ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C6 B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N1 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N2 B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2 B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O6 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C4 B 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C2' A 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O4' A 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O2' A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C8 B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
N9 B 0, 0.000, 0.418, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C4' A 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C3' A 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O5' A 0, 0.000, 0.528, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C1' B 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O3' A 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C2' B 0, 0.000, 0.708, 1.416, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.708 std_dev=0.708
O2' B 0, 0.000, 0.730, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.730 std_dev=0.730
C5' A 0, 0.000, 0.778, 1.556, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.778 std_dev=0.778
P A 0, 0.000, 1.010, 2.020, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.010 std_dev=1.010
O4' B 0, 0.000, 1.051, 2.103, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.051 std_dev=1.051
OP2 B 0, 0.000, 1.138, 2.275, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.138 std_dev=1.138
C3' B 0, 0.000, 1.158, 2.316, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.158 std_dev=1.158
OP1 A 0, 0.000, 1.177, 2.354, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.177 std_dev=1.177
C4' B 0, 0.000, 1.322, 2.645, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.322 std_dev=1.322
P B 0, 0.000, 1.484, 2.968, 2.968 max_d=2.968 avg_d=1.484 std_dev=1.484
O3' B 0, 0.000, 1.487, 2.975, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.487 std_dev=1.487
O5' B 0, 0.000, 1.526, 3.051, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.526 std_dev=1.526
C5' B 0, 0.000, 1.749, 3.498, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.749 std_dev=1.749
OP1 B 0, 0.000, 1.799, 3.598, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.799 std_dev=1.799
OP2 A 0, 0.000, 1.863, 3.725, 3.725 max_d=3.725 avg_d=1.863 std_dev=1.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.46 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.08 0.12 0.14 0.91 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.14 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.40 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.08 0.09 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.19 0.12
C4 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.12 0.12 0.85 0.36
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.21 0.10 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.16 0.27 1.00 0.44
C5' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.12 0.07 0.13 0.16 0.09 0.06 0.04 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.16 0.32 1.05 0.47
C8 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.17 0.21 0.88 0.39
N1 0.02 0.00 0.10 0.09 0.02 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.07 0.15 0.26 1.01 0.45
N3 0.02 0.01 0.14 0.12 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.08 0.10 0.07 0.81 0.33
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.16 0.39 1.09 0.48
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.34 1.04 0.46
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.73 0.29
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.08 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.21 0.28 0.07
O3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.04 0.10 0.08 0.14 0.16 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.02 0.02 0.06
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.30 0.25 0.01
O5' 0.03 0.12 0.11 0.11 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.15 0.10 0.16 0.19 0.11 0.04 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.15 0.14 0.05 0.01 0.12 0.21 0.27 0.16 0.32 0.21 0.26 0.07 0.39 0.34 0.05 0.21 0.02 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.46 0.91 0.40 0.19 0.85 0.10 1.00 0.08 1.05 0.88 1.01 0.81 1.09 1.04 0.73 0.28 0.02 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.39 0.17 0.12 0.36 0.02 0.44 0.01 0.47 0.39 0.45 0.33 0.48 0.46 0.29 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.19 0.23 0.02 0.22 0.00 0.23 0.04 0.05 0.05 0.06 0.01 0.02 0.05 0.24 0.27 0.13 0.16 0.05 0.42 0.20 0.21
C2 0.02 0.06 0.17 0.19 0.01 0.10 0.01 0.10 0.04 0.01 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.22 0.28 0.01 0.12 0.03 0.04 0.04 0.07
C2' 0.04 0.20 0.09 0.20 0.16 0.24 0.18 0.28 0.22 0.11 0.23 0.21 0.16 0.15 0.11 0.17 0.28 0.07 0.14 0.24 0.40 0.10 0.17
C3' 0.09 0.28 0.08 0.21 0.25 0.25 0.30 0.30 0.34 0.23 0.33 0.27 0.23 0.28 0.20 0.19 0.34 0.02 0.13 0.37 0.42 0.05 0.14
C4 0.08 0.04 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.11 0.04 0.05 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.12 0.05 0.05 0.24 0.08 0.09
C4' 0.05 0.16 0.14 0.22 0.15 0.19 0.19 0.21 0.22 0.15 0.21 0.15 0.12 0.19 0.12 0.24 0.36 0.01 0.09 0.25 0.41 0.08 0.13
C5 0.11 0.03 0.02 0.00 0.05 0.12 0.02 0.15 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.19 0.09 0.05 0.24 0.09 0.11
C5' 0.03 0.12 0.15 0.23 0.13 0.19 0.19 0.21 0.22 0.17 0.18 0.09 0.08 0.21 0.12 0.25 0.36 0.01 0.08 0.26 0.39 0.04 0.10
C6 0.09 0.02 0.09 0.09 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.12 0.20 0.16 0.03 0.04 0.15 0.03 0.05
C8 0.16 0.03 0.11 0.16 0.06 0.26 0.02 0.30 0.03 0.09 0.05 0.06 0.04 0.05 0.11 0.11 0.12 0.26 0.21 0.05 0.41 0.19 0.23
N1 0.04 0.04 0.16 0.18 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.03 0.05 0.20 0.29 0.07 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04
N3 0.00 0.06 0.07 0.08 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.12 0.13 0.00 0.06 0.04 0.13 0.02 0.01
N6 0.12 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.02 0.08 0.07 0.11 0.12 0.21 0.20 0.06 0.01 0.16 0.05 0.07
N7 0.15 0.02 0.05 0.08 0.06 0.22 0.03 0.26 0.03 0.10 0.05 0.06 0.05 0.05 0.11 0.03 0.02 0.26 0.18 0.05 0.34 0.15 0.19
N9 0.12 0.03 0.11 0.14 0.03 0.20 0.01 0.23 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.03 0.08 0.12 0.13 0.18 0.15 0.05 0.37 0.16 0.19
O2' 0.03 0.14 0.16 0.27 0.11 0.25 0.11 0.27 0.14 0.05 0.15 0.15 0.12 0.08 0.07 0.23 0.39 0.02 0.16 0.14 0.45 0.17 0.21
O3' 0.18 0.38 0.05 0.22 0.36 0.25 0.43 0.32 0.47 0.36 0.44 0.35 0.33 0.42 0.32 0.19 0.41 0.06 0.11 0.51 0.43 0.02 0.12
O4' 0.07 0.04 0.22 0.27 0.00 0.23 0.03 0.24 0.06 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.03 0.29 0.36 0.09 0.16 0.08 0.46 0.20 0.22
O5' 0.12 0.01 0.21 0.29 0.01 0.32 0.05 0.37 0.09 0.00 0.07 0.00 0.04 0.05 0.04 0.28 0.37 0.20 0.24 0.13 0.50 0.18 0.25
OP1 0.00 0.07 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.03 0.08 0.03 0.12 0.07 0.08 0.03 0.06 0.07 0.02 0.01 0.05 0.20 0.02 0.00
OP2 0.61 0.70 0.69 0.69 0.60 0.66 0.52 0.64 0.52 0.45 0.61 0.78 0.71 0.44 0.55 0.74 0.72 0.59 0.54 0.47 0.72 0.48 0.51
P 0.25 0.23 0.33 0.36 0.20 0.37 0.14 0.38 0.12 0.14 0.17 0.27 0.26 0.11 0.19 0.38 0.41 0.28 0.28 0.09 0.51 0.24 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.19 0.18 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.19 0.26 0.05 0.09 0.01 0.04 0.09 0.09
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.00 0.10 0.09 0.16 0.23 0.19 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.21 0.12 0.09
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.08 0.14 0.14 0.23 0.17 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.25 0.19 0.15
C4 0.01 0.03 0.10 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.08 0.01 0.02 0.09 0.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.06 0.04
C5 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.09 0.07
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.03 0.05 0.00 0.06 0.10 0.08
C8 0.02 0.04 0.09 0.14 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.06 0.15 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.21 0.04 0.08 0.01 0.06 0.10 0.09
N2 0.00 0.01 0.23 0.23 0.03 0.08 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.25 0.34 0.05 0.10 0.03 0.06 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.19 0.17 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.23 0.03 0.10 0.01 0.03 0.09 0.09
N7 0.01 0.04 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03
N9 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.05
O2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.02 0.10 0.06 0.16 0.25 0.17 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.26 0.14 0.11
O3' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.11 0.01 0.04 0.01 0.11 0.15 0.21 0.34 0.23 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.39 0.31 0.26
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.07
O5' 0.05 0.09 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.03 0.03 0.00 0.06 0.10 0.07
OP1 0.08 0.04 0.21 0.25 0.02 0.13 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02 0.03 0.26 0.39 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.12 0.19 0.09 0.06 0.09 0.01 0.10 0.03 0.10 0.10 0.09 0.06 0.06 0.14 0.31 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.09 0.15 0.08 0.04 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.10 0.09 0.03 0.05 0.11 0.26 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00