ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C8 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O4' A 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
N9 B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.000, 0.200, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C3' A 0, 0.000, 0.221, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N7 B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C1' B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
O3' A 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
O6 B 0, 0.000, 0.310, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O5' A 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C5' A 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O4' B 0, 0.000, 0.450, 0.901, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.450 std_dev=0.450
C3' B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
C4' B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
O5' B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C5' B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
O3' B 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
OP2 B 0, 0.000, 0.933, 1.866, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.933 std_dev=0.933
OP1 A 0, 0.000, 0.999, 1.998, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.999 std_dev=0.999
P A 0, 0.000, 1.038, 2.076, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.038 std_dev=1.038
P B 0, 0.000, 1.042, 2.083, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.042 std_dev=1.042
OP1 B 0, 0.000, 1.321, 2.642, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.321 std_dev=1.321
OP2 A 0, 0.000, 2.313, 4.627, 4.627 max_d=4.627 avg_d=2.313 std_dev=2.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.19 0.00
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.15 0.25 0.15 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.15 0.09
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.25 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.15 0.23 0.16 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.21 0.10 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.17 0.33 0.15 0.04
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.07 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.33 0.14 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.17 0.37 0.14 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.17 0.29 0.17 0.03
N1 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.17 0.32 0.14 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.13 0.19 0.16 0.03
N6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.17 0.45 0.14 0.04
N7 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.19 0.38 0.15 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.18 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.19 0.41 0.13
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.07 0.38 0.06
O5' 0.09 0.15 0.03 0.04 0.15 0.02 0.17 0.01 0.17 0.17 0.17 0.13 0.17 0.19 0.13 0.02 0.09 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.03 0.25 0.02 0.08 0.23 0.21 0.33 0.33 0.37 0.29 0.32 0.19 0.45 0.38 0.18 0.08 0.19 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.19 0.15 0.15 0.25 0.16 0.10 0.15 0.14 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.15 0.18 0.06 0.41 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.03 0.09 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.12 0.06 0.10 0.03 0.12 0.06 0.12 0.10 0.12 0.13 0.09 0.13 0.08 0.11 0.09 0.02 0.02 0.13 0.13 0.00 0.06
C2 0.01 0.09 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.06 0.12 0.07 0.12 0.10 0.05 0.11 0.04 0.11 0.14 0.01 0.03 0.13 0.11 0.01 0.02
C2' 0.00 0.04 0.11 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.13 0.19 0.06 0.03 0.01 0.09 0.02 0.06
C3' 0.03 0.03 0.11 0.09 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.13 0.22 0.09 0.07 0.02 0.12 0.06 0.10
C4 0.04 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.12 0.09 0.12 0.14 0.09 0.11 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.09 0.03 0.01
C4' 0.03 0.08 0.15 0.12 0.07 0.02 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.09 0.05 0.15 0.22 0.06 0.04 0.08 0.13 0.03 0.09
C5 0.04 0.13 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.07 0.13 0.16 0.10 0.10 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.11 0.05 0.05 0.03
C5' 0.00 0.05 0.13 0.12 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.03 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.13 0.23 0.08 0.05 0.05 0.13 0.04 0.10
C6 0.03 0.12 0.04 0.05 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.06 0.13 0.16 0.08 0.09 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.11 0.05 0.06 0.03
C8 0.06 0.13 0.08 0.05 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.09 0.13 0.17 0.11 0.11 0.08 0.08 0.06 0.05 0.03 0.11 0.05 0.05 0.02
N1 0.00 0.11 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.03 0.11 0.06 0.13 0.14 0.06 0.09 0.03 0.09 0.13 0.02 0.00 0.12 0.07 0.04 0.01
N3 0.01 0.09 0.03 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.06 0.12 0.05 0.06 0.09 0.02 0.03 0.13 0.12 0.01 0.04
N6 0.03 0.11 0.05 0.05 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.05 0.12 0.16 0.07 0.07 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.09 0.02 0.08 0.06
N7 0.06 0.14 0.04 0.02 0.09 0.03 0.10 0.02 0.11 0.08 0.13 0.18 0.11 0.10 0.07 0.04 0.02 0.06 0.04 0.11 0.04 0.06 0.04
N9 0.05 0.11 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.03 0.11 0.08 0.11 0.14 0.09 0.11 0.07 0.07 0.05 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.02
O2' 0.04 0.00 0.11 0.09 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.12 0.09 0.00 0.15 0.07 0.12
O3' 0.04 0.01 0.11 0.12 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.08 0.02 0.05 0.00 0.07 0.05 0.13 0.27 0.11 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11
O4' 0.05 0.12 0.14 0.09 0.11 0.03 0.13 0.08 0.14 0.12 0.13 0.13 0.10 0.15 0.09 0.13 0.13 0.03 0.03 0.15 0.15 0.02 0.08
O5' 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.17 0.09 0.05 0.06 0.09 0.04 0.07
OP1 0.06 0.31 0.13 0.04 0.17 0.07 0.15 0.16 0.20 0.04 0.28 0.42 0.25 0.08 0.09 0.15 0.08 0.04 0.12 0.18 0.27 0.12 0.18
OP2 0.17 0.01 0.10 0.05 0.09 0.23 0.10 0.34 0.07 0.17 0.01 0.10 0.03 0.14 0.14 0.14 0.23 0.34 0.29 0.08 0.35 0.26 0.35
P 0.10 0.02 0.06 0.04 0.07 0.12 0.07 0.18 0.06 0.10 0.03 0.04 0.04 0.09 0.09 0.07 0.17 0.19 0.15 0.07 0.21 0.14 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.07 0.03 0.03 0.00 0.06 0.06
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.10 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06
C8 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03
N1 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.06
N2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.10 0.04 0.05 0.00 0.06 0.07
N3 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.07 0.04 0.01 0.01 0.07 0.07
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.03 0.05
O3' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.15 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.15 0.10 0.10
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.06
OP1 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.15 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.03 0.10 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.10 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00