ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 14, 14, 9, 6, 1, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, -0.110, 0.473, 1.055, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.473 std_dev=0.583
O2' A 0, -0.344, 0.263, 0.870, 3.591 max_d=3.591 avg_d=0.263 std_dev=0.607
N3 B 0, -0.300, 0.512, 1.324, 4.689 max_d=4.689 avg_d=0.512 std_dev=0.812
C2 B 0, -0.297, 0.541, 1.378, 4.859 max_d=4.859 avg_d=0.541 std_dev=0.838
N3 A 0, -0.669, 0.176, 1.022, 5.048 max_d=5.048 avg_d=0.176 std_dev=0.846
C2' B 0, -0.363, 0.495, 1.352, 4.934 max_d=4.934 avg_d=0.495 std_dev=0.858
C2' A 0, -0.613, 0.290, 1.194, 5.316 max_d=5.316 avg_d=0.290 std_dev=0.903
C2 A 0, -0.731, 0.182, 1.094, 5.439 max_d=5.439 avg_d=0.182 std_dev=0.913
C1' A 0, -0.731, 0.190, 1.112, 5.338 max_d=5.338 avg_d=0.190 std_dev=0.921
C1' B 0, -0.442, 0.545, 1.532, 5.644 max_d=5.644 avg_d=0.545 std_dev=0.987
C4' A 0, -0.702, 0.363, 1.428, 6.087 max_d=6.087 avg_d=0.363 std_dev=1.065
O3' B 0, -0.615, 0.472, 1.560, 6.283 max_d=6.283 avg_d=0.472 std_dev=1.087
O4' A 0, -0.805, 0.318, 1.441, 6.432 max_d=6.432 avg_d=0.318 std_dev=1.123
O3' A 0, -0.625, 0.500, 1.625, 6.455 max_d=6.455 avg_d=0.500 std_dev=1.125
C3' B 0, -0.623, 0.518, 1.659, 6.572 max_d=6.572 avg_d=0.518 std_dev=1.141
C3' A 0, -0.751, 0.399, 1.550, 6.633 max_d=6.633 avg_d=0.399 std_dev=1.151
N1 B 0, -0.533, 0.641, 1.816, 6.732 max_d=6.732 avg_d=0.641 std_dev=1.174
C4 B 0, -0.568, 0.615, 1.798, 6.756 max_d=6.756 avg_d=0.615 std_dev=1.183
C4' B 0, -0.626, 0.557, 1.740, 6.695 max_d=6.695 avg_d=0.557 std_dev=1.183
C4 A 0, -0.943, 0.246, 1.434, 6.914 max_d=6.914 avg_d=0.246 std_dev=1.189
N9 A 0, -0.989, 0.257, 1.503, 7.172 max_d=7.172 avg_d=0.257 std_dev=1.246
N1 A 0, -1.001, 0.258, 1.517, 7.367 max_d=7.367 avg_d=0.258 std_dev=1.259
O4' B 0, -0.662, 0.602, 1.866, 7.071 max_d=7.071 avg_d=0.602 std_dev=1.264
N9 B 0, -0.640, 0.644, 1.929, 7.305 max_d=7.305 avg_d=0.644 std_dev=1.284
C5' A 0, -0.900, 0.566, 2.032, 8.291 max_d=8.291 avg_d=0.566 std_dev=1.466
C6 B 0, -0.814, 0.759, 2.333, 8.927 max_d=8.927 avg_d=0.759 std_dev=1.574
C5 B 0, -0.839, 0.748, 2.334, 8.986 max_d=8.986 avg_d=0.748 std_dev=1.587
C5 A 0, -1.277, 0.322, 1.921, 9.151 max_d=9.151 avg_d=0.322 std_dev=1.599
C5' B 0, -0.909, 0.704, 2.318, 9.021 max_d=9.021 avg_d=0.704 std_dev=1.614
C6 A 0, -1.308, 0.322, 1.952, 9.355 max_d=9.355 avg_d=0.322 std_dev=1.630
C8 A 0, -1.327, 0.361, 2.050, 9.573 max_d=9.573 avg_d=0.361 std_dev=1.688
O5' A 0, -1.063, 0.673, 2.408, 9.719 max_d=9.719 avg_d=0.673 std_dev=1.736
C8 B 0, -0.956, 0.792, 2.539, 9.837 max_d=9.837 avg_d=0.792 std_dev=1.748
N7 A 0, -1.517, 0.403, 2.322, 10.862 max_d=10.862 avg_d=0.403 std_dev=1.920
N6 B 0, -1.056, 0.893, 2.843, 11.000 max_d=11.000 avg_d=0.893 std_dev=1.950
N7 B 0, -1.089, 0.862, 2.813, 10.964 max_d=10.964 avg_d=0.862 std_dev=1.951
O5' B 0, -1.102, 0.867, 2.836, 11.083 max_d=11.083 avg_d=0.867 std_dev=1.969
N6 A 0, -1.595, 0.415, 2.426, 11.450 max_d=11.450 avg_d=0.415 std_dev=2.010
OP1 A 0, -1.252, 0.812, 2.877, 11.923 max_d=11.923 avg_d=0.812 std_dev=2.065
P A 0, -1.330, 0.794, 2.918, 12.048 max_d=12.048 avg_d=0.794 std_dev=2.124
OP2 A 0, -1.479, 0.857, 3.193, 13.302 max_d=13.302 avg_d=0.857 std_dev=2.336
OP1 B 0, -1.302, 1.043, 3.389, 12.675 max_d=12.675 avg_d=1.043 std_dev=2.346
P B 0, -1.361, 1.071, 3.504, 13.496 max_d=13.496 avg_d=1.071 std_dev=2.432
OP2 B 0, -1.527, 1.291, 4.109, 15.390 max_d=15.390 avg_d=1.291 std_dev=2.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.11 0.22 0.12
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.09 0.24 0.18 0.44 0.20
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.17 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.15 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.30 0.10 0.50 0.27
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.40 0.13 0.71 0.40
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.05 0.39 0.13 0.73 0.39
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.47 0.22 0.73 0.47
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.08 0.31 0.14 0.59 0.29
N3 0.03 0.01 0.10 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.09 0.21 0.18 0.36 0.16
N6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.44 0.18 0.86 0.48
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.49 0.24 0.86 0.52
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.31 0.09 0.48 0.28
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.11 0.10 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.11 0.06 0.12 0.10 0.12 0.08 0.04 0.05 0.00 0.02 0.08 0.20 0.13 0.09
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.16 0.13 0.07
O5' 0.16 0.24 0.12 0.10 0.30 0.02 0.40 0.01 0.39 0.47 0.31 0.21 0.44 0.49 0.31 0.04 0.08 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.18 0.10 0.15 0.10 0.09 0.13 0.04 0.13 0.22 0.14 0.18 0.18 0.24 0.09 0.11 0.20 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.44 0.17 0.15 0.50 0.05 0.71 0.02 0.73 0.73 0.59 0.36 0.86 0.86 0.48 0.10 0.13 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.20 0.11 0.11 0.27 0.04 0.40 0.01 0.39 0.47 0.29 0.16 0.48 0.52 0.28 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.67 0.18 0.21 0.35 0.43 0.39 0.48 0.54 0.15 0.67 0.51 0.55 0.25 0.16 0.27 0.30 0.38 0.34 0.37 0.29 0.35
C2 0.69 0.13 0.71 0.71 0.32 0.78 0.20 0.77 0.16 0.43 0.23 0.28 0.23 0.28 0.49 0.81 0.76 0.76 0.70 0.71 0.68 0.70
C2' 0.11 0.80 0.21 0.12 0.47 0.36 0.46 0.46 0.61 0.17 0.76 0.67 0.60 0.29 0.24 0.31 0.25 0.30 0.33 0.39 0.34 0.37
C3' 0.22 0.81 0.33 0.12 0.53 0.22 0.50 0.33 0.63 0.24 0.77 0.70 0.61 0.34 0.33 0.46 0.24 0.18 0.22 0.27 0.28 0.27
C4 0.47 0.35 0.44 0.48 0.13 0.63 0.15 0.65 0.29 0.25 0.41 0.14 0.34 0.14 0.27 0.56 0.52 0.62 0.54 0.53 0.49 0.54
C4' 0.25 0.76 0.36 0.16 0.53 0.14 0.52 0.22 0.63 0.30 0.74 0.67 0.62 0.39 0.37 0.42 0.23 0.15 0.12 0.19 0.16 0.13
C5 0.49 0.22 0.44 0.46 0.17 0.62 0.13 0.64 0.20 0.30 0.29 0.13 0.26 0.18 0.32 0.54 0.48 0.64 0.55 0.52 0.50 0.54
C5' 0.29 0.73 0.40 0.24 0.53 0.12 0.52 0.14 0.62 0.32 0.71 0.65 0.61 0.41 0.38 0.45 0.29 0.15 0.10 0.19 0.17 0.08
C6 0.61 0.13 0.56 0.57 0.30 0.70 0.21 0.71 0.14 0.40 0.17 0.26 0.18 0.28 0.45 0.65 0.59 0.72 0.63 0.60 0.60 0.62
C8 0.28 0.43 0.23 0.23 0.17 0.45 0.21 0.50 0.35 0.16 0.46 0.26 0.38 0.14 0.15 0.32 0.27 0.48 0.39 0.36 0.33 0.38
N1 0.69 0.16 0.68 0.68 0.38 0.77 0.26 0.77 0.15 0.46 0.15 0.36 0.17 0.33 0.52 0.77 0.71 0.77 0.70 0.69 0.68 0.70
N3 0.58 0.32 0.59 0.63 0.16 0.72 0.13 0.72 0.28 0.31 0.41 0.12 0.34 0.17 0.35 0.73 0.68 0.69 0.63 0.64 0.59 0.63
N6 0.62 0.17 0.55 0.56 0.35 0.69 0.26 0.71 0.16 0.44 0.14 0.32 0.15 0.32 0.48 0.63 0.56 0.73 0.64 0.59 0.61 0.63
N7 0.38 0.29 0.31 0.32 0.13 0.52 0.14 0.56 0.25 0.23 0.34 0.14 0.29 0.15 0.24 0.40 0.34 0.56 0.46 0.42 0.41 0.45
N9 0.30 0.50 0.26 0.31 0.19 0.51 0.24 0.54 0.40 0.15 0.53 0.31 0.43 0.15 0.15 0.37 0.36 0.50 0.43 0.42 0.37 0.42
O2' 0.17 0.87 0.25 0.12 0.57 0.37 0.53 0.48 0.66 0.22 0.80 0.79 0.64 0.35 0.33 0.34 0.26 0.26 0.33 0.42 0.34 0.38
O3' 0.35 0.85 0.43 0.22 0.59 0.19 0.54 0.30 0.66 0.29 0.79 0.77 0.62 0.38 0.41 0.62 0.30 0.17 0.22 0.28 0.32 0.29
O4' 0.13 0.68 0.23 0.08 0.43 0.26 0.45 0.31 0.57 0.23 0.67 0.55 0.58 0.34 0.26 0.24 0.18 0.23 0.19 0.24 0.15 0.19
O5' 0.21 0.80 0.29 0.10 0.51 0.20 0.50 0.32 0.63 0.24 0.77 0.67 0.63 0.34 0.32 0.37 0.21 0.16 0.22 0.36 0.22 0.27
OP1 0.16 0.52 0.20 0.12 0.32 0.18 0.31 0.24 0.40 0.17 0.50 0.44 0.39 0.22 0.21 0.31 0.20 0.16 0.19 0.34 0.19 0.21
OP2 0.14 0.78 0.19 0.19 0.43 0.35 0.42 0.51 0.58 0.16 0.76 0.63 0.57 0.24 0.23 0.30 0.32 0.24 0.43 0.65 0.44 0.52
P 0.18 0.72 0.24 0.09 0.44 0.20 0.43 0.31 0.56 0.20 0.70 0.60 0.55 0.29 0.27 0.32 0.20 0.16 0.23 0.39 0.22 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.05 0.11 0.21 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.05 0.11 0.25 0.28 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.09 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.13 0.21 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.02 0.09 0.12 0.07 0.06 0.12 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.15 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.03 0.11 0.25 0.27 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.08 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.03 0.16 0.34 0.31 0.23
C5' 0.03 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.05 0.14 0.14 0.07 0.05 0.07 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.17 0.36 0.33 0.25
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.11 0.03 0.17 0.32 0.29 0.22
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.05 0.14 0.32 0.31 0.22
N3 0.03 0.01 0.09 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.05 0.09 0.20 0.26 0.15
N6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.12 0.03 0.20 0.43 0.37 0.29
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.02 0.20 0.39 0.33 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.10 0.22 0.25 0.16
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.09 0.11 0.05 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.07 0.00 0.04 0.06 0.09 0.12 0.20 0.12
O3' 0.10 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.07 0.11 0.11 0.12 0.15 0.12 0.12 0.07 0.04 0.00 0.06 0.09 0.36 0.12 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.13 0.20 0.09
O5' 0.05 0.11 0.12 0.04 0.11 0.01 0.16 0.01 0.17 0.17 0.14 0.09 0.20 0.20 0.10 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.25 0.13 0.15 0.25 0.11 0.34 0.13 0.36 0.32 0.32 0.20 0.43 0.39 0.22 0.12 0.36 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.28 0.21 0.05 0.27 0.12 0.31 0.15 0.33 0.29 0.31 0.26 0.37 0.33 0.25 0.20 0.12 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.15 0.04 0.18 0.02 0.23 0.01 0.25 0.22 0.22 0.15 0.29 0.26 0.16 0.12 0.16 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00