ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 2, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.017, 0.034, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.018, 0.052, 0.085, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.018, 0.052, 0.086, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.052 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.020, 0.064, 0.107, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.099, 0.306, 0.514, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.306 std_dev=0.207
O4' A 0, 0.100, 0.330, 0.559, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.330 std_dev=0.230
O2' A 0, 0.033, 0.313, 0.593, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.313 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.378, 0.695, 1.013, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.695 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.458, 0.783, 1.108, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.783 std_dev=0.325
C4' A 0, 0.171, 0.501, 0.832, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.501 std_dev=0.331
C3' A 0, 0.207, 0.545, 0.884, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.545 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.412, 0.764, 1.116, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.764 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.537, 0.914, 1.292, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.914 std_dev=0.377
C2 B 0, 0.263, 0.654, 1.046, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.654 std_dev=0.391
C5 B 0, 0.612, 1.024, 1.437, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.024 std_dev=0.413
C4 B 0, 0.493, 0.908, 1.323, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.908 std_dev=0.415
N3 B 0, 0.315, 0.759, 1.202, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.759 std_dev=0.444
O3' A 0, 0.321, 0.783, 1.245, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.783 std_dev=0.462
O2' B 0, 0.520, 1.004, 1.488, 1.896 max_d=1.896 avg_d=1.004 std_dev=0.484
N4 B 0, 0.623, 1.132, 1.640, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.132 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.288, 0.823, 1.357, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.823 std_dev=0.534
O2 B 0, 0.233, 0.768, 1.302, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.768 std_dev=0.535
O4' B 0, 0.541, 1.080, 1.619, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.080 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.369, 0.932, 1.495, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.932 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.457, 1.115, 1.773, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.115 std_dev=0.658
O3' B 0, 0.492, 1.194, 1.897, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.194 std_dev=0.703
O5' A 0, 0.085, 0.937, 1.789, 3.496 max_d=3.496 avg_d=0.937 std_dev=0.852
O5' B 0, 0.363, 1.355, 2.348, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.355 std_dev=0.992
C5' B 0, 0.494, 1.530, 2.567, 4.633 max_d=4.633 avg_d=1.530 std_dev=1.036
P A 0, 0.155, 1.218, 2.281, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.218 std_dev=1.063
OP2 B 0, 0.628, 1.791, 2.954, 4.912 max_d=4.912 avg_d=1.791 std_dev=1.163
OP1 A 0, 0.562, 1.730, 2.899, 4.563 max_d=4.563 avg_d=1.730 std_dev=1.169
P B 0, 0.401, 1.671, 2.941, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.671 std_dev=1.270
OP1 B 0, 0.657, 2.078, 3.500, 6.056 max_d=6.056 avg_d=2.078 std_dev=1.422
OP2 A 0, -0.071, 1.491, 3.052, 6.681 max_d=6.681 avg_d=1.491 std_dev=1.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.34 0.42 0.30
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.24 0.04 0.50 0.77 0.88 0.59
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.09 0.11 0.15 0.07 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.15 0.23 0.27 0.17
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.18 0.18 0.19 0.18 0.20 0.19 0.10 0.01 0.01 0.02 0.08 0.23 0.26 0.14
C4 0.01 0.02 0.07 0.14 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02 0.55 0.73 0.92 0.62
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.08 0.13 0.13 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.16 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.02 0.70 0.94 1.23 0.81
C5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.23 0.19 0.12 0.26 0.26 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.24 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.21 0.02 0.71 1.02 1.29 0.84
C8 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.19 0.05 0.75 0.82 1.18 0.80
N1 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.23 0.03 0.62 0.93 1.11 0.74
N3 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.22 0.04 0.43 0.64 0.73 0.50
N6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.23 0.03 0.79 1.15 1.48 0.96
N7 0.01 0.02 0.08 0.19 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.21 0.04 0.81 1.01 1.41 0.93
N9 0.00 0.02 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.53 0.61 0.83 0.57
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.11 0.15 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.14 0.19 0.08
O3' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.05 0.21 0.19 0.23 0.22 0.23 0.21 0.10 0.02 0.00 0.02 0.18 0.34 0.48 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.23 0.33 0.32 0.28
O5' 0.27 0.50 0.15 0.08 0.55 0.01 0.70 0.01 0.71 0.75 0.62 0.43 0.79 0.81 0.53 0.05 0.18 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.34 0.77 0.23 0.23 0.73 0.16 0.94 0.24 1.02 0.82 0.93 0.64 1.15 1.01 0.61 0.14 0.34 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.88 0.27 0.26 0.92 0.21 1.23 0.33 1.29 1.18 1.11 0.73 1.48 1.41 0.83 0.19 0.48 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.59 0.17 0.14 0.62 0.05 0.81 0.02 0.84 0.80 0.74 0.50 0.96 0.93 0.57 0.08 0.25 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.27 0.34 0.26 0.28 0.30 0.32 0.31 0.26 0.25 0.26 0.28 0.26 0.47 0.26 0.28 0.39 0.39 0.31
C2 0.26 0.14 0.29 0.29 0.17 0.25 0.15 0.24 0.19 0.19 0.19 0.22 0.15 0.28 0.40 0.35 0.20 0.24 0.27 0.18
C2' 0.17 0.23 0.26 0.37 0.17 0.31 0.15 0.38 0.17 0.16 0.23 0.18 0.34 0.25 0.55 0.22 0.43 0.51 0.48 0.45
C3' 0.18 0.23 0.28 0.43 0.17 0.37 0.17 0.47 0.19 0.16 0.24 0.19 0.36 0.25 0.63 0.25 0.55 0.65 0.59 0.57
C4 0.23 0.13 0.21 0.29 0.12 0.24 0.12 0.25 0.17 0.17 0.15 0.15 0.18 0.19 0.43 0.29 0.18 0.29 0.26 0.19
C4' 0.24 0.25 0.34 0.44 0.29 0.34 0.35 0.42 0.34 0.26 0.27 0.30 0.30 0.29 0.60 0.24 0.47 0.54 0.56 0.48
C5 0.23 0.13 0.21 0.29 0.13 0.24 0.10 0.25 0.15 0.16 0.17 0.19 0.18 0.20 0.45 0.31 0.16 0.27 0.24 0.17
C5' 0.23 0.24 0.32 0.43 0.30 0.34 0.35 0.44 0.34 0.25 0.27 0.31 0.29 0.27 0.59 0.24 0.48 0.57 0.57 0.50
C6 0.26 0.16 0.25 0.29 0.20 0.24 0.16 0.24 0.18 0.19 0.21 0.27 0.18 0.23 0.44 0.35 0.17 0.23 0.25 0.15
C8 0.23 0.16 0.20 0.31 0.15 0.26 0.16 0.30 0.20 0.18 0.18 0.17 0.22 0.20 0.46 0.28 0.22 0.36 0.30 0.25
N1 0.27 0.19 0.29 0.30 0.24 0.25 0.21 0.24 0.21 0.22 0.24 0.31 0.19 0.27 0.42 0.36 0.21 0.23 0.27 0.18
N3 0.24 0.12 0.23 0.28 0.11 0.24 0.12 0.24 0.17 0.17 0.14 0.14 0.16 0.23 0.41 0.30 0.18 0.26 0.26 0.19
N6 0.26 0.19 0.26 0.30 0.26 0.24 0.21 0.24 0.20 0.21 0.26 0.34 0.20 0.23 0.45 0.36 0.17 0.22 0.26 0.15
N7 0.23 0.14 0.20 0.30 0.13 0.25 0.10 0.27 0.15 0.16 0.17 0.18 0.20 0.19 0.46 0.30 0.18 0.31 0.25 0.20
N9 0.23 0.17 0.21 0.31 0.16 0.26 0.19 0.29 0.22 0.19 0.18 0.17 0.22 0.20 0.45 0.27 0.22 0.35 0.31 0.25
O2' 0.26 0.29 0.39 0.50 0.27 0.38 0.29 0.43 0.30 0.27 0.29 0.27 0.37 0.36 0.70 0.26 0.51 0.54 0.58 0.50
O3' 0.23 0.30 0.34 0.54 0.23 0.48 0.22 0.61 0.24 0.22 0.30 0.24 0.43 0.31 0.79 0.31 0.75 0.88 0.79 0.78
O4' 0.31 0.32 0.34 0.39 0.38 0.30 0.43 0.36 0.42 0.35 0.34 0.39 0.32 0.33 0.49 0.28 0.33 0.42 0.46 0.35
O5' 0.25 0.35 0.24 0.33 0.33 0.33 0.29 0.47 0.28 0.26 0.38 0.36 0.44 0.26 0.50 0.25 0.46 0.70 0.51 0.54
OP1 0.32 0.49 0.33 0.41 0.44 0.33 0.35 0.46 0.31 0.34 0.53 0.50 0.62 0.34 0.58 0.27 0.49 0.71 0.56 0.55
OP2 0.39 0.63 0.34 0.33 0.60 0.40 0.48 0.60 0.43 0.47 0.70 0.66 0.74 0.35 0.48 0.35 0.53 0.94 0.59 0.68
P 0.26 0.39 0.26 0.35 0.38 0.34 0.32 0.50 0.29 0.29 0.44 0.43 0.49 0.26 0.51 0.27 0.47 0.74 0.53 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.28 0.14
C2 0.05 0.00 0.18 0.19 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.22 0.05 0.35 0.24 0.45 0.29
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.13 0.04 0.15 0.12 0.31 0.00 0.01 0.01 0.26 0.32 0.23 0.19
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.03 0.14 0.07 0.18 0.14 0.30 0.02 0.01 0.02 0.35 0.48 0.21 0.28
C4 0.03 0.02 0.10 0.13 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.03 0.48 0.39 0.62 0.43
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.08 0.08 0.13 0.06 0.02 0.00 0.02 0.16 0.24 0.03
C5 0.02 0.02 0.11 0.13 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.07 0.50 0.41 0.62 0.45
C5' 0.03 0.09 0.02 0.03 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.10 0.14 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.24 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.08 0.44 0.32 0.49 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.33 0.22 0.40 0.26
N3 0.04 0.01 0.15 0.18 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.22 0.03 0.42 0.31 0.55 0.36
N4 0.04 0.02 0.12 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.03 0.51 0.44 0.69 0.48
O2 0.08 0.01 0.31 0.30 0.02 0.13 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.35 0.10 0.29 0.19 0.40 0.23
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.12 0.11 0.24 0.00 0.05 0.06 0.08 0.21 0.18 0.05
O3' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.16 0.02 0.15 0.04 0.15 0.07 0.22 0.19 0.35 0.05 0.00 0.02 0.29 0.62 0.26 0.35
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.10 0.06 0.02 0.00 0.12 0.12 0.33 0.20
O5' 0.17 0.35 0.26 0.35 0.48 0.02 0.50 0.01 0.44 0.33 0.42 0.51 0.29 0.08 0.29 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.24 0.32 0.48 0.39 0.16 0.41 0.24 0.32 0.22 0.31 0.44 0.19 0.21 0.62 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.45 0.23 0.21 0.62 0.24 0.62 0.33 0.49 0.40 0.55 0.69 0.40 0.18 0.26 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.29 0.19 0.28 0.43 0.03 0.45 0.02 0.36 0.26 0.36 0.48 0.23 0.05 0.35 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00