ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53489

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 10, 20, 27, 16, 22, 13, 7, 8, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.021, 0.039, 0.056, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.026, 0.047, 0.067, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.047 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.017, 0.041, 0.064, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.031, 0.163, 0.295, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.163 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.055, 0.207, 0.359, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.207 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.207, 0.385, 0.563, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.385 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.145, 0.352, 0.559, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.352 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.161, 0.380, 0.599, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.380 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.300, 0.533, 0.766, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.533 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.308, 0.544, 0.780, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.544 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.292, 0.538, 0.783, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.538 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.298, 0.550, 0.801, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.550 std_dev=0.252
C4' B 0, 0.287, 0.548, 0.808, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.548 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.254, 0.520, 0.785, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.520 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.253, 0.529, 0.806, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.529 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.363, 0.641, 0.919, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.641 std_dev=0.278
O3' A 0, 0.288, 0.587, 0.885, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.587 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.312, 0.618, 0.923, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.618 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.381, 0.690, 0.999, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.690 std_dev=0.309
O3' B 0, 0.271, 0.600, 0.929, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.600 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.275, 0.605, 0.934, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.605 std_dev=0.330
C4 B 0, 0.407, 0.743, 1.079, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.743 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.421, 0.785, 1.148, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.785 std_dev=0.364
O5' B 0, 0.279, 0.644, 1.008, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.644 std_dev=0.365
O2 B 0, 0.388, 0.773, 1.158, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.773 std_dev=0.385
N4 B 0, 0.462, 0.881, 1.300, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.881 std_dev=0.419
C5' A 0, 0.148, 0.606, 1.064, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.606 std_dev=0.458
P B 0, 0.297, 0.839, 1.381, 3.170 max_d=3.170 avg_d=0.839 std_dev=0.542
OP2 B 0, 0.348, 0.953, 1.558, 3.265 max_d=3.265 avg_d=0.953 std_dev=0.605
OP1 B 0, 0.331, 0.953, 1.576, 3.735 max_d=3.735 avg_d=0.953 std_dev=0.622
O5' A 0, 0.177, 0.843, 1.510, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.843 std_dev=0.667
P A 0, 0.428, 1.530, 2.633, 4.042 max_d=4.042 avg_d=1.530 std_dev=1.102
OP1 A 0, 0.643, 1.839, 3.035, 4.328 max_d=4.328 avg_d=1.839 std_dev=1.196
OP2 A 0, 0.519, 1.910, 3.301, 5.025 max_d=5.025 avg_d=1.910 std_dev=1.391

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.22 0.36 0.19
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.35 0.37 0.85 0.48
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.12 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.22 0.35 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.12 0.01 0.14 0.04 0.15 0.12 0.16 0.13 0.16 0.14 0.08 0.02 0.01 0.02 0.28 0.25 0.34 0.20
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.36 0.40 0.81 0.50
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.05 0.04 0.11 0.13 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.26 0.13 0.11
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.47 0.59 1.03 0.69
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.13 0.01 0.21 0.00 0.21 0.27 0.15 0.07 0.26 0.29 0.14 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.48 0.63 1.11 0.73
C8 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.48 0.58 0.90 0.67
N1 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.17 0.04 0.43 0.51 1.01 0.63
N3 0.03 0.00 0.12 0.13 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.06 0.29 0.30 0.72 0.39
N6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.19 0.04 0.54 0.77 1.25 0.85
N7 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.16 0.05 0.54 0.72 1.11 0.81
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.33 0.36 0.68 0.44
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.12 0.08 0.06 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.39 0.18 0.12
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.04 0.17 0.13 0.17 0.14 0.19 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.24 0.43 0.32 0.20
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.26 0.23 0.18
O5' 0.15 0.35 0.21 0.28 0.36 0.02 0.47 0.01 0.48 0.48 0.43 0.29 0.54 0.54 0.33 0.08 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.37 0.22 0.25 0.40 0.26 0.59 0.11 0.63 0.58 0.51 0.30 0.77 0.72 0.36 0.39 0.43 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.85 0.35 0.34 0.81 0.13 1.03 0.18 1.11 0.90 1.01 0.72 1.25 1.11 0.68 0.18 0.32 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.48 0.14 0.20 0.50 0.11 0.69 0.02 0.73 0.67 0.63 0.39 0.85 0.81 0.44 0.12 0.20 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.17 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.15 0.18 0.18 0.21 0.16 0.19 0.17 0.14 0.19 0.14 0.14
C2 0.20 0.19 0.16 0.16 0.21 0.20 0.18 0.20 0.18 0.18 0.22 0.23 0.21 0.17 0.18 0.24 0.19 0.19 0.19 0.19
C2' 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.19 0.15 0.22 0.16 0.15 0.17 0.16 0.21 0.18 0.19 0.19 0.19 0.22 0.17 0.20
C3' 0.16 0.19 0.14 0.13 0.16 0.18 0.15 0.24 0.16 0.15 0.19 0.17 0.23 0.17 0.17 0.20 0.20 0.27 0.19 0.24
C4 0.15 0.17 0.12 0.11 0.17 0.16 0.14 0.18 0.14 0.14 0.19 0.19 0.20 0.12 0.15 0.20 0.14 0.16 0.14 0.14
C4' 0.15 0.20 0.21 0.23 0.18 0.18 0.17 0.22 0.17 0.16 0.20 0.19 0.23 0.21 0.30 0.16 0.21 0.30 0.22 0.23
C5 0.17 0.18 0.12 0.12 0.20 0.18 0.16 0.19 0.15 0.16 0.21 0.22 0.21 0.12 0.15 0.22 0.16 0.17 0.15 0.17
C5' 0.16 0.21 0.25 0.29 0.21 0.20 0.19 0.25 0.18 0.17 0.22 0.22 0.25 0.23 0.39 0.17 0.26 0.38 0.29 0.29
C6 0.19 0.21 0.14 0.13 0.23 0.20 0.20 0.21 0.19 0.18 0.25 0.27 0.22 0.14 0.16 0.25 0.19 0.19 0.19 0.20
C8 0.14 0.17 0.13 0.13 0.16 0.16 0.13 0.18 0.13 0.14 0.19 0.18 0.20 0.13 0.17 0.19 0.14 0.17 0.13 0.15
N1 0.21 0.22 0.16 0.16 0.25 0.21 0.22 0.22 0.21 0.20 0.25 0.27 0.23 0.16 0.18 0.26 0.21 0.21 0.21 0.22
N3 0.16 0.17 0.12 0.12 0.17 0.17 0.14 0.18 0.14 0.14 0.19 0.19 0.20 0.13 0.16 0.21 0.15 0.16 0.15 0.15
N6 0.20 0.23 0.14 0.14 0.27 0.20 0.23 0.22 0.21 0.20 0.27 0.31 0.24 0.14 0.16 0.26 0.21 0.21 0.21 0.22
N7 0.16 0.18 0.12 0.12 0.19 0.17 0.15 0.19 0.14 0.15 0.21 0.21 0.21 0.12 0.16 0.21 0.15 0.17 0.14 0.16
N9 0.14 0.17 0.13 0.12 0.16 0.15 0.13 0.17 0.13 0.14 0.18 0.18 0.20 0.13 0.17 0.18 0.13 0.16 0.13 0.13
O2' 0.15 0.15 0.13 0.14 0.14 0.18 0.15 0.21 0.16 0.15 0.15 0.14 0.19 0.15 0.19 0.20 0.19 0.22 0.17 0.20
O3' 0.17 0.20 0.15 0.16 0.18 0.20 0.18 0.28 0.18 0.17 0.20 0.18 0.25 0.18 0.20 0.21 0.26 0.36 0.26 0.31
O4' 0.17 0.21 0.21 0.20 0.21 0.17 0.20 0.19 0.19 0.18 0.22 0.22 0.24 0.20 0.26 0.17 0.17 0.24 0.19 0.18
O5' 0.22 0.26 0.19 0.18 0.24 0.19 0.21 0.23 0.20 0.22 0.27 0.25 0.31 0.20 0.27 0.25 0.20 0.32 0.20 0.24
OP1 0.26 0.26 0.33 0.46 0.27 0.45 0.30 0.58 0.31 0.26 0.28 0.28 0.30 0.29 0.59 0.36 0.56 0.79 0.61 0.65
OP2 0.51 0.63 0.38 0.27 0.60 0.33 0.51 0.33 0.49 0.54 0.66 0.63 0.70 0.41 0.28 0.48 0.30 0.38 0.28 0.32
P 0.18 0.28 0.18 0.22 0.24 0.17 0.17 0.27 0.16 0.19 0.30 0.27 0.36 0.20 0.36 0.20 0.23 0.44 0.25 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.12 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.03 0.10 0.12 0.19 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.12 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.11 0.06 0.09 0.10 0.11 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.03 0.15 0.19 0.26 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.03 0.17 0.21 0.27 0.21
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.14 0.16 0.21 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.11 0.16 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03 0.13 0.16 0.23 0.17
N4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.13 0.03 0.16 0.22 0.29 0.22
O2 0.03 0.01 0.12 0.11 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.14 0.04 0.09 0.11 0.17 0.12
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.04 0.04 0.04 0.13 0.10 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.13 0.06 0.10 0.13 0.14 0.04 0.00 0.01 0.09 0.22 0.18 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.07 0.09 0.11 0.10
O5' 0.06 0.10 0.05 0.06 0.15 0.02 0.17 0.01 0.14 0.10 0.13 0.16 0.09 0.04 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.12 0.12 0.15 0.19 0.08 0.21 0.08 0.16 0.11 0.16 0.22 0.11 0.13 0.22 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.19 0.12 0.12 0.26 0.05 0.27 0.02 0.21 0.16 0.23 0.29 0.17 0.10 0.18 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.07 0.08 0.20 0.03 0.21 0.01 0.17 0.13 0.17 0.22 0.12 0.05 0.14 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00