ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 3, 2, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, 1.203, 2.060, 2.917, 2.855 max_d=2.855 avg_d=2.060 std_dev=0.857
O2' A 0, 1.196, 2.220, 3.244, 3.053 max_d=3.053 avg_d=2.220 std_dev=1.024
C2' B 0, 2.071, 3.654, 5.236, 4.784 max_d=4.784 avg_d=3.654 std_dev=1.582
N3 B 0, 1.811, 3.429, 5.047, 4.273 max_d=4.273 avg_d=3.429 std_dev=1.618
C2 B 0, 1.784, 3.473, 5.162, 4.336 max_d=4.336 avg_d=3.473 std_dev=1.689
N3 A 0, 1.659, 3.351, 5.044, 4.651 max_d=4.651 avg_d=3.351 std_dev=1.692
C2 A 0, 1.656, 3.363, 5.070, 4.838 max_d=4.838 avg_d=3.363 std_dev=1.707
C2' A 0, 1.813, 3.526, 5.239, 4.731 max_d=4.731 avg_d=3.526 std_dev=1.713
C1' B 0, 2.518, 4.524, 6.529, 5.586 max_d=5.586 avg_d=4.524 std_dev=2.006
C1' A 0, 2.209, 4.409, 6.609, 5.750 max_d=5.750 avg_d=4.409 std_dev=2.200
O3' B 0, 2.744, 4.952, 7.161, 6.348 max_d=6.348 avg_d=4.952 std_dev=2.208
C3' B 0, 2.748, 5.071, 7.395, 6.554 max_d=6.554 avg_d=5.071 std_dev=2.323
O3' A 0, 2.523, 4.858, 7.193, 6.468 max_d=6.468 avg_d=4.858 std_dev=2.335
C3' A 0, 2.543, 4.955, 7.368, 6.531 max_d=6.531 avg_d=4.955 std_dev=2.413
C4 B 0, 2.793, 5.209, 7.624, 6.443 max_d=6.443 avg_d=5.209 std_dev=2.416
N1 B 0, 2.595, 5.023, 7.450, 6.257 max_d=6.257 avg_d=5.023 std_dev=2.427
N1 A 0, 2.390, 4.821, 7.252, 6.736 max_d=6.736 avg_d=4.821 std_dev=2.431
C4 A 0, 2.542, 5.093, 7.644, 6.705 max_d=6.705 avg_d=5.093 std_dev=2.551
C4' B 0, 2.912, 5.478, 8.044, 7.116 max_d=7.116 avg_d=5.478 std_dev=2.566
C4' A 0, 2.710, 5.301, 7.893, 7.007 max_d=7.007 avg_d=5.301 std_dev=2.591
N9 B 0, 3.146, 5.763, 8.380, 7.099 max_d=7.099 avg_d=5.763 std_dev=2.617
O4' B 0, 3.168, 5.874, 8.579, 7.370 max_d=7.370 avg_d=5.874 std_dev=2.706
O4' A 0, 2.893, 5.714, 8.536, 7.414 max_d=7.414 avg_d=5.714 std_dev=2.822
N9 A 0, 2.836, 5.666, 8.495, 7.264 max_d=7.264 avg_d=5.666 std_dev=2.830
C6 B 0, 3.632, 6.902, 10.172, 8.544 max_d=8.544 avg_d=6.902 std_dev=3.270
C5 B 0, 3.743, 7.015, 10.287, 8.667 max_d=8.667 avg_d=7.015 std_dev=3.272
C6 A 0, 3.321, 6.667, 10.012, 8.937 max_d=8.937 avg_d=6.667 std_dev=3.345
C5 A 0, 3.415, 6.841, 10.266, 8.955 max_d=8.955 avg_d=6.841 std_dev=3.426
C5' A 0, 3.738, 7.287, 10.836, 9.576 max_d=9.576 avg_d=7.287 std_dev=3.549
C8 B 0, 4.269, 7.852, 11.434, 9.671 max_d=9.671 avg_d=7.852 std_dev=3.582
C5' B 0, 3.867, 7.453, 11.038, 9.689 max_d=9.689 avg_d=7.453 std_dev=3.586
C8 A 0, 3.875, 7.732, 11.588, 9.857 max_d=9.857 avg_d=7.732 std_dev=3.856
N7 B 0, 4.686, 8.702, 12.718, 10.730 max_d=10.730 avg_d=8.702 std_dev=4.016
N6 B 0, 4.528, 8.600, 12.672, 10.728 max_d=10.728 avg_d=8.600 std_dev=4.072
N6 A 0, 4.121, 8.270, 12.418, 11.016 max_d=11.016 avg_d=8.270 std_dev=4.149
O5' B 0, 4.785, 9.000, 13.215, 11.397 max_d=11.397 avg_d=9.000 std_dev=4.215
N7 A 0, 4.270, 8.529, 12.788, 10.940 max_d=10.940 avg_d=8.529 std_dev=4.259
O5' A 0, 4.510, 8.885, 13.259, 11.528 max_d=11.528 avg_d=8.885 std_dev=4.375
P B 0, 6.113, 11.396, 16.679, 14.364 max_d=14.364 avg_d=11.396 std_dev=5.283
OP1 B 0, 6.340, 11.653, 16.966, 15.014 max_d=15.014 avg_d=11.653 std_dev=5.313
P A 0, 5.758, 11.223, 16.688, 14.491 max_d=14.491 avg_d=11.223 std_dev=5.465
OP1 A 0, 5.899, 11.428, 16.956, 14.925 max_d=14.925 avg_d=11.428 std_dev=5.529
OP2 B 0, 6.832, 12.745, 18.657, 15.945 max_d=15.945 avg_d=12.745 std_dev=5.912
OP2 A 0, 6.487, 12.627, 18.766, 16.138 max_d=16.138 avg_d=12.627 std_dev=6.139

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.19 0.04 0.10 0.14 0.26 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.13 0.17 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.17 0.08 0.06
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.16 0.11 0.14 0.08 0.14 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.11 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.03 0.11 0.14 0.26 0.19
C4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.10 0.04 0.05 0.06 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.14 0.21 0.35 0.25
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.14 0.06 0.05 0.11 0.14 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.10 0.04 0.14 0.22 0.35 0.25
C8 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.19 0.25 0.35 0.27
N1 0.03 0.00 0.13 0.11 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.15 0.04 0.11 0.17 0.31 0.21
N3 0.02 0.01 0.17 0.14 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.17 0.03 0.09 0.13 0.22 0.15
N6 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.06 0.02 0.11 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.10 0.05 0.16 0.27 0.40 0.29
N7 0.02 0.02 0.04 0.14 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.15 0.04 0.20 0.29 0.42 0.31
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.13 0.24 0.18
O2' 0.02 0.21 0.00 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.12 0.04 0.17 0.20 0.10 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.16 0.07 0.05
O3' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.10 0.17 0.15 0.17 0.10 0.15 0.06 0.04 0.00 0.02 0.09 0.32 0.19 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.15 0.13
O5' 0.06 0.10 0.04 0.06 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.19 0.11 0.09 0.16 0.20 0.11 0.04 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.14 0.17 0.21 0.14 0.09 0.21 0.04 0.22 0.25 0.17 0.13 0.27 0.29 0.13 0.16 0.32 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.26 0.08 0.11 0.26 0.04 0.35 0.02 0.35 0.35 0.31 0.22 0.40 0.42 0.24 0.07 0.19 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.10 0.17 0.06 0.10 0.19 0.02 0.25 0.02 0.25 0.27 0.21 0.15 0.29 0.31 0.18 0.05 0.18 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 1.13 0.18 0.38 0.67 0.50 0.73 0.53 0.96 0.32 1.13 0.89 0.98 0.52 0.36 0.40 0.66 0.29 0.27 0.49 0.09 0.29
C2 1.14 0.34 1.24 1.23 0.57 1.28 0.40 1.21 0.39 0.71 0.49 0.53 0.50 0.49 0.82 1.43 1.34 1.19 1.03 1.08 0.69 0.97
C2' 0.20 1.33 0.14 0.37 0.85 0.53 0.85 0.60 1.08 0.39 1.29 1.13 1.07 0.60 0.48 0.28 0.68 0.26 0.33 0.64 0.12 0.39
C3' 0.48 1.33 0.40 0.15 0.95 0.18 0.94 0.29 1.12 0.56 1.29 1.18 1.10 0.72 0.67 0.29 0.31 0.20 0.12 0.44 0.10 0.19
C4 0.68 0.63 0.78 0.85 0.21 0.97 0.30 0.93 0.56 0.32 0.74 0.28 0.66 0.22 0.36 1.05 1.03 0.85 0.71 0.84 0.41 0.70
C4' 0.64 1.32 0.60 0.33 1.02 0.15 1.02 0.11 1.16 0.71 1.30 1.20 1.15 0.84 0.80 0.51 0.23 0.35 0.22 0.17 0.35 0.14
C5 0.77 0.43 0.80 0.86 0.26 1.00 0.24 0.97 0.43 0.43 0.57 0.23 0.54 0.26 0.48 1.02 0.99 0.93 0.76 0.90 0.49 0.77
C5' 0.69 1.25 0.69 0.48 1.00 0.29 1.00 0.18 1.12 0.74 1.24 1.14 1.12 0.85 0.82 0.64 0.35 0.45 0.35 0.15 0.44 0.25
C6 1.01 0.31 1.02 1.04 0.51 1.16 0.37 1.12 0.35 0.65 0.41 0.46 0.45 0.46 0.73 1.21 1.13 1.12 0.94 1.04 0.66 0.94
C8 0.34 0.74 0.36 0.49 0.30 0.66 0.41 0.67 0.65 0.14 0.82 0.45 0.73 0.25 0.14 0.57 0.66 0.56 0.45 0.64 0.23 0.49
N1 1.18 0.38 1.21 1.20 0.69 1.29 0.50 1.23 0.38 0.79 0.39 0.67 0.44 0.59 0.90 1.37 1.29 1.25 1.06 1.13 0.76 1.03
N3 0.87 0.61 1.04 1.07 0.28 1.13 0.29 1.06 0.55 0.45 0.75 0.26 0.65 0.28 0.52 1.31 1.24 0.98 0.84 0.93 0.51 0.79
N6 1.05 0.36 1.02 1.03 0.60 1.18 0.46 1.14 0.37 0.72 0.37 0.56 0.43 0.54 0.80 1.18 1.11 1.17 0.98 1.08 0.72 0.99
N7 0.57 0.52 0.57 0.65 0.18 0.83 0.26 0.82 0.49 0.28 0.64 0.24 0.59 0.19 0.30 0.77 0.79 0.76 0.61 0.78 0.37 0.65
N9 0.35 0.85 0.44 0.58 0.36 0.72 0.47 0.71 0.73 0.15 0.91 0.54 0.79 0.29 0.14 0.70 0.79 0.57 0.47 0.66 0.22 0.49
O2' 0.54 1.60 0.31 0.25 1.21 0.39 1.16 0.49 1.35 0.68 1.53 1.50 1.31 0.88 0.83 0.12 0.69 0.15 0.19 0.54 0.09 0.24
O3' 0.77 1.47 0.65 0.30 1.15 0.14 1.10 0.17 1.25 0.75 1.41 1.37 1.21 0.88 0.90 0.65 0.23 0.42 0.15 0.42 0.18 0.14
O4' 0.35 1.16 0.30 0.18 0.82 0.19 0.85 0.25 1.03 0.52 1.17 0.99 1.04 0.68 0.57 0.11 0.35 0.14 0.12 0.25 0.26 0.11
O5' 0.44 1.08 0.44 0.27 0.78 0.13 0.80 0.13 0.95 0.52 1.08 0.94 0.96 0.64 0.58 0.36 0.23 0.24 0.15 0.23 0.23 0.10
OP1 0.77 1.19 0.78 0.65 0.98 0.53 0.98 0.44 1.08 0.78 1.18 1.10 1.08 0.86 0.84 0.76 0.56 0.62 0.53 0.33 0.55 0.42
OP2 0.24 0.76 0.23 0.16 0.49 0.19 0.52 0.23 0.66 0.30 0.78 0.61 0.69 0.40 0.33 0.18 0.21 0.24 0.14 0.32 0.13 0.18
P 0.46 0.98 0.47 0.34 0.73 0.21 0.75 0.17 0.88 0.52 0.99 0.85 0.89 0.62 0.57 0.42 0.29 0.31 0.24 0.18 0.31 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
C2 0.06 0.00 0.18 0.18 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.23 0.03 0.14 0.13 0.17 0.13
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.03 0.17 0.17 0.10 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.18 0.09
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.15 0.10 0.18 0.17 0.14 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.17 0.12
C4 0.03 0.01 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.12 0.12 0.15 0.11
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.15 0.04 0.16 0.14 0.16 0.13
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.13 0.12 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.19 0.04 0.16 0.15 0.18 0.15
C8 0.02 0.02 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.11 0.04 0.15 0.11 0.12 0.11
N1 0.05 0.01 0.17 0.18 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.23 0.03 0.15 0.15 0.18 0.14
N3 0.06 0.01 0.17 0.17 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.20 0.03 0.12 0.12 0.16 0.11
N6 0.03 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.02 0.13 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.11 0.18 0.06 0.19 0.18 0.20 0.19
N7 0.02 0.03 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.13 0.05 0.17 0.14 0.15 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.10 0.13 0.09
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.05 0.08 0.04 0.12 0.03 0.17 0.18 0.11 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.05 0.09 0.13 0.04
O3' 0.03 0.23 0.04 0.01 0.14 0.03 0.15 0.03 0.19 0.11 0.23 0.20 0.18 0.13 0.07 0.07 0.00 0.03 0.14 0.24 0.21 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.12 0.11 0.11
O5' 0.05 0.14 0.08 0.10 0.12 0.03 0.16 0.01 0.16 0.15 0.15 0.12 0.19 0.17 0.10 0.05 0.14 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.07 0.13 0.10 0.15 0.12 0.07 0.14 0.10 0.15 0.11 0.15 0.12 0.18 0.14 0.10 0.09 0.24 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.17 0.18 0.17 0.15 0.07 0.16 0.03 0.18 0.12 0.18 0.16 0.20 0.15 0.13 0.13 0.21 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.09 0.12 0.11 0.03 0.13 0.01 0.15 0.11 0.14 0.11 0.19 0.14 0.09 0.04 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00