ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 1, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, -0.163, 0.989, 2.141, 2.870 max_d=2.870 avg_d=0.989 std_dev=1.152
O2' A 0, -0.302, 0.972, 2.247, 3.311 max_d=3.311 avg_d=0.972 std_dev=1.275
C2 B 0, 0.525, 1.819, 3.114, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.819 std_dev=1.294
N3 B 0, 0.216, 1.633, 3.050, 3.842 max_d=3.842 avg_d=1.633 std_dev=1.417
C2' B 0, -0.383, 1.553, 3.489, 4.691 max_d=4.691 avg_d=1.553 std_dev=1.936
N3 A 0, -0.695, 1.268, 3.231, 4.520 max_d=4.520 avg_d=1.268 std_dev=1.963
N1 B 0, 0.391, 2.430, 4.469, 5.576 max_d=5.576 avg_d=2.430 std_dev=2.039
C2 A 0, -0.739, 1.325, 3.388, 4.755 max_d=4.755 avg_d=1.325 std_dev=2.063
C2' A 0, -0.648, 1.417, 3.483, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.417 std_dev=2.066
C1' A 0, -0.871, 1.558, 3.988, 5.469 max_d=5.469 avg_d=1.558 std_dev=2.430
C1' B 0, -0.636, 1.851, 4.337, 5.783 max_d=5.783 avg_d=1.851 std_dev=2.486
C4 B 0, -0.353, 2.179, 4.711, 6.166 max_d=6.166 avg_d=2.179 std_dev=2.532
O3' B 0, -0.265, 2.271, 4.806, 6.333 max_d=6.333 avg_d=2.271 std_dev=2.535
O3' A 0, -0.754, 1.882, 4.519, 6.207 max_d=6.207 avg_d=1.882 std_dev=2.637
C3' B 0, -0.393, 2.311, 5.015, 6.602 max_d=6.602 avg_d=2.311 std_dev=2.704
C3' A 0, -0.856, 1.926, 4.708, 6.462 max_d=6.462 avg_d=1.926 std_dev=2.782
C4' A 0, -0.891, 1.970, 4.831, 6.710 max_d=6.710 avg_d=1.970 std_dev=2.861
C4 A 0, -1.045, 1.862, 4.769, 6.615 max_d=6.615 avg_d=1.862 std_dev=2.907
N1 A 0, -1.056, 1.870, 4.796, 6.685 max_d=6.685 avg_d=1.870 std_dev=2.926
C4' B 0, -0.368, 2.595, 5.558, 7.291 max_d=7.291 avg_d=2.595 std_dev=2.963
N9 B 0, -0.717, 2.324, 5.364, 7.136 max_d=7.136 avg_d=2.324 std_dev=3.041
O4' A 0, -1.011, 2.055, 5.121, 7.128 max_d=7.128 avg_d=2.055 std_dev=3.066
C6 B 0, -0.127, 3.003, 6.133, 7.898 max_d=7.898 avg_d=3.003 std_dev=3.130
N9 A 0, -1.134, 2.032, 5.197, 7.160 max_d=7.160 avg_d=2.032 std_dev=3.165
O4' B 0, -0.668, 2.545, 5.758, 7.641 max_d=7.641 avg_d=2.545 std_dev=3.213
C5 B 0, -0.521, 2.902, 6.325, 8.280 max_d=8.280 avg_d=2.902 std_dev=3.423
C5' A 0, -1.110, 2.773, 6.656, 9.112 max_d=9.112 avg_d=2.773 std_dev=3.883
N6 B 0, -0.208, 3.701, 7.609, 9.833 max_d=9.833 avg_d=3.701 std_dev=3.908
C6 A 0, -1.420, 2.494, 6.407, 8.883 max_d=8.883 avg_d=2.494 std_dev=3.914
C5 A 0, -1.424, 2.500, 6.424, 8.886 max_d=8.886 avg_d=2.500 std_dev=3.924
C5' B 0, -0.387, 3.600, 7.587, 9.892 max_d=9.892 avg_d=3.600 std_dev=3.987
C8 B 0, -0.957, 3.193, 7.343, 9.758 max_d=9.758 avg_d=3.193 std_dev=4.150
C8 A 0, -1.546, 2.774, 7.093, 9.739 max_d=9.739 avg_d=2.774 std_dev=4.319
N7 B 0, -0.910, 3.536, 7.983, 10.546 max_d=10.546 avg_d=3.536 std_dev=4.447
O5' A 0, -1.275, 3.479, 8.233, 11.073 max_d=11.073 avg_d=3.479 std_dev=4.754
N7 A 0, -1.732, 3.085, 7.902, 10.873 max_d=10.873 avg_d=3.085 std_dev=4.817
N6 A 0, -1.704, 3.136, 7.977, 11.012 max_d=11.012 avg_d=3.136 std_dev=4.840
O5' B 0, -0.836, 4.068, 8.972, 11.790 max_d=11.790 avg_d=4.068 std_dev=4.904
OP1 A 0, -1.278, 4.597, 10.472, 13.972 max_d=13.972 avg_d=4.597 std_dev=5.875
P A 0, -1.546, 4.426, 10.398, 13.902 max_d=13.902 avg_d=4.426 std_dev=5.972
P B 0, -1.252, 4.924, 11.101, 14.707 max_d=14.707 avg_d=4.924 std_dev=6.177
OP1 B 0, -1.136, 5.099, 11.333, 15.208 max_d=15.208 avg_d=5.099 std_dev=6.235
OP2 A 0, -1.675, 5.095, 11.865, 15.757 max_d=15.757 avg_d=5.095 std_dev=6.770
OP2 B 0, -1.431, 5.451, 12.334, 16.357 max_d=16.357 avg_d=5.451 std_dev=6.882

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.30 0.23 0.11
C2 0.05 0.00 0.09 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.13 0.10 0.05 0.24 0.17 0.62 0.25
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.32 0.26 0.09
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.14 0.07 0.09 0.11 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.22 0.25 0.27 0.13
C4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.25 0.15 0.59 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.35 0.10 0.16
C5 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.31 0.23 0.79 0.42
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.13 0.09 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.10 0.02 0.31 0.23 0.84 0.44
C8 0.02 0.03 0.06 0.14 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.16 0.06 0.34 0.29 0.73 0.45
N1 0.03 0.01 0.07 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.10 0.08 0.03 0.28 0.16 0.76 0.36
N3 0.05 0.01 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.11 0.05 0.21 0.21 0.51 0.18
N6 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.09 0.04 0.13 0.01 0.07 0.04 0.03 0.00 0.07 0.05 0.07 0.13 0.06 0.31 0.32 0.94 0.52
N7 0.02 0.02 0.06 0.13 0.02 0.05 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.16 0.05 0.36 0.37 0.90 0.54
N9 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.24 0.17 0.51 0.25
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.10 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.55 0.14 0.24
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.10 0.04 0.10 0.16 0.08 0.11 0.13 0.16 0.06 0.06 0.00 0.02 0.17 0.36 0.22 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.33 0.13 0.18
O5' 0.12 0.24 0.17 0.22 0.25 0.02 0.31 0.01 0.31 0.34 0.28 0.21 0.31 0.36 0.24 0.05 0.17 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.17 0.32 0.25 0.15 0.35 0.23 0.07 0.23 0.29 0.16 0.21 0.32 0.37 0.17 0.55 0.36 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.62 0.26 0.27 0.59 0.10 0.79 0.07 0.84 0.73 0.76 0.51 0.94 0.90 0.51 0.14 0.22 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.09 0.13 0.27 0.16 0.42 0.01 0.44 0.45 0.36 0.18 0.52 0.54 0.25 0.24 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 1.60 0.09 0.42 1.00 0.61 1.07 0.70 1.36 0.53 1.59 1.30 1.38 0.79 0.58 0.43 0.79 0.25 0.39 0.67 0.19 0.41
C2 1.62 0.22 1.70 1.72 0.77 1.87 0.47 1.80 0.24 1.02 0.42 0.65 0.37 0.67 1.17 2.01 1.81 1.73 1.51 1.54 1.17 1.44
C2' 0.24 1.66 0.13 0.56 1.05 0.77 1.06 0.91 1.34 0.48 1.60 1.40 1.34 0.74 0.59 0.40 0.96 0.31 0.58 0.93 0.37 0.64
C3' 0.60 1.70 0.46 0.18 1.22 0.34 1.19 0.57 1.43 0.71 1.65 1.51 1.41 0.92 0.86 0.35 0.49 0.24 0.34 0.73 0.28 0.45
C4 0.85 0.83 0.97 1.11 0.18 1.31 0.32 1.30 0.70 0.36 0.96 0.34 0.81 0.18 0.41 1.37 1.30 1.08 0.98 1.10 0.64 0.95
C4' 0.92 1.81 0.84 0.43 1.43 0.24 1.42 0.25 1.61 1.01 1.78 1.66 1.60 1.19 1.14 0.75 0.30 0.55 0.32 0.52 0.49 0.35
C5 0.94 0.55 0.98 1.08 0.25 1.33 0.22 1.33 0.49 0.50 0.71 0.22 0.62 0.26 0.56 1.31 1.21 1.17 1.02 1.13 0.70 1.00
C5' 0.97 1.75 0.97 0.63 1.41 0.39 1.41 0.28 1.58 1.05 1.73 1.60 1.58 1.21 1.15 0.91 0.50 0.65 0.44 0.57 0.63 0.46
C6 1.32 0.28 1.31 1.37 0.63 1.60 0.42 1.58 0.27 0.86 0.38 0.53 0.36 0.58 0.95 1.60 1.44 1.50 1.29 1.35 0.97 1.26
C8 0.28 1.07 0.31 0.51 0.51 0.78 0.63 0.84 0.94 0.19 1.15 0.72 1.02 0.41 0.19 0.61 0.71 0.56 0.54 0.75 0.26 0.56
N1 1.63 0.37 1.63 1.65 0.91 1.85 0.65 1.80 0.31 1.13 0.29 0.83 0.28 0.81 1.25 1.90 1.71 1.76 1.52 1.55 1.20 1.47
N3 1.20 0.71 1.40 1.48 0.25 1.62 0.20 1.56 0.58 0.60 0.88 0.16 0.73 0.26 0.69 1.82 1.66 1.39 1.24 1.32 0.88 1.18
N6 1.36 0.37 1.30 1.34 0.75 1.61 0.56 1.60 0.33 0.96 0.33 0.67 0.31 0.70 1.04 1.55 1.38 1.55 1.32 1.37 1.02 1.30
N7 0.60 0.74 0.60 0.75 0.23 1.02 0.35 1.06 0.66 0.26 0.86 0.37 0.77 0.20 0.28 0.90 0.88 0.86 0.76 0.91 0.45 0.76
N9 0.33 1.20 0.45 0.69 0.55 0.91 0.68 0.95 1.02 0.18 1.26 0.80 1.09 0.43 0.18 0.83 0.94 0.63 0.63 0.83 0.32 0.62
O2' 0.60 1.94 0.22 0.53 1.43 0.66 1.37 0.82 1.62 0.78 1.85 1.79 1.58 1.03 0.96 0.28 1.10 0.19 0.48 0.89 0.31 0.55
O3' 0.95 1.83 0.76 0.25 1.43 0.21 1.38 0.46 1.57 0.94 1.76 1.70 1.53 1.11 1.12 0.75 0.37 0.54 0.33 0.74 0.36 0.46
O4' 0.62 1.71 0.52 0.21 1.26 0.21 1.30 0.32 1.53 0.86 1.70 1.49 1.55 1.07 0.92 0.30 0.32 0.30 0.24 0.48 0.42 0.29
O5' 0.67 1.55 0.65 0.35 1.16 0.14 1.18 0.25 1.38 0.79 1.55 1.36 1.40 0.97 0.88 0.55 0.35 0.37 0.25 0.55 0.41 0.32
OP1 1.00 1.57 1.06 0.97 1.30 0.80 1.31 0.85 1.45 1.07 1.57 1.44 1.46 1.17 1.12 1.00 1.05 0.82 0.91 1.16 1.04 0.98
OP2 0.45 1.31 0.42 0.28 0.90 0.27 0.93 0.50 1.15 0.55 1.33 1.10 1.18 0.73 0.63 0.37 0.46 0.22 0.38 0.79 0.43 0.51
P 0.66 1.43 0.69 0.55 1.07 0.38 1.10 0.49 1.29 0.77 1.44 1.25 1.31 0.92 0.84 0.60 0.63 0.42 0.50 0.81 0.64 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.14 0.10
C2 0.06 0.00 0.10 0.14 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.14 0.17 0.07 0.26 0.29 0.46 0.32
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.10 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.20 0.10 0.06
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.12 0.07 0.03 0.01 0.02 0.06 0.23 0.13 0.11
C4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.28 0.30 0.42 0.32
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.04 0.05 0.09 0.11 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.14 0.03 0.36 0.42 0.55 0.44
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.18 0.21 0.12 0.05 0.22 0.23 0.12 0.06 0.05 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.04 0.01 0.06 0.14 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.16 0.04 0.38 0.45 0.61 0.48
C8 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.36 0.38 0.42 0.40
N1 0.05 0.01 0.08 0.14 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.13 0.18 0.06 0.33 0.38 0.56 0.41
N3 0.05 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.07 0.22 0.23 0.37 0.26
N6 0.04 0.03 0.06 0.15 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.18 0.05 0.42 0.54 0.70 0.56
N7 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.13 0.03 0.41 0.48 0.58 0.50
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.25 0.25 0.32 0.27
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.05 0.13 0.13 0.10 0.07 0.04 0.00 0.06 0.05 0.03 0.20 0.08 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.12 0.01 0.14 0.05 0.16 0.12 0.18 0.15 0.18 0.13 0.07 0.06 0.00 0.02 0.14 0.32 0.20 0.19
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.06 0.10 0.08
O5' 0.12 0.26 0.04 0.06 0.28 0.02 0.36 0.01 0.38 0.36 0.33 0.22 0.42 0.41 0.25 0.03 0.14 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.29 0.20 0.23 0.30 0.12 0.42 0.07 0.45 0.38 0.38 0.23 0.54 0.48 0.25 0.20 0.32 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.14 0.46 0.10 0.13 0.42 0.04 0.55 0.03 0.61 0.42 0.56 0.37 0.70 0.58 0.32 0.08 0.20 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.10 0.32 0.06 0.11 0.32 0.03 0.44 0.02 0.48 0.40 0.41 0.26 0.56 0.50 0.27 0.06 0.19 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00