ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53468

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N6 A 0, -0.011, 0.045, 0.101, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.045 std_dev=0.056
O3' A 0, 0.082, 0.150, 0.218, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.150 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.023, 0.118, 0.213, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.118 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.013, 0.110, 0.207, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.110 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.060, 0.161, 0.262, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.161 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.016, 0.124, 0.232, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.124 std_dev=0.108
O5' A 0, 0.145, 0.280, 0.414, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.280 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.035, 0.184, 0.334, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.184 std_dev=0.149
C5' A 0, 0.127, 0.293, 0.459, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.293 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.103, 0.271, 0.439, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.271 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.136, 0.318, 0.500, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.318 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.112, 0.300, 0.489, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.300 std_dev=0.188
P A 0, 0.062, 0.265, 0.467, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.265 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.131, 0.334, 0.538, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.334 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.147, 0.358, 0.569, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.358 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.149, 0.362, 0.576, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.362 std_dev=0.214
OP1 A 0, 0.175, 0.391, 0.607, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.391 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.131, 0.369, 0.607, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.369 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.154, 0.399, 0.645, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.399 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.162, 0.411, 0.661, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.411 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.156, 0.407, 0.657, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.407 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.188, 0.452, 0.716, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.452 std_dev=0.264
O4' B 0, 0.194, 0.474, 0.753, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.474 std_dev=0.279
C4' B 0, 0.210, 0.493, 0.776, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.493 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.182, 0.474, 0.766, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.474 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.169, 0.463, 0.758, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.463 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.184, 0.480, 0.775, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.480 std_dev=0.296
C8 B 0, 0.212, 0.530, 0.848, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.530 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.233, 0.561, 0.888, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.561 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.212, 0.564, 0.916, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.564 std_dev=0.352
C5' B 0, 0.268, 0.654, 1.040, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.654 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.335, 0.736, 1.138, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.736 std_dev=0.402
P B 0, 0.376, 0.851, 1.325, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.851 std_dev=0.475
OP2 B 0, 0.347, 0.830, 1.313, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.830 std_dev=0.483
OP1 B 0, 0.424, 0.947, 1.470, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.947 std_dev=0.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.20 0.06 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.06 0.13 0.25 0.13 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.28 0.08 0.16
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.03 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.15 0.25 0.14 0.14
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.20 0.28 0.19 0.18
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.11 0.04 0.03 0.10 0.11 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.21 0.27 0.19 0.18
C8 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.22 0.28 0.18 0.17
N1 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03 0.17 0.26 0.17 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.05 0.06 0.12 0.24 0.11 0.12
N6 0.04 0.01 0.08 0.07 0.03 0.05 0.03 0.10 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.04 0.04 0.25 0.27 0.23 0.21
N7 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.23 0.30 0.22 0.20
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.25 0.13 0.13
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.30 0.09 0.19
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.17 0.05 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.12 0.09 0.08 0.06
O5' 0.07 0.13 0.08 0.10 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.22 0.17 0.12 0.25 0.23 0.15 0.10 0.09 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.25 0.28 0.20 0.25 0.10 0.28 0.08 0.27 0.28 0.26 0.24 0.27 0.30 0.25 0.30 0.17 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.13 0.08 0.03 0.14 0.06 0.19 0.07 0.19 0.18 0.17 0.11 0.23 0.22 0.13 0.09 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.16 0.11 0.14 0.03 0.18 0.02 0.18 0.17 0.16 0.12 0.21 0.20 0.13 0.19 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.26 0.33 0.20 0.28 0.22 0.30 0.21 0.26 0.21 0.27 0.20 0.26 0.22 0.22 0.36 0.23 0.31 0.22 0.35 0.30 0.32
C2 0.08 0.24 0.12 0.13 0.18 0.07 0.19 0.08 0.21 0.15 0.24 0.28 0.21 0.17 0.14 0.07 0.12 0.06 0.12 0.22 0.16 0.17 0.14
C2' 0.29 0.24 0.32 0.36 0.26 0.33 0.28 0.33 0.26 0.33 0.25 0.26 0.24 0.32 0.29 0.31 0.36 0.30 0.33 0.26 0.35 0.32 0.34
C3' 0.26 0.23 0.27 0.32 0.24 0.32 0.25 0.34 0.24 0.30 0.23 0.27 0.22 0.29 0.26 0.25 0.32 0.29 0.33 0.24 0.35 0.30 0.33
C4 0.16 0.24 0.23 0.27 0.19 0.19 0.20 0.21 0.21 0.21 0.23 0.30 0.21 0.21 0.18 0.18 0.28 0.15 0.23 0.22 0.27 0.25 0.25
C4' 0.21 0.23 0.22 0.30 0.20 0.30 0.21 0.34 0.20 0.25 0.21 0.29 0.20 0.25 0.21 0.19 0.33 0.25 0.32 0.20 0.38 0.29 0.34
C5 0.13 0.25 0.21 0.25 0.17 0.17 0.18 0.19 0.21 0.18 0.24 0.33 0.20 0.18 0.16 0.16 0.29 0.12 0.21 0.21 0.27 0.24 0.23
C5' 0.21 0.21 0.22 0.30 0.18 0.31 0.20 0.35 0.19 0.25 0.20 0.28 0.19 0.24 0.20 0.19 0.33 0.26 0.33 0.19 0.40 0.30 0.35
C6 0.08 0.26 0.15 0.19 0.15 0.11 0.17 0.13 0.21 0.13 0.26 0.35 0.19 0.15 0.12 0.12 0.22 0.07 0.15 0.22 0.20 0.19 0.17
C8 0.18 0.24 0.26 0.33 0.19 0.25 0.21 0.28 0.21 0.23 0.23 0.31 0.20 0.23 0.20 0.21 0.37 0.19 0.29 0.22 0.35 0.30 0.31
N1 0.06 0.26 0.10 0.12 0.16 0.06 0.17 0.07 0.22 0.12 0.25 0.33 0.20 0.15 0.11 0.08 0.14 0.06 0.10 0.22 0.15 0.15 0.12
N3 0.14 0.23 0.20 0.21 0.20 0.14 0.21 0.16 0.21 0.20 0.23 0.26 0.21 0.21 0.18 0.13 0.19 0.12 0.19 0.22 0.21 0.21 0.20
N6 0.06 0.28 0.13 0.18 0.14 0.09 0.16 0.10 0.23 0.10 0.28 0.37 0.19 0.13 0.09 0.11 0.23 0.05 0.13 0.24 0.19 0.17 0.15
N7 0.15 0.25 0.24 0.30 0.18 0.21 0.19 0.24 0.21 0.20 0.24 0.33 0.20 0.20 0.17 0.19 0.34 0.15 0.25 0.22 0.31 0.28 0.28
N9 0.19 0.23 0.26 0.32 0.20 0.25 0.22 0.27 0.21 0.24 0.23 0.29 0.20 0.24 0.21 0.21 0.35 0.20 0.28 0.22 0.33 0.29 0.30
O2' 0.34 0.27 0.36 0.37 0.31 0.34 0.33 0.33 0.31 0.38 0.28 0.26 0.28 0.37 0.34 0.37 0.34 0.34 0.34 0.31 0.34 0.34 0.34
O3' 0.24 0.23 0.23 0.29 0.22 0.31 0.24 0.33 0.22 0.28 0.22 0.26 0.22 0.28 0.24 0.21 0.27 0.28 0.31 0.23 0.33 0.28 0.32
O4' 0.15 0.21 0.18 0.28 0.15 0.25 0.16 0.30 0.17 0.20 0.19 0.29 0.18 0.20 0.16 0.13 0.32 0.19 0.29 0.17 0.35 0.27 0.31
O5' 0.24 0.24 0.28 0.34 0.24 0.29 0.26 0.31 0.26 0.29 0.25 0.28 0.23 0.29 0.25 0.24 0.36 0.25 0.32 0.27 0.36 0.31 0.34
OP1 0.11 0.21 0.15 0.25 0.12 0.20 0.13 0.25 0.14 0.18 0.18 0.31 0.17 0.17 0.12 0.11 0.31 0.13 0.26 0.15 0.38 0.28 0.30
OP2 0.21 0.19 0.26 0.36 0.18 0.34 0.21 0.39 0.19 0.28 0.18 0.26 0.17 0.27 0.22 0.21 0.40 0.27 0.39 0.21 0.48 0.38 0.42
P 0.16 0.18 0.22 0.31 0.16 0.26 0.18 0.31 0.18 0.24 0.18 0.25 0.15 0.23 0.18 0.17 0.36 0.19 0.31 0.19 0.40 0.32 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.06 0.03 0.10 0.03 0.13 0.15 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.00 0.10 0.13 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.01
C5 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.13 0.01 0.15 0.16 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.03 0.02 0.12 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.15 0.00 0.17 0.19 0.15
C8 0.03 0.03 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.12 0.01 0.10 0.11 0.09
N1 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.13 0.02 0.16 0.18 0.14
N2 0.05 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.08 0.04 0.08 0.05 0.11 0.15 0.10
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.12 0.08
N7 0.03 0.04 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.08 0.06 0.16 0.02 0.16 0.15 0.14
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06 0.03
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04
O5' 0.03 0.10 0.02 0.04 0.09 0.01 0.13 0.01 0.15 0.12 0.13 0.08 0.07 0.16 0.06 0.01 0.06 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.16 0.00 0.19 0.20 0.17
OP1 0.06 0.13 0.07 0.08 0.10 0.09 0.15 0.09 0.17 0.10 0.16 0.11 0.09 0.16 0.07 0.10 0.10 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.15 0.05 0.04 0.13 0.02 0.16 0.02 0.19 0.11 0.18 0.15 0.12 0.15 0.10 0.03 0.06 0.07 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.02 0.15 0.09 0.14 0.10 0.08 0.14 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00