ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53461

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.004, 0.015, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.006, 0.017, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.008, 0.020, 0.048, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.020 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.019, 0.049, 0.079, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.049 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.032, 0.068, 0.104, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.068 std_dev=0.036
N7 A 0, -0.006, 0.033, 0.072, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.033 std_dev=0.039
N6 A 0, -0.005, 0.034, 0.073, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.034 std_dev=0.039
C8 A 0, -0.007, 0.037, 0.080, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.037 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.057, 0.110, 0.163, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.110 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.013, 0.087, 0.161, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.087 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.014, 0.090, 0.166, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.090 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.083 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.066, 0.169, 0.271, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.169 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.053, 0.162, 0.272, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.162 std_dev=0.110
P A 0, 0.095, 0.238, 0.381, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.238 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.089, 0.244, 0.398, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.244 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.046, 0.207, 0.368, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.207 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.079, 0.248, 0.416, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.248 std_dev=0.168
N2 B 0, 0.017, 0.194, 0.372, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.194 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.021, 0.199, 0.376, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.199 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.053, 0.234, 0.414, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.234 std_dev=0.181
C2' B 0, 0.051, 0.233, 0.415, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.233 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.017, 0.203, 0.388, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.203 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.015, 0.204, 0.393, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.204 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.013, 0.205, 0.397, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.205 std_dev=0.192
C8 B 0, 0.004, 0.211, 0.418, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.211 std_dev=0.207
C5 B 0, 0.004, 0.213, 0.422, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.213 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.008, 0.223, 0.439, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.223 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.116, 0.336, 0.556, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.336 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.052, 0.274, 0.496, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.274 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.004, 0.226, 0.449, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.226 std_dev=0.223
N7 B 0, -0.004, 0.219, 0.442, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.219 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.039, 0.267, 0.496, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.267 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.057, 0.295, 0.533, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.295 std_dev=0.238
O6 B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.044, 0.303, 0.563, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.303 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.021, 0.312, 0.602, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.312 std_dev=0.291
P B 0, -0.018, 0.369, 0.755, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.369 std_dev=0.386
OP1 B 0, -0.044, 0.391, 0.825, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.391 std_dev=0.435
OP2 B 0, -0.024, 0.427, 0.879, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.427 std_dev=0.452

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.11 0.04
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.14 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.14 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.13 0.06
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.05 0.04 0.02 0.09 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.11 0.17 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.11 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.08 0.14 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.10 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.10 0.15 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.15 0.07
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.12 0.14 0.08
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.08 0.08 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.11 0.05
O5' 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.06 0.12 0.08 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.11 0.05 0.08 0.06 0.10 0.09 0.12 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.11 0.14 0.08 0.14 0.07 0.13 0.01 0.10 0.17 0.11 0.14 0.10 0.15 0.15 0.14 0.08 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.15 0.09 0.16 0.13 0.15 0.11 0.11 0.16 0.11 0.08 0.12 0.08 0.09 0.17 0.07 0.12 0.08
C2 0.06 0.10 0.06 0.06 0.10 0.06 0.15 0.05 0.18 0.11 0.16 0.07 0.08 0.15 0.09 0.05 0.08 0.06 0.08 0.22 0.05 0.08 0.04
C2' 0.08 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.14 0.09 0.10 0.13 0.07 0.09 0.15 0.09 0.13 0.08
C3' 0.07 0.10 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.10 0.13 0.06 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08
C4 0.07 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.15 0.06 0.17 0.12 0.16 0.10 0.09 0.15 0.09 0.05 0.09 0.06 0.08 0.20 0.05 0.10 0.04
C4' 0.07 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.09 0.06 0.12 0.06 0.07 0.13 0.07 0.13 0.07
C5 0.07 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.07 0.17 0.12 0.16 0.10 0.09 0.15 0.09 0.06 0.11 0.06 0.08 0.20 0.05 0.10 0.05
C5' 0.06 0.12 0.07 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.13 0.08 0.13 0.13 0.10 0.11 0.07 0.07 0.10 0.06 0.05 0.13 0.08 0.14 0.07
C6 0.06 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.14 0.06 0.17 0.11 0.15 0.09 0.08 0.14 0.09 0.06 0.11 0.06 0.08 0.20 0.04 0.09 0.03
C8 0.09 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.10 0.17 0.13 0.16 0.12 0.11 0.16 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.19 0.08 0.13 0.08
N1 0.05 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.13 0.04 0.16 0.10 0.15 0.07 0.07 0.14 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.21 0.04 0.08 0.03
N3 0.06 0.12 0.06 0.06 0.11 0.06 0.16 0.05 0.19 0.12 0.17 0.09 0.09 0.16 0.10 0.05 0.07 0.06 0.08 0.22 0.04 0.09 0.04
N6 0.07 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.14 0.06 0.17 0.11 0.16 0.10 0.09 0.14 0.09 0.07 0.13 0.06 0.08 0.20 0.04 0.10 0.03
N7 0.09 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.09 0.18 0.13 0.17 0.12 0.11 0.16 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.20 0.07 0.12 0.07
N9 0.08 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10 0.15 0.09 0.17 0.13 0.16 0.12 0.11 0.16 0.11 0.07 0.12 0.08 0.09 0.19 0.06 0.12 0.07
O2' 0.09 0.11 0.13 0.14 0.10 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.09 0.13 0.14 0.07 0.11 0.13 0.11 0.14 0.10
O3' 0.08 0.08 0.12 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.12 0.06 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07
O4' 0.09 0.15 0.10 0.11 0.13 0.10 0.16 0.09 0.17 0.13 0.17 0.14 0.13 0.16 0.12 0.06 0.12 0.08 0.09 0.18 0.06 0.13 0.07
O5' 0.08 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.15 0.07 0.10 0.12 0.15 0.19 0.13
OP1 0.06 0.09 0.12 0.16 0.08 0.13 0.09 0.15 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.20 0.06 0.10 0.10 0.17 0.24 0.16
OP2 0.06 0.07 0.11 0.15 0.07 0.12 0.08 0.14 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.18 0.06 0.10 0.10 0.17 0.23 0.15
P 0.08 0.12 0.13 0.16 0.10 0.13 0.12 0.15 0.13 0.10 0.14 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.19 0.07 0.10 0.14 0.17 0.23 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.04 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.11 0.06 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.15 0.11 0.14
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.09 0.03 0.04 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.15 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.16 0.13 0.15
C8 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.15 0.11 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.13 0.09 0.12
N2 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.06
N7 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.17 0.14 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.05 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.09 0.09 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03
O5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.15 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.10 0.00 0.21 0.18 0.20
OP1 0.06 0.09 0.03 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.16 0.15 0.13 0.07 0.08 0.17 0.10 0.09 0.02 0.06 0.02 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.11 0.04 0.13 0.11 0.09 0.03 0.03 0.14 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.13 0.12 0.05 0.06 0.16 0.09 0.07 0.03 0.03 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00