ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53467

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.036, 0.081, 0.126, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.081 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.019, 0.093, 0.168, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.093 std_dev=0.074
O2' B 0, 0.087, 0.182, 0.277, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.182 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.011, 0.110, 0.208, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.110 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.035, 0.141, 0.248, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.141 std_dev=0.106
C2' B 0, 0.116, 0.223, 0.329, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.223 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.043, 0.161, 0.278, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.161 std_dev=0.118
C3' B 0, 0.116, 0.240, 0.364, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.240 std_dev=0.124
O3' B 0, 0.120, 0.247, 0.375, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.247 std_dev=0.127
C1' B 0, 0.135, 0.265, 0.395, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.265 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.060, 0.201, 0.342, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.201 std_dev=0.141
C4' B 0, 0.068, 0.212, 0.355, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.212 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.091, 0.245, 0.399, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.245 std_dev=0.154
C5' B 0, 0.126, 0.282, 0.439, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.282 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.078, 0.243, 0.407, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.243 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.085, 0.256, 0.427, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.256 std_dev=0.171
P A 0, 0.064, 0.240, 0.415, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.240 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.200, 0.376, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.376 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.167, 0.349, 0.531, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.349 std_dev=0.182
O5' B 0, 0.138, 0.326, 0.515, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.326 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.201, 0.394, 0.586, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.394 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.236, 0.439, 0.642, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.439 std_dev=0.203
P B 0, 0.224, 0.450, 0.677, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.450 std_dev=0.226
N2 B 0, 0.219, 0.445, 0.672, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.445 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.272, 0.513, 0.753, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.513 std_dev=0.241
OP2 B 0, 0.198, 0.445, 0.691, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.445 std_dev=0.246
C8 B 0, 0.162, 0.410, 0.657, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.410 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.215, 0.470, 0.725, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.470 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.277, 0.543, 0.808, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.543 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.257, 0.533, 0.810, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.533 std_dev=0.276
N7 B 0, 0.182, 0.478, 0.774, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.478 std_dev=0.296
O6 B 0, 0.275, 0.609, 0.942, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.609 std_dev=0.333
OP1 A 0, -0.215, 0.704, 1.622, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.704 std_dev=0.919
OP2 A 0, -0.386, 0.632, 1.651, 2.897 max_d=2.897 avg_d=0.632 std_dev=1.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.32 0.23 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.09 0.41 0.63 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.16 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.16 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.09 0.42 0.57 0.04
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.12 0.47 0.74 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.09 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.12 0.46 0.81 0.08
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.12 0.48 0.59 0.04
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.11 0.44 0.75 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.08 0.39 0.52 0.04
N6 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.04 0.15 0.46 0.92 0.11
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.14 0.50 0.78 0.07
N9 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.41 0.45 0.02
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.10 0.04 0.04
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.04 0.04 0.00 0.02 0.07 0.37 0.13 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.33 0.09 0.03
O5' 0.05 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.08 0.15 0.14 0.08 0.03 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.32 0.41 0.12 0.16 0.42 0.07 0.47 0.09 0.46 0.48 0.44 0.39 0.46 0.50 0.41 0.10 0.37 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.63 0.16 0.07 0.57 0.10 0.74 0.25 0.81 0.59 0.75 0.52 0.92 0.78 0.45 0.04 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.04 0.07 0.04 0.11 0.07 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.13 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.09 0.11 0.07 0.07
C2 0.08 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.15
C2' 0.06 0.13 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.11 0.15 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.04
C3' 0.07 0.13 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.15 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07
C4 0.04 0.11 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.11 0.14 0.08 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.07
C4' 0.06 0.11 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.13 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.14 0.09 0.10
C5 0.04 0.13 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.05 0.11 0.06 0.13 0.16 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.09 0.08 0.09
C5' 0.05 0.10 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.12 0.08 0.05 0.04 0.05 0.09 0.05 0.07 0.08 0.14 0.09 0.09
C6 0.07 0.14 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07 0.14 0.10 0.15 0.16 0.11 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.15 0.13 0.12 0.13
C8 0.05 0.11 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.11 0.15 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.04 0.08 0.08 0.04 0.05
N1 0.09 0.14 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.15 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.15 0.16 0.15 0.16
N3 0.04 0.11 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.10 0.13 0.09 0.05 0.04 0.09 0.12 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10
N6 0.08 0.15 0.10 0.09 0.11 0.07 0.13 0.08 0.16 0.11 0.17 0.18 0.12 0.13 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.17 0.14 0.14 0.15
N7 0.04 0.12 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.10 0.05 0.12 0.16 0.09 0.05 0.04 0.04 0.08 0.07 0.05 0.10 0.08 0.06 0.06
N9 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.10 0.13 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04
O2' 0.05 0.10 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.12 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.11 0.05 0.06
O3' 0.10 0.15 0.09 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.16 0.14 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10
O4' 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.15 0.09 0.10
O5' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.06
OP1 0.19 0.56 0.28 0.19 0.37 0.07 0.36 0.08 0.45 0.19 0.55 0.66 0.47 0.25 0.24 0.28 0.20 0.07 0.07 0.46 0.19 0.09 0.09
OP2 0.33 0.43 0.21 0.10 0.38 0.14 0.38 0.05 0.40 0.32 0.42 0.46 0.41 0.34 0.35 0.22 0.07 0.29 0.08 0.40 0.11 0.06 0.03
P 0.03 0.11 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.10 0.14 0.08 0.03 0.03 0.05 0.09 0.04 0.02 0.08 0.09 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.07
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.10 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.11 0.13
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.09 0.12
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.12 0.12
N2 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.06 0.01 0.07 0.11 0.11
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.00 0.07 0.10 0.10
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.12 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.08 0.10
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.01 0.07 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.05 0.10 0.14 0.10 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.11 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.07 0.07
O5' 0.05 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.00 0.11 0.15 0.15
OP1 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.11 0.09 0.05 0.11 0.08 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.03 0.03 0.10 0.02 0.11 0.02 0.13 0.09 0.12 0.11 0.10 0.12 0.08 0.03 0.07 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.04 0.02 0.11 0.02 0.13 0.01 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.04 0.05 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00