Doublet Group distance statistics: 53517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 6, 6, 7, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.026, 0.040, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N1	A	0, 0.023, 0.039, 0.055, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.018, 0.034, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.032, 0.053, 0.075, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.053 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.034, 0.056, 0.079, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.056 std_dev=0.023
C1'	A	0, 0.026, 0.050, 0.075, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.039, 0.065, 0.091, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.065 std_dev=0.026
N6	A	0, 0.045, 0.072, 0.099, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.072 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.023, 0.053, 0.084, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C2'	A	0, 0.035, 0.124, 0.212, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.124 std_dev=0.089
O2'	A	0, 0.161, 0.269, 0.376, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.269 std_dev=0.107
O4'	A	0, 0.059, 0.177, 0.295, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.177 std_dev=0.118
C2	B	0, 0.248, 0.389, 0.530, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.389 std_dev=0.141
C3'	A	0, 0.137, 0.294, 0.451, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.294 std_dev=0.157
N3	B	0, 0.319, 0.486, 0.654, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.486 std_dev=0.168
N1	B	0, 0.256, 0.433, 0.610, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.433 std_dev=0.177
C2'	B	0, 0.258, 0.436, 0.613, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.436 std_dev=0.178
C4'	A	0, 0.192, 0.373, 0.554, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.373 std_dev=0.181
C1'	B	0, 0.245, 0.428, 0.612, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.428 std_dev=0.184
O2	B	0, 0.295, 0.482, 0.670, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.482 std_dev=0.187
O2'	B	0, 0.248, 0.451, 0.655, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.451 std_dev=0.204
C4	B	0, 0.345, 0.569, 0.793, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.569 std_dev=0.224
O3'	A	0, 0.201, 0.438, 0.675, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.438 std_dev=0.237
O4	B	0, 0.383, 0.659, 0.934, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.659 std_dev=0.275
C3'	B	0, 0.399, 0.680, 0.960, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.680 std_dev=0.280
C6	B	0, 0.376, 0.666, 0.957, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.666 std_dev=0.290
O4'	B	0, 0.370, 0.675, 0.980, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.675 std_dev=0.305
C5	B	0, 0.380, 0.688, 0.997, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.688 std_dev=0.309
C5'	A	0, 0.344, 0.660, 0.977, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.660 std_dev=0.316
C4'	B	0, 0.422, 0.761, 1.100, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.761 std_dev=0.339
O3'	B	0, 0.490, 0.849, 1.208, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.849 std_dev=0.359
C5'	B	0, 0.532, 1.022, 1.512, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.022 std_dev=0.490
O5'	A	0, 0.613, 1.107, 1.600, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.107 std_dev=0.494
O5'	B	0, 0.464, 1.049, 1.635, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.049 std_dev=0.586
P	B	0, 0.279, 1.033, 1.786, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.033 std_dev=0.753
P	A	0, 0.707, 1.473, 2.238, 4.290 max_d=4.290 avg_d=1.473 std_dev=0.766
OP2	B	0, 0.138, 0.968, 1.798, 3.639 max_d=3.639 avg_d=0.968 std_dev=0.830
OP1	A	0, 1.030, 1.945, 2.860, 4.661 max_d=4.661 avg_d=1.945 std_dev=0.915
OP1	B	0, 0.189, 1.129, 2.070, 3.949 max_d=3.949 avg_d=1.129 std_dev=0.940
OP2	A	0, 1.031, 2.313, 3.595, 5.122 max_d=5.122 avg_d=2.313 std_dev=1.282

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.02	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.18	0.26	0.42	0.20
C2	0.04	0.00	0.09	0.09	0.02	0.04	0.02	0.12	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.13	0.12	0.06	0.33	0.63	0.63	0.40
C2'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.06	0.02	0.05	0.02	0.06	0.05	0.08	0.09	0.06	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.15	0.23	0.24	0.14
C3'	0.02	0.09	0.00	0.00	0.08	0.01	0.09	0.02	0.09	0.11	0.09	0.09	0.09	0.11	0.06	0.02	0.01	0.02	0.18	0.27	0.26	0.14
C4	0.02	0.02	0.06	0.08	0.00	0.04	0.01	0.14	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.08	0.04	0.34	0.60	0.61	0.40
C4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.11	0.05	0.04	0.09	0.11	0.05	0.05	0.03	0.01	0.02	0.21	0.39	0.07
C5	0.02	0.02	0.05	0.09	0.01	0.07	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.10	0.05	0.41	0.80	0.75	0.51
C5'	0.04	0.12	0.02	0.02	0.14	0.01	0.20	0.00	0.20	0.23	0.16	0.10	0.23	0.25	0.14	0.05	0.06	0.02	0.01	0.37	0.38	0.02
C6	0.03	0.01	0.06	0.09	0.01	0.07	0.01	0.20	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.09	0.11	0.06	0.42	0.86	0.81	0.54
C8	0.02	0.02	0.05	0.11	0.01	0.11	0.01	0.23	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.00	0.00	0.04	0.12	0.06	0.42	0.71	0.68	0.47
N1	0.04	0.00	0.08	0.09	0.02	0.05	0.01	0.16	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.11	0.12	0.06	0.38	0.77	0.73	0.48
N3	0.04	0.01	0.09	0.09	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.10	0.06	0.30	0.52	0.55	0.35
N6	0.04	0.01	0.06	0.09	0.02	0.09	0.02	0.23	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.05	0.04	0.09	0.12	0.07	0.45	1.00	0.91	0.61
N7	0.02	0.02	0.05	0.11	0.01	0.11	0.01	0.25	0.02	0.00	0.02	0.01	0.05	0.00	0.01	0.04	0.13	0.06	0.46	0.88	0.82	0.56
N9	0.01	0.02	0.03	0.06	0.01	0.05	0.01	0.14	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.00	0.03	0.06	0.03	0.32	0.51	0.53	0.35
O2'	0.02	0.13	0.00	0.02	0.07	0.05	0.06	0.05	0.09	0.04	0.11	0.12	0.09	0.04	0.03	0.00	0.05	0.05	0.06	0.19	0.34	0.10
O3'	0.02	0.12	0.02	0.01	0.08	0.03	0.10	0.06	0.11	0.12	0.12	0.10	0.12	0.13	0.06	0.05	0.00	0.03	0.19	0.40	0.46	0.18
O4'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.06	0.06	0.06	0.07	0.06	0.03	0.05	0.03	0.00	0.16	0.20	0.54	0.21
O5'	0.18	0.33	0.15	0.18	0.34	0.02	0.41	0.01	0.42	0.42	0.38	0.30	0.45	0.46	0.32	0.06	0.19	0.16	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.26	0.63	0.23	0.27	0.60	0.21	0.80	0.37	0.86	0.71	0.77	0.52	1.00	0.88	0.51	0.19	0.40	0.20	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.42	0.63	0.24	0.26	0.61	0.39	0.75	0.38	0.81	0.68	0.73	0.55	0.91	0.82	0.53	0.34	0.46	0.54	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.20	0.40	0.14	0.14	0.40	0.07	0.51	0.02	0.54	0.47	0.48	0.35	0.61	0.56	0.35	0.10	0.18	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.15	0.11	0.17	0.13	0.20	0.09	0.22	0.10	0.10	0.17	0.21	0.10	0.24	0.15	0.20	0.19	0.22	0.18	0.15
C2	0.13	0.17	0.12	0.12	0.21	0.15	0.17	0.16	0.14	0.13	0.22	0.20	0.17	0.17	0.24	0.20	0.16	0.26	0.18	0.23
C2'	0.13	0.12	0.13	0.17	0.11	0.20	0.12	0.23	0.13	0.11	0.13	0.17	0.14	0.21	0.12	0.22	0.20	0.19	0.15	0.14
C3'	0.13	0.12	0.14	0.20	0.12	0.23	0.13	0.28	0.15	0.12	0.13	0.18	0.14	0.25	0.12	0.24	0.24	0.20	0.18	0.18
C4	0.12	0.17	0.12	0.14	0.18	0.15	0.13	0.17	0.11	0.12	0.21	0.22	0.14	0.20	0.21	0.20	0.14	0.22	0.15	0.18
C4'	0.12	0.13	0.14	0.23	0.12	0.26	0.11	0.32	0.13	0.09	0.15	0.20	0.11	0.29	0.14	0.22	0.28	0.30	0.26	0.23
C5	0.12	0.18	0.12	0.13	0.21	0.15	0.15	0.18	0.13	0.12	0.23	0.21	0.15	0.20	0.24	0.21	0.14	0.25	0.18	0.22
C5'	0.12	0.14	0.13	0.23	0.12	0.26	0.10	0.33	0.12	0.10	0.16	0.22	0.11	0.31	0.14	0.23	0.29	0.32	0.26	0.24
C6	0.12	0.17	0.12	0.12	0.23	0.16	0.18	0.18	0.14	0.13	0.23	0.19	0.16	0.19	0.26	0.22	0.15	0.29	0.22	0.27
C8	0.12	0.17	0.12	0.15	0.18	0.17	0.12	0.19	0.11	0.11	0.21	0.22	0.12	0.22	0.21	0.20	0.16	0.22	0.15	0.18
N1	0.13	0.17	0.12	0.12	0.23	0.15	0.19	0.18	0.15	0.13	0.23	0.18	0.17	0.18	0.27	0.22	0.17	0.30	0.22	0.28
N3	0.12	0.17	0.12	0.13	0.18	0.14	0.14	0.15	0.12	0.12	0.20	0.22	0.16	0.19	0.21	0.19	0.15	0.22	0.14	0.17
N6	0.12	0.17	0.12	0.12	0.24	0.16	0.19	0.19	0.16	0.13	0.24	0.18	0.17	0.19	0.28	0.22	0.16	0.33	0.25	0.31
N7	0.12	0.18	0.12	0.14	0.20	0.16	0.15	0.19	0.12	0.12	0.22	0.22	0.14	0.21	0.24	0.21	0.15	0.25	0.18	0.22
N9	0.12	0.17	0.11	0.15	0.17	0.16	0.12	0.18	0.11	0.11	0.20	0.22	0.12	0.22	0.19	0.19	0.15	0.20	0.14	0.15
O2'	0.17	0.15	0.19	0.23	0.16	0.26	0.18	0.29	0.19	0.16	0.16	0.18	0.18	0.25	0.16	0.25	0.28	0.26	0.26	0.21
O3'	0.17	0.15	0.19	0.25	0.16	0.27	0.20	0.34	0.21	0.16	0.15	0.18	0.19	0.30	0.16	0.27	0.31	0.24	0.24	0.23
O4'	0.14	0.17	0.13	0.21	0.15	0.23	0.11	0.27	0.11	0.12	0.19	0.24	0.12	0.28	0.18	0.21	0.25	0.28	0.24	0.19
O5'	0.23	0.26	0.14	0.19	0.22	0.25	0.19	0.29	0.20	0.21	0.27	0.32	0.15	0.26	0.23	0.29	0.25	0.23	0.19	0.17
OP1	0.32	0.46	0.25	0.32	0.41	0.36	0.31	0.47	0.30	0.34	0.49	0.57	0.26	0.43	0.44	0.35	0.40	0.51	0.36	0.37
OP2	0.36	0.55	0.36	0.36	0.55	0.34	0.44	0.42	0.39	0.42	0.60	0.64	0.35	0.46	0.60	0.38	0.40	0.41	0.36	0.37
P	0.25	0.35	0.17	0.21	0.31	0.24	0.24	0.31	0.23	0.26	0.37	0.43	0.19	0.31	0.35	0.29	0.27	0.26	0.21	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.02	0.02	0.04	0.01	0.12	0.16	0.12	0.13
C2	0.03	0.00	0.07	0.07	0.02	0.04	0.02	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.09	0.03	0.05	0.21	0.18	0.19	0.14
C2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.06	0.02	0.06	0.12	0.01	0.03	0.06	0.01	0.14	0.17	0.14	0.07
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.06	0.01	0.08	0.02	0.09	0.04	0.07	0.11	0.02	0.01	0.07	0.02	0.21	0.27	0.22	0.17
C4	0.04	0.02	0.05	0.06	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.08	0.01	0.05	0.29	0.25	0.31	0.23
C4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.04	0.05	0.06	0.05	0.02	0.05	0.00	0.02	0.13	0.13	0.06
C5	0.03	0.02	0.05	0.08	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.10	0.02	0.05	0.30	0.26	0.31	0.24
C5'	0.03	0.08	0.02	0.02	0.12	0.01	0.13	0.00	0.11	0.08	0.10	0.07	0.05	0.04	0.12	0.02	0.01	0.17	0.17	0.02
C6	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.10	0.02	0.05	0.26	0.20	0.22	0.17
N1	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.08	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.03	0.20	0.17	0.16	0.13
N3	0.03	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.09	0.02	0.05	0.25	0.21	0.26	0.18
O2	0.05	0.01	0.12	0.11	0.02	0.06	0.02	0.07	0.02	0.02	0.01	0.00	0.11	0.15	0.03	0.06	0.17	0.18	0.16	0.13
O2'	0.02	0.06	0.01	0.02	0.06	0.05	0.04	0.05	0.04	0.03	0.06	0.11	0.00	0.06	0.07	0.03	0.07	0.15	0.11	0.09
O3'	0.02	0.09	0.03	0.01	0.08	0.02	0.10	0.04	0.10	0.04	0.09	0.15	0.06	0.00	0.09	0.02	0.25	0.36	0.30	0.25
O4	0.04	0.03	0.06	0.07	0.01	0.05	0.02	0.12	0.02	0.03	0.02	0.03	0.07	0.09	0.00	0.06	0.30	0.28	0.36	0.26
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.05	0.00	0.05	0.02	0.05	0.03	0.05	0.06	0.03	0.02	0.06	0.00	0.15	0.22	0.20	0.21
O5'	0.12	0.21	0.14	0.21	0.29	0.02	0.30	0.01	0.26	0.20	0.25	0.17	0.07	0.25	0.30	0.15	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.16	0.18	0.17	0.27	0.25	0.13	0.26	0.17	0.20	0.17	0.21	0.18	0.15	0.36	0.28	0.22	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.12	0.19	0.14	0.22	0.31	0.13	0.31	0.17	0.22	0.16	0.26	0.16	0.11	0.30	0.36	0.20	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.14	0.07	0.17	0.23	0.06	0.24	0.02	0.17	0.13	0.18	0.13	0.09	0.25	0.26	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00