ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' B 0, 0.233, 1.079, 1.925, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.079 std_dev=0.846
O2' A 0, 0.541, 1.717, 2.894, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.717 std_dev=1.176
C2 B 0, 0.116, 1.619, 3.122, 4.469 max_d=4.469 avg_d=1.619 std_dev=1.503
N3 B 0, -0.050, 1.483, 3.017, 4.446 max_d=4.446 avg_d=1.483 std_dev=1.533
C2' B 0, -0.274, 1.319, 2.913, 4.448 max_d=4.448 avg_d=1.319 std_dev=1.594
N3 A 0, -0.916, 0.985, 2.887, 4.788 max_d=4.788 avg_d=0.985 std_dev=1.902
C2' A 0, -0.556, 1.361, 3.279, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.361 std_dev=1.917
C2 A 0, -0.941, 0.983, 2.907, 4.830 max_d=4.830 avg_d=0.983 std_dev=1.924
N1 B 0, -0.075, 2.060, 4.195, 6.187 max_d=6.187 avg_d=2.060 std_dev=2.135
C1' B 0, -0.497, 1.655, 3.806, 5.909 max_d=5.909 avg_d=1.655 std_dev=2.152
O3' A 0, 0.843, 3.099, 5.355, 7.048 max_d=7.048 avg_d=3.099 std_dev=2.256
C4 B 0, -0.533, 1.834, 4.200, 6.514 max_d=6.514 avg_d=1.834 std_dev=2.366
O3' B 0, -0.693, 1.703, 4.098, 6.453 max_d=6.453 avg_d=1.703 std_dev=2.395
C1' A 0, -1.167, 1.233, 3.633, 6.032 max_d=6.032 avg_d=1.233 std_dev=2.400
C3' B 0, -0.678, 1.734, 4.147, 6.524 max_d=6.524 avg_d=1.734 std_dev=2.412
C3' A 0, -0.139, 2.294, 4.727, 7.020 max_d=7.020 avg_d=2.294 std_dev=2.433
N1 A 0, -1.268, 1.310, 3.888, 6.466 max_d=6.466 avg_d=1.310 std_dev=2.578
C4' A 0, -0.545, 2.052, 4.649, 7.161 max_d=7.161 avg_d=2.052 std_dev=2.597
C4' B 0, -0.732, 1.887, 4.505, 7.086 max_d=7.086 avg_d=1.887 std_dev=2.618
C4 A 0, -1.329, 1.363, 4.056, 6.748 max_d=6.748 avg_d=1.363 std_dev=2.693
N9 B 0, -0.789, 1.905, 4.598, 7.259 max_d=7.259 avg_d=1.905 std_dev=2.694
O4' B 0, -0.788, 1.994, 4.776, 7.519 max_d=7.519 avg_d=1.994 std_dev=2.782
O4' A 0, -1.046, 1.772, 4.591, 7.387 max_d=7.387 avg_d=1.772 std_dev=2.818
N9 A 0, -1.459, 1.496, 4.450, 7.404 max_d=7.404 avg_d=1.496 std_dev=2.954
C6 B 0, -0.578, 2.435, 5.448, 8.374 max_d=8.374 avg_d=2.435 std_dev=3.013
C5 B 0, -0.836, 2.326, 5.487, 8.598 max_d=8.598 avg_d=2.326 std_dev=3.162
C6 A 0, -1.683, 1.724, 5.131, 8.538 max_d=8.538 avg_d=1.724 std_dev=3.407
C5' A 0, -0.954, 2.509, 5.972, 9.353 max_d=9.353 avg_d=2.509 std_dev=3.463
C5 A 0, -1.730, 1.764, 5.258, 8.751 max_d=8.751 avg_d=1.764 std_dev=3.494
C5' B 0, -1.002, 2.586, 6.173, 9.710 max_d=9.710 avg_d=2.586 std_dev=3.587
C8 B 0, -1.267, 2.407, 6.081, 9.731 max_d=9.731 avg_d=2.407 std_dev=3.674
N6 B 0, -0.798, 2.949, 6.696, 10.346 max_d=10.346 avg_d=2.949 std_dev=3.747
C8 A 0, -1.929, 1.985, 5.898, 9.812 max_d=9.812 avg_d=1.985 std_dev=3.913
O5' B 0, -1.114, 2.873, 6.861, 10.788 max_d=10.788 avg_d=2.873 std_dev=3.987
N7 B 0, -1.311, 2.689, 6.689, 10.655 max_d=10.655 avg_d=2.689 std_dev=4.000
O5' A 0, -1.332, 2.735, 6.802, 10.834 max_d=10.834 avg_d=2.735 std_dev=4.067
N6 A 0, -2.026, 2.122, 6.270, 10.417 max_d=10.417 avg_d=2.122 std_dev=4.148
N7 A 0, -2.112, 2.172, 6.456, 10.740 max_d=10.740 avg_d=2.172 std_dev=4.284
OP1 A 0, -0.750, 4.007, 8.764, 13.347 max_d=13.347 avg_d=4.007 std_dev=4.757
OP1 B 0, -1.486, 3.604, 8.694, 13.722 max_d=13.722 avg_d=3.604 std_dev=5.090
P B 0, -1.701, 3.448, 8.596, 13.704 max_d=13.704 avg_d=3.448 std_dev=5.148
P A 0, -1.834, 3.321, 8.476, 13.596 max_d=13.596 avg_d=3.321 std_dev=5.155
OP2 A 0, -0.303, 4.950, 10.203, 15.097 max_d=15.097 avg_d=4.950 std_dev=5.253
OP2 B 0, -1.568, 3.958, 9.484, 14.937 max_d=14.937 avg_d=3.958 std_dev=5.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.24 0.43 0.07 0.26
C2 0.06 0.00 0.23 0.28 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.44 0.17 0.07 0.36 0.90 0.21 0.50
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.04 0.07 0.17 0.11 0.13 0.18 0.24 0.08 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.52 0.67 0.26 0.52
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.25 0.01 0.30 0.02 0.33 0.23 0.31 0.24 0.37 0.29 0.19 0.02 0.01 0.02 0.30 0.33 0.13 0.22
C4 0.03 0.02 0.12 0.25 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.09 0.04 0.37 0.88 0.17 0.48
C4' 0.01 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.06 0.35 0.05 0.00 0.03 0.19 0.09 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.30 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.06 0.03 0.43 1.11 0.23 0.57
C5' 0.08 0.09 0.17 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.03 0.05 0.16 0.29 0.02 0.02 0.29 0.14 0.03
C6 0.03 0.01 0.11 0.33 0.01 0.10 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.08 0.04 0.43 1.17 0.26 0.59
C8 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.24 0.07 0.04 0.44 1.03 0.19 0.55
N1 0.06 0.01 0.18 0.31 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.46 0.10 0.07 0.41 1.07 0.24 0.57
N3 0.05 0.01 0.24 0.24 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.39 0.20 0.07 0.33 0.77 0.17 0.44
N6 0.03 0.02 0.08 0.37 0.02 0.12 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.42 0.14 0.04 0.43 1.28 0.29 0.61
N7 0.02 0.02 0.10 0.29 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.32 0.12 0.03 0.46 1.22 0.25 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.07 0.02 0.35 0.77 0.13 0.43
O2' 0.03 0.44 0.00 0.02 0.33 0.35 0.36 0.16 0.41 0.24 0.46 0.39 0.42 0.32 0.20 0.00 0.04 0.25 0.32 0.52 0.05 0.24
O3' 0.27 0.17 0.02 0.01 0.09 0.05 0.06 0.29 0.08 0.07 0.10 0.20 0.14 0.12 0.07 0.04 0.00 0.16 0.23 0.58 0.41 0.28
O4' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.25 0.16 0.00 0.09 0.16 0.13 0.14
O5' 0.24 0.36 0.52 0.30 0.37 0.03 0.43 0.02 0.43 0.44 0.41 0.33 0.43 0.46 0.35 0.32 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.90 0.67 0.33 0.88 0.19 1.11 0.29 1.17 1.03 1.07 0.77 1.28 1.22 0.77 0.52 0.58 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.21 0.26 0.13 0.17 0.09 0.23 0.14 0.26 0.19 0.24 0.17 0.29 0.25 0.13 0.05 0.41 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.50 0.52 0.22 0.48 0.04 0.57 0.03 0.59 0.55 0.57 0.44 0.61 0.62 0.43 0.24 0.28 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 1.15 0.47 0.80 0.59 0.91 0.65 0.96 0.93 0.18 1.16 0.85 0.95 0.40 0.24 0.71 1.15 0.60 0.73 0.92 0.42 0.73
C2 1.48 0.53 1.63 1.63 0.89 1.65 0.61 1.58 0.39 0.97 0.42 0.91 0.38 0.70 1.14 1.82 1.76 1.52 1.41 1.41 1.07 1.32
C2' 0.38 1.66 0.24 0.23 1.21 0.37 1.29 0.43 1.53 0.81 1.68 1.42 1.56 1.07 0.82 0.18 0.58 0.02 0.19 0.41 0.29 0.20
C3' 0.52 1.61 0.24 0.34 1.23 0.48 1.30 0.63 1.51 0.84 1.64 1.40 1.54 1.08 0.89 0.10 0.73 0.22 0.24 0.58 0.04 0.33
C4 0.96 0.55 1.19 1.32 0.36 1.33 0.28 1.31 0.48 0.49 0.66 0.37 0.57 0.28 0.59 1.45 1.58 1.09 1.10 1.18 0.77 1.05
C4' 0.58 1.50 0.32 0.29 1.13 0.36 1.14 0.51 1.32 0.74 1.48 1.33 1.32 0.92 0.83 0.29 0.68 0.27 0.24 0.54 0.12 0.31
C5 0.96 0.43 1.22 1.36 0.45 1.31 0.32 1.30 0.38 0.55 0.49 0.45 0.45 0.35 0.65 1.43 1.63 1.07 1.11 1.18 0.82 1.06
C5' 0.72 1.40 0.42 0.19 1.14 0.21 1.17 0.30 1.31 0.86 1.41 1.27 1.33 1.01 0.92 0.39 0.50 0.45 0.11 0.30 0.21 0.12
C6 1.20 0.53 1.44 1.51 0.72 1.46 0.53 1.43 0.39 0.78 0.42 0.75 0.37 0.58 0.91 1.61 1.74 1.26 1.26 1.29 0.97 1.19
C8 0.51 0.72 0.76 1.01 0.33 0.98 0.39 1.02 0.63 0.21 0.79 0.47 0.69 0.24 0.27 0.95 1.35 0.68 0.82 0.95 0.55 0.80
N1 1.44 0.71 1.63 1.64 0.96 1.62 0.72 1.57 0.50 1.00 0.50 1.01 0.41 0.77 1.15 1.79 1.81 1.48 1.41 1.41 1.10 1.33
N3 1.25 0.49 1.43 1.48 0.52 1.53 0.33 1.47 0.43 0.70 0.63 0.48 0.53 0.42 0.84 1.71 1.66 1.35 1.27 1.31 0.90 1.19
N6 1.18 0.63 1.43 1.52 0.78 1.43 0.59 1.41 0.46 0.81 0.48 0.82 0.39 0.62 0.93 1.57 1.75 1.23 1.25 1.28 1.00 1.19
N7 0.71 0.50 0.99 1.19 0.31 1.12 0.28 1.14 0.45 0.35 0.58 0.36 0.53 0.23 0.43 1.17 1.50 0.84 0.95 1.05 0.68 0.91
N9 0.59 0.82 0.81 1.06 0.34 1.08 0.41 1.10 0.69 0.23 0.89 0.51 0.75 0.24 0.29 1.07 1.38 0.79 0.88 1.01 0.57 0.86
O2' 0.50 1.52 0.61 0.38 1.19 0.22 1.21 0.24 1.37 0.81 1.49 1.40 1.37 1.01 0.86 0.44 0.41 0.14 0.31 0.34 0.51 0.26
O3' 0.67 1.46 0.41 0.58 1.21 0.70 1.25 0.86 1.40 0.90 1.49 1.32 1.42 1.08 0.95 0.31 0.90 0.47 0.43 0.74 0.32 0.54
O4' 0.29 1.18 0.33 0.70 0.71 0.74 0.72 0.85 0.95 0.31 1.16 0.96 0.95 0.48 0.40 0.44 1.08 0.40 0.65 0.87 0.40 0.67
O5' 0.62 1.14 0.38 0.12 0.92 0.20 0.92 0.21 1.03 0.69 1.13 1.04 1.04 0.80 0.75 0.39 0.32 0.43 0.10 0.16 0.24 0.08
OP1 0.91 0.97 0.63 0.45 0.96 0.64 0.96 0.56 0.96 0.94 0.97 0.96 0.96 0.95 0.94 0.65 0.27 0.87 0.65 0.59 0.74 0.60
OP2 0.62 1.12 0.33 0.22 0.93 0.19 0.98 0.23 1.09 0.76 1.15 1.00 1.12 0.88 0.78 0.31 0.50 0.44 0.18 0.17 0.25 0.13
P 0.62 0.95 0.37 0.14 0.83 0.24 0.85 0.18 0.92 0.70 0.96 0.88 0.93 0.78 0.73 0.38 0.23 0.49 0.21 0.05 0.33 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.07 0.12
C2 0.05 0.00 0.12 0.18 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.21 0.06 0.21 0.21 0.26 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.09 0.12 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.10 0.18 0.09
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.12 0.01 0.10 0.04 0.14 0.08 0.17 0.16 0.14 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.10 0.28 0.08
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.21 0.20 0.19 0.21
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.10 0.08 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.07 0.20 0.00
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.03 0.25 0.25 0.25 0.26
C5' 0.02 0.09 0.03 0.04 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.13 0.11 0.06 0.16 0.13 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.14 0.03 0.26 0.27 0.28 0.27
C8 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.25 0.25 0.27 0.27
N1 0.04 0.00 0.09 0.17 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.19 0.05 0.24 0.25 0.28 0.26
N3 0.05 0.00 0.12 0.16 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.07 0.19 0.19 0.21 0.19
N6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.15 0.05 0.28 0.30 0.33 0.30
N7 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.27 0.28 0.32 0.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.19 0.18 0.14 0.19
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.09 0.11 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.19 0.01
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.12 0.05 0.10 0.09 0.14 0.08 0.19 0.18 0.15 0.08 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.09 0.38 0.09
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.11 0.11 0.06 0.07
O5' 0.11 0.21 0.11 0.13 0.21 0.02 0.25 0.01 0.26 0.25 0.24 0.19 0.28 0.27 0.19 0.03 0.06 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.12 0.21 0.10 0.10 0.20 0.07 0.25 0.11 0.27 0.25 0.25 0.19 0.30 0.28 0.18 0.03 0.09 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.26 0.18 0.28 0.19 0.20 0.25 0.27 0.28 0.27 0.28 0.21 0.33 0.32 0.14 0.19 0.38 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.22 0.09 0.08 0.21 0.00 0.26 0.02 0.27 0.27 0.26 0.19 0.30 0.29 0.19 0.01 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00