ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.017, 0.058, 0.098, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.058 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.031, 0.079, 0.128, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.079 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.022, 0.103, 0.184, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.103 std_dev=0.081
C2' A 0, -0.003, 0.082, 0.166, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.082 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.002, 0.113, 0.223, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.113 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.014, 0.125, 0.237, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.125 std_dev=0.111
P A 0, 0.112, 0.223, 0.334, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.223 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.033, 0.173, 0.312, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.173 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.091, 0.235, 0.380, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.235 std_dev=0.145
N2 B 0, 0.111, 0.272, 0.432, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.272 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.115, 0.277, 0.439, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.277 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.096, 0.264, 0.432, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.264 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.101, 0.270, 0.438, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.270 std_dev=0.168
O3' A 0, -0.015, 0.160, 0.335, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.160 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.099, 0.279, 0.458, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.279 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.189, 0.369, 0.550, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.369 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.205, 0.389, 0.572, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.389 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.220, 0.409, 0.597, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.409 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.206, 0.396, 0.586, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.396 std_dev=0.190
O2' B 0, 0.200, 0.392, 0.583, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.392 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.153, 0.346, 0.539, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.346 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.140, 0.338, 0.537, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.338 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.222, 0.424, 0.627, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.424 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.228, 0.438, 0.647, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.438 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.183, 0.396, 0.609, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.396 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.190, 0.406, 0.622, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.406 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.189, 0.437, 0.686, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.437 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.222, 0.483, 0.745, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.483 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.182, 0.453, 0.723, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.453 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.249, 0.537, 0.824, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.537 std_dev=0.288
N7 B 0, 0.226, 0.520, 0.814, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.520 std_dev=0.294
P B 0, 0.214, 0.552, 0.890, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.552 std_dev=0.338
OP1 B 0, 0.242, 0.581, 0.920, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.581 std_dev=0.339
OP2 B 0, 0.202, 0.568, 0.933, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.568 std_dev=0.366
O6 B 0, 0.205, 0.571, 0.936, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.571 std_dev=0.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.15 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.09 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.14 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.15 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.09 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.16 0.06
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.15 0.06
N1 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.16 0.06
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.14 0.05
N6 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.17 0.09
N7 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04 0.15 0.06
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.14 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.13 0.09 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.25 0.16 0.13
O4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.16 0.12
O5' 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.04 0.10 0.08 0.05 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.02 0.12 0.17 0.02 0.10 0.04 0.10 0.05 0.02 0.03 0.03 0.09 0.04 0.03 0.13 0.25 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.15 0.09 0.11 0.14 0.05 0.15 0.01 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.14 0.09 0.16 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.06 0.04 0.08 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.13 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.05 0.15 0.14 0.10 0.14 0.08 0.13 0.05 0.11 0.05 0.09 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.05 0.13 0.10 0.11
C2 0.19 0.16 0.18 0.19 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.19 0.17 0.15 0.17 0.19 0.19 0.16 0.17 0.18 0.21 0.18 0.18 0.22 0.20
C2' 0.10 0.12 0.13 0.13 0.03 0.13 0.04 0.12 0.09 0.06 0.12 0.19 0.06 0.03 0.06 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10
C3' 0.06 0.12 0.10 0.10 0.05 0.10 0.06 0.10 0.10 0.04 0.12 0.17 0.08 0.04 0.04 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09
C4 0.14 0.08 0.15 0.15 0.11 0.14 0.09 0.14 0.08 0.12 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.09 0.13 0.15 0.14
C4' 0.05 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.05 0.05
C5 0.14 0.08 0.14 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12 0.15 0.15 0.10 0.14 0.15 0.14
C5' 0.02 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.07 0.04 0.04 0.09 0.06 0.04 0.04
C6 0.16 0.12 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.16 0.13 0.11 0.13 0.16 0.16 0.15 0.13 0.17 0.18 0.15 0.16 0.19 0.18
C8 0.11 0.03 0.13 0.13 0.07 0.13 0.05 0.12 0.02 0.09 0.03 0.07 0.05 0.06 0.10 0.13 0.12 0.12 0.12 0.04 0.12 0.09 0.11
N1 0.19 0.16 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.17 0.14 0.17 0.19 0.19 0.16 0.16 0.19 0.21 0.19 0.19 0.23 0.21
N3 0.17 0.12 0.17 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.12 0.16 0.11 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.16 0.18 0.12 0.15 0.18 0.16
N6 0.16 0.12 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.14 0.11 0.13 0.17 0.16 0.15 0.12 0.17 0.18 0.17 0.16 0.20 0.18
N7 0.12 0.06 0.13 0.13 0.08 0.12 0.07 0.12 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.13 0.11 0.12 0.13 0.08 0.13 0.12 0.12
N9 0.12 0.03 0.14 0.14 0.08 0.13 0.05 0.13 0.03 0.10 0.03 0.08 0.06 0.07 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.03 0.12 0.11 0.11
O2' 0.14 0.12 0.15 0.14 0.05 0.15 0.04 0.15 0.08 0.09 0.11 0.19 0.06 0.05 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.09 0.14 0.10 0.12
O3' 0.08 0.18 0.08 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.16 0.08 0.17 0.22 0.16 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.17 0.10 0.10 0.10
O4' 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10
O5' 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04
OP1 0.19 0.12 0.27 0.28 0.17 0.24 0.17 0.25 0.13 0.20 0.12 0.10 0.15 0.19 0.20 0.26 0.31 0.18 0.24 0.13 0.28 0.21 0.23
OP2 0.07 0.14 0.12 0.13 0.08 0.12 0.09 0.12 0.13 0.07 0.15 0.20 0.10 0.08 0.07 0.14 0.16 0.07 0.11 0.15 0.16 0.08 0.10
P 0.05 0.08 0.11 0.11 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.06 0.08 0.11 0.05 0.05 0.06 0.11 0.14 0.04 0.08 0.08 0.12 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.09 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01
C5 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.11 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00
C6 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06
N1 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.04 0.02 0.06 0.11 0.07
N2 0.05 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01 0.05 0.10 0.06
N3 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06
N7 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.11 0.07
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.03 0.05 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
O6 0.05 0.01 0.08 0.07 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.07 0.04 0.05 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.09 0.08 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.05 0.08 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00