Doublet Group distance statistics: 53502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 4, 0, 1, 0, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.018, 0.041, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N6	A	0, 0.015, 0.047, 0.078, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.047 std_dev=0.031
N7	A	0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C8	A	0, 0.016, 0.059, 0.102, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.059 std_dev=0.043
O2'	B	0, 0.322, 0.607, 0.892, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.607 std_dev=0.285
N3	B	0, 0.274, 0.641, 1.007, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.641 std_dev=0.366
C2'	B	0, 0.360, 0.742, 1.123, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.742 std_dev=0.382
N1	B	0, 0.354, 0.746, 1.138, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.746 std_dev=0.392
C6	B	0, 0.290, 0.682, 1.074, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.682 std_dev=0.392
C4	B	0, 0.192, 0.584, 0.977, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.584 std_dev=0.393
C1'	B	0, 0.324, 0.732, 1.139, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.732 std_dev=0.407
C2	B	0, 0.346, 0.757, 1.168, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.757 std_dev=0.411
N9	B	0, 0.275, 0.690, 1.104, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.690 std_dev=0.414
C5	B	0, 0.249, 0.667, 1.084, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.667 std_dev=0.417
N6	B	0, 0.336, 0.760, 1.183, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.760 std_dev=0.424
N7	B	0, 0.358, 0.847, 1.336, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.847 std_dev=0.489
O4'	A	0, 0.478, 0.975, 1.472, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.975 std_dev=0.497
C8	B	0, 0.364, 0.866, 1.368, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.866 std_dev=0.502
C2'	A	0, 0.533, 1.050, 1.568, 1.441 max_d=1.441 avg_d=1.050 std_dev=0.518
O4'	B	0, 0.543, 1.217, 1.891, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.217 std_dev=0.674
C3'	B	0, 0.590, 1.279, 1.969, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.279 std_dev=0.690
O2'	A	0, 0.718, 1.451, 2.184, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.451 std_dev=0.733
C4'	B	0, 0.646, 1.436, 2.226, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.436 std_dev=0.790
C4'	A	0, 0.787, 1.579, 2.371, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.579 std_dev=0.792
C3'	A	0, 0.832, 1.642, 2.453, 2.150 max_d=2.150 avg_d=1.642 std_dev=0.810
O5'	A	0, 0.807, 1.628, 2.449, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.628 std_dev=0.821
O3'	B	0, 0.696, 1.518, 2.340, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.518 std_dev=0.822
P	A	0, 0.736, 1.593, 2.450, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.593 std_dev=0.857
C5'	A	0, 1.052, 2.076, 3.101, 2.737 max_d=2.737 avg_d=2.076 std_dev=1.024
C5'	B	0, 0.887, 1.976, 3.065, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.976 std_dev=1.089
O5'	B	0, 1.031, 2.197, 3.364, 3.595 max_d=3.595 avg_d=2.197 std_dev=1.166
O3'	A	0, 1.190, 2.382, 3.573, 3.188 max_d=3.188 avg_d=2.382 std_dev=1.191
OP1	A	0, 1.479, 2.994, 4.508, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.994 std_dev=1.514
P	B	0, 1.447, 3.013, 4.579, 4.692 max_d=4.692 avg_d=3.013 std_dev=1.566
OP2	B	0, 1.534, 3.149, 4.763, 4.753 max_d=4.753 avg_d=3.149 std_dev=1.615
OP2	A	0, 1.273, 2.889, 4.504, 4.652 max_d=4.652 avg_d=2.889 std_dev=1.615
OP1	B	0, 1.659, 3.462, 5.265, 5.352 max_d=5.352 avg_d=3.462 std_dev=1.803

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.03	0.01	0.04	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.23	0.00	0.15	0.31	0.15	0.11
C2	0.04	0.00	0.32	0.30	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.09	0.14	0.17	0.69	0.48	0.19
C2'	0.00	0.32	0.00	0.00	0.18	0.02	0.11	0.15	0.18	0.12	0.27	0.31	0.15	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.34	0.38	0.34	0.39
C3'	0.01	0.30	0.00	0.00	0.27	0.00	0.33	0.02	0.37	0.24	0.35	0.25	0.40	0.31	0.20	0.02	0.01	0.02	0.07	0.13	0.19	0.09
C4	0.02	0.01	0.18	0.27	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.10	0.08	0.08	0.17	0.64	0.44	0.16
C4'	0.00	0.05	0.02	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.10	0.13	0.08	0.04	0.13	0.14	0.07	0.24	0.03	0.00	0.01	0.17	0.32	0.01
C5	0.01	0.01	0.11	0.33	0.00	0.10	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.18	0.17	0.05	0.23	0.80	0.66	0.24
C5'	0.06	0.09	0.15	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.14	0.14	0.12	0.07	0.18	0.16	0.08	0.09	0.16	0.01	0.01	0.36	0.44	0.02
C6	0.03	0.01	0.18	0.37	0.01	0.10	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.16	0.20	0.08	0.25	0.88	0.74	0.28
C8	0.01	0.01	0.12	0.24	0.01	0.13	0.01	0.14	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.27	0.15	0.08	0.22	0.66	0.53	0.19
N1	0.04	0.00	0.27	0.35	0.01	0.08	0.01	0.12	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.15	0.12	0.22	0.82	0.64	0.25
N3	0.04	0.01	0.31	0.25	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.10	0.13	0.14	0.58	0.36	0.14
N6	0.03	0.01	0.15	0.40	0.02	0.13	0.02	0.18	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.20	0.26	0.07	0.30	0.99	0.89	0.34
N7	0.01	0.01	0.06	0.31	0.01	0.14	0.00	0.16	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.27	0.21	0.04	0.26	0.83	0.74	0.26
N9	0.01	0.02	0.03	0.20	0.01	0.07	0.01	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.15	0.08	0.01	0.15	0.52	0.32	0.13
O2'	0.01	0.14	0.00	0.02	0.10	0.24	0.18	0.09	0.16	0.27	0.12	0.13	0.20	0.27	0.15	0.00	0.03	0.16	0.24	0.24	0.33	0.31
O3'	0.23	0.09	0.02	0.01	0.08	0.03	0.17	0.16	0.20	0.15	0.15	0.10	0.26	0.21	0.08	0.03	0.00	0.17	0.21	0.43	0.09	0.20
O4'	0.00	0.14	0.01	0.02	0.08	0.00	0.05	0.01	0.08	0.08	0.12	0.13	0.07	0.04	0.01	0.16	0.17	0.00	0.08	0.13	0.28	0.09
O5'	0.15	0.17	0.34	0.07	0.17	0.01	0.23	0.01	0.25	0.22	0.22	0.14	0.30	0.26	0.15	0.24	0.21	0.08	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.31	0.69	0.38	0.13	0.64	0.17	0.80	0.36	0.88	0.66	0.82	0.58	0.99	0.83	0.52	0.24	0.43	0.13	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.15	0.48	0.34	0.19	0.44	0.32	0.66	0.44	0.74	0.53	0.64	0.36	0.89	0.74	0.32	0.33	0.09	0.28	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.11	0.19	0.39	0.09	0.16	0.01	0.24	0.02	0.28	0.19	0.25	0.14	0.34	0.26	0.13	0.31	0.20	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.16	0.10	0.14	0.10	0.10	0.10	0.10	0.13	0.08	0.15	0.14	0.13	0.09	0.08	0.10	0.17	0.09	0.13	0.20	0.16	0.12
C2	0.24	0.23	0.20	0.20	0.23	0.20	0.23	0.21	0.23	0.24	0.23	0.24	0.24	0.24	0.24	0.16	0.20	0.26	0.22	0.25	0.27	0.23
C2'	0.42	0.30	0.42	0.42	0.37	0.42	0.38	0.40	0.35	0.43	0.31	0.32	0.36	0.42	0.41	0.42	0.40	0.43	0.41	0.38	0.43	0.41
C3'	0.13	0.21	0.09	0.15	0.16	0.10	0.15	0.11	0.17	0.12	0.20	0.20	0.16	0.13	0.13	0.09	0.28	0.12	0.09	0.23	0.12	0.08
C4	0.16	0.20	0.16	0.17	0.17	0.13	0.17	0.13	0.19	0.16	0.20	0.18	0.19	0.17	0.16	0.16	0.20	0.17	0.15	0.20	0.20	0.15
C4'	0.10	0.10	0.18	0.26	0.10	0.15	0.11	0.15	0.11	0.13	0.11	0.09	0.12	0.13	0.11	0.16	0.36	0.09	0.20	0.33	0.24	0.20
C5	0.19	0.26	0.18	0.17	0.22	0.15	0.22	0.16	0.24	0.20	0.26	0.24	0.25	0.21	0.20	0.17	0.21	0.22	0.17	0.22	0.21	0.17
C5'	0.10	0.08	0.21	0.27	0.09	0.14	0.11	0.13	0.11	0.13	0.10	0.07	0.12	0.13	0.10	0.19	0.39	0.07	0.19	0.33	0.23	0.18
C6	0.24	0.32	0.19	0.19	0.28	0.19	0.28	0.22	0.30	0.26	0.32	0.31	0.31	0.27	0.26	0.17	0.22	0.29	0.21	0.25	0.26	0.22
C8	0.13	0.21	0.14	0.15	0.16	0.10	0.16	0.09	0.18	0.13	0.21	0.18	0.19	0.14	0.13	0.15	0.21	0.13	0.11	0.20	0.16	0.11
N1	0.26	0.32	0.21	0.20	0.30	0.22	0.30	0.24	0.31	0.28	0.31	0.32	0.31	0.29	0.28	0.17	0.22	0.30	0.24	0.27	0.28	0.25
N3	0.17	0.19	0.17	0.17	0.16	0.15	0.17	0.16	0.18	0.17	0.19	0.17	0.18	0.17	0.17	0.16	0.19	0.18	0.17	0.21	0.23	0.18
N6	0.27	0.38	0.20	0.20	0.32	0.21	0.33	0.24	0.36	0.29	0.38	0.35	0.37	0.31	0.29	0.17	0.23	0.32	0.24	0.27	0.28	0.25
N7	0.17	0.25	0.16	0.16	0.20	0.12	0.21	0.13	0.23	0.17	0.25	0.23	0.24	0.19	0.18	0.16	0.22	0.19	0.14	0.21	0.18	0.14
N9	0.11	0.18	0.14	0.15	0.13	0.10	0.14	0.10	0.16	0.12	0.18	0.16	0.16	0.12	0.12	0.14	0.20	0.12	0.12	0.19	0.17	0.12
O2'	0.39	0.13	0.60	0.73	0.23	0.63	0.27	0.63	0.20	0.44	0.13	0.14	0.22	0.38	0.36	0.59	0.87	0.43	0.63	0.65	0.62	0.62
O3'	0.27	0.12	0.38	0.48	0.20	0.38	0.22	0.36	0.18	0.30	0.13	0.14	0.19	0.27	0.26	0.35	0.60	0.25	0.37	0.44	0.36	0.33
O4'	0.22	0.26	0.30	0.34	0.24	0.26	0.26	0.26	0.27	0.24	0.27	0.24	0.28	0.25	0.23	0.28	0.40	0.20	0.31	0.39	0.36	0.31
O5'	0.09	0.06	0.19	0.26	0.07	0.15	0.08	0.14	0.07	0.10	0.07	0.05	0.08	0.10	0.09	0.18	0.37	0.09	0.17	0.25	0.22	0.15
OP1	0.32	0.64	0.37	0.31	0.48	0.14	0.48	0.08	0.56	0.32	0.64	0.56	0.56	0.39	0.37	0.37	0.38	0.22	0.12	0.30	0.19	0.07
OP2	0.10	0.42	0.18	0.38	0.23	0.26	0.20	0.33	0.29	0.10	0.39	0.35	0.27	0.12	0.12	0.17	0.60	0.12	0.33	0.51	0.37	0.35
P	0.10	0.10	0.18	0.25	0.09	0.15	0.09	0.15	0.10	0.11	0.10	0.09	0.10	0.10	0.09	0.17	0.35	0.10	0.18	0.27	0.22	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.08	0.08	0.19	0.11
C2	0.02	0.00	0.15	0.12	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.14	0.11	0.13	0.18	0.39	0.24
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.09	0.02	0.07	0.02	0.10	0.05	0.14	0.14	0.09	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.05	0.09	0.11	0.06
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.09	0.00	0.10	0.02	0.11	0.10	0.12	0.10	0.11	0.10	0.07	0.02	0.01	0.01	0.06	0.13	0.09	0.08
C4	0.01	0.01	0.09	0.09	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.10	0.07	0.12	0.14	0.31	0.19
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.05	0.08	0.04	0.04	0.06	0.08	0.04	0.06	0.02	0.00	0.01	0.12	0.05	0.02
C5	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.12	0.05	0.14	0.18	0.33	0.20
C5'	0.02	0.09	0.02	0.02	0.06	0.00	0.08	0.00	0.09	0.13	0.09	0.07	0.11	0.11	0.06	0.06	0.03	0.02	0.01	0.14	0.03	0.02
C6	0.01	0.00	0.10	0.11	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.14	0.08	0.15	0.22	0.38	0.23
C8	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.11	0.06	0.17	0.16	0.23	0.18
N1	0.01	0.00	0.14	0.12	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.15	0.10	0.14	0.21	0.41	0.25
N3	0.02	0.01	0.14	0.10	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.12	0.10	0.12	0.14	0.35	0.21
N6	0.01	0.01	0.09	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.15	0.08	0.16	0.26	0.39	0.25
N7	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.12	0.03	0.16	0.18	0.27	0.19
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.12	0.12	0.24	0.15
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.07	0.06	0.05	0.06	0.09	0.05	0.13	0.13	0.08	0.02	0.02	0.00	0.04	0.05	0.05	0.15	0.08	0.05
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.10	0.02	0.12	0.03	0.14	0.11	0.15	0.12	0.15	0.12	0.06	0.04	0.00	0.02	0.09	0.23	0.17	0.14
O4'	0.00	0.11	0.01	0.01	0.07	0.00	0.05	0.02	0.08	0.06	0.10	0.10	0.08	0.03	0.02	0.05	0.02	0.00	0.08	0.12	0.19	0.12
O5'	0.08	0.13	0.05	0.06	0.12	0.01	0.14	0.01	0.15	0.17	0.14	0.12	0.16	0.16	0.12	0.05	0.09	0.08	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.08	0.18	0.09	0.13	0.14	0.12	0.18	0.14	0.22	0.16	0.21	0.14	0.26	0.18	0.12	0.15	0.23	0.12	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.19	0.39	0.11	0.09	0.31	0.05	0.33	0.03	0.38	0.23	0.41	0.35	0.39	0.27	0.24	0.08	0.17	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.24	0.06	0.08	0.19	0.02	0.20	0.02	0.23	0.18	0.25	0.21	0.25	0.19	0.15	0.05	0.14	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00