ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53505

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.003, 0.031, 0.059, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.006, 0.043, 0.079, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.007, 0.052, 0.098, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.052 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.005, 0.062, 0.118, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.062 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.038, 0.189, 0.339, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.189 std_dev=0.151
O4' A 0, -0.004, 0.151, 0.307, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.151 std_dev=0.156
N3 B 0, 0.107, 0.282, 0.456, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.282 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.140, 0.338, 0.537, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.338 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.029, 0.231, 0.432, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.231 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.135, 0.356, 0.576, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.356 std_dev=0.221
C4' A 0, 0.037, 0.261, 0.486, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.261 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.135, 0.375, 0.614, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.375 std_dev=0.240
C3' A 0, 0.065, 0.306, 0.547, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.306 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.121, 0.376, 0.630, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.376 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.169, 0.463, 0.757, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.463 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.135, 0.437, 0.739, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.437 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.102, 0.424, 0.745, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.424 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.173, 0.497, 0.820, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.497 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.125, 0.478, 0.832, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.478 std_dev=0.353
C8 B 0, 0.148, 0.506, 0.864, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.506 std_dev=0.358
O5' A 0, -0.017, 0.349, 0.714, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.349 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.180, 0.551, 0.921, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.551 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.002, 0.380, 0.759, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.380 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.108, 0.501, 0.894, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.501 std_dev=0.393
P A 0, 0.149, 0.544, 0.939, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.544 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.090, 0.490, 0.891, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.490 std_dev=0.400
N7 B 0, 0.177, 0.592, 1.008, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.592 std_dev=0.416
OP2 A 0, 0.231, 0.653, 1.075, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.653 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.136, 0.591, 1.047, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.591 std_dev=0.456
C3' B 0, 0.054, 0.510, 0.965, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.510 std_dev=0.456
O5' B 0, 0.154, 0.616, 1.078, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.616 std_dev=0.462
OP1 A 0, 0.244, 0.733, 1.222, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.733 std_dev=0.489
P B 0, 0.136, 0.641, 1.147, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.641 std_dev=0.506
N6 B 0, 0.182, 0.710, 1.237, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.710 std_dev=0.528
OP2 B 0, 0.135, 0.701, 1.267, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.701 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.064, 0.669, 1.275, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.669 std_dev=0.605
O3' B 0, -0.011, 0.652, 1.314, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.652 std_dev=0.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.11 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.15 0.19 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.02 0.12 0.14 0.21 0.15
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.06 0.13 0.15 0.09 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.26 0.22 0.13
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.14 0.12 0.17 0.17 0.15 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.31 0.24 0.18
C4 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.08 0.10 0.17 0.12
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.10 0.12 0.20 0.15
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.12 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.12 0.15 0.22 0.18
C8 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.13 0.13 0.17 0.14
N1 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.03 0.12 0.14 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.15 0.17 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.19 0.02 0.11 0.13 0.19 0.13
N6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.02 0.08 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.19 0.05 0.15 0.19 0.27 0.22
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.13 0.03 0.13 0.15 0.21 0.18
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.14 0.10
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.10 0.11 0.06 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.24 0.19 0.10
O3' 0.03 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.02 0.17 0.13 0.21 0.19 0.19 0.13 0.05 0.05 0.00 0.02 0.09 0.41 0.29 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.14 0.14
O5' 0.05 0.12 0.07 0.08 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.13 0.12 0.11 0.15 0.13 0.06 0.04 0.09 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.14 0.26 0.31 0.10 0.11 0.12 0.04 0.15 0.13 0.14 0.13 0.19 0.15 0.09 0.24 0.41 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.21 0.22 0.24 0.17 0.07 0.20 0.02 0.22 0.17 0.22 0.19 0.27 0.21 0.14 0.19 0.29 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.13 0.18 0.12 0.03 0.15 0.01 0.18 0.14 0.17 0.13 0.22 0.18 0.10 0.10 0.24 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.25 0.18 0.18 0.19 0.20 0.22 0.19 0.26 0.18 0.28 0.21 0.29 0.20 0.18 0.23 0.21 0.22 0.19 0.16 0.22 0.20
C2 0.11 0.19 0.12 0.14 0.17 0.09 0.22 0.13 0.26 0.18 0.25 0.14 0.30 0.22 0.15 0.17 0.17 0.12 0.23 0.26 0.35 0.26
C2' 0.17 0.32 0.07 0.08 0.23 0.13 0.25 0.13 0.30 0.19 0.33 0.26 0.31 0.22 0.19 0.17 0.17 0.20 0.14 0.13 0.18 0.15
C3' 0.23 0.33 0.08 0.08 0.25 0.17 0.26 0.16 0.30 0.22 0.33 0.28 0.31 0.23 0.23 0.13 0.20 0.27 0.15 0.14 0.17 0.16
C4 0.15 0.23 0.14 0.15 0.17 0.14 0.21 0.15 0.27 0.16 0.28 0.18 0.30 0.19 0.15 0.20 0.20 0.16 0.19 0.19 0.27 0.21
C4' 0.21 0.26 0.14 0.15 0.19 0.19 0.19 0.18 0.24 0.16 0.27 0.22 0.26 0.17 0.17 0.19 0.24 0.25 0.15 0.11 0.15 0.15
C5 0.16 0.22 0.16 0.16 0.16 0.15 0.20 0.15 0.27 0.15 0.28 0.17 0.31 0.19 0.15 0.21 0.22 0.16 0.19 0.19 0.27 0.21
C5' 0.21 0.26 0.14 0.16 0.19 0.19 0.20 0.17 0.25 0.16 0.27 0.22 0.27 0.17 0.17 0.18 0.25 0.25 0.14 0.09 0.13 0.13
C6 0.13 0.20 0.14 0.15 0.16 0.12 0.20 0.13 0.26 0.15 0.26 0.15 0.31 0.19 0.14 0.19 0.21 0.14 0.20 0.21 0.30 0.23
C8 0.20 0.25 0.19 0.20 0.18 0.21 0.22 0.20 0.28 0.17 0.30 0.19 0.33 0.20 0.17 0.24 0.25 0.22 0.20 0.17 0.22 0.20
N1 0.11 0.18 0.13 0.14 0.16 0.09 0.21 0.13 0.26 0.17 0.25 0.14 0.30 0.21 0.15 0.17 0.19 0.12 0.22 0.25 0.34 0.26
N3 0.12 0.22 0.12 0.14 0.17 0.10 0.21 0.13 0.26 0.17 0.27 0.16 0.29 0.20 0.15 0.17 0.17 0.13 0.21 0.23 0.31 0.24
N6 0.13 0.19 0.15 0.16 0.15 0.13 0.20 0.13 0.26 0.15 0.26 0.15 0.31 0.19 0.14 0.20 0.23 0.14 0.20 0.21 0.29 0.22
N7 0.19 0.24 0.18 0.19 0.17 0.19 0.21 0.19 0.28 0.16 0.30 0.18 0.33 0.19 0.16 0.23 0.25 0.20 0.19 0.17 0.24 0.21
N9 0.18 0.25 0.17 0.17 0.18 0.18 0.21 0.18 0.27 0.17 0.29 0.19 0.31 0.20 0.16 0.22 0.22 0.20 0.19 0.17 0.23 0.20
O2' 0.18 0.26 0.06 0.07 0.22 0.13 0.23 0.13 0.26 0.19 0.27 0.23 0.27 0.22 0.19 0.20 0.16 0.20 0.14 0.13 0.19 0.16
O3' 0.32 0.35 0.13 0.13 0.32 0.24 0.32 0.23 0.33 0.32 0.35 0.33 0.33 0.32 0.32 0.14 0.24 0.37 0.23 0.25 0.26 0.24
O4' 0.22 0.24 0.22 0.22 0.19 0.23 0.22 0.22 0.26 0.20 0.27 0.20 0.30 0.22 0.19 0.26 0.27 0.24 0.22 0.17 0.22 0.21
O5' 0.24 0.26 0.14 0.15 0.18 0.20 0.19 0.18 0.25 0.16 0.28 0.21 0.28 0.17 0.18 0.19 0.24 0.29 0.14 0.10 0.14 0.14
OP1 0.39 0.18 0.26 0.27 0.19 0.41 0.14 0.39 0.14 0.24 0.18 0.20 0.16 0.16 0.27 0.34 0.33 0.50 0.31 0.25 0.28 0.31
OP2 0.32 0.20 0.18 0.19 0.15 0.32 0.13 0.30 0.19 0.16 0.23 0.17 0.24 0.12 0.20 0.27 0.27 0.41 0.23 0.18 0.21 0.23
P 0.26 0.25 0.16 0.17 0.16 0.27 0.18 0.24 0.25 0.14 0.29 0.19 0.30 0.15 0.16 0.23 0.26 0.35 0.17 0.12 0.15 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.04 0.17 0.20 0.30 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.08 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.18 0.20 0.27 0.21
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.04 0.02 0.07 0.10 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.23 0.28 0.36 0.29
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.17 0.11 0.05 0.17 0.19 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.24 0.30 0.39 0.31
C8 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05 0.23 0.25 0.28 0.26
N1 0.03 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.22 0.27 0.36 0.27
N3 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04 0.15 0.16 0.25 0.18
N6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.13 0.02 0.27 0.35 0.44 0.35
N7 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04 0.26 0.31 0.38 0.33
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.16 0.21 0.18
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.11 0.06 0.03
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.06 0.03 0.00 0.01 0.05 0.18 0.12 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.08 0.12 0.09
O5' 0.06 0.17 0.03 0.03 0.18 0.01 0.23 0.01 0.24 0.23 0.22 0.15 0.27 0.26 0.15 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.20 0.09 0.11 0.20 0.08 0.28 0.08 0.30 0.25 0.27 0.16 0.35 0.31 0.16 0.11 0.18 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.30 0.08 0.08 0.27 0.02 0.36 0.01 0.39 0.28 0.36 0.25 0.44 0.38 0.21 0.06 0.12 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.22 0.04 0.05 0.21 0.01 0.29 0.02 0.31 0.26 0.27 0.18 0.35 0.33 0.18 0.03 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00