ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' A 0, -0.082, 0.501, 1.084, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.501 std_dev=0.583
O2' B 0, -0.021, 0.794, 1.609, 3.237 max_d=3.237 avg_d=0.794 std_dev=0.815
C2' A 0, -0.425, 0.592, 1.610, 3.903 max_d=3.903 avg_d=0.592 std_dev=1.017
C2 B 0, -0.136, 0.933, 2.001, 4.134 max_d=4.134 avg_d=0.933 std_dev=1.069
N3 B 0, -0.263, 0.827, 1.918, 4.226 max_d=4.226 avg_d=0.827 std_dev=1.091
O3' A 0, -0.109, 1.128, 2.365, 4.918 max_d=4.918 avg_d=1.128 std_dev=1.237
N3 A 0, -0.846, 0.417, 1.681, 4.607 max_d=4.607 avg_d=0.417 std_dev=1.264
C2 A 0, -0.879, 0.414, 1.706, 4.701 max_d=4.701 avg_d=0.414 std_dev=1.293
C2' B 0, -0.172, 1.124, 2.420, 5.077 max_d=5.077 avg_d=1.124 std_dev=1.296
C3' A 0, -0.475, 0.913, 2.301, 5.390 max_d=5.390 avg_d=0.913 std_dev=1.388
N1 B 0, -0.247, 1.192, 2.630, 5.544 max_d=5.544 avg_d=1.192 std_dev=1.439
C1' B 0, -0.261, 1.200, 2.661, 5.605 max_d=5.605 avg_d=1.200 std_dev=1.461
C1' A 0, -1.036, 0.499, 2.034, 5.590 max_d=5.590 avg_d=0.499 std_dev=1.535
C4' A 0, -0.650, 0.923, 2.495, 6.043 max_d=6.043 avg_d=0.923 std_dev=1.573
C4 B 0, -0.394, 1.217, 2.827, 6.153 max_d=6.153 avg_d=1.217 std_dev=1.610
O3' B 0, -0.406, 1.266, 2.938, 6.608 max_d=6.608 avg_d=1.266 std_dev=1.672
C3' B 0, -0.410, 1.347, 3.105, 6.873 max_d=6.873 avg_d=1.347 std_dev=1.758
N1 A 0, -1.209, 0.563, 2.335, 6.440 max_d=6.440 avg_d=0.563 std_dev=1.772
C4 A 0, -1.212, 0.576, 2.365, 6.508 max_d=6.508 avg_d=0.576 std_dev=1.789
N9 B 0, -0.366, 1.455, 3.276, 6.958 max_d=6.958 avg_d=1.455 std_dev=1.821
C4' B 0, -0.498, 1.359, 3.216, 7.190 max_d=7.190 avg_d=1.359 std_dev=1.857
O4' A 0, -1.081, 0.808, 2.697, 7.041 max_d=7.041 avg_d=0.808 std_dev=1.889
O4' B 0, -0.521, 1.380, 3.282, 7.278 max_d=7.278 avg_d=1.380 std_dev=1.901
N9 A 0, -1.292, 0.652, 2.596, 7.097 max_d=7.097 avg_d=0.652 std_dev=1.944
C6 B 0, -0.460, 1.559, 3.577, 7.728 max_d=7.728 avg_d=1.559 std_dev=2.019
C5' A 0, -0.876, 1.265, 3.406, 8.213 max_d=8.213 avg_d=1.265 std_dev=2.141
C5 B 0, -0.500, 1.642, 3.785, 8.138 max_d=8.138 avg_d=1.642 std_dev=2.142
C6 A 0, -1.627, 0.733, 3.093, 8.561 max_d=8.561 avg_d=0.733 std_dev=2.360
C5 A 0, -1.632, 0.744, 3.120, 8.624 max_d=8.624 avg_d=0.744 std_dev=2.376
C8 B 0, -0.425, 2.070, 4.564, 9.473 max_d=9.473 avg_d=2.070 std_dev=2.495
N6 B 0, -0.582, 1.922, 4.427, 9.557 max_d=9.557 avg_d=1.922 std_dev=2.505
C5' B 0, -0.807, 1.702, 4.210, 9.687 max_d=9.687 avg_d=1.702 std_dev=2.508
C8 A 0, -1.774, 0.849, 3.472, 9.547 max_d=9.547 avg_d=0.849 std_dev=2.623
N7 B 0, -0.544, 2.178, 4.900, 10.306 max_d=10.306 avg_d=2.178 std_dev=2.722
O5' A 0, -1.478, 1.306, 4.090, 10.438 max_d=10.438 avg_d=1.306 std_dev=2.784
N6 A 0, -1.975, 0.936, 3.847, 10.590 max_d=10.590 avg_d=0.936 std_dev=2.911
N7 A 0, -1.989, 0.924, 3.837, 10.584 max_d=10.584 avg_d=0.924 std_dev=2.913
O5' B 0, -1.019, 1.976, 4.972, 11.509 max_d=11.509 avg_d=1.976 std_dev=2.996
OP1 A 0, -0.820, 2.611, 6.042, 13.161 max_d=13.161 avg_d=2.611 std_dev=3.431
P A 0, -1.733, 1.757, 5.247, 13.211 max_d=13.211 avg_d=1.757 std_dev=3.490
P B 0, -1.468, 2.301, 6.070, 14.447 max_d=14.447 avg_d=2.301 std_dev=3.769
OP1 B 0, -1.634, 2.294, 6.222, 15.040 max_d=15.040 avg_d=2.294 std_dev=3.928
OP2 A 0, -1.454, 2.517, 6.487, 15.274 max_d=15.274 avg_d=2.517 std_dev=3.971
OP2 B 0, -1.616, 2.602, 6.821, 16.218 max_d=16.218 avg_d=2.602 std_dev=4.218

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.41 0.55 0.18
C2 0.06 0.00 0.23 0.25 0.02 0.11 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.22 0.31 0.05 0.11 0.68 0.70 0.22
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.14 0.02 0.12 0.02 0.16 0.07 0.21 0.21 0.14 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.25 0.38 0.16
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.18 0.00 0.19 0.02 0.23 0.14 0.25 0.22 0.23 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.26 0.09
C4 0.04 0.02 0.14 0.18 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.12 0.67 0.67 0.21
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.17 0.42 0.07
C5 0.03 0.03 0.12 0.19 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.23 0.05 0.16 0.80 0.80 0.25
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.07 0.12 0.07 0.08 0.11 0.12 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.33 0.42 0.01
C6 0.05 0.01 0.16 0.23 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.14 0.28 0.05 0.15 0.85 0.85 0.27
C8 0.03 0.03 0.07 0.14 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.15 0.07 0.20 0.73 0.73 0.24
N1 0.06 0.01 0.21 0.25 0.02 0.10 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.19 0.32 0.04 0.13 0.79 0.80 0.25
N3 0.07 0.01 0.21 0.22 0.01 0.11 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.19 0.25 0.05 0.10 0.61 0.63 0.20
N6 0.05 0.02 0.14 0.23 0.03 0.08 0.03 0.11 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.12 0.30 0.08 0.18 0.95 0.95 0.33
N7 0.03 0.03 0.08 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.20 0.07 0.20 0.86 0.85 0.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.09 0.02 0.12 0.59 0.61 0.20
O2' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.11 0.07 0.09 0.07 0.14 0.05 0.19 0.19 0.12 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.03 0.15 0.39 0.10
O3' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.19 0.01 0.23 0.04 0.28 0.15 0.32 0.25 0.30 0.20 0.09 0.06 0.00 0.02 0.06 0.29 0.31 0.06
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.35 0.60 0.18
O5' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.12 0.02 0.16 0.00 0.15 0.20 0.13 0.10 0.18 0.20 0.12 0.03 0.06 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.41 0.68 0.25 0.11 0.67 0.17 0.80 0.33 0.85 0.73 0.79 0.61 0.95 0.86 0.59 0.15 0.29 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.70 0.38 0.26 0.67 0.42 0.80 0.42 0.85 0.73 0.80 0.63 0.95 0.85 0.61 0.39 0.31 0.60 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.18 0.22 0.16 0.09 0.21 0.07 0.25 0.01 0.27 0.24 0.25 0.20 0.33 0.27 0.20 0.10 0.06 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 1.06 0.15 0.27 0.66 0.48 0.73 0.50 0.95 0.38 1.09 0.82 0.99 0.56 0.39 0.34 0.46 0.36 0.26 0.40 0.26 0.28
C2 1.18 0.19 1.23 1.24 0.65 1.30 0.44 1.24 0.21 0.81 0.21 0.58 0.24 0.58 0.90 1.38 1.31 1.22 1.06 0.81 1.20 1.01
C2' 0.32 1.15 0.22 0.29 0.74 0.53 0.77 0.58 0.96 0.44 1.13 0.96 0.97 0.58 0.48 0.26 0.44 0.42 0.37 0.49 0.36 0.39
C3' 0.47 1.15 0.45 0.22 0.83 0.36 0.83 0.45 0.98 0.56 1.12 1.01 0.98 0.67 0.62 0.39 0.12 0.40 0.33 0.51 0.32 0.37
C4 0.67 0.47 0.69 0.77 0.19 0.92 0.22 0.89 0.44 0.35 0.59 0.18 0.53 0.21 0.38 0.92 0.88 0.82 0.67 0.58 0.72 0.64
C4' 0.58 1.19 0.62 0.37 0.94 0.27 0.97 0.28 1.10 0.70 1.20 1.07 1.12 0.82 0.76 0.51 0.23 0.40 0.28 0.41 0.34 0.29
C5 0.74 0.24 0.71 0.77 0.30 0.93 0.22 0.91 0.26 0.46 0.36 0.24 0.34 0.30 0.50 0.88 0.83 0.87 0.72 0.61 0.78 0.69
C5' 0.62 1.13 0.72 0.51 0.91 0.32 0.94 0.29 1.06 0.72 1.14 1.01 1.08 0.82 0.76 0.64 0.44 0.45 0.36 0.43 0.46 0.35
C6 0.99 0.31 0.95 0.98 0.60 1.11 0.45 1.08 0.28 0.71 0.23 0.56 0.25 0.54 0.78 1.08 1.02 1.08 0.92 0.73 1.03 0.89
C8 0.35 0.61 0.26 0.35 0.30 0.58 0.38 0.60 0.57 0.24 0.68 0.37 0.64 0.29 0.22 0.43 0.44 0.54 0.40 0.46 0.39 0.40
N1 1.19 0.45 1.19 1.20 0.79 1.28 0.61 1.24 0.37 0.89 0.28 0.78 0.28 0.70 0.98 1.30 1.24 1.24 1.08 0.83 1.24 1.04
N3 0.90 0.43 0.99 1.04 0.26 1.13 0.18 1.07 0.40 0.50 0.58 0.16 0.51 0.28 0.56 1.24 1.16 1.00 0.85 0.68 0.93 0.80
N6 1.01 0.49 0.94 0.96 0.70 1.10 0.58 1.08 0.42 0.78 0.37 0.69 0.35 0.65 0.84 1.03 0.97 1.10 0.94 0.75 1.07 0.92
N7 0.53 0.35 0.45 0.53 0.20 0.73 0.22 0.74 0.36 0.32 0.45 0.19 0.43 0.23 0.33 0.61 0.59 0.70 0.55 0.53 0.57 0.54
N9 0.37 0.74 0.34 0.46 0.34 0.66 0.44 0.66 0.67 0.23 0.81 0.46 0.73 0.31 0.22 0.57 0.60 0.56 0.44 0.48 0.44 0.43
O2' 0.46 1.35 0.32 0.26 1.01 0.47 0.99 0.52 1.17 0.61 1.31 1.24 1.15 0.77 0.70 0.27 0.49 0.34 0.28 0.44 0.30 0.32
O3' 0.67 1.24 0.67 0.39 0.96 0.36 0.93 0.43 1.06 0.68 1.19 1.15 1.04 0.77 0.77 0.71 0.27 0.48 0.38 0.57 0.39 0.42
O4' 0.37 1.10 0.35 0.16 0.81 0.26 0.87 0.29 1.05 0.57 1.15 0.92 1.09 0.72 0.59 0.19 0.20 0.27 0.18 0.35 0.21 0.20
O5' 0.43 0.95 0.49 0.32 0.71 0.28 0.75 0.33 0.88 0.55 0.97 0.80 0.91 0.64 0.56 0.41 0.27 0.38 0.30 0.47 0.34 0.32
OP1 0.76 1.08 0.78 0.62 0.95 0.47 0.98 0.39 1.07 0.84 1.10 0.99 1.09 0.91 0.86 0.73 0.59 0.66 0.49 0.44 0.60 0.44
OP2 0.50 0.91 0.55 0.46 0.67 0.49 0.70 0.55 0.83 0.56 0.93 0.76 0.86 0.62 0.56 0.52 0.42 0.52 0.49 0.72 0.49 0.52
P 0.49 0.86 0.54 0.40 0.69 0.33 0.74 0.35 0.84 0.60 0.90 0.74 0.88 0.67 0.59 0.45 0.36 0.46 0.37 0.49 0.43 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.23 0.13 0.07
C2 0.05 0.00 0.24 0.21 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.22 0.29 0.13 0.09 0.38 0.39 0.12
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.02 0.13 0.12 0.19 0.23 0.11 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.16 0.08 0.05
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.14 0.13 0.18 0.19 0.14 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.23 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.13 0.12 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.16 0.07 0.09 0.37 0.35 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.13 0.14 0.02
C5 0.02 0.02 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.14 0.04 0.13 0.44 0.46 0.13
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.08 0.06 0.11 0.14 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.15 0.25 0.02
C6 0.04 0.02 0.13 0.14 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.12 0.19 0.06 0.13 0.47 0.51 0.14
C8 0.02 0.02 0.12 0.13 0.02 0.09 0.03 0.14 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.15 0.41 0.39 0.14
N1 0.05 0.01 0.19 0.18 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.18 0.26 0.10 0.11 0.44 0.46 0.13
N3 0.05 0.01 0.23 0.19 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.21 0.25 0.13 0.07 0.34 0.32 0.11
N6 0.05 0.04 0.11 0.14 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.07 0.05 0.11 0.19 0.06 0.15 0.53 0.56 0.16
N7 0.02 0.02 0.08 0.11 0.02 0.09 0.01 0.14 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.13 0.05 0.17 0.47 0.51 0.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.32 0.28 0.10
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.10 0.04 0.07 0.04 0.12 0.09 0.18 0.21 0.11 0.06 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.19 0.07 0.04
O3' 0.02 0.29 0.03 0.01 0.16 0.02 0.14 0.03 0.19 0.14 0.26 0.25 0.19 0.13 0.06 0.06 0.00 0.02 0.09 0.41 0.23 0.15
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.13 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.22 0.13 0.10
O5' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.15 0.11 0.07 0.15 0.17 0.09 0.04 0.09 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.38 0.16 0.23 0.37 0.13 0.44 0.15 0.47 0.41 0.44 0.34 0.53 0.47 0.32 0.19 0.41 0.22 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.13 0.39 0.08 0.11 0.35 0.14 0.46 0.25 0.51 0.39 0.46 0.32 0.56 0.51 0.28 0.07 0.23 0.13 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.05 0.08 0.10 0.02 0.13 0.02 0.14 0.14 0.13 0.11 0.16 0.16 0.10 0.04 0.15 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00