 0.443, 1.240, 2.037, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.240 std_dev=0.797
OP2 A 0, 0.066, 0.897, 1.728, 2.642 max_d=2.642 avg_d=0.897 std_dev=0.831
OP1 A 0, 0.416, 1.390, 2.365, 2.943 max_d=2.943 avg_d=1.390 std_dev=0.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.30 0.33 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.14 0.03 0.04 0.52 0.26 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.11 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.44 0.09 0.14
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.50 0.06 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.02 0.49 0.26 0.16
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.28 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.60 0.23 0.18
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.30 0.24 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.12 0.02 0.04 0.64 0.23 0.19
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.54 0.27 0.20
N1 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.03 0.04 0.59 0.25 0.18
N3 0.03 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.03 0.46 0.27 0.14
N6 0.03 0.02 0.10 0.09 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.13 0.03 0.04 0.71 0.21 0.20
N7 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.07 0.65 0.22 0.21
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.43 0.29 0.15
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.03 0.14 0.13 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.44 0.17 0.12
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.03 0.10 0.03 0.12 0.05 0.14 0.12 0.13 0.08 0.03 0.05 0.00 0.03 0.07 0.68 0.16 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.14 0.46 0.14
O5' 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.52 0.44 0.50 0.49 0.28 0.60 0.30 0.64 0.54 0.59 0.46 0.71 0.65 0.43 0.44 0.68 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.26 0.09 0.06 0.26 0.26 0.23 0.24 0.23 0.27 0.25 0.27 0.21 0.22 0.29 0.17 0.16 0.46 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.16 0.14 0.19 0.16 0.07 0.18 0.01 0.19 0.20 0.18 0.14 0.20 0.21 0.15 0.12 0.29 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.15 0.13 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.07 0.07 0.05 0.12 0.09 0.15 0.17 0.10 0.11 0.09 0.20 0.09 0.08
C2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.11 0.13 0.08 0.15 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10 0.06 0.12 0.10 0.11 0.15
C2' 0.06 0.16 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.07 0.14 0.19 0.14 0.07 0.07 0.13 0.14 0.08 0.08 0.11 0.18 0.05 0.05
C3' 0.06 0.21 0.09 0.08 0.12 0.07 0.11 0.12 0.14 0.05 0.19 0.26 0.18 0.06 0.07 0.13 0.16 0.07 0.08 0.13 0.18 0.06 0.05
C4 0.09 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08 0.11 0.11 0.07 0.10 0.13 0.03 0.07
C4' 0.08 0.11 0.14 0.14 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.14 0.10 0.10 0.08 0.16 0.20 0.08 0.11 0.10 0.19 0.09 0.08
C5 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.08 0.13 0.12 0.06 0.10
C5' 0.07 0.13 0.14 0.13 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.16 0.11 0.08 0.07 0.16 0.21 0.07 0.09 0.10 0.18 0.08 0.07
C6 0.12 0.13 0.10 0.10 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.13 0.10 0.10 0.14 0.09 0.16 0.11 0.11 0.15
C8 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.11 0.17 0.04 0.07
N1 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.15 0.14 0.13 0.15 0.13 0.15 0.12 0.12 0.10 0.13 0.09 0.16 0.12 0.14 0.18
N3 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.11 0.06 0.11 0.05 0.12 0.08 0.08 0.09 0.08 0.04 0.09 0.11 0.05 0.08
N6 0.14 0.16 0.11 0.10 0.15 0.12 0.17 0.13 0.18 0.15 0.18 0.16 0.15 0.16 0.15 0.10 0.10 0.16 0.10 0.18 0.13 0.14 0.18
N7 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.15 0.10 0.13 0.14 0.04 0.08
N9 0.10 0.07 0.14 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.06 0.11 0.10 0.12 0.13 0.13 0.10 0.09 0.17 0.05 0.06
O2' 0.13 0.16 0.14 0.15 0.15 0.11 0.14 0.11 0.15 0.13 0.16 0.17 0.16 0.14 0.13 0.14 0.20 0.11 0.12 0.15 0.19 0.11 0.09
O3' 0.08 0.27 0.07 0.09 0.16 0.07 0.13 0.13 0.17 0.04 0.24 0.33 0.24 0.06 0.09 0.13 0.19 0.05 0.09 0.16 0.20 0.08 0.07
O4' 0.09 0.05 0.16 0.16 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.06 0.07 0.05 0.12 0.10 0.16 0.21 0.10 0.13 0.09 0.22 0.11 0.10
O5' 0.07 0.16 0.12 0.10 0.10 0.07 0.10 0.11 0.12 0.08 0.15 0.21 0.13 0.08 0.07 0.15 0.18 0.09 0.07 0.12 0.16 0.05 0.04
OP1 0.51 0.43 0.49 0.53 0.47 0.56 0.50 0.59 0.49 0.54 0.46 0.41 0.43 0.54 0.51 0.48 0.56 0.55 0.57 0.51 0.51 0.55 0.53
OP2 0.16 0.31 0.19 0.16 0.21 0.12 0.21 0.12 0.25 0.15 0.30 0.38 0.27 0.17 0.17 0.20 0.21 0.13 0.10 0.25 0.17 0.09 0.12
P 0.14 0.13 0.17 0.21 0.08 0.22 0.08 0.25 0.09 0.15 0.12 0.19 0.09 0.12 0.11 0.19 0.27 0.18 0.22 0.09 0.22 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.15 0.19
C2 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.06 0.09 0.03 0.16 0.22 0.27
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.01 0.07 0.09 0.12 0.19 0.15 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.13 0.09 0.04
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.12 0.17 0.13 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.24 0.16 0.12
C4 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.15 0.21 0.25
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.17 0.24 0.25
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.12 0.00 0.19 0.25 0.27
C8 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.05 0.13 0.02 0.15 0.21 0.20
N1 0.02 0.01 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.05 0.11 0.02 0.18 0.24 0.28
N2 0.03 0.01 0.19 0.17 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.24 0.08 0.07 0.03 0.15 0.21 0.28
N3 0.02 0.01 0.15 0.13 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.06 0.08 0.02 0.14 0.20 0.26
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.14 0.02 0.17 0.24 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.02 0.13 0.19 0.22
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.07 0.07 0.07 0.12 0.19 0.13 0.05 0.02 0.00 0.04 0.08 0.05 0.06 0.17 0.06 0.04
O3' 0.02 0.19 0.02 0.02 0.10 0.03 0.10 0.04 0.12 0.13 0.16 0.24 0.17 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.12 0.13 0.42 0.28 0.25
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.10 0.03 0.20 0.19 0.24
O5' 0.07 0.09 0.02 0.07 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.11 0.07 0.08 0.14 0.10 0.05 0.12 0.10 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.13 0.03 0.15 0.00 0.21 0.27 0.27
OP1 0.10 0.16 0.13 0.24 0.15 0.06 0.17 0.08 0.19 0.15 0.18 0.15 0.14 0.17 0.13 0.17 0.42 0.20 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.22 0.09 0.16 0.21 0.04 0.24 0.02 0.25 0.21 0.24 0.21 0.20 0.24 0.19 0.06 0.28 0.19 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.27 0.04 0.12 0.25 0.04 0.25 0.02 0.27 0.20 0.28 0.28 0.26 0.22 0.22 0.04 0.25 0.24 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00