ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.028, 0.073, 0.118, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.073 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.035, 0.160, 0.285, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.160 std_dev=0.125
C2' A 0, -0.009, 0.134, 0.276, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.134 std_dev=0.143
O4' A 0, -0.024, 0.133, 0.290, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.133 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.049, 0.261, 0.474, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.261 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.061, 0.280, 0.498, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.280 std_dev=0.219
N9 B 0, 0.073, 0.302, 0.531, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.302 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.057, 0.287, 0.516, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.287 std_dev=0.230
C4' A 0, -0.029, 0.212, 0.453, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.212 std_dev=0.241
C3' A 0, -0.024, 0.218, 0.460, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.218 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.062, 0.306, 0.549, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.306 std_dev=0.243
C8 B 0, 0.059, 0.305, 0.551, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.305 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.077, 0.335, 0.593, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.335 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.079, 0.345, 0.611, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.345 std_dev=0.266
N7 B 0, 0.074, 0.356, 0.639, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.356 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.091, 0.417, 0.743, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.417 std_dev=0.326
N2 B 0, 0.090, 0.417, 0.744, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.417 std_dev=0.327
O3' A 0, 0.007, 0.340, 0.672, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.340 std_dev=0.333
O6 B 0, 0.082, 0.470, 0.858, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.470 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.087, 0.477, 0.866, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.477 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.098, 0.506, 0.914, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.506 std_dev=0.408
C5' A 0, -0.075, 0.338, 0.752, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.338 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.082, 0.580, 1.079, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.580 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.065, 0.576, 1.087, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.576 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.129, 0.686, 1.244, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.686 std_dev=0.558
O5' B 0, 0.102, 0.670, 1.237, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.670 std_dev=0.567
C5' B 0, 0.053, 0.634, 1.214, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.634 std_dev=0.580
O3' B 0, 0.054, 0.737, 1.420, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.737 std_dev=0.683
P B 0, 0.139, 0.838, 1.538, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.838 std_dev=0.700
OP2 B 0, 0.138, 1.035, 1.932, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.035 std_dev=0.897
O5' A 0, -0.172, 0.862, 1.897, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.862 std_dev=1.035
P A 0, -0.270, 1.106, 2.482, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.106 std_dev=1.376
OP2 A 0, -0.328, 1.228, 2.784, 4.064 max_d=4.064 avg_d=1.228 std_dev=1.556
OP1 A 0, -0.294, 1.277, 2.849, 4.142 max_d=4.142 avg_d=1.277 std_dev=1.571
OP1 B 0, -0.205, 1.435, 3.075, 4.526 max_d=4.526 avg_d=1.435 std_dev=1.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.06 0.22 0.19
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.07 0.32 0.26 0.69 0.49
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.25 0.10 0.19 0.19
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.13 0.10 0.21
C4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.36 0.31 0.65 0.51
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.17 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.47 0.52 0.86 0.69
C5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.11 0.05 0.03 0.09 0.12 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.10 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.47 0.54 0.94 0.72
C8 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.50 0.53 0.74 0.68
N1 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.11 0.05 0.40 0.42 0.85 0.62
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.07 0.28 0.17 0.57 0.41
N6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04 0.52 0.68 1.07 0.83
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.55 0.66 0.95 0.81
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.35 0.27 0.53 0.46
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.33 0.07 0.07
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.08 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.11 0.12 0.07 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.24 0.19 0.13 0.09
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.13 0.08 0.07
O5' 0.16 0.32 0.25 0.33 0.36 0.02 0.47 0.01 0.47 0.50 0.40 0.28 0.52 0.55 0.35 0.05 0.24 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.06 0.26 0.10 0.13 0.31 0.17 0.52 0.10 0.54 0.53 0.42 0.17 0.68 0.66 0.27 0.33 0.19 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.69 0.19 0.10 0.65 0.20 0.86 0.35 0.94 0.74 0.85 0.57 1.07 0.95 0.53 0.07 0.13 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.49 0.19 0.21 0.51 0.06 0.69 0.01 0.72 0.68 0.62 0.41 0.83 0.81 0.46 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.04 0.20 0.19 0.11 0.21 0.05 0.21 0.06 0.12 0.08 0.06 0.12 0.06 0.17 0.28 0.20 0.26 0.24 0.11 0.34 0.32 0.27
C2 0.15 0.09 0.12 0.14 0.14 0.12 0.13 0.16 0.10 0.16 0.09 0.05 0.14 0.14 0.17 0.08 0.14 0.16 0.29 0.10 0.72 0.53 0.42
C2' 0.17 0.16 0.07 0.07 0.10 0.11 0.12 0.09 0.17 0.11 0.19 0.22 0.10 0.10 0.12 0.14 0.12 0.19 0.09 0.19 0.09 0.25 0.12
C3' 0.15 0.12 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.07 0.12 0.07 0.15 0.17 0.06 0.06 0.09 0.14 0.16 0.17 0.09 0.15 0.02 0.23 0.09
C4 0.19 0.07 0.15 0.16 0.13 0.15 0.09 0.17 0.06 0.14 0.07 0.06 0.14 0.10 0.17 0.16 0.16 0.20 0.25 0.07 0.54 0.43 0.35
C4' 0.26 0.06 0.24 0.25 0.13 0.27 0.08 0.26 0.07 0.15 0.07 0.06 0.13 0.09 0.18 0.33 0.29 0.29 0.28 0.09 0.18 0.27 0.25
C5 0.18 0.08 0.14 0.15 0.13 0.14 0.09 0.16 0.06 0.15 0.06 0.06 0.14 0.11 0.16 0.14 0.16 0.19 0.25 0.07 0.54 0.43 0.35
C5' 0.28 0.10 0.27 0.30 0.16 0.30 0.12 0.30 0.09 0.18 0.08 0.09 0.16 0.13 0.21 0.35 0.36 0.31 0.34 0.10 0.21 0.28 0.29
C6 0.16 0.09 0.13 0.14 0.14 0.12 0.11 0.15 0.08 0.16 0.07 0.06 0.14 0.13 0.16 0.11 0.16 0.17 0.27 0.07 0.64 0.49 0.39
C8 0.21 0.06 0.16 0.16 0.11 0.17 0.06 0.17 0.06 0.13 0.07 0.06 0.12 0.08 0.16 0.21 0.19 0.22 0.22 0.09 0.37 0.34 0.27
N1 0.15 0.10 0.12 0.14 0.14 0.11 0.13 0.15 0.10 0.17 0.08 0.06 0.14 0.15 0.16 0.08 0.14 0.16 0.28 0.10 0.73 0.53 0.42
N3 0.18 0.08 0.14 0.15 0.14 0.14 0.11 0.17 0.08 0.15 0.08 0.07 0.14 0.12 0.17 0.12 0.15 0.18 0.27 0.08 0.63 0.47 0.39
N6 0.16 0.09 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.15 0.08 0.15 0.07 0.06 0.13 0.13 0.16 0.10 0.16 0.17 0.26 0.07 0.65 0.49 0.39
N7 0.19 0.07 0.15 0.16 0.12 0.15 0.08 0.16 0.06 0.13 0.06 0.06 0.13 0.09 0.16 0.17 0.18 0.20 0.23 0.08 0.44 0.38 0.30
N9 0.21 0.06 0.17 0.17 0.12 0.18 0.07 0.18 0.06 0.13 0.07 0.07 0.13 0.08 0.16 0.22 0.18 0.22 0.24 0.09 0.41 0.36 0.30
O2' 0.17 0.17 0.05 0.06 0.08 0.11 0.11 0.09 0.17 0.08 0.20 0.21 0.09 0.08 0.09 0.20 0.13 0.20 0.07 0.20 0.07 0.24 0.09
O3' 0.10 0.18 0.05 0.11 0.10 0.03 0.13 0.03 0.18 0.08 0.20 0.23 0.12 0.10 0.08 0.08 0.21 0.12 0.05 0.20 0.23 0.19 0.06
O4' 0.30 0.12 0.29 0.30 0.18 0.30 0.12 0.30 0.08 0.18 0.08 0.11 0.20 0.13 0.22 0.37 0.32 0.32 0.33 0.10 0.37 0.30 0.33
O5' 0.29 0.09 0.30 0.33 0.18 0.33 0.14 0.34 0.08 0.23 0.05 0.07 0.16 0.18 0.24 0.34 0.34 0.32 0.36 0.05 0.37 0.44 0.37
OP1 0.72 0.32 0.75 0.81 0.52 0.86 0.49 0.88 0.38 0.65 0.30 0.21 0.45 0.57 0.64 0.80 0.86 0.80 0.83 0.35 0.96 0.92 0.88
OP2 0.29 0.20 0.34 0.40 0.14 0.43 0.11 0.45 0.16 0.20 0.22 0.29 0.15 0.12 0.21 0.40 0.47 0.36 0.43 0.18 0.53 0.51 0.47
P 0.39 0.10 0.43 0.49 0.22 0.51 0.17 0.53 0.08 0.31 0.06 0.13 0.18 0.23 0.32 0.48 0.53 0.46 0.51 0.04 0.59 0.59 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.03 0.30 0.49 0.22
C2 0.06 0.00 0.08 0.10 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.12 0.05 0.23 0.02 0.87 0.41 0.41
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.15 0.26 0.12
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.07 0.05 0.09 0.12 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.11 0.13 0.06
C4 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.22 0.01 0.81 0.45 0.41
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.18 0.34 0.05
C5 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.26 0.02 1.05 0.46 0.49
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.12 0.12 0.10 0.08 0.15 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.34 0.29 0.01
C6 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.28 0.00 1.16 0.44 0.52
C8 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.22 0.02 0.84 0.52 0.44
N1 0.05 0.01 0.05 0.09 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.10 0.04 0.26 0.01 1.05 0.42 0.47
N2 0.08 0.00 0.11 0.12 0.02 0.08 0.01 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.15 0.08 0.22 0.04 0.81 0.40 0.39
N3 0.06 0.00 0.08 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.20 0.02 0.72 0.42 0.36
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.26 0.03 1.11 0.48 0.52
N9 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.18 0.03 0.64 0.48 0.35
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.12 0.08 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.03 0.08 0.30 0.06
O3' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.15 0.10 0.07 0.04 0.07 0.00 0.02 0.05 0.08 0.32 0.15 0.11
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.12 0.58 0.18
O5' 0.09 0.23 0.07 0.06 0.22 0.02 0.26 0.00 0.28 0.22 0.26 0.22 0.20 0.26 0.18 0.03 0.05 0.06 0.00 0.28 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.02 0.28 0.00 1.28 0.42 0.54
OP1 0.30 0.87 0.15 0.11 0.81 0.18 1.05 0.34 1.16 0.84 1.05 0.81 0.72 1.11 0.64 0.08 0.32 0.12 0.02 1.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.41 0.26 0.13 0.45 0.34 0.46 0.29 0.44 0.52 0.42 0.40 0.42 0.48 0.48 0.30 0.15 0.58 0.02 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.41 0.12 0.06 0.41 0.05 0.49 0.01 0.52 0.44 0.47 0.39 0.36 0.52 0.35 0.06 0.11 0.18 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00