ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N2 B 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O3' B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
P A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
N1 B 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N9 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C6 B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C8 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5' B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.000, 0.476, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.476 std_dev=0.476
O5' B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
N7 B 0, 0.000, 0.486, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.486 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O6 B 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
OP1 B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
P B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
OP2 B 0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.23 0.03 0.09
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.29 0.05 0.14
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.20 0.05 0.09
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.10 0.29 0.07 0.14
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.31 0.12 0.16
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.32 0.12 0.16
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.31 0.12 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.31 0.09 0.15
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.08 0.28 0.03 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.32 0.15 0.16
N7 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.32 0.15 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.28 0.05 0.13
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.21 0.06 0.09
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.17 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.20 0.04 0.07
O5' 0.08 0.09 0.04 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.08 0.13 0.12 0.10 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.23 0.29 0.20 0.13 0.29 0.14 0.31 0.05 0.32 0.31 0.31 0.28 0.32 0.32 0.28 0.21 0.13 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.05 0.14 0.07 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.03 0.15 0.15 0.05 0.06 0.17 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.09 0.03 0.14 0.04 0.16 0.01 0.16 0.15 0.15 0.13 0.16 0.16 0.13 0.09 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.02 0.09 0.09 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.06 0.10 0.03 0.10 0.05 0.13 0.12 0.12
C2 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.11 0.17 0.13 0.17 0.17 0.17
C2' 0.04 0.00 0.10 0.09 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.11 0.03 0.09 0.02 0.13 0.10 0.10
C3' 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.10 0.08 0.08
C4 0.10 0.10 0.13 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.08 0.14 0.10 0.16 0.15 0.15
C4' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.07 0.06
C5 0.09 0.09 0.12 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.06 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12
C5' 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C6 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.06 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12
C8 0.07 0.07 0.11 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.11 0.04 0.10 0.07 0.13 0.11 0.11
N1 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.14 0.10 0.15 0.14 0.14
N3 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13 0.10 0.14 0.11 0.17 0.13 0.18 0.18 0.18
N6 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.06 0.08 0.10 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10
N7 0.07 0.08 0.11 0.10 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.10 0.04 0.10 0.06 0.12 0.10 0.10
N9 0.08 0.07 0.12 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.06 0.12 0.08 0.14 0.13 0.13
O2' 0.06 0.00 0.11 0.10 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.11 0.04 0.10 0.01 0.13 0.10 0.11
O3' 0.04 0.09 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.10 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.10 0.09 0.09
O4' 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.03 0.10 0.09 0.08
O5' 0.05 0.03 0.11 0.12 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.12 0.16 0.04 0.11 0.01 0.18 0.13 0.14
OP1 0.09 0.23 0.10 0.04 0.16 0.00 0.17 0.01 0.20 0.11 0.23 0.27 0.19 0.14 0.12 0.09 0.01 0.03 0.03 0.20 0.03 0.06 0.03
OP2 0.19 0.08 0.20 0.25 0.15 0.26 0.15 0.27 0.12 0.19 0.09 0.03 0.11 0.17 0.18 0.19 0.27 0.23 0.25 0.12 0.23 0.24 0.24
P 0.01 0.10 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.02 0.09 0.13 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06
C8 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06
N2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06
N3 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.00 0.06 0.03 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02
O5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06
OP1 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00