ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53476

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.014, 0.046, 0.079, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.020, 0.069, 0.119, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.069 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.075 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.026, 0.088, 0.151, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.088 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.021, 0.089, 0.157, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.089 std_dev=0.068
N1 B 0, 0.039, 0.140, 0.242, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.140 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.040, 0.145, 0.250, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.145 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.044, 0.149, 0.254, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.149 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.047, 0.163, 0.278, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.163 std_dev=0.116
C2 B 0, 0.052, 0.179, 0.307, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.179 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.054, 0.185, 0.317, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.185 std_dev=0.131
O6 B 0, 0.058, 0.202, 0.346, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.202 std_dev=0.144
N2 B 0, 0.061, 0.211, 0.361, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.211 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.067, 0.230, 0.393, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.230 std_dev=0.163
P A 0, 0.061, 0.225, 0.389, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.225 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.072, 0.247, 0.422, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.247 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.073, 0.251, 0.428, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.251 std_dev=0.177
O3' B 0, 0.074, 0.254, 0.433, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.254 std_dev=0.179
C5' B 0, 0.076, 0.258, 0.441, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.258 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.076, 0.258, 0.441, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.258 std_dev=0.183
C3' B 0, 0.077, 0.264, 0.451, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.264 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.080, 0.272, 0.464, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.272 std_dev=0.192
OP1 A 0, 0.079, 0.278, 0.477, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.278 std_dev=0.199
O2' B 0, 0.083, 0.284, 0.484, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.284 std_dev=0.201
C4' A 0, 0.085, 0.293, 0.501, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.293 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.087, 0.295, 0.504, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.295 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.087, 0.296, 0.505, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.296 std_dev=0.209
N7 B 0, 0.087, 0.297, 0.507, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.297 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.087, 0.297, 0.507, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.297 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.091, 0.311, 0.531, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.311 std_dev=0.220
C8 B 0, 0.095, 0.324, 0.554, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.324 std_dev=0.229
P B 0, 0.098, 0.338, 0.578, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.338 std_dev=0.240
OP1 B 0, 0.122, 0.421, 0.719, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.421 std_dev=0.298
OP2 B 0, 0.132, 0.456, 0.780, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.456 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.170, 0.585, 1.000, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.585 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.215, 0.734, 1.254, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.734 std_dev=0.520

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.10 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.11 0.09
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.06 0.03
C4' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.06 0.05
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.13 0.07 0.19 0.19 0.10 0.11 0.03 0.03 0.01 0.11 0.13 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.11 0.06 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.11 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.11 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.03
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.11 0.06 0.06
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.11 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.05 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.11 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.02
O5' 0.02 0.06 0.05 0.12 0.07 0.04 0.11 0.01 0.11 0.11 0.09 0.05 0.13 0.13 0.06 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.10 0.11 0.15 0.10 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.08 0.11 0.06 0.03 0.06 0.13 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.05 0.09 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.03 0.12 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.07 0.13 0.04 0.02 0.06 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10
C2 0.10 0.04 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.12 0.05 0.02 0.07 0.11 0.11 0.01 0.03 0.09 0.12 0.07 0.11 0.15 0.13
C2' 0.09 0.01 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.10 0.02 0.03 0.03 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07
C3' 0.08 0.01 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.09 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.03 0.05 0.08 0.07
C4 0.11 0.04 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.13 0.05 0.02 0.07 0.12 0.12 0.05 0.06 0.10 0.12 0.07 0.11 0.13 0.12
C4' 0.15 0.03 0.16 0.16 0.11 0.16 0.12 0.16 0.08 0.17 0.04 0.03 0.07 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.17 0.08 0.15 0.16 0.16
C5 0.11 0.04 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.05 0.01 0.08 0.11 0.11 0.04 0.06 0.10 0.12 0.06 0.12 0.14 0.12
C5' 0.13 0.05 0.15 0.17 0.06 0.19 0.07 0.20 0.01 0.14 0.04 0.12 0.00 0.11 0.12 0.14 0.20 0.16 0.19 0.01 0.20 0.18 0.19
C6 0.09 0.05 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.11 0.05 0.01 0.08 0.10 0.10 0.01 0.04 0.08 0.13 0.06 0.12 0.16 0.13
C8 0.12 0.04 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.13 0.05 0.01 0.07 0.11 0.12 0.07 0.07 0.11 0.12 0.07 0.10 0.12 0.11
N1 0.08 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.05 0.02 0.08 0.10 0.10 0.01 0.03 0.08 0.12 0.06 0.12 0.16 0.13
N3 0.11 0.03 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.13 0.04 0.02 0.06 0.12 0.12 0.04 0.05 0.10 0.12 0.07 0.10 0.13 0.12
N6 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.05 0.02 0.07 0.09 0.09 0.00 0.04 0.07 0.13 0.05 0.13 0.17 0.13
N7 0.11 0.05 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.05 0.01 0.08 0.11 0.11 0.05 0.06 0.10 0.12 0.06 0.11 0.13 0.12
N9 0.12 0.04 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.13 0.05 0.02 0.07 0.12 0.12 0.08 0.08 0.11 0.12 0.07 0.10 0.12 0.11
O2' 0.08 0.02 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.02 0.04 0.02 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05
O3' 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.09 0.02 0.02 0.04 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.04 0.01 0.06 0.04
O4' 0.12 0.03 0.13 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.07 0.13 0.04 0.03 0.06 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.08 0.10 0.11 0.11
O5' 0.11 0.10 0.10 0.05 0.12 0.05 0.12 0.02 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.03 0.08 0.03 0.11 0.04 0.03 0.02
OP1 0.19 0.13 0.19 0.17 0.18 0.16 0.18 0.15 0.16 0.21 0.14 0.10 0.15 0.20 0.20 0.18 0.16 0.18 0.15 0.17 0.11 0.12 0.13
OP2 0.16 0.09 0.16 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.13 0.18 0.10 0.06 0.12 0.17 0.16 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.08 0.10 0.11
P 0.13 0.07 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.10 0.14 0.08 0.05 0.09 0.13 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.04 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.12 0.08
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.12 0.17 0.12
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.00 0.14 0.19 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.01 0.11 0.14 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.16 0.11
N2 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.11 0.02 0.14 0.19 0.14
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03
O5' 0.04 0.06 0.03 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.11 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.13 0.00 0.18 0.23 0.17
OP1 0.03 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.11 0.06 0.05 0.14 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.13 0.03 0.01 0.12 0.02 0.17 0.01 0.19 0.14 0.16 0.11 0.10 0.19 0.10 0.04 0.02 0.05 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.11 0.07 0.06 0.14 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00