ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.008, 0.048, 0.088, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.048 std_dev=0.040
O4' A 0, -0.011, 0.060, 0.131, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.060 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.033, 0.109, 0.186, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.109 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.005, 0.099, 0.192, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.099 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.029, 0.132, 0.236, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.132 std_dev=0.104
C4' A 0, -0.031, 0.107, 0.246, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.107 std_dev=0.139
C4' B 0, 0.064, 0.333, 0.602, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.333 std_dev=0.269
C3' B 0, 0.033, 0.310, 0.588, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.310 std_dev=0.278
C5' A 0, -0.084, 0.197, 0.478, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.197 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.088, 0.371, 0.654, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.371 std_dev=0.283
O3' B 0, 0.030, 0.315, 0.600, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.315 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.063, 0.351, 0.638, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.351 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.052, 0.347, 0.641, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.347 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.051, 0.349, 0.648, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.349 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.117, 0.417, 0.718, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.417 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.046, 0.351, 0.656, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.351 std_dev=0.305
C8 B 0, 0.136, 0.457, 0.778, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.457 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.112, 0.437, 0.763, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.437 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.090, 0.436, 0.782, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.436 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.147, 0.493, 0.839, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.493 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.134, 0.483, 0.832, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.483 std_dev=0.349
OP2 B 0, 0.139, 0.522, 0.904, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.522 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.103, 0.486, 0.868, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.486 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.141, 0.533, 0.925, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.533 std_dev=0.392
P B 0, 0.154, 0.548, 0.943, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.548 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.123, 0.523, 0.924, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.523 std_dev=0.401
N2 B 0, 0.097, 0.518, 0.940, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.518 std_dev=0.421
O6 B 0, 0.166, 0.605, 1.043, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.605 std_dev=0.439
OP1 B 0, 0.127, 0.604, 1.080, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.604 std_dev=0.477
P A 0, 0.010, 0.520, 1.029, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.520 std_dev=0.509
O5' A 0, -0.081, 0.431, 0.944, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.431 std_dev=0.513
O5' B 0, 0.157, 0.671, 1.184, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.671 std_dev=0.514
OP2 A 0, -0.015, 0.523, 1.060, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.523 std_dev=0.538
OP1 A 0, 0.029, 0.589, 1.149, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.589 std_dev=0.560

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.13 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.30 0.25 0.11 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.26 0.04 0.15
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.34 0.07 0.24
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.30 0.23 0.08 0.18
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.36 0.26 0.14 0.24
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.07 0.17 0.15 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.30 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.37 0.27 0.17 0.26
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.34 0.22 0.07 0.20
N1 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.34 0.27 0.15 0.23
N3 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.26 0.23 0.08 0.16
N6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.40 0.28 0.21 0.29
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.38 0.25 0.14 0.25
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.27 0.20 0.06 0.15
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.13 0.11 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.24 0.37 0.11 0.24
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.26 0.08
O5' 0.13 0.30 0.21 0.30 0.30 0.01 0.36 0.00 0.37 0.34 0.34 0.26 0.40 0.38 0.27 0.03 0.24 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.25 0.26 0.34 0.23 0.09 0.26 0.11 0.27 0.22 0.27 0.23 0.28 0.25 0.20 0.13 0.37 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.11 0.04 0.07 0.08 0.22 0.14 0.30 0.17 0.07 0.15 0.08 0.21 0.14 0.06 0.11 0.11 0.26 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.15 0.24 0.18 0.03 0.24 0.02 0.26 0.20 0.23 0.16 0.29 0.25 0.15 0.02 0.24 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.16 0.17 0.12 0.20 0.22 0.20 0.24 0.19 0.22 0.17 0.14 0.19 0.21 0.22 0.16 0.06 0.24 0.19 0.19 0.26 0.10 0.17
C2 0.17 0.21 0.10 0.10 0.19 0.17 0.16 0.08 0.16 0.14 0.18 0.22 0.23 0.14 0.17 0.12 0.14 0.15 0.37 0.15 0.42 0.19 0.30
C2' 0.16 0.10 0.08 0.07 0.14 0.21 0.15 0.26 0.13 0.18 0.11 0.07 0.11 0.17 0.16 0.03 0.05 0.19 0.16 0.14 0.29 0.09 0.17
C3' 0.11 0.05 0.05 0.06 0.08 0.21 0.10 0.29 0.08 0.15 0.06 0.07 0.05 0.13 0.12 0.03 0.03 0.15 0.12 0.09 0.25 0.09 0.14
C4 0.18 0.16 0.09 0.06 0.17 0.18 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.19 0.15 0.17 0.08 0.06 0.17 0.26 0.15 0.34 0.11 0.22
C4' 0.20 0.07 0.17 0.17 0.15 0.27 0.17 0.35 0.14 0.23 0.09 0.04 0.10 0.21 0.20 0.14 0.15 0.25 0.23 0.15 0.22 0.16 0.20
C5 0.17 0.17 0.09 0.06 0.17 0.18 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.17 0.19 0.14 0.17 0.08 0.07 0.16 0.27 0.14 0.35 0.13 0.24
C5' 0.16 0.07 0.14 0.16 0.09 0.28 0.11 0.38 0.07 0.19 0.06 0.12 0.05 0.17 0.15 0.11 0.17 0.22 0.23 0.09 0.22 0.17 0.22
C6 0.16 0.19 0.09 0.08 0.17 0.17 0.15 0.11 0.15 0.14 0.16 0.20 0.20 0.14 0.16 0.09 0.10 0.15 0.33 0.14 0.39 0.17 0.28
C8 0.18 0.14 0.10 0.07 0.16 0.19 0.15 0.20 0.14 0.16 0.13 0.13 0.16 0.15 0.17 0.10 0.06 0.19 0.19 0.14 0.27 0.09 0.17
N1 0.16 0.21 0.11 0.10 0.18 0.17 0.16 0.08 0.16 0.14 0.18 0.23 0.22 0.14 0.16 0.11 0.13 0.15 0.38 0.15 0.42 0.20 0.31
N3 0.18 0.19 0.09 0.07 0.19 0.17 0.17 0.12 0.16 0.15 0.17 0.18 0.21 0.15 0.18 0.09 0.10 0.16 0.31 0.16 0.38 0.14 0.25
N6 0.16 0.19 0.10 0.09 0.17 0.17 0.15 0.10 0.16 0.14 0.17 0.20 0.20 0.15 0.16 0.10 0.10 0.14 0.35 0.15 0.40 0.19 0.29
N7 0.17 0.16 0.09 0.06 0.17 0.19 0.15 0.18 0.14 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.17 0.09 0.05 0.18 0.23 0.14 0.31 0.11 0.20
N9 0.19 0.14 0.11 0.07 0.17 0.19 0.16 0.19 0.15 0.17 0.14 0.13 0.17 0.16 0.18 0.10 0.05 0.20 0.20 0.15 0.29 0.09 0.18
O2' 0.27 0.21 0.19 0.13 0.26 0.25 0.27 0.28 0.25 0.28 0.23 0.19 0.23 0.28 0.27 0.15 0.04 0.30 0.20 0.27 0.26 0.13 0.17
O3' 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.19 0.09 0.31 0.08 0.15 0.06 0.10 0.05 0.14 0.10 0.05 0.05 0.13 0.10 0.09 0.24 0.10 0.12
O4' 0.22 0.13 0.20 0.17 0.19 0.25 0.19 0.29 0.17 0.23 0.14 0.10 0.16 0.22 0.22 0.19 0.15 0.25 0.22 0.18 0.22 0.13 0.18
O5' 0.35 0.40 0.26 0.16 0.39 0.27 0.39 0.32 0.40 0.36 0.40 0.41 0.40 0.37 0.37 0.25 0.08 0.35 0.21 0.40 0.24 0.11 0.16
OP1 0.40 0.38 0.31 0.25 0.41 0.35 0.42 0.40 0.41 0.43 0.39 0.36 0.39 0.43 0.42 0.29 0.18 0.44 0.34 0.42 0.19 0.25 0.29
OP2 0.19 0.22 0.09 0.04 0.21 0.20 0.21 0.28 0.22 0.21 0.22 0.22 0.21 0.21 0.21 0.06 0.10 0.21 0.13 0.22 0.28 0.07 0.13
P 0.30 0.31 0.21 0.14 0.32 0.26 0.32 0.33 0.32 0.31 0.32 0.31 0.31 0.32 0.31 0.19 0.06 0.32 0.21 0.33 0.23 0.11 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.01 0.30 0.12 0.19
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.43 0.01 0.35 0.35 0.29
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.03 0.32 0.05 0.18
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.21 0.07 0.32 0.06 0.16
C4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.43 0.01 0.35 0.31 0.29
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.02 0.02 0.09 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.19 0.19 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.47 0.01 0.37 0.41 0.33
C5' 0.12 0.23 0.06 0.02 0.25 0.00 0.31 0.00 0.31 0.32 0.27 0.20 0.20 0.34 0.24 0.04 0.10 0.03 0.01 0.34 0.30 0.34 0.03
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.47 0.01 0.38 0.45 0.35
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.47 0.02 0.36 0.32 0.32
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.46 0.00 0.37 0.41 0.33
N2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.41 0.01 0.34 0.33 0.28
N3 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.40 0.01 0.34 0.29 0.27
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.48 0.02 0.39 0.43 0.35
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.41 0.01 0.33 0.24 0.26
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.16 0.02 0.28 0.04 0.13
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.10 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.09 0.08 0.31 0.14 0.11
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.24 0.04 0.29 0.09 0.16
O5' 0.30 0.43 0.26 0.21 0.43 0.02 0.47 0.01 0.47 0.47 0.46 0.41 0.40 0.48 0.41 0.16 0.09 0.24 0.00 0.48 0.02 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.48 0.00 0.40 0.51 0.37
OP1 0.30 0.35 0.32 0.32 0.35 0.19 0.37 0.30 0.38 0.36 0.37 0.34 0.34 0.39 0.33 0.28 0.31 0.29 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.35 0.05 0.06 0.31 0.19 0.41 0.34 0.45 0.32 0.41 0.33 0.29 0.43 0.24 0.04 0.14 0.09 0.03 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.29 0.18 0.16 0.29 0.01 0.33 0.03 0.35 0.32 0.33 0.28 0.27 0.35 0.26 0.13 0.11 0.16 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00