ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53498

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 14, 14, 16, 7, 2, 1, 1, 1, 1, 4, 5, 4, 4, 9, 3, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, -0.053, 1.040, 2.133, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.040 std_dev=1.093
O2' A 0, -0.517, 0.656, 1.829, 3.961 max_d=3.961 avg_d=0.656 std_dev=1.173
N3 B 0, -0.529, 1.014, 2.557, 4.700 max_d=4.700 avg_d=1.014 std_dev=1.543
C2 B 0, -0.492, 1.063, 2.618, 4.742 max_d=4.742 avg_d=1.063 std_dev=1.555
N3 A 0, -0.895, 0.674, 2.243, 4.710 max_d=4.710 avg_d=0.674 std_dev=1.569
C2' B 0, -0.333, 1.273, 2.879, 4.830 max_d=4.830 avg_d=1.273 std_dev=1.606
C2 A 0, -0.940, 0.699, 2.339, 4.931 max_d=4.931 avg_d=0.699 std_dev=1.639
C2' A 0, -0.877, 0.829, 2.536, 5.476 max_d=5.476 avg_d=0.829 std_dev=1.707
C1' A 0, -1.076, 0.814, 2.704, 5.589 max_d=5.589 avg_d=0.814 std_dev=1.890
O3' A 0, -0.823, 1.088, 2.999, 6.552 max_d=6.552 avg_d=1.088 std_dev=1.911
C1' B 0, -0.633, 1.298, 3.230, 5.844 max_d=5.844 avg_d=1.298 std_dev=1.932
O3' B 0, -0.266, 1.765, 3.797, 5.677 max_d=5.677 avg_d=1.765 std_dev=2.032
C3' A 0, -1.021, 1.072, 3.165, 6.145 max_d=6.145 avg_d=1.072 std_dev=2.093
C4' A 0, -1.061, 1.069, 3.198, 6.430 max_d=6.430 avg_d=1.069 std_dev=2.129
N1 B 0, -0.586, 1.549, 3.685, 6.529 max_d=6.529 avg_d=1.549 std_dev=2.136
C3' B 0, -0.478, 1.687, 3.853, 6.502 max_d=6.502 avg_d=1.687 std_dev=2.166
C4 B 0, -0.809, 1.414, 3.637, 6.696 max_d=6.696 avg_d=1.414 std_dev=2.223
N1 A 0, -1.309, 0.973, 3.254, 6.798 max_d=6.798 avg_d=0.973 std_dev=2.282
C4 A 0, -1.300, 0.982, 3.265, 6.660 max_d=6.660 avg_d=0.982 std_dev=2.282
O4' A 0, -1.229, 1.074, 3.377, 7.002 max_d=7.002 avg_d=1.074 std_dev=2.303
N9 B 0, -0.938, 1.502, 3.942, 7.301 max_d=7.301 avg_d=1.502 std_dev=2.440
C4' B 0, -0.654, 1.809, 4.273, 7.671 max_d=7.671 avg_d=1.809 std_dev=2.463
N9 A 0, -1.402, 1.068, 3.539, 7.221 max_d=7.221 avg_d=1.068 std_dev=2.470
O4' B 0, -0.832, 1.706, 4.245, 7.725 max_d=7.725 avg_d=1.706 std_dev=2.538
C6 B 0, -0.837, 2.040, 4.916, 8.757 max_d=8.757 avg_d=2.040 std_dev=2.877
C5 B 0, -0.963, 1.962, 4.887, 8.863 max_d=8.863 avg_d=1.962 std_dev=2.925
C5' A 0, -1.395, 1.558, 4.511, 8.867 max_d=8.867 avg_d=1.558 std_dev=2.953
C6 A 0, -1.758, 1.289, 4.337, 8.927 max_d=8.927 avg_d=1.289 std_dev=3.047
C5 A 0, -1.757, 1.309, 4.374, 8.887 max_d=8.887 avg_d=1.309 std_dev=3.066
C8 B 0, -1.196, 2.061, 5.318, 9.789 max_d=9.789 avg_d=2.061 std_dev=3.257
C5' B 0, -1.046, 2.267, 5.580, 10.330 max_d=10.330 avg_d=2.267 std_dev=3.313
C8 A 0, -1.897, 1.467, 4.832, 9.738 max_d=9.738 avg_d=1.467 std_dev=3.365
N6 B 0, -0.955, 2.598, 6.150, 10.816 max_d=10.816 avg_d=2.598 std_dev=3.553
N7 B 0, -1.208, 2.386, 5.979, 10.867 max_d=10.867 avg_d=2.386 std_dev=3.593
O5' A 0, -1.555, 2.078, 5.710, 11.026 max_d=11.026 avg_d=2.078 std_dev=3.632
N7 A 0, -2.133, 1.626, 5.384, 10.819 max_d=10.819 avg_d=1.626 std_dev=3.759
N6 A 0, -2.133, 1.626, 5.385, 11.042 max_d=11.042 avg_d=1.626 std_dev=3.759
O5' B 0, -1.164, 2.655, 6.474, 11.758 max_d=11.758 avg_d=2.655 std_dev=3.819
P A 0, -1.786, 2.842, 7.470, 13.801 max_d=13.801 avg_d=2.842 std_dev=4.628
P B 0, -1.656, 3.181, 8.019, 14.618 max_d=14.618 avg_d=3.181 std_dev=4.838
OP1 A 0, -1.735, 3.145, 8.025, 14.612 max_d=14.612 avg_d=3.145 std_dev=4.880
OP1 B 0, -1.569, 3.409, 8.387, 15.414 max_d=15.414 avg_d=3.409 std_dev=4.978
OP2 A 0, -1.909, 3.255, 8.420, 15.948 max_d=15.948 avg_d=3.255 std_dev=5.165
OP2 B 0, -1.937, 3.385, 8.706, 15.974 max_d=15.974 avg_d=3.385 std_dev=5.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.30 0.35 0.24 0.13
C2 0.05 0.00 0.17 0.17 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.09 0.47 0.65 0.73 0.34
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.12 0.08 0.10 0.13 0.17 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.36 0.41 0.33 0.29
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.16 0.01 0.21 0.02 0.22 0.25 0.19 0.14 0.25 0.26 0.15 0.02 0.01 0.02 0.22 0.21 0.26 0.06
C4 0.03 0.01 0.09 0.16 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.05 0.49 0.61 0.72 0.37
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.03 0.09 0.11 0.06 0.18 0.02 0.00 0.01 0.33 0.23 0.23
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.10 0.03 0.58 0.82 0.99 0.58
C5' 0.05 0.08 0.12 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.11 0.07 0.17 0.16 0.08 0.07 0.14 0.02 0.01 0.28 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.10 0.04 0.59 0.90 1.07 0.61
C8 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.20 0.06 0.59 0.73 0.90 0.58
N1 0.04 0.00 0.13 0.19 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.13 0.07 0.54 0.80 0.93 0.49
N3 0.05 0.00 0.17 0.14 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.09 0.43 0.55 0.59 0.25
N6 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.15 0.04 0.63 1.05 1.24 0.74
N7 0.01 0.01 0.07 0.26 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.21 0.04 0.63 0.93 1.14 0.71
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.46 0.51 0.61 0.32
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.14 0.18 0.19 0.07 0.19 0.19 0.17 0.13 0.21 0.21 0.13 0.00 0.05 0.12 0.21 0.57 0.20 0.35
O3' 0.17 0.20 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.14 0.10 0.20 0.13 0.21 0.15 0.21 0.07 0.05 0.00 0.13 0.21 0.51 0.17 0.24
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.09 0.04 0.04 0.01 0.12 0.13 0.00 0.20 0.27 0.20 0.17
O5' 0.30 0.47 0.36 0.22 0.49 0.01 0.58 0.01 0.59 0.59 0.54 0.43 0.63 0.63 0.46 0.21 0.21 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.35 0.65 0.41 0.21 0.61 0.33 0.82 0.28 0.90 0.73 0.80 0.55 1.05 0.93 0.51 0.57 0.51 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.73 0.33 0.26 0.72 0.23 0.99 0.32 1.07 0.90 0.93 0.59 1.24 1.14 0.61 0.20 0.17 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.34 0.29 0.06 0.37 0.23 0.58 0.02 0.61 0.58 0.49 0.25 0.74 0.71 0.32 0.35 0.24 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 1.19 0.44 0.67 0.66 0.81 0.72 0.84 0.98 0.34 1.20 0.91 1.00 0.50 0.35 0.70 0.94 0.56 0.61 0.75 0.53 0.62
C2 1.30 0.23 1.41 1.41 0.67 1.45 0.46 1.38 0.28 0.88 0.36 0.56 0.37 0.62 0.98 1.64 1.53 1.35 1.26 1.25 1.24 1.27
C2' 0.42 1.39 0.43 0.52 0.94 0.65 0.96 0.69 1.17 0.56 1.36 1.18 1.17 0.73 0.62 0.49 0.72 0.44 0.51 0.62 0.50 0.54
C3' 0.47 1.28 0.52 0.51 0.89 0.59 0.88 0.70 1.06 0.53 1.25 1.12 1.06 0.66 0.62 0.57 0.70 0.40 0.51 0.74 0.44 0.57
C4 0.83 0.60 0.97 1.08 0.22 1.15 0.23 1.12 0.48 0.47 0.70 0.25 0.57 0.26 0.50 1.29 1.28 0.98 0.94 0.97 0.86 0.94
C4' 0.53 1.31 0.60 0.51 0.95 0.51 0.94 0.60 1.12 0.62 1.29 1.15 1.11 0.75 0.70 0.58 0.67 0.37 0.51 0.73 0.52 0.56
C5 0.85 0.39 0.98 1.07 0.29 1.12 0.21 1.09 0.33 0.53 0.51 0.22 0.43 0.32 0.56 1.24 1.25 0.97 0.93 0.96 0.88 0.94
C5' 0.57 1.23 0.69 0.59 0.92 0.48 0.92 0.54 1.07 0.65 1.21 1.08 1.07 0.76 0.71 0.67 0.71 0.40 0.55 0.76 0.58 0.60
C6 1.06 0.22 1.18 1.23 0.53 1.25 0.39 1.21 0.24 0.74 0.29 0.44 0.30 0.53 0.79 1.41 1.38 1.14 1.08 1.09 1.07 1.10
C8 0.47 0.77 0.59 0.75 0.34 0.83 0.39 0.85 0.63 0.28 0.82 0.50 0.68 0.26 0.28 0.82 0.97 0.64 0.66 0.77 0.58 0.67
N1 1.26 0.31 1.37 1.37 0.74 1.40 0.55 1.34 0.32 0.91 0.27 0.66 0.33 0.68 0.99 1.58 1.50 1.30 1.23 1.22 1.24 1.25
N3 1.09 0.52 1.23 1.28 0.34 1.35 0.24 1.28 0.44 0.63 0.67 0.21 0.56 0.37 0.70 1.55 1.44 1.20 1.11 1.12 1.04 1.11
N6 1.06 0.27 1.17 1.21 0.60 1.23 0.46 1.19 0.28 0.78 0.25 0.52 0.29 0.58 0.82 1.38 1.37 1.12 1.08 1.08 1.08 1.09
N7 0.63 0.53 0.76 0.88 0.22 0.94 0.23 0.94 0.43 0.37 0.61 0.28 0.51 0.22 0.38 0.99 1.08 0.77 0.77 0.84 0.70 0.77
N9 0.53 0.87 0.66 0.84 0.35 0.94 0.43 0.94 0.70 0.29 0.92 0.55 0.75 0.27 0.28 0.95 1.07 0.73 0.73 0.82 0.65 0.74
O2' 0.57 1.49 0.59 0.55 1.16 0.58 1.15 0.63 1.31 0.77 1.45 1.38 1.29 0.94 0.85 0.45 0.70 0.38 0.52 0.56 0.58 0.52
O3' 0.58 1.17 0.63 0.58 0.87 0.62 0.84 0.75 0.98 0.58 1.12 1.06 0.96 0.67 0.67 0.76 0.78 0.44 0.59 0.85 0.51 0.67
O4' 0.34 1.21 0.42 0.57 0.76 0.68 0.80 0.74 1.02 0.46 1.21 0.98 1.04 0.61 0.48 0.51 0.82 0.44 0.57 0.77 0.52 0.60
O5' 0.54 1.02 0.62 0.67 0.71 0.74 0.72 0.81 0.87 0.54 1.02 0.85 0.89 0.59 0.57 0.67 0.82 0.60 0.85 1.20 0.77 0.99
OP1 1.19 0.81 1.23 1.40 0.97 1.50 0.97 1.57 0.89 1.14 0.83 0.87 0.89 1.05 1.10 1.26 1.52 1.36 1.84 2.22 1.80 2.02
OP2 0.71 1.10 0.82 1.03 0.73 1.12 0.74 1.24 0.92 0.62 1.11 0.89 0.94 0.62 0.64 0.92 1.29 0.86 1.41 1.93 1.33 1.61
P 0.90 0.97 0.98 1.11 0.84 1.18 0.84 1.25 0.90 0.84 0.98 0.88 0.91 0.81 0.84 1.05 1.26 1.02 1.44 1.83 1.37 1.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.29 0.37 0.29
C2 0.04 0.00 0.19 0.18 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.13 0.50 0.52 0.81 0.63
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.02 0.11 0.09 0.16 0.18 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.24 0.28 0.17
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.14 0.10 0.17 0.17 0.14 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.28 0.20 0.14
C4 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.07 0.55 0.55 0.78 0.63
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.16 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.66 0.72 0.96 0.79
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.27 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.06 0.66 0.74 1.02 0.82
C8 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.11 0.07 0.72 0.74 0.87 0.77
N1 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.23 0.11 0.59 0.65 0.95 0.74
N3 0.04 0.00 0.18 0.17 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.13 0.45 0.44 0.71 0.54
N6 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.18 0.05 0.70 0.84 1.11 0.90
N7 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.76 0.84 1.04 0.88
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.54 0.53 0.67 0.56
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.13 0.15 0.09 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.22 0.12 0.09
O3' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.14 0.02 0.13 0.03 0.18 0.11 0.23 0.22 0.18 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.21 0.32 0.25 0.22
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.13 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.27 0.26 0.22 0.22
O5' 0.32 0.50 0.17 0.10 0.55 0.02 0.66 0.01 0.66 0.72 0.59 0.45 0.70 0.76 0.54 0.05 0.21 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.52 0.24 0.28 0.55 0.16 0.72 0.27 0.74 0.74 0.65 0.44 0.84 0.84 0.53 0.22 0.32 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.81 0.28 0.20 0.78 0.10 0.96 0.21 1.02 0.87 0.95 0.71 1.11 1.04 0.67 0.12 0.25 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.63 0.17 0.14 0.63 0.05 0.79 0.02 0.82 0.77 0.74 0.54 0.90 0.88 0.56 0.09 0.22 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00