ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53490

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 5, 14, 15, 13, 11, 16, 17, 15, 8, 5, 2, 3, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.041 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.015, 0.042, 0.070, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.042 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.161, 0.321, 0.482, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.321 std_dev=0.160
O4' A 0, 0.160, 0.320, 0.481, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.320 std_dev=0.160
O2' B 0, 0.441, 0.646, 0.851, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.646 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.162, 0.379, 0.596, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.379 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.246, 0.485, 0.724, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.485 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.485, 0.743, 1.002, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.743 std_dev=0.259
C3' A 0, 0.276, 0.535, 0.793, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.535 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.681, 0.968, 1.256, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.968 std_dev=0.287
N1 B 0, 0.688, 0.998, 1.308, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.998 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.606, 0.919, 1.232, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.919 std_dev=0.313
O3' B 0, 0.633, 0.960, 1.287, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.960 std_dev=0.327
C4' B 0, 0.799, 1.143, 1.488, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.143 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.789, 1.143, 1.498, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.143 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.722, 1.083, 1.444, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.083 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.733, 1.095, 1.458, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.095 std_dev=0.363
O2 B 0, 0.781, 1.155, 1.529, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.155 std_dev=0.374
C5 B 0, 0.747, 1.130, 1.513, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.130 std_dev=0.383
O3' A 0, 0.413, 0.801, 1.188, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.801 std_dev=0.387
C5' A 0, 0.423, 0.840, 1.257, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.840 std_dev=0.417
C5' B 0, 1.077, 1.504, 1.932, 2.947 max_d=2.947 avg_d=1.504 std_dev=0.428
C4 B 0, 0.755, 1.185, 1.614, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.185 std_dev=0.429
N3 B 0, 0.780, 1.225, 1.671, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.225 std_dev=0.445
O5' B 0, 1.308, 1.757, 2.205, 3.238 max_d=3.238 avg_d=1.757 std_dev=0.449
N4 B 0, 0.817, 1.345, 1.874, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.345 std_dev=0.529
P B 0, 1.636, 2.178, 2.721, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.178 std_dev=0.542
OP1 B 0, 1.765, 2.342, 2.918, 4.234 max_d=4.234 avg_d=2.342 std_dev=0.576
OP2 B 0, 1.803, 2.385, 2.966, 4.731 max_d=4.731 avg_d=2.385 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.667, 1.474, 2.281, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.474 std_dev=0.807
OP1 A 0, 1.130, 2.187, 3.245, 4.900 max_d=4.900 avg_d=2.187 std_dev=1.058
P A 0, 0.560, 1.676, 2.792, 4.097 max_d=4.097 avg_d=1.676 std_dev=1.116
OP2 A 0, 1.249, 2.526, 3.803, 5.369 max_d=5.369 avg_d=2.526 std_dev=1.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.66 0.35 0.25
C2 0.03 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.07 0.40 0.95 0.82 0.49
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.42 0.44 0.24
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.12 0.13 0.11 0.10 0.13 0.13 0.08 0.02 0.01 0.02 0.36 0.38 0.53 0.30
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.04 0.45 0.93 0.84 0.53
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.30 0.25 0.10
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.57 1.07 1.12 0.70
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.21 0.14 0.09 0.21 0.23 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.20 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.57 1.11 1.18 0.73
C8 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.16 0.05 0.61 0.99 1.07 0.71
N1 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.06 0.50 1.05 1.03 0.62
N3 0.03 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.07 0.35 0.87 0.68 0.41
N6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.18 0.05 0.64 1.19 1.36 0.84
N7 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.18 0.04 0.66 1.12 1.29 0.82
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.43 0.85 0.74 0.48
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.05 0.12 0.14 0.08 0.04 0.02 0.00 0.08 0.06 0.11 0.39 0.35 0.14
O3' 0.03 0.14 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.05 0.15 0.16 0.14 0.12 0.18 0.18 0.08 0.08 0.00 0.03 0.30 0.58 0.67 0.35
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.14 0.65 0.23 0.24
O5' 0.22 0.40 0.29 0.36 0.45 0.01 0.57 0.01 0.57 0.61 0.50 0.35 0.64 0.66 0.43 0.11 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.66 0.95 0.42 0.38 0.93 0.30 1.07 0.20 1.11 0.99 1.05 0.87 1.19 1.12 0.85 0.39 0.58 0.65 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.82 0.44 0.53 0.84 0.25 1.12 0.34 1.18 1.07 1.03 0.68 1.36 1.29 0.74 0.35 0.67 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.49 0.24 0.30 0.53 0.10 0.70 0.02 0.73 0.71 0.62 0.41 0.84 0.82 0.48 0.14 0.35 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.20 0.18 0.17 0.20 0.17 0.19 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.23 0.19 0.24 0.22 0.16 0.19 0.17 0.16
C2 0.18 0.20 0.16 0.16 0.20 0.17 0.18 0.17 0.17 0.18 0.21 0.21 0.22 0.17 0.19 0.19 0.15 0.17 0.17 0.16
C2' 0.21 0.22 0.19 0.19 0.21 0.19 0.21 0.20 0.21 0.21 0.22 0.22 0.23 0.23 0.28 0.25 0.19 0.23 0.19 0.19
C3' 0.22 0.23 0.19 0.21 0.23 0.22 0.24 0.25 0.24 0.23 0.23 0.24 0.24 0.22 0.31 0.27 0.23 0.29 0.23 0.24
C4 0.16 0.19 0.13 0.12 0.18 0.14 0.16 0.14 0.16 0.16 0.20 0.20 0.22 0.12 0.17 0.17 0.13 0.15 0.14 0.13
C4' 0.22 0.21 0.22 0.24 0.21 0.22 0.22 0.24 0.23 0.21 0.21 0.21 0.23 0.23 0.34 0.26 0.22 0.28 0.23 0.24
C5 0.16 0.21 0.14 0.13 0.21 0.14 0.19 0.15 0.18 0.18 0.23 0.23 0.23 0.13 0.17 0.19 0.14 0.16 0.15 0.14
C5' 0.21 0.21 0.22 0.25 0.21 0.23 0.22 0.26 0.22 0.20 0.21 0.21 0.24 0.22 0.36 0.26 0.25 0.33 0.27 0.27
C6 0.18 0.23 0.15 0.14 0.25 0.16 0.22 0.17 0.20 0.20 0.26 0.27 0.24 0.14 0.17 0.20 0.16 0.16 0.17 0.16
C8 0.17 0.20 0.15 0.14 0.20 0.15 0.18 0.16 0.18 0.18 0.21 0.21 0.23 0.15 0.20 0.20 0.15 0.18 0.15 0.15
N1 0.19 0.23 0.17 0.16 0.24 0.18 0.22 0.18 0.20 0.20 0.25 0.26 0.24 0.16 0.19 0.21 0.17 0.17 0.19 0.17
N3 0.15 0.18 0.13 0.13 0.17 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.19 0.18 0.21 0.13 0.17 0.17 0.13 0.15 0.14 0.13
N6 0.19 0.25 0.16 0.15 0.28 0.17 0.25 0.18 0.22 0.22 0.29 0.31 0.25 0.14 0.17 0.21 0.17 0.17 0.19 0.18
N7 0.17 0.21 0.14 0.13 0.22 0.15 0.19 0.16 0.18 0.18 0.23 0.23 0.23 0.14 0.18 0.19 0.15 0.17 0.15 0.15
N9 0.17 0.19 0.15 0.14 0.18 0.14 0.17 0.15 0.17 0.17 0.20 0.19 0.22 0.15 0.19 0.19 0.14 0.17 0.14 0.14
O2' 0.25 0.24 0.24 0.24 0.24 0.23 0.25 0.22 0.25 0.24 0.24 0.24 0.25 0.26 0.34 0.29 0.21 0.24 0.21 0.21
O3' 0.29 0.28 0.26 0.30 0.31 0.32 0.32 0.36 0.32 0.30 0.29 0.31 0.27 0.27 0.40 0.35 0.35 0.42 0.35 0.37
O4' 0.22 0.23 0.22 0.22 0.22 0.20 0.22 0.21 0.22 0.21 0.23 0.23 0.25 0.22 0.29 0.24 0.19 0.23 0.20 0.20
O5' 0.25 0.31 0.24 0.21 0.28 0.20 0.25 0.24 0.24 0.26 0.31 0.29 0.36 0.27 0.29 0.25 0.22 0.34 0.23 0.25
OP1 0.52 0.68 0.54 0.49 0.63 0.45 0.54 0.50 0.51 0.56 0.70 0.65 0.77 0.56 0.53 0.46 0.50 0.66 0.54 0.55
OP2 0.46 0.55 0.37 0.34 0.53 0.42 0.49 0.53 0.48 0.49 0.57 0.55 0.62 0.39 0.40 0.49 0.49 0.70 0.53 0.58
P 0.19 0.29 0.17 0.18 0.24 0.20 0.20 0.30 0.19 0.21 0.30 0.26 0.36 0.20 0.30 0.22 0.27 0.47 0.31 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.11 0.15 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.06 0.12 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.09 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.02 0.12 0.05 0.07 0.10 0.11 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.03 0.14 0.16 0.21 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.03 0.16 0.18 0.21 0.18
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.14 0.14 0.16 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.10 0.13 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.11 0.13 0.18 0.14
N4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.03 0.15 0.19 0.23 0.20
O2 0.03 0.01 0.12 0.11 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.14 0.05 0.08 0.10 0.14 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.06 0.13 0.00 0.04 0.05 0.05 0.12 0.08 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.03 0.14 0.05 0.09 0.13 0.14 0.04 0.00 0.02 0.10 0.19 0.16 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.10 0.08
O5' 0.06 0.09 0.04 0.06 0.14 0.02 0.16 0.01 0.14 0.09 0.11 0.15 0.08 0.05 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.11 0.13 0.16 0.07 0.18 0.06 0.14 0.10 0.13 0.19 0.10 0.12 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.15 0.09 0.10 0.21 0.04 0.21 0.02 0.16 0.13 0.18 0.23 0.14 0.08 0.16 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.06 0.08 0.17 0.02 0.18 0.01 0.14 0.10 0.14 0.20 0.09 0.06 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00