ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 3, 5, 5, 13, 9, 12, 19, 13, 10, 7, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' A 0, -0.225, 0.366, 0.957, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.366 std_dev=0.591
O2' B 0, -0.152, 0.499, 1.151, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.499 std_dev=0.652
C2 B 0, 0.257, 1.127, 1.996, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.127 std_dev=0.870
N3 B 0, 0.086, 0.961, 1.835, 4.064 max_d=4.064 avg_d=0.961 std_dev=0.874
N3 A 0, -0.721, 0.278, 1.278, 4.278 max_d=4.278 avg_d=0.278 std_dev=0.999
C2' A 0, -0.618, 0.418, 1.455, 4.489 max_d=4.489 avg_d=0.418 std_dev=1.036
C2' B 0, -0.358, 0.691, 1.739, 4.751 max_d=4.751 avg_d=0.691 std_dev=1.049
C2 A 0, -0.779, 0.291, 1.362, 4.595 max_d=4.595 avg_d=0.291 std_dev=1.070
O3' A 0, -0.627, 0.613, 1.852, 5.504 max_d=5.504 avg_d=0.613 std_dev=1.239
N1 B 0, 0.049, 1.292, 2.535, 5.761 max_d=5.761 avg_d=1.292 std_dev=1.243
C1' B 0, -0.608, 0.717, 2.042, 5.824 max_d=5.824 avg_d=0.717 std_dev=1.325
O3' B 0, -0.410, 0.935, 2.280, 6.121 max_d=6.121 avg_d=0.935 std_dev=1.345
C1' A 0, -1.002, 0.378, 1.758, 5.755 max_d=5.755 avg_d=0.378 std_dev=1.380
C4 B 0, -0.383, 0.998, 2.378, 6.267 max_d=6.267 avg_d=0.998 std_dev=1.381
C3' A 0, -0.840, 0.596, 2.033, 6.237 max_d=6.237 avg_d=0.596 std_dev=1.437
C3' B 0, -0.557, 0.895, 2.348, 6.496 max_d=6.496 avg_d=0.895 std_dev=1.453
C4 A 0, -1.119, 0.419, 1.957, 6.448 max_d=6.448 avg_d=0.419 std_dev=1.538
N1 A 0, -1.134, 0.423, 1.979, 6.637 max_d=6.637 avg_d=0.423 std_dev=1.556
C4' B 0, -0.667, 0.932, 2.531, 7.084 max_d=7.084 avg_d=0.932 std_dev=1.599
N9 B 0, -0.696, 0.921, 2.538, 7.148 max_d=7.148 avg_d=0.921 std_dev=1.617
C4' A 0, -1.024, 0.647, 2.318, 7.171 max_d=7.171 avg_d=0.647 std_dev=1.671
N9 A 0, -1.250, 0.469, 2.189, 7.177 max_d=7.177 avg_d=0.469 std_dev=1.720
O4' B 0, -0.839, 0.907, 2.652, 7.645 max_d=7.645 avg_d=0.907 std_dev=1.746
C6 B 0, -0.429, 1.341, 3.112, 8.063 max_d=8.063 avg_d=1.341 std_dev=1.771
O4' A 0, -1.198, 0.605, 2.409, 7.626 max_d=7.626 avg_d=0.605 std_dev=1.803
C5 B 0, -0.650, 1.215, 3.081, 8.379 max_d=8.379 avg_d=1.215 std_dev=1.865
C6 A 0, -1.536, 0.546, 2.629, 8.768 max_d=8.768 avg_d=0.546 std_dev=2.082
C5 A 0, -1.538, 0.555, 2.648, 8.755 max_d=8.755 avg_d=0.555 std_dev=2.093
C5' B 0, -0.840, 1.304, 3.447, 9.552 max_d=9.552 avg_d=1.304 std_dev=2.144
C8 B 0, -1.029, 1.182, 3.393, 9.705 max_d=9.705 avg_d=1.182 std_dev=2.211
N6 B 0, -0.660, 1.561, 3.782, 10.061 max_d=10.061 avg_d=1.561 std_dev=2.221
C5' A 0, -1.186, 1.045, 3.277, 9.747 max_d=9.747 avg_d=1.045 std_dev=2.232
C8 A 0, -1.709, 0.643, 2.996, 9.811 max_d=9.811 avg_d=0.643 std_dev=2.353
N7 B 0, -1.053, 1.339, 3.731, 10.564 max_d=10.564 avg_d=1.339 std_dev=2.392
O5' B 0, -1.029, 1.547, 4.122, 11.398 max_d=11.398 avg_d=1.547 std_dev=2.575
N6 A 0, -1.896, 0.698, 3.291, 10.934 max_d=10.934 avg_d=0.698 std_dev=2.594
N7 A 0, -1.899, 0.699, 3.296, 10.818 max_d=10.818 avg_d=0.699 std_dev=2.598
O5' A 0, -1.357, 1.264, 3.885, 11.416 max_d=11.416 avg_d=1.264 std_dev=2.621
P B 0, -1.102, 2.056, 5.213, 14.202 max_d=14.202 avg_d=2.056 std_dev=3.158
OP1 B 0, -0.738, 2.437, 5.612, 14.361 max_d=14.361 avg_d=2.437 std_dev=3.175
OP1 A 0, -0.812, 2.446, 5.704, 14.577 max_d=14.577 avg_d=2.446 std_dev=3.258
P A 0, -1.415, 1.857, 5.130, 14.381 max_d=14.381 avg_d=1.857 std_dev=3.273
OP2 B 0, -1.477, 2.093, 5.662, 15.884 max_d=15.884 avg_d=2.093 std_dev=3.569
OP2 A 0, -1.796, 1.862, 5.521, 15.949 max_d=15.949 avg_d=1.862 std_dev=3.659

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.17 0.07
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.20 0.25 0.37 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.18 0.14 0.08
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.10 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.20 0.24 0.34 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.25 0.31 0.43 0.25
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.17 0.11 0.06 0.17 0.18 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.26 0.34 0.46 0.26
C8 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.24 0.27 0.35 0.23
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.23 0.30 0.43 0.23
N3 0.03 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.18 0.21 0.32 0.14
N6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.28 0.40 0.52 0.31
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.27 0.34 0.45 0.28
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.18 0.19 0.27 0.15
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.11 0.10 0.06
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.08 0.13 0.12 0.11 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.25 0.10 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.10 0.10 0.09
O5' 0.10 0.20 0.08 0.07 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.24 0.23 0.18 0.28 0.27 0.18 0.05 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.25 0.18 0.21 0.24 0.06 0.31 0.09 0.34 0.27 0.30 0.21 0.40 0.34 0.19 0.11 0.25 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.37 0.14 0.10 0.34 0.05 0.43 0.02 0.46 0.35 0.43 0.32 0.52 0.45 0.27 0.10 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.18 0.08 0.09 0.18 0.03 0.25 0.01 0.26 0.23 0.23 0.14 0.31 0.28 0.15 0.06 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.77 0.26 0.44 0.42 0.39 0.43 0.43 0.59 0.16 0.74 0.60 0.60 0.28 0.21 0.38 0.69 0.19 0.37 0.61 0.25 0.35
C2 0.75 0.12 0.95 0.94 0.39 0.84 0.25 0.81 0.12 0.48 0.15 0.36 0.15 0.33 0.56 1.05 1.05 0.73 0.79 0.78 0.58 0.64
C2' 0.25 0.93 0.07 0.25 0.63 0.22 0.63 0.29 0.76 0.35 0.89 0.81 0.75 0.47 0.41 0.14 0.52 0.08 0.21 0.45 0.13 0.21
C3' 0.44 0.92 0.27 0.08 0.70 0.09 0.68 0.10 0.78 0.47 0.89 0.84 0.77 0.56 0.54 0.24 0.25 0.28 0.11 0.31 0.17 0.15
C4 0.42 0.34 0.65 0.72 0.09 0.63 0.10 0.62 0.26 0.21 0.39 0.14 0.31 0.09 0.23 0.78 0.89 0.47 0.58 0.67 0.41 0.48
C4' 0.43 0.90 0.30 0.11 0.68 0.11 0.65 0.11 0.76 0.44 0.87 0.82 0.74 0.52 0.52 0.31 0.25 0.27 0.11 0.37 0.13 0.15
C5 0.46 0.18 0.66 0.71 0.16 0.61 0.10 0.60 0.15 0.27 0.24 0.12 0.20 0.16 0.30 0.76 0.86 0.49 0.58 0.65 0.42 0.48
C5' 0.46 0.84 0.34 0.17 0.64 0.19 0.63 0.13 0.71 0.45 0.81 0.76 0.70 0.52 0.52 0.37 0.16 0.33 0.15 0.30 0.17 0.16
C6 0.61 0.19 0.80 0.82 0.35 0.71 0.26 0.69 0.17 0.42 0.16 0.33 0.16 0.31 0.47 0.88 0.94 0.61 0.68 0.69 0.51 0.56
C8 0.20 0.44 0.37 0.48 0.17 0.41 0.21 0.42 0.35 0.07 0.46 0.28 0.38 0.11 0.08 0.45 0.67 0.27 0.39 0.56 0.28 0.35
N1 0.74 0.28 0.92 0.92 0.48 0.81 0.36 0.78 0.22 0.53 0.19 0.48 0.18 0.40 0.59 1.00 1.02 0.72 0.78 0.76 0.59 0.63
N3 0.58 0.32 0.82 0.86 0.15 0.76 0.08 0.73 0.24 0.30 0.38 0.13 0.30 0.14 0.35 0.97 1.00 0.60 0.69 0.74 0.49 0.57
N6 0.63 0.31 0.80 0.81 0.42 0.70 0.35 0.67 0.26 0.47 0.25 0.42 0.23 0.38 0.51 0.86 0.92 0.62 0.68 0.68 0.53 0.56
N7 0.32 0.26 0.50 0.58 0.08 0.49 0.09 0.49 0.21 0.17 0.30 0.12 0.25 0.09 0.18 0.58 0.74 0.37 0.47 0.58 0.34 0.40
N9 0.22 0.53 0.43 0.55 0.21 0.47 0.25 0.49 0.41 0.08 0.54 0.35 0.43 0.13 0.09 0.55 0.76 0.31 0.45 0.61 0.31 0.39
O2' 0.40 1.08 0.19 0.20 0.82 0.21 0.78 0.31 0.91 0.47 1.03 1.02 0.88 0.60 0.58 0.14 0.53 0.15 0.20 0.49 0.12 0.22
O3' 0.69 1.02 0.54 0.30 0.87 0.33 0.84 0.22 0.91 0.66 0.99 0.98 0.89 0.72 0.74 0.57 0.11 0.53 0.28 0.21 0.33 0.27
O4' 0.22 0.79 0.15 0.28 0.50 0.22 0.49 0.29 0.62 0.25 0.76 0.66 0.61 0.35 0.31 0.18 0.51 0.13 0.25 0.56 0.20 0.29
O5' 0.33 0.70 0.20 0.09 0.52 0.12 0.51 0.12 0.60 0.36 0.69 0.62 0.60 0.42 0.40 0.20 0.20 0.24 0.14 0.33 0.16 0.19
OP1 0.47 0.70 0.36 0.24 0.57 0.32 0.56 0.29 0.62 0.45 0.68 0.65 0.61 0.49 0.49 0.40 0.15 0.42 0.28 0.27 0.27 0.28
OP2 0.29 0.55 0.22 0.20 0.42 0.19 0.43 0.19 0.49 0.33 0.55 0.48 0.50 0.37 0.34 0.21 0.27 0.24 0.22 0.35 0.23 0.25
P 0.32 0.63 0.21 0.11 0.47 0.16 0.47 0.14 0.54 0.33 0.62 0.56 0.54 0.39 0.37 0.22 0.17 0.25 0.15 0.30 0.16 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.08 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.14 0.11 0.11 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.10 0.10 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.17 0.14 0.13 0.13
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.06 0.12 0.12 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.18 0.15 0.15 0.14
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.16 0.12 0.10 0.12
N1 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.16 0.14 0.14 0.13
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.12 0.09 0.09 0.09
N6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.03 0.19 0.18 0.19 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.18 0.15 0.14 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.08 0.08 0.09
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.11 0.07 0.05
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.12 0.26 0.11 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.09 0.11 0.11
O5' 0.05 0.14 0.03 0.06 0.13 0.01 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.12 0.19 0.18 0.12 0.03 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.12 0.16 0.10 0.05 0.14 0.07 0.15 0.12 0.14 0.09 0.18 0.15 0.08 0.11 0.26 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.11 0.06 0.07 0.10 0.05 0.13 0.02 0.15 0.10 0.14 0.09 0.19 0.14 0.08 0.07 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.04 0.07 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.09 0.16 0.15 0.09 0.05 0.15 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00