sequences=5 maxmove=0.1 pval=0.1 usescval=false complexatt=true cooling=1.0 currcool=1.0 attfactor=10.0 attvalpow=1 repfactor=10.0 repvalpow=1 dampening=1.0 minattract=1.0 cluster2d=false blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500 formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb showinfo=true zoom=1.0 dotsize=0 ovalsize=10 groupsize=4 usefoldchange=false avgfoldchange=false colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9; colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23): 1.0;0.0;0.0; 0.0;1.0;0.0; 0.0;0.0;1.0; >3CD6-01218-01033 X >2J01-A232-A175 X >1FJG-A161-A61 X >3OH5-A232-A175 X >3OH7-A232-A175 X 0 1:0.773141401511 0 2:0.37429919204 0 3:0.999993672258 0 4:0.995770333013 1 2:0.703160171775 1 3:0.401655790401 1 4:0.357808459214 2 3:0.950240191157 2 4:0.927324680174 3 4:0.127020211689