ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N9 A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.014, 0.045, 0.076, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.095, 0.227, 0.360, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.227 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.058, 0.206, 0.353, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.206 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.062, 0.213, 0.364, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.213 std_dev=0.151
C8 B 0, 0.110, 0.353, 0.595, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.353 std_dev=0.242
N9 B 0, 0.193, 0.462, 0.731, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.462 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.157, 0.426, 0.695, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.426 std_dev=0.269
C3' A 0, 0.039, 0.314, 0.590, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.314 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.023, 0.299, 0.574, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.299 std_dev=0.276
N3 B 0, 0.219, 0.529, 0.839, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.529 std_dev=0.310
N7 B 0, 0.076, 0.401, 0.725, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.401 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.061, 0.416, 0.770, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.416 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.144, 0.514, 0.884, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.514 std_dev=0.370
O3' A 0, 0.021, 0.406, 0.790, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.406 std_dev=0.384
N2 B 0, 0.208, 0.617, 1.026, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.617 std_dev=0.409
C1' B 0, 0.280, 0.700, 1.119, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.700 std_dev=0.419
O5' A 0, 0.093, 0.537, 0.982, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.537 std_dev=0.444
C5' A 0, 0.080, 0.544, 1.007, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.544 std_dev=0.464
C6 B 0, 0.099, 0.581, 1.064, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.581 std_dev=0.482
N1 B 0, 0.037, 0.533, 1.029, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.533 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.265, 0.815, 1.365, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.815 std_dev=0.550
O4' B 0, 0.384, 0.936, 1.488, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.936 std_dev=0.552
O6 B 0, 0.260, 0.844, 1.427, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.844 std_dev=0.583
P A 0, 0.156, 0.771, 1.387, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.771 std_dev=0.616
OP1 A 0, 0.249, 0.872, 1.495, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.872 std_dev=0.623
O2' B 0, 0.289, 0.982, 1.675, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.982 std_dev=0.693
OP2 A 0, 0.144, 0.851, 1.558, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.851 std_dev=0.707
C3' B 0, 0.349, 1.066, 1.783, 1.760 max_d=1.760 avg_d=1.066 std_dev=0.717
C4' B 0, 0.443, 1.194, 1.945, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.194 std_dev=0.751
O5' B 0, 0.561, 1.363, 2.166, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.363 std_dev=0.802
OP2 B 0, 0.613, 1.461, 2.310, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.461 std_dev=0.848
C5' B 0, 0.555, 1.441, 2.328, 2.220 max_d=2.220 avg_d=1.441 std_dev=0.887
P B 0, 0.565, 1.465, 2.365, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.465 std_dev=0.900
O3' B 0, 0.422, 1.323, 2.224, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.323 std_dev=0.901
OP1 B 0, 1.278, 3.278, 5.279, 4.904 max_d=4.904 avg_d=3.278 std_dev=2.000

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.10
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.04 0.09 0.04 0.09 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.10 0.10 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.07
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04
C4 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.08 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.13 0.06 0.06 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.11 0.10 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.13 0.07 0.06 0.07
C8 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.12 0.07 0.06 0.06
N1 0.02 0.01 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.03 0.11 0.05 0.07 0.07
N3 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 0.07 0.04 0.09 0.08
N6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.14 0.02 0.16 0.09 0.06 0.08
N7 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.14 0.09 0.06 0.08
N9 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.07
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.13 0.02 0.16 0.12 0.14 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.01
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.17 0.15
O5' 0.02 0.09 0.02 0.04 0.09 0.03 0.13 0.01 0.13 0.12 0.11 0.07 0.16 0.14 0.07 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.09 0.09 0.04 0.04 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.08 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.08 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.11 0.15 0.17 0.13 0.20 0.15 0.20 0.20 0.17 0.05 0.12 0.21 0.17 0.20 0.28 0.12 0.26 0.22 0.34 0.18 0.20
C2 0.19 0.07 0.08 0.19 0.12 0.05 0.07 0.09 0.03 0.12 0.02 0.08 0.14 0.07 0.15 0.06 0.34 0.17 0.34 0.08 0.51 0.32 0.26
C2' 0.22 0.18 0.17 0.10 0.23 0.14 0.25 0.13 0.23 0.27 0.20 0.13 0.19 0.26 0.25 0.09 0.02 0.19 0.32 0.24 0.39 0.12 0.25
C3' 0.22 0.16 0.20 0.13 0.23 0.15 0.25 0.14 0.23 0.27 0.19 0.11 0.18 0.27 0.25 0.12 0.04 0.19 0.30 0.24 0.41 0.11 0.26
C4 0.16 0.09 0.08 0.17 0.14 0.07 0.12 0.11 0.08 0.15 0.06 0.06 0.13 0.12 0.16 0.10 0.31 0.14 0.30 0.05 0.41 0.26 0.23
C4' 0.13 0.10 0.12 0.13 0.15 0.15 0.20 0.15 0.21 0.20 0.16 0.03 0.10 0.22 0.16 0.20 0.22 0.14 0.20 0.24 0.29 0.13 0.17
C5 0.18 0.08 0.07 0.15 0.13 0.06 0.10 0.08 0.04 0.15 0.03 0.06 0.14 0.10 0.16 0.08 0.29 0.16 0.31 0.02 0.42 0.27 0.23
C5' 0.13 0.10 0.13 0.18 0.14 0.19 0.19 0.21 0.20 0.18 0.15 0.04 0.10 0.21 0.15 0.21 0.28 0.16 0.17 0.24 0.25 0.15 0.15
C6 0.21 0.07 0.06 0.15 0.13 0.06 0.07 0.07 0.03 0.13 0.02 0.07 0.14 0.08 0.16 0.06 0.30 0.20 0.33 0.08 0.47 0.30 0.25
C8 0.15 0.09 0.08 0.13 0.14 0.08 0.14 0.10 0.12 0.16 0.09 0.05 0.12 0.15 0.16 0.12 0.26 0.12 0.26 0.11 0.35 0.21 0.20
N1 0.21 0.07 0.06 0.16 0.12 0.06 0.06 0.07 0.05 0.13 0.04 0.08 0.15 0.06 0.16 0.05 0.31 0.21 0.35 0.12 0.51 0.33 0.27
N3 0.16 0.08 0.10 0.20 0.13 0.07 0.10 0.12 0.06 0.14 0.05 0.07 0.14 0.11 0.15 0.11 0.34 0.13 0.31 0.03 0.46 0.29 0.24
N6 0.21 0.05 0.05 0.14 0.11 0.07 0.05 0.06 0.06 0.12 0.05 0.06 0.13 0.06 0.16 0.07 0.29 0.21 0.33 0.13 0.47 0.31 0.25
N7 0.16 0.07 0.07 0.14 0.13 0.06 0.10 0.08 0.06 0.14 0.05 0.05 0.12 0.11 0.15 0.09 0.28 0.14 0.28 0.04 0.38 0.24 0.21
N9 0.15 0.10 0.09 0.15 0.15 0.09 0.15 0.12 0.13 0.17 0.11 0.05 0.12 0.16 0.16 0.14 0.29 0.12 0.27 0.13 0.37 0.22 0.21
O2' 0.17 0.15 0.17 0.13 0.21 0.11 0.25 0.11 0.24 0.26 0.20 0.09 0.15 0.27 0.23 0.10 0.06 0.15 0.31 0.26 0.38 0.11 0.24
O3' 0.28 0.18 0.32 0.29 0.26 0.29 0.27 0.30 0.25 0.31 0.20 0.13 0.21 0.30 0.30 0.24 0.25 0.27 0.34 0.25 0.52 0.15 0.33
O4' 0.15 0.12 0.15 0.22 0.17 0.21 0.22 0.23 0.23 0.21 0.18 0.07 0.13 0.23 0.17 0.26 0.35 0.16 0.25 0.26 0.32 0.15 0.20
O5' 0.13 0.12 0.10 0.15 0.16 0.14 0.20 0.16 0.20 0.19 0.17 0.07 0.12 0.21 0.16 0.16 0.26 0.12 0.18 0.23 0.27 0.15 0.16
OP1 0.13 0.07 0.11 0.16 0.13 0.15 0.17 0.19 0.16 0.18 0.11 0.03 0.09 0.19 0.15 0.15 0.27 0.13 0.15 0.19 0.24 0.13 0.13
OP2 0.11 0.05 0.11 0.21 0.08 0.15 0.08 0.19 0.06 0.11 0.04 0.07 0.07 0.10 0.11 0.14 0.34 0.10 0.17 0.06 0.24 0.23 0.14
P 0.11 0.04 0.14 0.25 0.08 0.22 0.09 0.26 0.09 0.11 0.05 0.06 0.07 0.11 0.10 0.20 0.38 0.15 0.15 0.11 0.20 0.23 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.04 0.22 0.48 0.17
C2 0.02 0.00 0.19 0.22 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.29 0.03 0.29 0.02 0.55 0.34 0.25
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.01 0.10 0.04 0.15 0.22 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.09 0.23 0.26 0.11
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.17 0.29 0.21 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.39 0.06 0.32 0.09 0.24
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.11 0.03 0.31 0.03 0.52 0.37 0.24
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.10 0.16 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.38 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.40 0.02 0.66 0.28 0.30
C5' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.16 0.20 0.15 0.09 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.10 0.14 0.36 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.09 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.10 0.03 0.42 0.00 0.71 0.23 0.32
C8 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.02 0.38 0.03 0.54 0.35 0.27
N1 0.03 0.01 0.15 0.17 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.03 0.37 0.02 0.65 0.28 0.29
N2 0.03 0.00 0.22 0.29 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.39 0.04 0.25 0.02 0.52 0.36 0.23
N3 0.02 0.01 0.19 0.21 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.26 0.03 0.24 0.03 0.47 0.39 0.22
N7 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.03 0.45 0.04 0.69 0.25 0.33
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.27 0.03 0.42 0.41 0.21
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.02 0.16 0.23 0.17 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.10 0.10 0.18 0.30 0.04
O3' 0.02 0.29 0.02 0.01 0.11 0.00 0.04 0.04 0.10 0.15 0.22 0.39 0.26 0.10 0.02 0.06 0.00 0.01 0.43 0.06 0.50 0.09 0.37
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.14 0.04 0.16 0.58 0.24
O5' 0.10 0.29 0.24 0.39 0.31 0.01 0.40 0.00 0.42 0.38 0.37 0.25 0.24 0.45 0.27 0.10 0.43 0.14 0.00 0.47 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.09 0.06 0.03 0.05 0.02 0.10 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.10 0.06 0.04 0.47 0.00 0.78 0.15 0.35
OP1 0.22 0.55 0.23 0.32 0.52 0.07 0.66 0.14 0.71 0.54 0.65 0.52 0.47 0.69 0.42 0.18 0.50 0.16 0.03 0.78 0.00 0.02 0.02
OP2 0.48 0.34 0.26 0.09 0.37 0.38 0.28 0.36 0.23 0.35 0.28 0.36 0.39 0.25 0.41 0.30 0.09 0.58 0.02 0.15 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.25 0.11 0.24 0.24 0.04 0.30 0.01 0.32 0.27 0.29 0.23 0.22 0.33 0.21 0.04 0.37 0.24 0.01 0.35 0.02 0.01 0.00