ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.013, 0.045, 0.078, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.012, 0.048, 0.084, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.016, 0.054, 0.091, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.076 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.039, 0.188, 0.337, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.188 std_dev=0.149
C2' A 0, 0.055, 0.236, 0.416, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.236 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.059, 0.261, 0.462, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.261 std_dev=0.202
O2' A 0, 0.007, 0.219, 0.431, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.219 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.069, 0.294, 0.518, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.294 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.011, 0.242, 0.474, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.242 std_dev=0.231
N2 B 0, 0.087, 0.321, 0.555, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.321 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.087, 0.323, 0.559, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.323 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.042, 0.280, 0.519, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.280 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.025, 0.279, 0.533, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.279 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.101, 0.367, 0.633, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.367 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.110, 0.391, 0.673, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.391 std_dev=0.281
C3' A 0, 0.102, 0.387, 0.672, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.387 std_dev=0.285
O3' B 0, 0.048, 0.334, 0.621, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.334 std_dev=0.287
C8 B 0, 0.067, 0.355, 0.642, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.355 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.117, 0.408, 0.698, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.408 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.104, 0.395, 0.686, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.395 std_dev=0.291
C1' B 0, -0.053, 0.243, 0.539, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.243 std_dev=0.296
C3' B 0, -0.007, 0.295, 0.597, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.295 std_dev=0.302
C6 B 0, 0.125, 0.432, 0.738, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.432 std_dev=0.306
O4' B 0, -0.060, 0.302, 0.663, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.302 std_dev=0.361
O6 B 0, 0.154, 0.527, 0.899, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.527 std_dev=0.372
C4' B 0, -0.102, 0.280, 0.662, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.280 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.102, 0.513, 0.923, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.513 std_dev=0.411
P A 0, 0.187, 0.638, 1.089, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.638 std_dev=0.451
C5' A 0, 0.178, 0.635, 1.093, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.635 std_dev=0.457
O5' B 0, -0.054, 0.411, 0.875, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.411 std_dev=0.464
C5' B 0, -0.095, 0.370, 0.836, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.370 std_dev=0.465
P B 0, -0.038, 0.466, 0.971, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.466 std_dev=0.505
OP1 B 0, -0.046, 0.466, 0.978, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.466 std_dev=0.512
OP2 B 0, -0.021, 0.510, 1.040, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.510 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.209, 0.788, 1.367, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.788 std_dev=0.579
OP2 A 0, 0.486, 1.687, 2.888, 2.701 max_d=2.701 avg_d=1.687 std_dev=1.201
OP1 A 0, 0.533, 1.867, 3.200, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.867 std_dev=1.333

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.31 0.39 0.37 0.10
C2 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.05 0.38 0.53 0.53 0.05
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.34 0.24 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.31 0.18 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02 0.39 0.55 0.50 0.06
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.27 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.42 0.63 0.55 0.06
C5' 0.08 0.25 0.03 0.01 0.25 0.00 0.31 0.00 0.32 0.32 0.29 0.22 0.34 0.35 0.24 0.01 0.08 0.03 0.00 0.40 0.38 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.11 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.43 0.64 0.59 0.05
C8 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.12 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.44 0.62 0.48 0.10
N1 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.10 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.04 0.41 0.60 0.57 0.04
N3 0.04 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.02 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.36 0.50 0.49 0.06
N6 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.12 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.44 0.69 0.61 0.07
N7 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.44 0.68 0.56 0.08
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.38 0.52 0.44 0.08
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.30 0.17 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.20 0.26 0.12 0.14
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.33 0.30 0.42 0.16
O5' 0.31 0.38 0.16 0.05 0.39 0.01 0.42 0.00 0.43 0.44 0.41 0.36 0.44 0.44 0.38 0.03 0.20 0.33 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.39 0.53 0.34 0.31 0.55 0.33 0.63 0.40 0.64 0.62 0.60 0.50 0.69 0.68 0.52 0.30 0.26 0.30 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.53 0.24 0.18 0.50 0.27 0.55 0.38 0.59 0.48 0.57 0.49 0.61 0.56 0.44 0.17 0.12 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.05 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.05 0.10 0.04 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.14 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.10 0.16 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.12 0.09 0.07
C2 0.15 0.14 0.11 0.12 0.15 0.12 0.14 0.14 0.13 0.16 0.12 0.13 0.16 0.15 0.16 0.01 0.07 0.14 0.16 0.13 0.20 0.20 0.17
C2' 0.12 0.09 0.11 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.11 0.12 0.02 0.02 0.11 0.10 0.09 0.13 0.12 0.10
C3' 0.16 0.09 0.14 0.09 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.16 0.08 0.14 0.09 0.14 0.15 0.09 0.02 0.16 0.13 0.10 0.16 0.14 0.13
C4 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.06 0.10 0.10 0.12 0.01 0.03 0.11 0.11 0.08 0.16 0.15 0.12
C4' 0.15 0.05 0.14 0.10 0.09 0.13 0.08 0.13 0.05 0.14 0.05 0.13 0.05 0.11 0.13 0.12 0.05 0.17 0.16 0.06 0.20 0.16 0.17
C5 0.12 0.09 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.11 0.12 0.01 0.02 0.11 0.11 0.10 0.15 0.14 0.12
C5' 0.21 0.10 0.20 0.19 0.10 0.25 0.09 0.26 0.05 0.19 0.09 0.20 0.06 0.14 0.17 0.20 0.16 0.26 0.27 0.05 0.33 0.26 0.29
C6 0.13 0.12 0.09 0.08 0.13 0.08 0.13 0.10 0.12 0.14 0.11 0.10 0.13 0.13 0.14 0.01 0.02 0.13 0.13 0.12 0.16 0.17 0.14
C8 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.05 0.07 0.06 0.05 0.11 0.09 0.07
N1 0.14 0.14 0.10 0.10 0.15 0.10 0.15 0.12 0.14 0.16 0.13 0.13 0.15 0.15 0.16 0.00 0.05 0.14 0.15 0.14 0.19 0.20 0.16
N3 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.09 0.13 0.08 0.08 0.13 0.12 0.14 0.00 0.06 0.13 0.14 0.09 0.19 0.18 0.15
N6 0.13 0.12 0.08 0.06 0.13 0.08 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.13 0.14 0.14 0.01 0.01 0.12 0.12 0.13 0.15 0.16 0.13
N7 0.10 0.07 0.07 0.04 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.01 0.04 0.09 0.08 0.08 0.12 0.12 0.09
N9 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.03 0.07 0.08 0.04 0.13 0.11 0.09
O2' 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.05 0.11 0.06 0.10 0.13 0.07 0.08 0.09 0.12 0.13 0.02 0.03 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09
O3' 0.22 0.11 0.18 0.12 0.18 0.15 0.18 0.15 0.16 0.22 0.12 0.12 0.13 0.21 0.21 0.13 0.01 0.22 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15
O4' 0.04 0.15 0.06 0.07 0.08 0.04 0.09 0.04 0.11 0.06 0.15 0.20 0.11 0.08 0.06 0.06 0.10 0.04 0.03 0.11 0.06 0.05 0.03
O5' 0.08 0.12 0.08 0.16 0.09 0.18 0.09 0.22 0.12 0.07 0.13 0.12 0.10 0.07 0.07 0.10 0.27 0.12 0.14 0.14 0.15 0.12 0.15
OP1 0.15 0.32 0.19 0.25 0.19 0.25 0.19 0.27 0.25 0.13 0.32 0.41 0.25 0.15 0.14 0.21 0.33 0.19 0.23 0.25 0.24 0.22 0.23
OP2 0.31 0.31 0.33 0.30 0.28 0.34 0.29 0.36 0.30 0.31 0.31 0.36 0.28 0.29 0.30 0.33 0.29 0.33 0.36 0.31 0.43 0.34 0.38
P 0.08 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.04 0.10 0.07 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.09 0.07
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N1 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.09 0.06
N2 0.05 0.00 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04
N3 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.11 0.17 0.11 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.06
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.08 0.18 0.16 0.16
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.05 0.07 0.07
O5' 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.04 0.13 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.11 0.11 0.09
OP1 0.02 0.08 0.05 0.08 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.18 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.02 0.08 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.16 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.16 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00