ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C3' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C4' A 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O2' A 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
OP1 A 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
P A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O3' A 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
N2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C2 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
N3 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C5' A 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
N1 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C4 B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
N9 B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C3' B 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C4' B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
C6 B 0, 0.000, 0.538, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.538
C5 B 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O4' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.000, 0.570, 1.140, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.570 std_dev=0.570
C8 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
O6 B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
N7 B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620
OP1 B 0, 0.000, 0.649, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.649 std_dev=0.649
O5' B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
P B 0, 0.000, 0.657, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.657 std_dev=0.657
OP2 B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C5' B 0, 0.000, 0.793, 1.586, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.793 std_dev=0.793

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.10 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.12 0.17 0.08 0.02 0.16 0.18 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.10 0.01
N1 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05
N6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.10 0.07 0.02 0.06
N7 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.05 0.07 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05
O2' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.00 0.13 0.14 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00
O3' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.08 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.19 0.14
O5' 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.02 0.10 0.09 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.07 0.05 0.00 0.06 0.11 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.08 0.02 0.03 0.09 0.04 0.07 0.00 0.05 0.10 0.06 0.09 0.02 0.07 0.11 0.00 0.10 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.08 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.12 0.10 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.13 0.07 0.01 0.00 0.11 0.19 0.09 0.01 0.07 0.09 0.05 0.08
C2 0.14 0.08 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.12 0.04 0.08 0.08 0.15 0.02 0.04 0.08 0.08 0.03 0.18 0.11 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.10 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.06 0.00 0.08 0.08 0.06 0.07 0.17 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03
C3' 0.13 0.02 0.00 0.06 0.06 0.15 0.07 0.17 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.11 0.05 0.01 0.23 0.13 0.04 0.03 0.06 0.03
C4 0.09 0.07 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.11 0.03 0.03 0.05 0.04 0.12 0.15 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01
C4' 0.09 0.07 0.04 0.00 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.09 0.06 0.12 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.18 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00
C5 0.14 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.06 0.12 0.02 0.11 0.01 0.05 0.04 0.09 0.11 0.01 0.09 0.21 0.11 0.01 0.03 0.07 0.04
C5' 0.09 0.11 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.15 0.05 0.09 0.10 0.17 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.20 0.12 0.05 0.05 0.06 0.04
C6 0.18 0.05 0.02 0.04 0.13 0.14 0.11 0.17 0.06 0.16 0.03 0.01 0.10 0.13 0.16 0.04 0.04 0.25 0.16 0.05 0.09 0.14 0.10
C8 0.08 0.04 0.09 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.01 0.05 0.06 0.09 0.16 0.16 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03
N1 0.19 0.02 0.05 0.06 0.12 0.15 0.09 0.18 0.04 0.15 0.01 0.05 0.10 0.12 0.16 0.09 0.01 0.24 0.17 0.02 0.11 0.15 0.11
N3 0.07 0.11 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.08 0.03 0.11 0.15 0.07 0.00 0.02 0.00 0.11 0.13 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01
N6 0.21 0.12 0.05 0.07 0.18 0.17 0.17 0.22 0.13 0.21 0.10 0.07 0.17 0.19 0.21 0.06 0.02 0.29 0.20 0.11 0.12 0.18 0.14
N7 0.12 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.11 0.02 0.11 0.00 0.04 0.04 0.09 0.10 0.05 0.12 0.20 0.09 0.01 0.00 0.05 0.02
N9 0.06 0.08 0.10 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.12 0.04 0.01 0.03 0.09 0.17 0.13 0.02 0.06 0.06 0.02 0.05
O2' 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.02 0.05 0.11 0.02 0.05 0.08 0.03 0.07
O3' 0.17 0.03 0.05 0.13 0.11 0.21 0.13 0.24 0.09 0.20 0.05 0.03 0.05 0.18 0.16 0.02 0.07 0.27 0.18 0.10 0.07 0.10 0.08
O4' 0.04 0.11 0.12 0.11 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.11 0.14 0.07 0.01 0.00 0.11 0.20 0.11 0.01 0.08 0.08 0.04 0.07
O5' 0.10 0.06 0.05 0.02 0.03 0.11 0.03 0.15 0.01 0.10 0.05 0.12 0.02 0.07 0.08 0.08 0.06 0.20 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00
OP1 0.08 0.05 0.06 0.00 0.03 0.09 0.03 0.12 0.00 0.10 0.04 0.10 0.02 0.08 0.07 0.10 0.08 0.18 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02
OP2 0.13 0.04 0.01 0.05 0.10 0.13 0.10 0.17 0.07 0.15 0.04 0.00 0.07 0.14 0.13 0.05 0.03 0.23 0.11 0.07 0.04 0.01 0.01
P 0.11 0.02 0.03 0.03 0.06 0.12 0.06 0.15 0.02 0.12 0.02 0.07 0.01 0.10 0.10 0.06 0.05 0.21 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.07
C2 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.09 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.12 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.14 0.15 0.11
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.09
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.16 0.11
C8 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.13 0.07
N2 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01
N3 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
N7 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.12 0.14 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05
O3' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.17 0.13 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.15 0.02 0.20 0.21 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.15 0.15
O5' 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.10 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.20 0.15
OP1 0.06 0.02 0.05 0.14 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.08 0.07 0.00 0.01 0.12 0.01 0.04 0.20 0.13 0.02 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.09 0.15 0.06 0.01 0.13 0.02 0.16 0.08 0.13 0.07 0.04 0.14 0.03 0.01 0.21 0.15 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.04 0.11 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.07 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.05 0.17 0.15 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00