Doublet Group distance statistics: 53504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2	A	0, -0.001, 0.018, 0.036, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C4	A	0, 0.001, 0.024, 0.048, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.024 std_dev=0.023
N9	A	0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.009, 0.042, 0.075, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.042 std_dev=0.033
C8	A	0, 0.007, 0.048, 0.089, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.048 std_dev=0.041
N6	A	0, 0.007, 0.049, 0.091, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.049 std_dev=0.042
C2'	A	0, 0.082, 0.194, 0.306, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.194 std_dev=0.112
O4'	A	0, 0.023, 0.168, 0.313, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.168 std_dev=0.145
O2'	A	0, 0.094, 0.268, 0.441, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.268 std_dev=0.174
C3'	A	0, 0.096, 0.316, 0.536, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.316 std_dev=0.220
C4'	A	0, 0.046, 0.270, 0.494, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.270 std_dev=0.224
O2'	B	0, 0.262, 0.501, 0.740, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.501 std_dev=0.239
C2'	B	0, 0.271, 0.552, 0.834, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.552 std_dev=0.282
O3'	A	0, 0.159, 0.476, 0.793, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.476 std_dev=0.317
N3	B	0, 0.203, 0.537, 0.871, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.537 std_dev=0.334
C1'	B	0, 0.258, 0.592, 0.927, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.592 std_dev=0.335
C5'	A	0, 0.104, 0.483, 0.861, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.483 std_dev=0.378
C2	B	0, 0.208, 0.610, 1.012, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.610 std_dev=0.402
O5'	A	0, 0.205, 0.613, 1.021, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.613 std_dev=0.408
C3'	B	0, 0.325, 0.744, 1.163, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.744 std_dev=0.419
O4'	B	0, 0.339, 0.801, 1.263, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.801 std_dev=0.462
C4	B	0, 0.167, 0.652, 1.136, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.652 std_dev=0.484
C4'	B	0, 0.372, 0.857, 1.341, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.857 std_dev=0.485
N9	B	0, 0.175, 0.683, 1.191, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.683 std_dev=0.508
P	A	0, 0.149, 0.673, 1.197, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.673 std_dev=0.524
O3'	B	0, 0.358, 0.889, 1.421, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.889 std_dev=0.531
OP2	A	0, 0.184, 0.755, 1.325, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.755 std_dev=0.571
N1	B	0, 0.188, 0.762, 1.336, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.762 std_dev=0.574
OP1	A	0, 0.146, 0.790, 1.435, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.790 std_dev=0.645
C5'	B	0, 0.439, 1.084, 1.730, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.084 std_dev=0.645
C5	B	0, 0.119, 0.826, 1.533, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.826 std_dev=0.707
C6	B	0, 0.135, 0.875, 1.615, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.875 std_dev=0.740
C8	B	0, 0.122, 0.879, 1.636, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.879 std_dev=0.757
N7	B	0, 0.080, 0.963, 1.845, 3.262 max_d=3.262 avg_d=0.963 std_dev=0.883
N6	B	0, 0.099, 1.060, 2.020, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.060 std_dev=0.961
O5'	B	0, 0.413, 1.407, 2.401, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.407 std_dev=0.994
P	B	0, 0.124, 1.784, 3.443, 5.713 max_d=5.713 avg_d=1.784 std_dev=1.660
OP1	B	0, 0.137, 1.851, 3.566, 6.023 max_d=6.023 avg_d=1.851 std_dev=1.715
OP2	B	0, -0.024, 2.190, 4.404, 7.483 max_d=7.483 avg_d=2.190 std_dev=2.214

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.02	0.05	0.05	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.14	0.15	0.25	0.10
C2	0.05	0.00	0.12	0.12	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.15	0.16	0.06	0.21	0.25	0.38	0.24
C2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.07	0.01	0.06	0.02	0.08	0.07	0.11	0.12	0.07	0.07	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.19	0.22	0.10
C3'	0.02	0.12	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.02	0.08	0.13	0.11	0.11	0.08	0.11	0.05	0.02	0.01	0.01	0.09	0.21	0.19	0.11
C4	0.03	0.01	0.07	0.06	0.00	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.07	0.03	0.21	0.23	0.36	0.22
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.04	0.08	0.04	0.05	0.06	0.07	0.04	0.05	0.02	0.00	0.02	0.18	0.15	0.04
C5	0.03	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.08	0.08	0.03	0.25	0.28	0.41	0.27
C5'	0.03	0.07	0.02	0.02	0.08	0.01	0.12	0.00	0.12	0.15	0.09	0.06	0.14	0.15	0.09	0.06	0.02	0.02	0.01	0.19	0.08	0.01
C6	0.03	0.01	0.08	0.08	0.01	0.04	0.01	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.10	0.04	0.26	0.31	0.43	0.29
C8	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.08	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.15	0.05	0.26	0.24	0.36	0.24
N1	0.05	0.00	0.11	0.11	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.13	0.13	0.05	0.24	0.29	0.42	0.27
N3	0.05	0.00	0.12	0.11	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.14	0.06	0.19	0.22	0.35	0.20
N6	0.03	0.02	0.07	0.08	0.01	0.06	0.02	0.14	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.03	0.09	0.11	0.05	0.28	0.34	0.45	0.32
N7	0.03	0.01	0.07	0.11	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.06	0.13	0.04	0.27	0.29	0.41	0.29
N9	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.04	0.02	0.09	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.00	0.04	0.06	0.01	0.20	0.19	0.32	0.18
O2'	0.01	0.15	0.00	0.02	0.09	0.05	0.08	0.06	0.10	0.05	0.13	0.14	0.09	0.06	0.04	0.00	0.03	0.04	0.07	0.21	0.22	0.10
O3'	0.02	0.16	0.02	0.01	0.07	0.02	0.08	0.02	0.10	0.15	0.13	0.14	0.11	0.13	0.06	0.03	0.00	0.02	0.19	0.26	0.19	0.15
O4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.02	0.04	0.05	0.05	0.06	0.05	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.15	0.14	0.20	0.07
O5'	0.14	0.21	0.06	0.09	0.21	0.02	0.25	0.01	0.26	0.26	0.24	0.19	0.28	0.27	0.20	0.07	0.19	0.15	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.15	0.25	0.19	0.21	0.23	0.18	0.28	0.19	0.31	0.24	0.29	0.22	0.34	0.29	0.19	0.21	0.26	0.14	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.25	0.38	0.22	0.19	0.36	0.15	0.41	0.08	0.43	0.36	0.42	0.35	0.45	0.41	0.32	0.22	0.19	0.20	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.24	0.10	0.11	0.22	0.04	0.27	0.01	0.29	0.24	0.27	0.20	0.32	0.29	0.18	0.10	0.15	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.19	0.16	0.21	0.13	0.22	0.13	0.25	0.15	0.17	0.17	0.16	0.15	0.15	0.14	0.24	0.39	0.28	0.25	1.20	0.72	0.64
C2	0.16	0.23	0.16	0.17	0.26	0.13	0.30	0.13	0.30	0.28	0.27	0.22	0.32	0.31	0.24	0.17	0.19	0.16	0.27	0.54	0.30	0.14
C2'	0.25	0.18	0.11	0.21	0.23	0.29	0.26	0.34	0.24	0.34	0.20	0.17	0.27	0.32	0.27	0.21	0.41	0.38	0.32	1.17	0.66	0.64
C3'	0.35	0.24	0.13	0.23	0.35	0.34	0.43	0.43	0.39	0.54	0.30	0.23	0.43	0.53	0.42	0.21	0.45	0.49	0.42	1.30	0.80	0.77
C4	0.11	0.23	0.07	0.08	0.15	0.15	0.15	0.16	0.19	0.11	0.23	0.19	0.19	0.13	0.11	0.09	0.14	0.18	0.14	0.82	0.31	0.24
C4'	0.25	0.16	0.13	0.24	0.23	0.28	0.28	0.36	0.25	0.39	0.19	0.15	0.29	0.38	0.29	0.26	0.52	0.42	0.43	1.45	1.01	0.92
C5	0.12	0.31	0.08	0.08	0.19	0.15	0.20	0.17	0.25	0.13	0.30	0.25	0.26	0.16	0.14	0.09	0.12	0.18	0.21	0.73	0.28	0.14
C5'	0.30	0.20	0.12	0.23	0.29	0.30	0.37	0.40	0.33	0.49	0.24	0.19	0.38	0.48	0.36	0.24	0.52	0.46	0.44	1.47	1.04	0.94
C6	0.16	0.38	0.14	0.13	0.28	0.14	0.31	0.15	0.36	0.23	0.39	0.31	0.37	0.28	0.22	0.12	0.13	0.18	0.30	0.56	0.34	0.12
C8	0.13	0.26	0.08	0.15	0.13	0.23	0.13	0.26	0.17	0.12	0.24	0.21	0.17	0.11	0.11	0.14	0.27	0.24	0.19	0.99	0.48	0.40
N1	0.19	0.35	0.18	0.18	0.32	0.14	0.37	0.15	0.39	0.31	0.38	0.30	0.41	0.36	0.27	0.17	0.21	0.19	0.34	0.47	0.41	0.20
N3	0.12	0.19	0.09	0.08	0.17	0.11	0.19	0.11	0.20	0.17	0.20	0.17	0.21	0.19	0.15	0.09	0.09	0.15	0.14	0.73	0.25	0.19
N6	0.19	0.46	0.16	0.15	0.33	0.16	0.38	0.18	0.44	0.28	0.49	0.37	0.47	0.34	0.26	0.13	0.16	0.21	0.37	0.49	0.43	0.19
N7	0.12	0.32	0.07	0.10	0.17	0.20	0.17	0.23	0.23	0.10	0.30	0.25	0.23	0.12	0.11	0.10	0.19	0.21	0.20	0.84	0.35	0.24
N9	0.13	0.21	0.09	0.15	0.12	0.20	0.12	0.23	0.15	0.12	0.20	0.18	0.15	0.10	0.11	0.15	0.26	0.23	0.17	1.01	0.50	0.43
O2'	0.26	0.23	0.21	0.28	0.25	0.28	0.28	0.32	0.27	0.32	0.24	0.22	0.28	0.31	0.28	0.31	0.51	0.39	0.40	1.31	0.86	0.81
O3'	0.42	0.32	0.18	0.29	0.45	0.41	0.56	0.53	0.52	0.69	0.41	0.31	0.59	0.69	0.53	0.23	0.51	0.57	0.54	1.37	0.90	0.89
O4'	0.17	0.17	0.18	0.24	0.12	0.23	0.14	0.28	0.13	0.22	0.15	0.14	0.14	0.19	0.16	0.27	0.47	0.33	0.34	1.37	0.93	0.82
O5'	0.36	0.29	0.15	0.22	0.38	0.32	0.46	0.40	0.43	0.55	0.35	0.29	0.48	0.55	0.44	0.21	0.45	0.47	0.39	1.36	0.86	0.80
OP1	0.47	0.47	0.26	0.37	0.54	0.48	0.64	0.60	0.62	0.72	0.54	0.45	0.69	0.75	0.58	0.29	0.58	0.59	0.54	1.33	0.88	0.84
OP2	0.45	0.56	0.29	0.22	0.57	0.28	0.64	0.36	0.65	0.67	0.60	0.52	0.70	0.70	0.57	0.27	0.32	0.46	0.29	1.22	0.69	0.64
P	0.39	0.42	0.15	0.19	0.46	0.30	0.54	0.41	0.53	0.61	0.47	0.39	0.58	0.62	0.49	0.19	0.41	0.47	0.37	1.33	0.84	0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.36	0.34	0.50	0.27
C2	0.03	0.00	0.22	0.28	0.01	0.08	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.33	0.08	0.47	0.24	0.95	0.58
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.12	0.01	0.09	0.01	0.13	0.08	0.19	0.21	0.12	0.05	0.03	0.00	0.03	0.02	0.18	0.35	0.22	0.08
C3'	0.01	0.28	0.00	0.00	0.18	0.00	0.17	0.01	0.22	0.05	0.27	0.25	0.21	0.09	0.08	0.02	0.01	0.01	0.12	0.21	0.08	0.06
C4	0.02	0.01	0.12	0.18	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.20	0.05	0.52	0.26	0.98	0.60
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.07	0.00	0.08	0.01	0.09	0.07	0.09	0.07	0.10	0.08	0.05	0.07	0.02	0.00	0.02	0.39	0.18	0.16
C5	0.02	0.01	0.09	0.17	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.19	0.04	0.61	0.40	1.29	0.80
C5'	0.02	0.10	0.01	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.13	0.12	0.12	0.09	0.15	0.14	0.08	0.06	0.02	0.01	0.01	0.06	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.13	0.22	0.01	0.09	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.27	0.05	0.60	0.42	1.34	0.83
C8	0.02	0.01	0.08	0.05	0.01	0.07	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.05	0.06	0.67	0.41	1.24	0.78
N1	0.03	0.01	0.19	0.27	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.33	0.07	0.54	0.31	1.17	0.72
N3	0.03	0.00	0.21	0.25	0.00	0.07	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.28	0.08	0.44	0.24	0.81	0.49
N6	0.03	0.01	0.12	0.21	0.02	0.10	0.02	0.15	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.09	0.27	0.05	0.64	0.56	1.53	0.95
N7	0.02	0.01	0.05	0.09	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.10	0.04	0.69	0.53	1.47	0.92
N9	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.02	0.53	0.24	0.89	0.55
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.07	0.07	0.06	0.06	0.09	0.06	0.13	0.13	0.09	0.05	0.02	0.00	0.07	0.08	0.06	0.70	0.38	0.33
O3'	0.02	0.33	0.03	0.01	0.20	0.02	0.19	0.02	0.27	0.05	0.33	0.28	0.27	0.10	0.07	0.07	0.00	0.02	0.33	0.43	0.51	0.41
O4'	0.00	0.08	0.02	0.01	0.05	0.00	0.04	0.01	0.05	0.06	0.07	0.08	0.05	0.04	0.02	0.08	0.02	0.00	0.33	0.38	0.41	0.24
O5'	0.36	0.47	0.18	0.12	0.52	0.02	0.61	0.01	0.60	0.67	0.54	0.44	0.64	0.69	0.53	0.06	0.33	0.33	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.34	0.24	0.35	0.21	0.26	0.39	0.40	0.06	0.42	0.41	0.31	0.24	0.56	0.53	0.24	0.70	0.43	0.38	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.50	0.95	0.22	0.08	0.98	0.18	1.29	0.03	1.34	1.24	1.17	0.81	1.53	1.47	0.89	0.38	0.51	0.41	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.27	0.58	0.08	0.06	0.60	0.16	0.80	0.01	0.83	0.78	0.72	0.49	0.95	0.92	0.55	0.33	0.41	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00