ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53518

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 7, 7, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.012, 0.036, 0.061, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.046, 0.105, 0.164, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.105 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.041, 0.104, 0.167, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.104 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.062, 0.135, 0.209, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.135 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.063, 0.160, 0.258, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.160 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.066, 0.165, 0.263, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.165 std_dev=0.099
C2' B 0, 0.105, 0.217, 0.329, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.217 std_dev=0.112
C1' B 0, 0.133, 0.251, 0.369, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.251 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.065, 0.184, 0.302, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.184 std_dev=0.118
OP2 A 0, 0.101, 0.221, 0.341, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.221 std_dev=0.120
P A 0, 0.123, 0.248, 0.373, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.248 std_dev=0.125
C4' B 0, 0.152, 0.283, 0.415, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.283 std_dev=0.131
N1 B 0, 0.162, 0.294, 0.426, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.294 std_dev=0.132
O4' B 0, 0.157, 0.290, 0.422, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.132
C2 B 0, 0.165, 0.298, 0.431, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.298 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.124, 0.261, 0.398, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.261 std_dev=0.137
OP1 A 0, 0.127, 0.266, 0.405, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.266 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.105, 0.245, 0.386, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.245 std_dev=0.140
O2 B 0, 0.141, 0.289, 0.438, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.289 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.109, 0.261, 0.414, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.261 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.187, 0.342, 0.496, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.342 std_dev=0.154
O3' A 0, 0.087, 0.245, 0.402, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.245 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.190, 0.349, 0.508, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.349 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.212, 0.382, 0.552, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.382 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.096, 0.270, 0.444, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.270 std_dev=0.174
C5' B 0, 0.189, 0.363, 0.538, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.363 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.211, 0.388, 0.565, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.388 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.200, 0.389, 0.578, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.389 std_dev=0.189
P B 0, 0.212, 0.405, 0.597, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.405 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.218, 0.415, 0.612, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.415 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.217, 0.415, 0.613, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.415 std_dev=0.198
O4 B 0, 0.223, 0.425, 0.628, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.425 std_dev=0.203

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.09
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.06 0.11 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.11 0.09 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.11 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.08 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.06 0.03 0.11 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.06 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.04 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.07 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.10 0.13 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.17 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.09
C2 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.08 0.09
C2' 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08
C3' 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08
C4 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.14 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07
C4' 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.16 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09
C5 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.14 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08
C5' 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.16 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09
C6 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09
C8 0.07 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.17 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08
N1 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10
N3 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.13 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08
N6 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10
N7 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.12 0.16 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08
N9 0.06 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.16 0.08 0.06 0.08 0.11 0.08 0.08
O2' 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09
O3' 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.09 0.10
O4' 0.07 0.08 0.10 0.14 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.18 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10
O5' 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.15 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07
OP1 0.09 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.17 0.10 0.08 0.10 0.15 0.10 0.10
OP2 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.09 0.07 0.10 0.06 0.07
P 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.15 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
O2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.07 0.08 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.08 0.04 0.03
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.13 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.12 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06
O5' 0.04 0.07 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.07 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.07 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.04 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.03 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.07 0.03 0.11 0.09 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00