Doublet Group distance statistics: 53519

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 9, 5, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N1	A	0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C4	A	0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.048 std_dev=0.029
N9	A	0, 0.021, 0.053, 0.084, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.053 std_dev=0.031
N6	A	0, 0.032, 0.067, 0.102, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.067 std_dev=0.035
N7	A	0, 0.027, 0.075, 0.124, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.075 std_dev=0.048
C8	A	0, 0.035, 0.093, 0.150, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.093 std_dev=0.058
N1	B	0, 0.155, 0.280, 0.405, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.280 std_dev=0.125
C2	B	0, 0.156, 0.302, 0.449, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.302 std_dev=0.147
O4'	A	0, 0.131, 0.294, 0.457, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.294 std_dev=0.163
C1'	B	0, 0.256, 0.419, 0.582, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.419 std_dev=0.163
N3	B	0, 0.254, 0.464, 0.673, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.464 std_dev=0.209
C2'	B	0, 0.290, 0.502, 0.714, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.502 std_dev=0.212
C4'	A	0, 0.228, 0.469, 0.711, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.469 std_dev=0.242
O2'	B	0, 0.231, 0.481, 0.731, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.481 std_dev=0.250
O2	B	0, 0.207, 0.458, 0.709, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.458 std_dev=0.251
C4	B	0, 0.165, 0.425, 0.685, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.425 std_dev=0.260
C6	B	0, 0.175, 0.442, 0.710, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.442 std_dev=0.268
C2'	A	0, 0.177, 0.450, 0.722, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.450 std_dev=0.272
O4'	B	0, 0.382, 0.717, 1.053, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.717 std_dev=0.336
C5	B	0, 0.040, 0.377, 0.713, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.377 std_dev=0.337
C3'	B	0, 0.438, 0.786, 1.134, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.786 std_dev=0.348
O4	B	0, 0.316, 0.667, 1.019, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.667 std_dev=0.352
C4'	B	0, 0.468, 0.875, 1.283, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.875 std_dev=0.408
C3'	A	0, 0.300, 0.711, 1.123, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.711 std_dev=0.411
O2'	A	0, 0.336, 0.751, 1.166, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.751 std_dev=0.415
O3'	B	0, 0.515, 0.941, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.941 std_dev=0.426
C5'	A	0, 0.414, 0.891, 1.367, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.891 std_dev=0.477
C5'	B	0, 0.616, 1.232, 1.848, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.232 std_dev=0.616
O5'	B	0, 0.628, 1.297, 1.965, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.297 std_dev=0.668
O3'	A	0, 0.512, 1.182, 1.853, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.182 std_dev=0.671
O5'	A	0, 0.548, 1.443, 2.337, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.443 std_dev=0.894
P	B	0, 0.764, 1.780, 2.795, 4.139 max_d=4.139 avg_d=1.780 std_dev=1.015
OP2	B	0, 0.840, 1.888, 2.937, 4.649 max_d=4.649 avg_d=1.888 std_dev=1.049
P	A	0, 0.524, 1.681, 2.838, 4.774 max_d=4.774 avg_d=1.681 std_dev=1.157
OP1	B	0, 0.817, 2.035, 3.253, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.035 std_dev=1.218
OP2	A	0, 0.487, 1.708, 2.929, 5.278 max_d=5.278 avg_d=1.708 std_dev=1.221
OP1	A	0, 0.831, 2.291, 3.751, 5.341 max_d=5.341 avg_d=2.291 std_dev=1.460

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.24	0.54	0.49	0.31
C2	0.02	0.00	0.11	0.05	0.00	0.02	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.21	0.09	0.05	0.43	0.99	0.67	0.56
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.03	0.13	0.07	0.13	0.05	0.11	0.04	0.00	0.02	0.01	0.13	0.35	0.29	0.18
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.11	0.22	0.06	0.06	0.16	0.22	0.09	0.01	0.01	0.01	0.08	0.14	0.16	0.09
C4	0.01	0.00	0.04	0.06	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.04	0.03	0.45	0.99	0.65	0.58
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.07	0.12	0.04	0.02	0.09	0.12	0.06	0.03	0.02	0.01	0.01	0.11	0.40	0.05
C5	0.01	0.00	0.04	0.13	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.15	0.02	0.56	1.22	0.80	0.73
C5'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.10	0.00	0.15	0.00	0.15	0.15	0.13	0.07	0.18	0.18	0.09	0.03	0.03	0.01	0.01	0.34	0.41	0.01
C6	0.01	0.00	0.03	0.11	0.01	0.07	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.12	0.02	0.57	1.28	0.86	0.76
C8	0.01	0.01	0.13	0.22	0.00	0.12	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.25	0.04	0.56	1.16	0.70	0.71
N1	0.02	0.00	0.07	0.06	0.01	0.04	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.05	0.04	0.51	1.16	0.79	0.68
N3	0.02	0.00	0.13	0.06	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.21	0.11	0.06	0.38	0.87	0.59	0.48
N6	0.01	0.01	0.05	0.16	0.01	0.09	0.01	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.19	0.03	0.62	1.41	0.97	0.85
N7	0.01	0.01	0.11	0.22	0.00	0.12	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.26	0.03	0.62	1.34	0.86	0.81
N9	0.00	0.01	0.04	0.09	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.09	0.01	0.43	0.90	0.58	0.53
O2'	0.02	0.21	0.00	0.01	0.10	0.03	0.05	0.03	0.09	0.08	0.16	0.21	0.06	0.06	0.02	0.00	0.05	0.03	0.03	0.14	0.32	0.08
O3'	0.02	0.09	0.02	0.01	0.04	0.02	0.15	0.03	0.12	0.25	0.05	0.11	0.19	0.26	0.09	0.05	0.00	0.03	0.16	0.28	0.12	0.17
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.04	0.06	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.00	0.20	0.37	0.60	0.26
O5'	0.24	0.43	0.13	0.08	0.45	0.01	0.56	0.01	0.57	0.56	0.51	0.38	0.62	0.62	0.43	0.03	0.16	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.54	0.99	0.35	0.14	0.99	0.11	1.22	0.34	1.28	1.16	1.16	0.87	1.41	1.34	0.90	0.14	0.28	0.37	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.49	0.67	0.29	0.16	0.65	0.40	0.80	0.41	0.86	0.70	0.79	0.59	0.97	0.86	0.58	0.32	0.12	0.60	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.31	0.56	0.18	0.09	0.58	0.05	0.73	0.01	0.76	0.71	0.68	0.48	0.85	0.81	0.53	0.08	0.17	0.26	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.15	0.14	0.16	0.15	0.11	0.12	0.11	0.11	0.11	0.17	0.19	0.13	0.28	0.16	0.17	0.10	0.24	0.20	0.14
C2	0.12	0.16	0.12	0.15	0.21	0.10	0.17	0.10	0.12	0.11	0.22	0.16	0.09	0.20	0.25	0.16	0.14	0.32	0.29	0.21
C2'	0.28	0.27	0.24	0.20	0.26	0.26	0.27	0.26	0.27	0.27	0.27	0.28	0.25	0.25	0.26	0.33	0.23	0.20	0.22	0.20
C3'	0.33	0.28	0.26	0.26	0.30	0.36	0.33	0.39	0.34	0.31	0.29	0.27	0.25	0.29	0.30	0.42	0.35	0.34	0.33	0.34
C4	0.12	0.16	0.13	0.14	0.18	0.12	0.13	0.12	0.10	0.10	0.20	0.19	0.08	0.24	0.21	0.19	0.09	0.25	0.22	0.15
C4'	0.21	0.18	0.18	0.19	0.18	0.24	0.19	0.26	0.21	0.19	0.19	0.20	0.18	0.29	0.18	0.29	0.22	0.28	0.25	0.23
C5	0.11	0.17	0.14	0.15	0.19	0.14	0.12	0.16	0.09	0.10	0.22	0.21	0.10	0.24	0.23	0.20	0.11	0.24	0.21	0.15
C5'	0.22	0.17	0.17	0.19	0.17	0.27	0.20	0.31	0.21	0.19	0.17	0.19	0.16	0.29	0.18	0.33	0.26	0.33	0.29	0.28
C6	0.11	0.17	0.14	0.14	0.22	0.14	0.15	0.16	0.10	0.10	0.23	0.20	0.09	0.22	0.26	0.20	0.13	0.26	0.24	0.18
C8	0.12	0.17	0.15	0.16	0.17	0.15	0.11	0.18	0.10	0.11	0.20	0.21	0.13	0.27	0.20	0.21	0.11	0.21	0.18	0.14
N1	0.12	0.17	0.13	0.14	0.23	0.13	0.17	0.13	0.12	0.11	0.24	0.17	0.08	0.20	0.27	0.18	0.14	0.29	0.28	0.20
N3	0.13	0.15	0.12	0.14	0.18	0.10	0.14	0.09	0.12	0.11	0.19	0.18	0.09	0.21	0.21	0.17	0.12	0.30	0.27	0.19
N6	0.12	0.18	0.15	0.15	0.23	0.16	0.15	0.19	0.11	0.11	0.25	0.21	0.10	0.22	0.28	0.22	0.16	0.26	0.25	0.19
N7	0.11	0.17	0.15	0.15	0.18	0.16	0.11	0.19	0.09	0.10	0.21	0.22	0.13	0.26	0.22	0.21	0.12	0.22	0.19	0.15
N9	0.12	0.16	0.14	0.15	0.16	0.13	0.12	0.14	0.10	0.11	0.18	0.20	0.11	0.27	0.18	0.19	0.09	0.22	0.20	0.14
O2'	0.31	0.31	0.30	0.26	0.29	0.24	0.29	0.20	0.29	0.30	0.31	0.33	0.32	0.29	0.29	0.29	0.21	0.17	0.22	0.17
O3'	0.43	0.39	0.37	0.40	0.44	0.50	0.48	0.55	0.48	0.43	0.40	0.36	0.34	0.39	0.44	0.53	0.53	0.54	0.52	0.53
O4'	0.12	0.16	0.15	0.18	0.16	0.11	0.13	0.11	0.11	0.11	0.18	0.20	0.12	0.31	0.19	0.18	0.11	0.28	0.25	0.18
O5'	0.30	0.24	0.19	0.18	0.26	0.32	0.29	0.37	0.30	0.27	0.25	0.23	0.19	0.28	0.27	0.42	0.29	0.34	0.29	0.30
OP1	0.84	0.92	0.58	0.44	0.91	0.61	0.86	0.59	0.83	0.86	0.93	0.94	0.58	0.36	0.93	0.86	0.55	0.48	0.52	0.52
OP2	0.44	0.43	0.38	0.34	0.43	0.41	0.43	0.42	0.43	0.43	0.44	0.44	0.40	0.37	0.44	0.49	0.37	0.39	0.37	0.35
P	0.39	0.36	0.23	0.20	0.36	0.35	0.37	0.39	0.38	0.37	0.36	0.36	0.25	0.29	0.37	0.49	0.32	0.37	0.31	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.11	0.10	0.06
C2	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.08	0.01	0.04	0.08	0.17	0.15	0.10
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.06	0.02	0.05	0.12	0.00	0.02	0.04	0.01	0.03	0.17	0.08	0.07
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.11	0.05	0.06	0.10	0.02	0.01	0.08	0.01	0.03	0.16	0.08	0.06
C4	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.10	0.00	0.03	0.11	0.17	0.17	0.12
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.06	0.03	0.03	0.04	0.05	0.02	0.06	0.00	0.01	0.07	0.03	0.02
C5	0.01	0.00	0.05	0.11	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.13	0.01	0.02	0.11	0.15	0.15	0.11
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.09	0.00	0.10	0.00	0.08	0.04	0.07	0.05	0.05	0.02	0.10	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.11	0.01	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.12	0.01	0.03	0.09	0.12	0.12	0.08
N1	0.00	0.01	0.02	0.05	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.07	0.13	0.12	0.07
N3	0.01	0.00	0.05	0.06	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.08	0.01	0.04	0.10	0.18	0.17	0.11
O2	0.02	0.00	0.12	0.10	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.14	0.01	0.05	0.09	0.18	0.16	0.11
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.04	0.05	0.04	0.05	0.04	0.02	0.07	0.14	0.00	0.05	0.05	0.05	0.03	0.14	0.07	0.06
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.10	0.02	0.13	0.02	0.12	0.04	0.08	0.14	0.05	0.00	0.11	0.02	0.07	0.16	0.15	0.08
O4	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.04	0.13	0.18	0.19	0.14
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.05	0.05	0.02	0.04	0.00	0.06	0.05	0.11	0.06
O5'	0.06	0.08	0.03	0.03	0.11	0.01	0.11	0.01	0.09	0.07	0.10	0.09	0.03	0.07	0.13	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.11	0.17	0.17	0.16	0.17	0.07	0.15	0.06	0.12	0.13	0.18	0.18	0.14	0.16	0.18	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.10	0.15	0.08	0.08	0.17	0.03	0.15	0.02	0.12	0.12	0.17	0.16	0.07	0.15	0.19	0.11	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.10	0.07	0.06	0.12	0.02	0.11	0.01	0.08	0.07	0.11	0.11	0.06	0.08	0.14	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00