ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53478

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4 B 0, 0.000, 0.254, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
P A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O6 B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
N7 B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
N9 B 0, 0.000, 0.499, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.499 std_dev=0.499
N2 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O5' A 0, 0.000, 0.550, 1.100, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C8 B 0, 0.000, 0.593, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.593 std_dev=0.593
O2' B 0, 0.000, 0.629, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.629 std_dev=0.629
C1' B 0, 0.000, 0.648, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C2' B 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
OP2 A 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
O4' B 0, 0.000, 0.823, 1.646, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.823 std_dev=0.823
C3' B 0, 0.000, 0.854, 1.709, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.854 std_dev=0.854
C4' B 0, 0.000, 0.934, 1.869, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.934 std_dev=0.934
O3' B 0, 0.000, 0.955, 1.910, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.955 std_dev=0.955
C5' B 0, 0.000, 1.087, 2.174, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.087 std_dev=1.087
O5' B 0, 0.000, 1.212, 2.424, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.212 std_dev=1.212
P B 0, 0.000, 1.944, 3.887, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.944 std_dev=1.944
OP2 B 0, 0.000, 2.261, 4.522, 4.522 max_d=4.522 avg_d=2.261 std_dev=2.261
OP1 B 0, 0.000, 2.304, 4.608, 4.608 max_d=4.608 avg_d=2.304 std_dev=2.304

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.17 0.45 0.14
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.21 0.49 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.24 0.51 0.18
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.27 0.51 0.20
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.21 0.49 0.17
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.34 0.09
C5 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.22 0.48 0.18
C5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.12 0.02
C6 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.23 0.47 0.19
C8 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.22 0.48 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.23 0.49 0.19
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.09 0.20 0.49 0.16
N6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.10 0.22 0.43 0.18
N7 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.22 0.45 0.19
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.20 0.48 0.17
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.23 0.49 0.16
O3' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.30 0.50 0.21
O4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.35 0.09
O5' 0.07 0.10 0.13 0.13 0.09 0.04 0.09 0.01 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.17 0.21 0.24 0.27 0.21 0.13 0.22 0.03 0.23 0.22 0.23 0.20 0.22 0.22 0.20 0.23 0.30 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.49 0.51 0.51 0.49 0.34 0.48 0.12 0.47 0.48 0.49 0.49 0.43 0.45 0.48 0.49 0.50 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.18 0.20 0.17 0.09 0.18 0.02 0.19 0.19 0.19 0.16 0.18 0.19 0.17 0.16 0.21 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.01 0.27 0.27 0.15 0.24 0.13 0.23 0.07 0.22 0.01 0.09 0.10 0.18 0.23 0.25 0.24 0.29 0.36 0.07 0.35 0.70 0.41
C2 0.08 0.04 0.12 0.14 0.05 0.07 0.03 0.12 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.14 0.08 0.27 0.03 0.32 0.73 0.37
C2' 0.26 0.13 0.21 0.19 0.20 0.16 0.19 0.15 0.17 0.24 0.13 0.07 0.17 0.22 0.24 0.17 0.12 0.27 0.27 0.18 0.16 0.54 0.26
C3' 0.37 0.14 0.30 0.28 0.26 0.29 0.25 0.24 0.20 0.34 0.15 0.06 0.21 0.30 0.33 0.30 0.20 0.40 0.35 0.20 0.20 0.55 0.31
C4 0.19 0.02 0.22 0.24 0.11 0.17 0.09 0.20 0.04 0.15 0.00 0.04 0.08 0.12 0.16 0.18 0.23 0.20 0.34 0.04 0.37 0.76 0.43
C4' 0.36 0.02 0.31 0.31 0.18 0.32 0.17 0.28 0.10 0.30 0.03 0.08 0.11 0.24 0.28 0.34 0.26 0.40 0.38 0.10 0.30 0.61 0.38
C5 0.20 0.01 0.24 0.26 0.10 0.19 0.08 0.22 0.03 0.15 0.01 0.04 0.08 0.11 0.16 0.20 0.27 0.21 0.36 0.02 0.40 0.79 0.45
C5' 0.36 0.00 0.30 0.31 0.17 0.34 0.15 0.28 0.07 0.29 0.00 0.10 0.09 0.22 0.28 0.33 0.27 0.41 0.36 0.07 0.29 0.56 0.35
C6 0.15 0.02 0.21 0.23 0.08 0.15 0.05 0.19 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.07 0.12 0.16 0.25 0.16 0.33 0.01 0.39 0.80 0.44
C8 0.27 0.00 0.30 0.32 0.13 0.26 0.11 0.27 0.04 0.21 0.02 0.09 0.09 0.16 0.21 0.27 0.32 0.29 0.39 0.03 0.41 0.77 0.46
N1 0.09 0.02 0.14 0.17 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.10 0.18 0.09 0.28 0.01 0.34 0.76 0.40
N3 0.13 0.05 0.16 0.17 0.09 0.11 0.07 0.15 0.05 0.10 0.03 0.02 0.08 0.09 0.11 0.11 0.16 0.13 0.30 0.06 0.32 0.72 0.39
N6 0.16 0.01 0.23 0.26 0.08 0.17 0.05 0.21 0.00 0.10 0.02 0.01 0.06 0.07 0.12 0.19 0.28 0.17 0.35 0.00 0.42 0.83 0.46
N7 0.24 0.00 0.28 0.31 0.12 0.24 0.09 0.26 0.02 0.18 0.03 0.08 0.08 0.13 0.19 0.25 0.32 0.26 0.38 0.02 0.42 0.80 0.47
N9 0.24 0.01 0.26 0.27 0.13 0.22 0.11 0.23 0.05 0.19 0.00 0.08 0.09 0.15 0.20 0.23 0.26 0.26 0.36 0.05 0.37 0.74 0.43
O2' 0.23 0.20 0.14 0.10 0.24 0.08 0.24 0.07 0.24 0.25 0.21 0.15 0.22 0.25 0.24 0.05 0.01 0.21 0.22 0.25 0.09 0.48 0.20
O3' 0.42 0.23 0.31 0.27 0.34 0.30 0.34 0.24 0.30 0.41 0.25 0.15 0.28 0.39 0.39 0.28 0.16 0.46 0.34 0.31 0.10 0.47 0.24
O4' 0.32 0.04 0.32 0.33 0.14 0.31 0.11 0.29 0.03 0.25 0.04 0.15 0.06 0.18 0.24 0.32 0.30 0.36 0.40 0.03 0.40 0.72 0.45
O5' 0.36 0.00 0.29 0.28 0.16 0.33 0.12 0.27 0.04 0.27 0.02 0.09 0.10 0.19 0.27 0.34 0.23 0.41 0.35 0.03 0.28 0.56 0.35
OP1 0.28 0.12 0.25 0.33 0.07 0.34 0.06 0.31 0.03 0.24 0.12 0.24 0.02 0.16 0.20 0.26 0.33 0.38 0.35 0.03 0.27 0.51 0.32
OP2 0.02 0.44 0.01 0.10 0.24 0.08 0.27 0.07 0.36 0.09 0.45 0.55 0.33 0.17 0.11 0.02 0.15 0.07 0.12 0.37 0.12 0.38 0.14
P 0.31 0.12 0.30 0.36 0.09 0.37 0.07 0.34 0.03 0.24 0.12 0.24 0.00 0.16 0.22 0.31 0.38 0.39 0.40 0.04 0.36 0.62 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.12 0.33 0.15
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.25 0.03 0.33 0.69 0.40
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.08 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.04 0.18 0.41 0.20
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.23 0.35 0.20
C4 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.26 0.02 0.35 0.64 0.40
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.14 0.04
C5 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.32 0.01 0.47 0.76 0.51
C5' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.19 0.10 0.02 0.05 0.19 0.11 0.02 0.03 0.03 0.00 0.16 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.33 0.01 0.50 0.82 0.55
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.44 0.64 0.48
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.03 0.30 0.03 0.44 0.79 0.49
N2 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.02 0.21 0.03 0.27 0.66 0.35
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.10 0.02 0.22 0.03 0.28 0.61 0.34
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.53 0.78 0.57
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.01 0.30 0.54 0.34
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05 0.30 0.09
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.09 0.14 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.19 0.30 0.15
O4' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.12 0.02
O5' 0.13 0.25 0.12 0.09 0.26 0.03 0.32 0.00 0.33 0.33 0.30 0.21 0.22 0.36 0.24 0.07 0.03 0.05 0.00 0.34 0.03 0.00 0.02
O6 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.34 0.00 0.56 0.87 0.60
OP1 0.12 0.33 0.18 0.23 0.35 0.05 0.47 0.04 0.50 0.44 0.44 0.27 0.28 0.53 0.30 0.05 0.19 0.02 0.03 0.56 0.00 0.00 0.00
OP2 0.33 0.69 0.41 0.35 0.64 0.14 0.76 0.03 0.82 0.64 0.79 0.66 0.61 0.78 0.54 0.30 0.30 0.12 0.00 0.87 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.40 0.20 0.20 0.40 0.04 0.51 0.01 0.55 0.48 0.49 0.35 0.34 0.57 0.34 0.09 0.15 0.02 0.02 0.60 0.00 0.00 0.00