Doublet Group distance statistics: 53508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6	A	0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C4	A	0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8	A	0, -0.001, 0.023, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.024
N6	A	0, 0.001, 0.029, 0.058, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4'	A	0, 0.001, 0.153, 0.306, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C2'	A	0, -0.012, 0.204, 0.421, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.204 std_dev=0.216
C4'	A	0, 0.014, 0.258, 0.502, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.258 std_dev=0.244
O2'	A	0, -0.011, 0.253, 0.517, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.253 std_dev=0.264
N3	B	0, 0.138, 0.414, 0.689, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.414 std_dev=0.275
C5	B	0, 0.208, 0.504, 0.800, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.504 std_dev=0.296
C3'	A	0, -0.009, 0.295, 0.599, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.295 std_dev=0.304
C4	B	0, 0.139, 0.443, 0.747, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.443 std_dev=0.304
C6	B	0, 0.275, 0.636, 0.998, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.636 std_dev=0.361
N7	B	0, 0.194, 0.592, 0.991, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.592 std_dev=0.398
C5'	A	0, 0.026, 0.450, 0.873, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.450 std_dev=0.424
C2	B	0, 0.163, 0.587, 1.012, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.587 std_dev=0.425
O3'	A	0, -0.020, 0.417, 0.854, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.417 std_dev=0.437
N6	B	0, 0.338, 0.786, 1.235, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.786 std_dev=0.449
N9	B	0, 0.139, 0.601, 1.062, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.601 std_dev=0.462
N1	B	0, 0.221, 0.716, 1.210, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.716 std_dev=0.495
C8	B	0, 0.203, 0.712, 1.222, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.712 std_dev=0.510
O2'	B	0, 0.028, 0.568, 1.107, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.568 std_dev=0.539
C2'	B	0, 0.090, 0.658, 1.225, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.658 std_dev=0.567
C1'	B	0, 0.070, 0.726, 1.383, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.726 std_dev=0.657
O5'	A	0, 0.028, 0.689, 1.351, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.689 std_dev=0.662
OP2	A	0, 0.017, 1.129, 2.240, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.129 std_dev=1.112
P	A	0, -0.021, 1.106, 2.233, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.106 std_dev=1.127
C3'	B	0, 0.007, 1.143, 2.279, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.143 std_dev=1.136
O4'	B	0, -0.015, 1.162, 2.338, 2.954 max_d=2.954 avg_d=1.162 std_dev=1.176
C4'	B	0, -0.070, 1.368, 2.806, 3.464 max_d=3.464 avg_d=1.368 std_dev=1.438
OP1	A	0, -0.061, 1.408, 2.877, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.408 std_dev=1.469
O3'	B	0, -0.075, 1.406, 2.887, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.406 std_dev=1.481
O5'	B	0, 0.013, 1.624, 3.236, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.624 std_dev=1.611
C5'	B	0, -0.118, 1.806, 3.729, 4.478 max_d=4.478 avg_d=1.806 std_dev=1.923
P	B	0, 0.050, 1.995, 3.939, 4.586 max_d=4.586 avg_d=1.995 std_dev=1.944
OP2	B	0, -0.028, 1.944, 3.916, 4.343 max_d=4.343 avg_d=1.944 std_dev=1.972
OP1	B	0, 0.074, 3.014, 5.955, 6.934 max_d=6.934 avg_d=3.014 std_dev=2.940

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.07	0.10	0.10
C2	0.03	0.00	0.16	0.16	0.01	0.06	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.14	0.21	0.02	0.09	0.07	0.16	0.14
C2'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.08	0.01	0.03	0.00	0.06	0.08	0.11	0.17	0.04	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.10	0.04	0.03
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.09	0.00	0.04	0.00	0.07	0.08	0.12	0.16	0.05	0.05	0.02	0.00	0.00	0.01	0.11	0.17	0.10	0.11
C4	0.02	0.01	0.08	0.09	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.10	0.01	0.10	0.09	0.16	0.15
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.05	0.04	0.07	0.04	0.06	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.07	0.01	0.01
C5	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.05	0.03	0.15	0.16	0.23	0.21
C5'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.06	0.07	0.04	0.05	0.08	0.09	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.09	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.07	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.09	0.03	0.15	0.16	0.24	0.22
C8	0.02	0.01	0.08	0.08	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.06	0.08	0.04	0.18	0.19	0.23	0.22
N1	0.02	0.00	0.11	0.12	0.01	0.04	0.01	0.04	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.16	0.03	0.12	0.11	0.20	0.19
N3	0.04	0.01	0.17	0.16	0.00	0.07	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.14	0.20	0.01	0.07	0.06	0.13	0.11
N6	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.07	0.03	0.18	0.21	0.30	0.27
N7	0.02	0.01	0.05	0.05	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.05	0.04	0.19	0.23	0.28	0.26
N9	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.10	0.10	0.15	0.14
O2'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.06	0.03	0.03	0.03	0.06	0.06	0.10	0.14	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.03	0.05	0.13	0.05	0.06
O3'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.10	0.01	0.05	0.02	0.09	0.08	0.16	0.20	0.07	0.05	0.02	0.02	0.00	0.00	0.19	0.32	0.20	0.23
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.04	0.03	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.00	0.00	0.11	0.14	0.11	0.13
O5'	0.07	0.09	0.03	0.11	0.10	0.00	0.15	0.00	0.15	0.18	0.12	0.07	0.18	0.19	0.10	0.05	0.19	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.07	0.07	0.10	0.17	0.09	0.07	0.16	0.09	0.16	0.19	0.11	0.06	0.21	0.23	0.10	0.13	0.32	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.10	0.16	0.04	0.10	0.16	0.01	0.23	0.02	0.24	0.23	0.20	0.13	0.30	0.28	0.15	0.05	0.20	0.11	0.01	0.00	0.00	0.01
P	0.10	0.14	0.03	0.11	0.15	0.01	0.21	0.01	0.22	0.22	0.19	0.11	0.27	0.26	0.14	0.06	0.23	0.13	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.23	0.09	0.26	0.17	0.31	0.17	0.37	0.19	0.09	0.21	0.21	0.19	0.12	0.11	0.14	0.42	0.12	0.24	0.37	0.52	0.34
C2	0.15	0.20	0.29	0.39	0.21	0.20	0.23	0.24	0.23	0.22	0.22	0.19	0.24	0.23	0.20	0.14	0.52	0.13	0.26	0.43	0.25	0.28
C2'	0.36	0.15	0.42	0.67	0.12	0.81	0.12	0.89	0.11	0.26	0.14	0.11	0.11	0.19	0.23	0.49	0.81	0.58	0.68	0.88	0.83	0.76
C3'	0.41	0.12	0.43	0.71	0.17	0.89	0.16	1.03	0.13	0.32	0.12	0.12	0.13	0.25	0.29	0.44	0.84	0.66	0.81	1.09	0.97	0.91
C4	0.11	0.21	0.18	0.18	0.20	0.09	0.20	0.10	0.21	0.16	0.21	0.20	0.21	0.18	0.16	0.11	0.25	0.10	0.09	0.13	0.08	0.06
C4'	0.17	0.16	0.24	0.52	0.09	0.61	0.08	0.75	0.12	0.13	0.15	0.12	0.12	0.10	0.11	0.23	0.70	0.35	0.57	0.85	0.89	0.71
C5	0.12	0.21	0.22	0.25	0.19	0.09	0.21	0.10	0.22	0.17	0.22	0.20	0.23	0.19	0.16	0.11	0.35	0.10	0.12	0.21	0.04	0.11
C5'	0.16	0.15	0.19	0.45	0.08	0.56	0.08	0.73	0.11	0.13	0.14	0.12	0.11	0.10	0.11	0.17	0.61	0.34	0.56	0.86	0.90	0.71
C6	0.13	0.23	0.27	0.37	0.20	0.15	0.23	0.19	0.25	0.20	0.25	0.20	0.27	0.22	0.18	0.13	0.52	0.12	0.21	0.39	0.21	0.24
C8	0.09	0.23	0.12	0.09	0.19	0.14	0.19	0.18	0.21	0.12	0.23	0.21	0.21	0.16	0.14	0.07	0.15	0.11	0.10	0.12	0.27	0.14
N1	0.15	0.23	0.30	0.44	0.22	0.21	0.25	0.27	0.26	0.22	0.26	0.20	0.28	0.25	0.20	0.14	0.60	0.13	0.28	0.50	0.33	0.33
N3	0.13	0.19	0.21	0.24	0.20	0.13	0.21	0.14	0.21	0.18	0.20	0.20	0.21	0.20	0.18	0.14	0.32	0.11	0.15	0.23	0.05	0.12
N6	0.14	0.26	0.28	0.41	0.21	0.17	0.25	0.21	0.28	0.21	0.29	0.21	0.31	0.24	0.18	0.13	0.59	0.12	0.24	0.45	0.28	0.28
N7	0.10	0.22	0.18	0.17	0.19	0.08	0.20	0.09	0.22	0.15	0.23	0.20	0.22	0.18	0.15	0.09	0.25	0.11	0.06	0.09	0.12	0.04
N9	0.09	0.23	0.10	0.09	0.19	0.16	0.19	0.19	0.21	0.12	0.22	0.21	0.20	0.15	0.14	0.08	0.18	0.10	0.10	0.13	0.29	0.15
O2'	0.36	0.20	0.56	0.92	0.10	1.01	0.10	1.09	0.14	0.26	0.19	0.13	0.14	0.17	0.22	0.61	1.13	0.62	0.82	1.08	1.01	0.91
O3'	0.59	0.13	0.60	0.96	0.28	1.19	0.27	1.39	0.18	0.49	0.13	0.18	0.18	0.39	0.45	0.57	1.09	0.92	1.12	1.50	1.23	1.22
O4'	0.08	0.23	0.05	0.23	0.19	0.25	0.18	0.35	0.20	0.09	0.22	0.22	0.20	0.13	0.12	0.06	0.40	0.06	0.23	0.41	0.60	0.36
O5'	0.20	0.14	0.11	0.30	0.11	0.49	0.11	0.64	0.12	0.16	0.13	0.11	0.12	0.14	0.14	0.10	0.36	0.38	0.50	0.72	0.75	0.61
OP1	0.33	0.20	0.19	0.39	0.23	0.62	0.24	0.82	0.22	0.32	0.20	0.20	0.23	0.29	0.29	0.14	0.40	0.54	0.69	0.98	0.95	0.82
OP2	0.18	0.08	0.06	0.16	0.06	0.39	0.07	0.53	0.07	0.14	0.08	0.06	0.08	0.11	0.12	0.07	0.20	0.37	0.41	0.58	0.58	0.49
P	0.15	0.12	0.02	0.19	0.08	0.40	0.08	0.55	0.09	0.12	0.11	0.09	0.10	0.10	0.10	0.02	0.22	0.33	0.44	0.65	0.68	0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.07	0.03	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.07	0.11	0.14	0.09
C2	0.07	0.00	0.12	0.19	0.02	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.09	0.25	0.11	0.16	0.30	0.61	0.28
C2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.08	0.00	0.04	0.01	0.06	0.06	0.09	0.13	0.05	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.12	0.18	0.06
C3'	0.02	0.19	0.01	0.00	0.14	0.00	0.13	0.01	0.16	0.04	0.18	0.18	0.18	0.05	0.06	0.01	0.00	0.01	0.09	0.13	0.32	0.13
C4	0.02	0.02	0.08	0.14	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.16	0.04	0.16	0.26	0.52	0.25
C4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.09	0.08	0.06	0.04	0.15	0.10	0.04	0.04	0.01	0.01	0.00	0.08	0.16	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.13	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.14	0.02	0.23	0.36	0.72	0.35
C5'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.10	0.00	0.16	0.00	0.18	0.14	0.13	0.06	0.26	0.18	0.08	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.14	0.00
C6	0.02	0.01	0.06	0.16	0.01	0.09	0.00	0.18	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.05	0.19	0.01	0.25	0.42	0.84	0.41
C8	0.03	0.01	0.06	0.04	0.01	0.08	0.01	0.14	0.02	0.00	0.01	0.01	0.07	0.01	0.00	0.03	0.04	0.09	0.19	0.25	0.50	0.26
N1	0.06	0.01	0.09	0.18	0.02	0.06	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.02	0.08	0.23	0.07	0.21	0.37	0.76	0.36
N3	0.07	0.01	0.13	0.18	0.00	0.04	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.08	0.22	0.11	0.13	0.23	0.47	0.21
N6	0.03	0.04	0.05	0.18	0.01	0.15	0.02	0.26	0.01	0.07	0.05	0.02	0.00	0.07	0.04	0.03	0.21	0.07	0.34	0.54	1.03	0.54
N7	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.10	0.01	0.18	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.06	0.07	0.24	0.36	0.75	0.37
N9	0.00	0.03	0.01	0.06	0.00	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.00	0.01	0.06	0.01	0.13	0.20	0.36	0.18
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.04	0.04	0.03	0.03	0.05	0.03	0.08	0.08	0.03	0.03	0.01	0.00	0.03	0.05	0.02	0.12	0.23	0.05
O3'	0.02	0.25	0.02	0.00	0.16	0.01	0.14	0.01	0.19	0.04	0.23	0.22	0.21	0.06	0.06	0.03	0.00	0.02	0.13	0.15	0.55	0.22
O4'	0.00	0.11	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.01	0.09	0.07	0.11	0.07	0.07	0.01	0.05	0.02	0.00	0.10	0.07	0.12	0.10
O5'	0.07	0.16	0.03	0.09	0.16	0.00	0.23	0.00	0.25	0.19	0.21	0.13	0.34	0.24	0.13	0.02	0.13	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.11	0.30	0.12	0.13	0.26	0.08	0.36	0.06	0.42	0.25	0.37	0.23	0.54	0.36	0.20	0.12	0.15	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.14	0.61	0.18	0.32	0.52	0.16	0.72	0.14	0.84	0.50	0.76	0.47	1.03	0.75	0.36	0.23	0.55	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.09	0.28	0.06	0.13	0.25	0.02	0.35	0.00	0.41	0.26	0.36	0.21	0.54	0.37	0.18	0.05	0.22	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00