ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53471

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.010, 0.032, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.012, 0.078, 0.145, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.078 std_dev=0.067
OP2 A 0, 0.054, 0.151, 0.248, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.151 std_dev=0.097
O2' B 0, 0.038, 0.136, 0.235, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.136 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.015, 0.148, 0.281, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.148 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.051, 0.192, 0.334, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.192 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.053, 0.202, 0.351, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.202 std_dev=0.149
C2' B 0, 0.034, 0.183, 0.333, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.183 std_dev=0.149
C2 B 0, 0.053, 0.203, 0.352, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.203 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.031, 0.181, 0.331, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.181 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.042, 0.192, 0.342, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.192 std_dev=0.150
P A 0, 0.047, 0.199, 0.351, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.199 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.028, 0.182, 0.336, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.182 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.044, 0.199, 0.354, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.199 std_dev=0.155
N2 B 0, 0.071, 0.234, 0.397, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.234 std_dev=0.163
N9 B 0, 0.033, 0.198, 0.363, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.198 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.033, 0.202, 0.370, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.168
O6 B 0, 0.042, 0.211, 0.379, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.211 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.028, 0.207, 0.385, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.207 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.041, 0.221, 0.402, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.221 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.051, 0.237, 0.423, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.237 std_dev=0.186
OP1 A 0, 0.052, 0.241, 0.430, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.241 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.023, 0.222, 0.420, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.222 std_dev=0.198
N7 B 0, 0.020, 0.220, 0.421, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.220 std_dev=0.201
C5' B 0, 0.030, 0.253, 0.476, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.253 std_dev=0.223
O5' A 0, 0.030, 0.317, 0.605, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.317 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.074, 0.415, 0.756, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.415 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.125, 0.467, 0.809, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.467 std_dev=0.342
P B 0, 0.092, 0.466, 0.839, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.466 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.085, 0.524, 0.964, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.524 std_dev=0.440

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.12 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.07 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.09 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.03
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.12 0.04
C5' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.08 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.12 0.06
C8 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.12 0.06
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.11 0.03
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.12 0.06
N7 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.11 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.10 0.05 0.09
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.12 0.10 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.02
O5' 0.06 0.09 0.15 0.16 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.04 0.18 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.03 0.08 0.09 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.10 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.12 0.07 0.08 0.11 0.14 0.12 0.16 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.05 0.07 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.10 0.05 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C2 0.11 0.05 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09 0.13 0.06 0.03 0.08 0.13 0.12 0.02 0.04 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10
C2' 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.13 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05
C3' 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.16 0.02 0.06 0.02 0.10 0.07 0.06
C4 0.09 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.09 0.05 0.08 0.10 0.06 0.01 0.07 0.10 0.10 0.04 0.02 0.09 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05
C4' 0.02 0.05 0.04 0.10 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.16 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05
C5 0.10 0.08 0.09 0.05 0.10 0.05 0.10 0.05 0.09 0.11 0.08 0.05 0.10 0.11 0.11 0.05 0.01 0.09 0.06 0.09 0.04 0.06 0.06
C5' 0.02 0.04 0.04 0.12 0.03 0.09 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.18 0.03 0.06 0.02 0.10 0.10 0.07
C6 0.11 0.10 0.10 0.07 0.12 0.07 0.12 0.08 0.11 0.12 0.10 0.07 0.11 0.13 0.12 0.04 0.02 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09
C8 0.08 0.07 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.04 0.08 0.09 0.08 0.04 0.05 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03
N1 0.12 0.09 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.11 0.13 0.09 0.04 0.11 0.14 0.13 0.03 0.04 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10
N3 0.10 0.03 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.05 0.03 0.06 0.11 0.10 0.03 0.02 0.10 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07
N6 0.11 0.12 0.10 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.13 0.04 0.03 0.10 0.08 0.12 0.07 0.09 0.09
N7 0.10 0.09 0.09 0.04 0.10 0.04 0.10 0.04 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.05 0.02 0.09 0.05 0.10 0.03 0.05 0.05
N9 0.07 0.05 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.04 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02
O2' 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.14 0.02 0.08 0.04 0.11 0.07 0.07
O3' 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.08 0.02 0.11 0.07 0.07
O4' 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02
O5' 0.11 0.08 0.13 0.08 0.11 0.06 0.14 0.04 0.13 0.15 0.11 0.03 0.08 0.16 0.12 0.15 0.06 0.09 0.12 0.14 0.10 0.10 0.12
OP1 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.10 0.04 0.04 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01
OP2 0.14 0.11 0.13 0.06 0.14 0.08 0.15 0.05 0.15 0.16 0.13 0.07 0.11 0.17 0.15 0.16 0.02 0.13 0.11 0.16 0.07 0.07 0.10
P 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.02 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.02 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04
N2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04
N3 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.12 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.02 0.07 0.03 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.03 0.08 0.06 0.06
O5' 0.05 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.11 0.08 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05
OP1 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00