Doublet Group distance statistics: 53473

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C5	A	0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C4	A	0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N9	A	0, 0.012, 0.050, 0.089, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.050 std_dev=0.039
N6	A	0, 0.019, 0.070, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.070 std_dev=0.051
N7	A	0, 0.025, 0.087, 0.150, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.087 std_dev=0.062
C8	A	0, 0.027, 0.098, 0.169, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.098 std_dev=0.071
O4'	A	0, -0.018, 0.104, 0.225, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.104 std_dev=0.122
C2'	A	0, 0.063, 0.216, 0.369, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.216 std_dev=0.153
N3	B	0, -0.004, 0.185, 0.373, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.185 std_dev=0.188
N9	B	0, 0.080, 0.273, 0.466, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.273 std_dev=0.193
C4	B	0, 0.039, 0.239, 0.440, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.239 std_dev=0.200
C4'	A	0, 0.078, 0.295, 0.512, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.295 std_dev=0.217
O2'	A	0, 0.049, 0.293, 0.536, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.293 std_dev=0.243
C3'	A	0, 0.098, 0.373, 0.648, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.373 std_dev=0.275
C1'	B	0, 0.050, 0.345, 0.640, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.345 std_dev=0.295
C2	B	0, 0.031, 0.365, 0.700, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.365 std_dev=0.334
C5'	A	0, 0.063, 0.413, 0.763, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.413 std_dev=0.350
C8	B	0, 0.080, 0.514, 0.948, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.514 std_dev=0.434
N1	B	0, 0.180, 0.615, 1.050, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.615 std_dev=0.435
C2'	B	0, 0.169, 0.616, 1.063, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.616 std_dev=0.447
P	B	0, 0.182, 0.646, 1.110, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.646 std_dev=0.464
N2	B	0, -0.018, 0.469, 0.955, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.469 std_dev=0.487
OP1	B	0, 0.208, 0.712, 1.215, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.712 std_dev=0.503
O4'	B	0, 0.056, 0.564, 1.072, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.564 std_dev=0.508
C5	B	0, -0.039, 0.475, 0.989, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.475 std_dev=0.514
O2'	B	0, 0.228, 0.792, 1.356, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.792 std_dev=0.564
C6	B	0, 0.108, 0.698, 1.288, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.698 std_dev=0.590
OP2	B	0, 0.050, 0.655, 1.260, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.655 std_dev=0.605
O3'	A	0, 0.181, 0.791, 1.400, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.791 std_dev=0.610
O5'	B	0, 0.087, 0.698, 1.309, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.698 std_dev=0.611
C3'	B	0, 0.185, 0.832, 1.480, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.832 std_dev=0.648
N7	B	0, -0.108, 0.578, 1.264, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.578 std_dev=0.686
C4'	B	0, 0.132, 0.831, 1.531, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.831 std_dev=0.699
O6	B	0, 0.118, 0.960, 1.803, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.960 std_dev=0.842
O3'	B	0, 0.272, 1.150, 2.028, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.150 std_dev=0.878
C5'	B	0, 0.047, 0.962, 1.878, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.962 std_dev=0.916
O5'	A	0, 0.167, 1.206, 2.245, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.206 std_dev=1.039
OP1	A	0, 0.343, 1.519, 2.696, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.519 std_dev=1.177
P	A	0, 0.332, 1.682, 3.032, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.682 std_dev=1.350
OP2	A	0, -0.291, 2.043, 4.377, 5.309 max_d=5.309 avg_d=2.043 std_dev=2.334

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.04	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.01	0.00	0.00	0.02	0.11	0.00	0.21	0.26	0.24	0.32
C2	0.05	0.00	0.16	0.12	0.01	0.04	0.00	0.09	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.25	0.23	0.02	0.45	0.57	0.69	0.76
C2'	0.00	0.16	0.00	0.01	0.08	0.02	0.03	0.04	0.07	0.08	0.13	0.16	0.04	0.05	0.01	0.00	0.07	0.02	0.30	0.17	0.39	0.29
C3'	0.04	0.12	0.01	0.00	0.04	0.01	0.06	0.02	0.06	0.14	0.08	0.12	0.10	0.14	0.03	0.01	0.01	0.04	0.33	0.10	0.44	0.23
C4	0.02	0.01	0.08	0.04	0.00	0.03	0.00	0.13	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.10	0.02	0.55	0.54	0.78	0.81
C4'	0.00	0.04	0.02	0.01	0.03	0.00	0.08	0.01	0.06	0.13	0.01	0.04	0.11	0.13	0.05	0.06	0.08	0.00	0.02	0.08	0.01	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.08	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.06	0.02	0.76	0.68	1.16	1.09
C5'	0.03	0.09	0.04	0.02	0.13	0.01	0.21	0.00	0.21	0.24	0.15	0.06	0.27	0.27	0.13	0.06	0.02	0.01	0.01	0.05	0.07	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.06	0.01	0.06	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.12	0.08	0.02	0.76	0.74	1.21	1.14
C8	0.02	0.00	0.08	0.14	0.01	0.13	0.01	0.24	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.06	0.14	0.01	0.84	0.58	1.15	1.05
N1	0.05	0.00	0.13	0.08	0.02	0.01	0.01	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.21	0.16	0.02	0.61	0.67	0.97	0.97
N3	0.05	0.01	0.16	0.12	0.00	0.04	0.01	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.23	0.23	0.02	0.38	0.48	0.54	0.63
N6	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.11	0.01	0.27	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.09	0.11	0.03	0.88	0.84	1.47	1.32
N7	0.00	0.00	0.05	0.14	0.00	0.13	0.00	0.27	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.15	0.01	0.92	0.71	1.41	1.25
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.13	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.53	0.45	0.70	0.72
O2'	0.02	0.25	0.00	0.01	0.12	0.06	0.07	0.06	0.12	0.06	0.21	0.23	0.09	0.02	0.01	0.00	0.13	0.06	0.10	0.10	0.11	0.06
O3'	0.11	0.23	0.07	0.01	0.10	0.08	0.06	0.02	0.08	0.14	0.16	0.23	0.11	0.15	0.03	0.13	0.00	0.09	0.16	0.13	0.25	0.08
O4'	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.04	0.22	0.05	0.15
O5'	0.21	0.45	0.30	0.33	0.55	0.02	0.76	0.01	0.76	0.84	0.61	0.38	0.88	0.92	0.53	0.10	0.16	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.26	0.57	0.17	0.10	0.54	0.08	0.68	0.05	0.74	0.58	0.67	0.48	0.84	0.71	0.45	0.10	0.13	0.22	0.01	0.00	0.04	0.01
OP2	0.24	0.69	0.39	0.44	0.78	0.01	1.16	0.07	1.21	1.15	0.97	0.54	1.47	1.41	0.70	0.11	0.25	0.05	0.01	0.04	0.00	0.00
P	0.32	0.76	0.29	0.23	0.81	0.02	1.09	0.01	1.14	1.05	0.97	0.63	1.32	1.25	0.72	0.06	0.08	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.11	0.33	0.38	0.03	0.32	0.01	0.33	0.06	0.08	0.12	0.19	0.01	0.04	0.09	0.31	0.45	0.17	0.24	0.08	0.22	0.17	0.28
C2	0.08	0.03	0.25	0.31	0.05	0.20	0.07	0.19	0.11	0.06	0.09	0.08	0.08	0.08	0.05	0.20	0.41	0.07	0.10	0.18	0.04	0.06	0.10
C2'	0.08	0.26	0.19	0.21	0.21	0.18	0.26	0.18	0.30	0.21	0.31	0.26	0.18	0.26	0.16	0.26	0.29	0.09	0.08	0.33	0.11	0.07	0.15
C3'	0.25	0.32	0.06	0.08	0.32	0.12	0.36	0.12	0.37	0.34	0.36	0.30	0.29	0.37	0.31	0.10	0.15	0.24	0.14	0.39	0.07	0.15	0.13
C4	0.13	0.01	0.32	0.37	0.06	0.27	0.05	0.27	0.08	0.07	0.07	0.05	0.08	0.06	0.08	0.28	0.46	0.13	0.18	0.12	0.14	0.09	0.20
C4'	0.15	0.27	0.07	0.14	0.19	0.13	0.19	0.18	0.22	0.15	0.26	0.32	0.23	0.16	0.16	0.08	0.23	0.14	0.08	0.21	0.09	0.03	0.13
C5	0.12	0.01	0.32	0.37	0.06	0.27	0.06	0.27	0.10	0.07	0.08	0.05	0.08	0.08	0.08	0.29	0.47	0.12	0.17	0.16	0.15	0.09	0.20
C5'	0.24	0.25	0.04	0.02	0.22	0.09	0.21	0.08	0.21	0.21	0.24	0.28	0.24	0.21	0.22	0.07	0.10	0.25	0.05	0.21	0.06	0.08	0.01
C6	0.11	0.03	0.30	0.35	0.05	0.24	0.08	0.24	0.12	0.07	0.08	0.08	0.09	0.10	0.06	0.26	0.46	0.09	0.13	0.19	0.10	0.06	0.15
C8	0.14	0.02	0.34	0.39	0.06	0.31	0.04	0.33	0.06	0.08	0.07	0.07	0.06	0.06	0.09	0.33	0.48	0.15	0.23	0.10	0.24	0.17	0.27
N1	0.08	0.04	0.26	0.32	0.05	0.21	0.09	0.19	0.13	0.07	0.09	0.10	0.08	0.11	0.05	0.22	0.42	0.06	0.09	0.21	0.04	0.07	0.11
N3	0.11	0.01	0.28	0.33	0.05	0.23	0.05	0.23	0.08	0.06	0.08	0.04	0.07	0.05	0.07	0.23	0.42	0.10	0.13	0.13	0.08	0.06	0.15
N6	0.11	0.04	0.31	0.36	0.05	0.25	0.08	0.25	0.13	0.07	0.08	0.10	0.10	0.11	0.06	0.28	0.47	0.09	0.14	0.21	0.12	0.06	0.16
N7	0.13	0.01	0.34	0.38	0.05	0.29	0.06	0.30	0.09	0.07	0.07	0.05	0.07	0.08	0.08	0.31	0.48	0.13	0.20	0.14	0.20	0.13	0.24
N9	0.14	0.04	0.34	0.38	0.06	0.30	0.03	0.31	0.05	0.08	0.08	0.09	0.06	0.05	0.10	0.31	0.47	0.15	0.22	0.09	0.20	0.15	0.25
O2'	0.06	0.40	0.18	0.20	0.30	0.22	0.34	0.21	0.40	0.22	0.43	0.39	0.32	0.30	0.19	0.31	0.27	0.09	0.08	0.42	0.13	0.06	0.16
O3'	0.55	0.55	0.33	0.30	0.61	0.33	0.64	0.30	0.64	0.65	0.60	0.49	0.55	0.67	0.61	0.20	0.19	0.51	0.40	0.65	0.25	0.40	0.31
O4'	0.13	0.11	0.32	0.40	0.04	0.34	0.05	0.39	0.04	0.12	0.10	0.22	0.03	0.09	0.10	0.28	0.49	0.18	0.30	0.05	0.27	0.23	0.33
O5'	0.43	0.21	0.37	0.44	0.30	0.46	0.28	0.44	0.22	0.36	0.20	0.18	0.27	0.32	0.37	0.42	0.49	0.48	0.43	0.21	0.50	0.46	0.41
OP1	0.30	0.07	0.13	0.15	0.14	0.29	0.12	0.26	0.09	0.21	0.07	0.04	0.12	0.15	0.22	0.19	0.14	0.39	0.21	0.10	0.28	0.21	0.21
OP2	0.65	0.29	0.69	0.88	0.45	0.85	0.42	0.88	0.33	0.58	0.28	0.21	0.38	0.50	0.56	0.71	1.05	0.75	0.85	0.32	1.05	0.91	0.87
P	0.59	0.14	0.51	0.64	0.33	0.73	0.29	0.74	0.19	0.48	0.12	0.04	0.26	0.38	0.47	0.58	0.72	0.71	0.69	0.16	0.85	0.71	0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.03	0.05	0.02	0.05
C2	0.02	0.00	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.05	0.03	0.09	0.00	0.18	0.15	0.07
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.03	0.04	0.02	0.04	0.06	0.02	0.07	0.05	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.05	0.06	0.16	0.11	0.04
C3'	0.02	0.03	0.00	0.00	0.08	0.01	0.13	0.02	0.12	0.16	0.06	0.04	0.03	0.16	0.09	0.00	0.02	0.02	0.07	0.16	0.23	0.11	0.09
C4	0.01	0.01	0.02	0.08	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.10	0.01	0.07	0.02	0.12	0.10	0.03
C4'	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.05	0.06	0.02	0.02	0.01	0.06	0.03	0.08	0.01	0.00	0.01	0.08	0.06	0.01	0.04
C5	0.01	0.01	0.04	0.13	0.00	0.05	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.17	0.01	0.04	0.03	0.10	0.08	0.03
C5'	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.04	0.01	0.04	0.03	0.03	0.02	0.09	0.07	0.02	0.01	0.05	0.05	0.01	0.02
C6	0.02	0.01	0.04	0.12	0.01	0.05	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.05	0.17	0.02	0.04	0.00	0.12	0.10	0.04
C8	0.01	0.01	0.06	0.16	0.00	0.06	0.01	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.19	0.01	0.02	0.05	0.03	0.02	0.03
N1	0.02	0.00	0.02	0.06	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.10	0.02	0.07	0.01	0.17	0.14	0.07
N2	0.03	0.00	0.07	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.07	0.03	0.10	0.00	0.21	0.17	0.08
N3	0.02	0.01	0.05	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.05	0.02	0.09	0.01	0.16	0.13	0.05
N7	0.01	0.01	0.05	0.16	0.00	0.06	0.00	0.03	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.01	0.02	0.06	0.05	0.03	0.00
N9	0.00	0.01	0.03	0.09	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.11	0.01	0.05	0.03	0.07	0.04	0.02
O2'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.05	0.08	0.03	0.09	0.05	0.02	0.09	0.15	0.11	0.01	0.02	0.00	0.03	0.03	0.05	0.03	0.08	0.04	0.07
O3'	0.02	0.05	0.02	0.02	0.10	0.01	0.17	0.07	0.17	0.19	0.10	0.07	0.05	0.22	0.11	0.03	0.00	0.01	0.13	0.22	0.27	0.14	0.13
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.04	0.05	0.09	0.12
O5'	0.05	0.09	0.05	0.07	0.07	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.07	0.10	0.09	0.02	0.05	0.05	0.13	0.05	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01
O6	0.03	0.00	0.06	0.16	0.02	0.08	0.03	0.05	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.06	0.03	0.03	0.22	0.04	0.01	0.00	0.07	0.07	0.02
OP1	0.05	0.18	0.16	0.23	0.12	0.06	0.10	0.05	0.12	0.03	0.17	0.21	0.16	0.05	0.07	0.08	0.27	0.05	0.04	0.07	0.00	0.01	0.00
OP2	0.02	0.15	0.11	0.11	0.10	0.01	0.08	0.01	0.10	0.02	0.14	0.17	0.13	0.03	0.04	0.04	0.14	0.09	0.02	0.07	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.07	0.04	0.09	0.03	0.04	0.03	0.02	0.04	0.03	0.07	0.08	0.05	0.00	0.02	0.07	0.13	0.12	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00