ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53466

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.020, 0.097, 0.174, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.097 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.022, 0.107, 0.191, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.107 std_dev=0.084
P A 0, 0.060, 0.173, 0.286, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.173 std_dev=0.113
N3 B 0, 0.062, 0.183, 0.304, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.183 std_dev=0.121
N2 B 0, 0.069, 0.194, 0.319, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.194 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.044, 0.174, 0.304, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.174 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.060, 0.190, 0.320, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.190 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.094, 0.234, 0.374, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.234 std_dev=0.140
O3' B 0, 0.089, 0.235, 0.381, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.235 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.083, 0.234, 0.384, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.234 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.091, 0.242, 0.393, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.242 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.084, 0.237, 0.389, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.237 std_dev=0.152
C2' B 0, 0.074, 0.228, 0.381, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.228 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.091, 0.246, 0.402, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.246 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.130, 0.287, 0.444, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.287 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.082, 0.240, 0.397, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.240 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.130, 0.288, 0.446, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.288 std_dev=0.158
N9 B 0, 0.092, 0.257, 0.422, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.257 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.004, 0.174, 0.345, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.174 std_dev=0.170
C5' B 0, 0.102, 0.278, 0.453, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.278 std_dev=0.175
O6 B 0, 0.154, 0.333, 0.511, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.333 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.001, 0.182, 0.362, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.182 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.081, 0.263, 0.445, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.263 std_dev=0.182
N7 B 0, 0.147, 0.343, 0.539, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.343 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.164, 0.365, 0.566, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.365 std_dev=0.201
C8 B 0, 0.118, 0.323, 0.528, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.323 std_dev=0.205
P B 0, 0.176, 0.425, 0.675, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.425 std_dev=0.249
O3' A 0, -0.028, 0.223, 0.474, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.223 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.142, 0.407, 0.673, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.407 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.227, 0.495, 0.763, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.495 std_dev=0.268
O5' A 0, -0.062, 0.279, 0.621, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.279 std_dev=0.342
C5' A 0, -0.029, 0.321, 0.672, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.321 std_dev=0.350
OP2 A 0, 0.032, 0.433, 0.833, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.433 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.038, 0.451, 0.864, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.451 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.28 0.34 0.17 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.12 0.07 0.34 0.35 0.09 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.42 0.17 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.41 0.19 0.15
C4 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.05 0.35 0.34 0.10 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.12 0.06 0.02 0.11 0.13 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.33 0.21 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04 0.37 0.31 0.10 0.11
C5' 0.08 0.20 0.05 0.03 0.22 0.00 0.29 0.00 0.29 0.30 0.25 0.17 0.33 0.33 0.21 0.04 0.03 0.01 0.01 0.34 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.06 0.05 0.37 0.30 0.11 0.11
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.12 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.37 0.31 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.06 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.06 0.36 0.32 0.09 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.07 0.33 0.35 0.11 0.08
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.05 0.04 0.36 0.26 0.14 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.13 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.37 0.27 0.12 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.35 0.34 0.11 0.09
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.12 0.00 0.12 0.04 0.15 0.04 0.17 0.15 0.14 0.08 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.44 0.20 0.17
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.10 0.14 0.40 0.19 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.36 0.21 0.31 0.16
O5' 0.28 0.34 0.12 0.11 0.35 0.02 0.37 0.01 0.37 0.37 0.36 0.33 0.36 0.37 0.35 0.10 0.14 0.36 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.34 0.35 0.42 0.41 0.34 0.33 0.31 0.34 0.30 0.31 0.32 0.35 0.26 0.27 0.34 0.44 0.40 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.09 0.17 0.19 0.10 0.21 0.10 0.28 0.11 0.10 0.09 0.11 0.14 0.12 0.11 0.20 0.19 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.12 0.15 0.09 0.04 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.09 0.17 0.15 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06
C2 0.08 0.03 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.03 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.12 0.08 0.12 0.04 0.15 0.14 0.12
C2' 0.13 0.16 0.12 0.12 0.15 0.13 0.15 0.15 0.15 0.13 0.16 0.17 0.16 0.13 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.14 0.15
C3' 0.21 0.19 0.14 0.15 0.20 0.21 0.19 0.24 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.20 0.15 0.12 0.23 0.22 0.19 0.19 0.22 0.24
C4 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06 0.04 0.10 0.08 0.06
C4' 0.14 0.09 0.07 0.10 0.10 0.18 0.09 0.22 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.18 0.17 0.08 0.16 0.15 0.19
C5 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.11 0.08
C5' 0.08 0.10 0.04 0.06 0.07 0.14 0.08 0.19 0.10 0.06 0.11 0.12 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.13 0.13 0.11 0.15 0.10 0.16
C6 0.08 0.05 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.10 0.08 0.05 0.09 0.07 0.11 0.08 0.14 0.15 0.12
C8 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04
N1 0.09 0.04 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.11 0.05 0.02 0.06 0.10 0.10 0.05 0.11 0.08 0.13 0.08 0.16 0.17 0.14
N3 0.07 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.11 0.07 0.07 0.04 0.11 0.09 0.07
N6 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.08 0.12 0.10 0.05 0.09 0.08 0.12 0.11 0.15 0.17 0.13
N7 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06
N9 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04
O2' 0.21 0.28 0.22 0.19 0.25 0.17 0.25 0.17 0.27 0.22 0.28 0.28 0.27 0.23 0.23 0.23 0.19 0.17 0.18 0.27 0.15 0.20 0.19
O3' 0.30 0.28 0.21 0.19 0.29 0.28 0.29 0.31 0.28 0.28 0.28 0.28 0.29 0.28 0.29 0.21 0.13 0.32 0.29 0.28 0.23 0.29 0.31
O4' 0.13 0.07 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.08 0.07 0.08 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.10 0.13 0.12 0.10
O5' 0.30 0.36 0.26 0.23 0.33 0.26 0.33 0.27 0.34 0.29 0.36 0.38 0.35 0.30 0.31 0.27 0.22 0.28 0.25 0.34 0.19 0.24 0.25
OP1 0.35 0.35 0.38 0.36 0.36 0.31 0.36 0.29 0.36 0.37 0.35 0.33 0.36 0.37 0.36 0.36 0.33 0.34 0.33 0.36 0.34 0.35 0.32
OP2 0.22 0.10 0.16 0.21 0.15 0.29 0.15 0.34 0.12 0.19 0.10 0.09 0.13 0.17 0.19 0.18 0.23 0.27 0.29 0.11 0.32 0.27 0.33
P 0.07 0.08 0.03 0.02 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.03 0.04 0.09 0.05 0.07 0.07 0.04 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.08 0.00 0.09 0.08 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.11 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05
O5' 0.05 0.09 0.03 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.11 0.00 0.13 0.14 0.13
OP1 0.05 0.09 0.06 0.07 0.09 0.05 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.06 0.08 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.09 0.02 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.07 0.11 0.08 0.07 0.11 0.05 0.02 0.05 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.10 0.07 0.07 0.12 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00