ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53482

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
P A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
OP1 A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.000, 0.294, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.294 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O6 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C3' B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N7 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
C8 B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
N2 B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
P B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
OP1 B 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.553
OP2 B 0, 0.000, 0.586, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.586

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.06 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
O5' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.02 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.13 0.06 0.16 0.18 0.15 0.08 0.08 0.02 0.04 0.03 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01
C2 0.03 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.13 0.07 0.11 0.05 0.05 0.10 0.04 0.10 0.09 0.05 0.11 0.14 0.12 0.10 0.11
C2' 0.10 0.15 0.07 0.05 0.13 0.05 0.12 0.04 0.13 0.09 0.14 0.15 0.14 0.10 0.11 0.07 0.02 0.07 0.03 0.13 0.01 0.03 0.02
C3' 0.10 0.13 0.08 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.13 0.12 0.13 0.10 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.13 0.05 0.06 0.06
C4 0.02 0.11 0.03 0.04 0.09 0.02 0.10 0.02 0.12 0.07 0.12 0.11 0.10 0.09 0.06 0.07 0.07 0.01 0.05 0.13 0.06 0.04 0.05
C4' 0.09 0.16 0.07 0.05 0.13 0.05 0.12 0.05 0.14 0.08 0.15 0.17 0.15 0.09 0.10 0.07 0.03 0.07 0.05 0.13 0.04 0.05 0.05
C5 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.06 0.09 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.00 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06
C5' 0.08 0.14 0.06 0.05 0.11 0.06 0.11 0.06 0.12 0.07 0.14 0.15 0.13 0.09 0.09 0.05 0.03 0.07 0.06 0.12 0.05 0.06 0.06
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.02 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08
C8 0.04 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.06 0.12 0.11 0.10 0.08 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01
N1 0.04 0.01 0.08 0.07 0.03 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.09 0.04 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11
N3 0.01 0.13 0.04 0.05 0.11 0.05 0.12 0.05 0.14 0.07 0.14 0.12 0.12 0.10 0.07 0.08 0.08 0.02 0.08 0.15 0.10 0.06 0.08
N6 0.03 0.04 0.08 0.07 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.10 0.04 0.07 0.01 0.11 0.09 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09
N7 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.02 0.03 0.11 0.04 0.03 0.03
N9 0.05 0.14 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.13 0.07 0.14 0.14 0.12 0.09 0.07 0.03 0.06 0.03 0.02 0.13 0.03 0.01 0.02
O2' 0.12 0.19 0.12 0.09 0.15 0.06 0.14 0.03 0.16 0.09 0.18 0.19 0.18 0.11 0.12 0.13 0.06 0.08 0.06 0.15 0.01 0.05 0.04
O3' 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10
O4' 0.06 0.17 0.03 0.00 0.12 0.01 0.11 0.00 0.14 0.06 0.16 0.20 0.15 0.07 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01
O5' 0.06 0.09 0.03 0.03 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.05 0.05 0.05
OP1 0.07 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.03 0.04 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08
OP2 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02
P 0.05 0.07 0.02 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.01 0.01 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.00 0.08 0.11 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.14 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.09 0.00 0.10 0.12 0.11
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.08 0.01 0.07 0.10 0.09
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.07 0.09 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.13 0.14 0.12
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.08 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06
O5' 0.05 0.08 0.01 0.05 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.08 0.01 0.09 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.15 0.12
OP1 0.05 0.08 0.00 0.03 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.11 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.00 0.08 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.01 0.04 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.09 0.01 0.08 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.01 0.04 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.00 0.09 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00