ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53500

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 2, 2, 2, 3, 1, 3, 4, 0, 0, 2, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, 2.137, 2.675, 3.212, 3.126 max_d=3.126 avg_d=2.675 std_dev=0.538
O2' A 0, 2.207, 2.929, 3.651, 4.071 max_d=4.071 avg_d=2.929 std_dev=0.722
C2 B 0, 3.108, 3.866, 4.625, 4.071 max_d=4.071 avg_d=3.866 std_dev=0.758
N3 B 0, 3.119, 3.880, 4.642, 4.051 max_d=4.051 avg_d=3.880 std_dev=0.761
C2' B 0, 3.376, 4.202, 5.028, 4.451 max_d=4.451 avg_d=4.202 std_dev=0.826
N3 A 0, 3.286, 4.136, 4.986, 4.813 max_d=4.813 avg_d=4.136 std_dev=0.850
C2 A 0, 3.275, 4.146, 5.016, 4.912 max_d=4.912 avg_d=4.146 std_dev=0.870
C2' A 0, 3.650, 4.633, 5.616, 5.665 max_d=5.665 avg_d=4.633 std_dev=0.983
C1' B 0, 4.237, 5.271, 6.305, 5.487 max_d=5.487 avg_d=5.271 std_dev=1.034
N1 B 0, 4.494, 5.590, 6.687, 5.844 max_d=5.844 avg_d=5.590 std_dev=1.096
C1' A 0, 4.380, 5.490, 6.600, 6.179 max_d=6.179 avg_d=5.490 std_dev=1.110
O3' B 0, 4.444, 5.584, 6.724, 6.293 max_d=6.293 avg_d=5.584 std_dev=1.140
C3' B 0, 4.715, 5.878, 7.041, 6.349 max_d=6.349 avg_d=5.878 std_dev=1.163
C4 B 0, 4.777, 5.943, 7.108, 6.201 max_d=6.201 avg_d=5.943 std_dev=1.165
N1 A 0, 4.639, 5.852, 7.065, 6.854 max_d=6.854 avg_d=5.852 std_dev=1.213
C3' A 0, 4.921, 6.156, 7.391, 6.904 max_d=6.904 avg_d=6.156 std_dev=1.235
C4 A 0, 4.963, 6.204, 7.445, 6.984 max_d=6.984 avg_d=6.204 std_dev=1.241
C4' B 0, 5.179, 6.452, 7.724, 6.901 max_d=6.901 avg_d=6.452 std_dev=1.272
N9 B 0, 5.354, 6.661, 7.967, 6.949 max_d=6.949 avg_d=6.661 std_dev=1.306
C4' A 0, 5.247, 6.583, 7.919, 7.502 max_d=7.502 avg_d=6.583 std_dev=1.336
O4' B 0, 5.579, 6.942, 8.305, 7.293 max_d=7.293 avg_d=6.942 std_dev=1.363
N9 A 0, 5.549, 6.927, 8.305, 7.699 max_d=7.699 avg_d=6.927 std_dev=1.378
O3' A 0, 4.361, 5.742, 7.123, 7.321 max_d=7.321 avg_d=5.742 std_dev=1.381
O4' A 0, 5.585, 7.030, 8.476, 8.020 max_d=8.020 avg_d=7.030 std_dev=1.446
C6 B 0, 6.281, 7.814, 9.346, 8.128 max_d=8.128 avg_d=7.814 std_dev=1.532
C5 B 0, 6.455, 8.030, 9.605, 8.360 max_d=8.360 avg_d=8.030 std_dev=1.575
C6 A 0, 6.429, 8.048, 9.667, 9.097 max_d=9.097 avg_d=8.048 std_dev=1.619
C5 A 0, 6.626, 8.271, 9.917, 9.179 max_d=9.179 avg_d=8.271 std_dev=1.645
C5' B 0, 7.096, 8.842, 10.589, 9.508 max_d=9.508 avg_d=8.842 std_dev=1.746
C5' A 0, 7.131, 8.919, 10.707, 10.051 max_d=10.051 avg_d=8.919 std_dev=1.788
C8 B 0, 7.336, 9.126, 10.916, 9.511 max_d=9.511 avg_d=9.126 std_dev=1.790
C8 A 0, 7.536, 9.391, 11.247, 10.260 max_d=10.260 avg_d=9.391 std_dev=1.856
N6 B 0, 7.844, 9.758, 11.672, 10.155 max_d=10.155 avg_d=9.758 std_dev=1.914
N7 B 0, 8.095, 10.070, 12.045, 10.492 max_d=10.492 avg_d=10.070 std_dev=1.975
N6 A 0, 7.969, 9.971, 11.973, 11.244 max_d=11.244 avg_d=9.971 std_dev=2.002
N7 A 0, 8.274, 10.311, 12.347, 11.259 max_d=11.259 avg_d=10.311 std_dev=2.037
O5' B 0, 8.557, 10.667, 12.777, 11.374 max_d=11.374 avg_d=10.667 std_dev=2.110
O5' A 0, 8.690, 10.837, 12.983, 12.022 max_d=12.022 avg_d=10.837 std_dev=2.146
P A 0, 10.906, 13.594, 16.282, 15.038 max_d=15.038 avg_d=13.594 std_dev=2.688
P B 0, 10.707, 13.413, 16.119, 14.407 max_d=14.407 avg_d=13.413 std_dev=2.706
OP1 A 0, 11.249, 14.029, 16.809, 15.338 max_d=15.338 avg_d=14.029 std_dev=2.780
OP1 B 0, 10.700, 13.549, 16.399, 14.795 max_d=14.795 avg_d=13.549 std_dev=2.850
OP2 A 0, 12.251, 15.259, 18.267, 16.665 max_d=16.665 avg_d=15.259 std_dev=3.008
OP2 B 0, 12.089, 15.102, 18.114, 16.061 max_d=16.061 avg_d=15.102 std_dev=3.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.29 0.00 0.14 0.31 0.10 0.15
C2 0.05 0.00 0.26 0.25 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.21 0.08 0.08 0.49 0.35 0.11
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.01 0.08 0.19 0.13 0.10 0.21 0.25 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.32 0.50 0.27 0.39
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.23 0.01 0.30 0.02 0.31 0.28 0.29 0.21 0.34 0.33 0.19 0.03 0.01 0.02 0.14 0.23 0.13 0.08
C4 0.03 0.01 0.14 0.23 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.10 0.05 0.09 0.49 0.30 0.11
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.14 0.09 0.07 0.12 0.14 0.07 0.26 0.02 0.00 0.02 0.20 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.30 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.07 0.04 0.13 0.58 0.45 0.14
C5' 0.06 0.06 0.19 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.09 0.13 0.07 0.06 0.13 0.14 0.06 0.08 0.18 0.02 0.01 0.33 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.31 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.07 0.05 0.14 0.60 0.52 0.15
C8 0.03 0.02 0.10 0.28 0.01 0.14 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.24 0.16 0.06 0.17 0.56 0.34 0.15
N1 0.05 0.01 0.21 0.29 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.25 0.12 0.07 0.11 0.55 0.46 0.13
N3 0.05 0.01 0.25 0.21 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.24 0.08 0.08 0.44 0.26 0.11
N6 0.04 0.02 0.09 0.34 0.02 0.12 0.02 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.31 0.12 0.06 0.18 0.65 0.61 0.19
N7 0.02 0.01 0.05 0.33 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.17 0.05 0.19 0.62 0.50 0.17
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.10 0.45 0.21 0.12
O2' 0.02 0.21 0.00 0.03 0.20 0.26 0.26 0.08 0.28 0.24 0.25 0.17 0.31 0.28 0.17 0.00 0.03 0.18 0.23 0.46 0.25 0.31
O3' 0.29 0.21 0.03 0.01 0.10 0.02 0.07 0.18 0.07 0.16 0.12 0.24 0.12 0.17 0.09 0.03 0.00 0.20 0.26 0.55 0.24 0.27
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.18 0.20 0.00 0.08 0.09 0.14 0.09
O5' 0.14 0.08 0.32 0.14 0.09 0.02 0.13 0.01 0.14 0.17 0.11 0.08 0.18 0.19 0.10 0.23 0.26 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.49 0.50 0.23 0.49 0.20 0.58 0.33 0.60 0.56 0.55 0.44 0.65 0.62 0.45 0.46 0.55 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.35 0.27 0.13 0.30 0.18 0.45 0.31 0.52 0.34 0.46 0.26 0.61 0.50 0.21 0.25 0.24 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.11 0.39 0.08 0.11 0.03 0.14 0.01 0.15 0.15 0.13 0.11 0.19 0.17 0.12 0.31 0.27 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.27 0.19 0.23 0.22 0.31 0.22 0.32 0.23 0.23 0.26 0.25 0.23 0.22 0.23 0.21 0.26 0.35 0.29 0.68 0.36 0.39
C2 0.27 0.32 0.25 0.25 0.26 0.25 0.28 0.25 0.31 0.26 0.34 0.27 0.33 0.27 0.26 0.24 0.30 0.31 0.28 0.41 0.34 0.23
C2' 0.38 0.27 0.36 0.38 0.31 0.45 0.32 0.47 0.29 0.39 0.27 0.27 0.29 0.37 0.36 0.37 0.41 0.49 0.46 0.86 0.53 0.57
C3' 0.23 0.29 0.20 0.23 0.24 0.25 0.24 0.30 0.25 0.24 0.28 0.27 0.25 0.24 0.23 0.25 0.35 0.33 0.26 0.75 0.44 0.44
C4 0.25 0.30 0.23 0.25 0.24 0.25 0.25 0.25 0.28 0.24 0.31 0.26 0.30 0.24 0.23 0.24 0.31 0.31 0.25 0.54 0.26 0.25
C4' 0.28 0.27 0.25 0.30 0.25 0.33 0.24 0.37 0.24 0.26 0.26 0.26 0.24 0.25 0.26 0.25 0.40 0.37 0.35 0.81 0.54 0.52
C5 0.23 0.33 0.24 0.26 0.25 0.23 0.27 0.23 0.32 0.23 0.35 0.27 0.34 0.25 0.23 0.24 0.34 0.29 0.23 0.54 0.25 0.23
C5' 0.27 0.29 0.27 0.31 0.25 0.30 0.25 0.35 0.26 0.26 0.28 0.28 0.25 0.25 0.25 0.27 0.41 0.35 0.34 0.84 0.58 0.54
C6 0.24 0.36 0.25 0.26 0.26 0.22 0.30 0.23 0.36 0.24 0.40 0.29 0.39 0.27 0.23 0.24 0.35 0.30 0.24 0.47 0.28 0.20
C8 0.24 0.30 0.22 0.26 0.24 0.25 0.25 0.25 0.28 0.23 0.31 0.26 0.30 0.23 0.22 0.23 0.33 0.29 0.24 0.65 0.29 0.31
N1 0.25 0.37 0.25 0.26 0.28 0.24 0.30 0.24 0.36 0.25 0.40 0.30 0.39 0.28 0.25 0.24 0.32 0.31 0.27 0.40 0.34 0.21
N3 0.28 0.29 0.23 0.24 0.24 0.27 0.25 0.27 0.28 0.25 0.30 0.26 0.28 0.25 0.25 0.24 0.29 0.33 0.28 0.48 0.29 0.25
N6 0.24 0.40 0.25 0.27 0.28 0.22 0.32 0.23 0.39 0.24 0.44 0.31 0.43 0.28 0.24 0.24 0.36 0.31 0.24 0.47 0.29 0.20
N7 0.23 0.33 0.23 0.26 0.24 0.23 0.26 0.24 0.31 0.22 0.35 0.27 0.33 0.24 0.22 0.23 0.35 0.29 0.23 0.60 0.25 0.26
N9 0.25 0.29 0.22 0.25 0.23 0.27 0.24 0.27 0.26 0.23 0.29 0.26 0.27 0.23 0.23 0.23 0.31 0.31 0.26 0.62 0.29 0.31
O2' 0.35 0.33 0.46 0.66 0.24 0.65 0.25 0.71 0.23 0.39 0.29 0.29 0.22 0.33 0.31 0.43 0.85 0.54 0.67 1.07 0.73 0.76
O3' 0.53 0.55 0.58 0.64 0.53 0.56 0.53 0.56 0.53 0.52 0.54 0.54 0.53 0.52 0.52 0.60 0.75 0.54 0.51 0.81 0.64 0.60
O4' 0.34 0.32 0.33 0.38 0.30 0.40 0.30 0.43 0.31 0.32 0.33 0.31 0.32 0.31 0.31 0.32 0.45 0.40 0.41 0.76 0.51 0.51
O5' 0.25 0.32 0.28 0.31 0.26 0.27 0.25 0.30 0.28 0.24 0.31 0.29 0.27 0.24 0.24 0.29 0.43 0.32 0.28 0.78 0.48 0.46
OP1 0.35 0.70 0.40 0.32 0.50 0.25 0.50 0.27 0.59 0.35 0.69 0.61 0.59 0.40 0.39 0.43 0.39 0.31 0.27 0.89 0.57 0.54
OP2 0.21 0.26 0.25 0.35 0.20 0.27 0.20 0.32 0.21 0.20 0.25 0.23 0.21 0.20 0.20 0.24 0.55 0.29 0.29 0.78 0.45 0.44
P 0.25 0.33 0.28 0.31 0.27 0.27 0.27 0.30 0.29 0.25 0.33 0.30 0.29 0.25 0.25 0.28 0.42 0.30 0.28 0.80 0.50 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.27 0.11
C2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.25 0.07 0.27 0.10 0.62 0.33
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.10 0.07 0.14 0.16 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.24 0.08
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.18 0.12 0.19 0.17 0.18 0.13 0.08 0.02 0.01 0.01 0.24 0.15 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.04 0.27 0.12 0.60 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.04 0.09 0.09 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.24 0.14 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.03 0.35 0.29 0.78 0.50
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.04 0.15 0.15 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.22 0.04 0.36 0.31 0.84 0.52
C8 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.36 0.31 0.70 0.49
N1 0.03 0.01 0.14 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.25 0.06 0.32 0.21 0.75 0.44
N3 0.04 0.00 0.16 0.17 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.21 0.07 0.23 0.08 0.52 0.26
N6 0.03 0.02 0.08 0.18 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.23 0.04 0.41 0.44 0.96 0.62
N7 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.15 0.05 0.40 0.41 0.86 0.59
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.25 0.10 0.52 0.31
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.46 0.12 0.16
O3' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.16 0.01 0.18 0.03 0.22 0.13 0.25 0.21 0.23 0.15 0.08 0.04 0.00 0.01 0.21 0.27 0.12 0.11
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.20 0.19 0.12
O5' 0.12 0.27 0.17 0.24 0.27 0.01 0.35 0.01 0.36 0.36 0.32 0.23 0.41 0.40 0.25 0.06 0.21 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.10 0.21 0.15 0.12 0.24 0.29 0.06 0.31 0.31 0.21 0.08 0.44 0.41 0.10 0.46 0.27 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.62 0.24 0.19 0.60 0.14 0.78 0.17 0.84 0.70 0.75 0.52 0.96 0.86 0.52 0.12 0.12 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.33 0.08 0.11 0.35 0.09 0.50 0.02 0.52 0.49 0.44 0.26 0.62 0.59 0.31 0.16 0.11 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00